| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | W3110S.gb | 3,518,471 | T→C | 11.2% | intergenic (‑305/‑120) | yiiU ← / → glpF | conserved hypothetical protein/glycerol facilitator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 3,518,471 | 0 | T | C | 11.2% | 212.5 / 16.9 | 80 | intergenic (‑305/‑120) | yiiU/glpF | conserved hypothetical protein/glycerol facilitator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (37/34); new base C (4/5); total (41/39) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.34e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CATCATGTACAATCAGATGGAATAAATGGCGCGATAACGCTCATTTTATGACGAGGCACACACATTTTAAGTTCGATATTTCTCGTTTTTGCTCGTTAACGATAAGTTTACAGCATGCCTACAAGCATCGTG > W3110S.gb/3518406‑3518537 | catcatGTACAATCAGATGGAATAAATGGCGCGATAACGCTCATTTTATGACGAGGCACACACATTTTa < 1:1487405/69‑1 (MQ=255) atGTACAATCAGATGGAATAAATGGCGCGATAACGCTCATTTTATGACGAGGCACACACATTTTAAGt > 1:717955/1‑68 (MQ=255) atGTACAATCAGATGGAATAAATGGCGCGATAACGCTCATTTTATGACGAGGCACACACATTTTAAGt > 1:2073095/1‑68 (MQ=255) atGTACAATCAGATGGAATAAATGGCGCGATAACGCTCATTTTATGACGAGGCACACACATTTTAAGt > 1:1851771/1‑68 (MQ=255) atGTACAATCAGATGGAATAAATGGCGCGATAACGCTCATTTTATGACGAGGCACACACATTTTAAGt > 1:2792278/1‑68 (MQ=255) tGTACAATCAGATGGAATAAATGGCGCGATAACGCTCATTTTATGACGAGGCACACACATTTTAAGTTc > 1:2514934/1‑69 (MQ=255) tGTACAATCAGATGGAATAAATGGCGCGATAACGCTCATTTTATGACGAGGCACACACATTTTAAGTTc > 1:188591/1‑69 (MQ=255) tACAATCAGATGGAATAAATGGCGCGATAACGCTCATTTTATGACGAGGCACACACAtttt < 1:1050408/61‑1 (MQ=255) tACAATCAGATGGAATAAATGGCGCGATAACGCTCATTTTATGACGAGGCACACACAtttt > 1:402273/1‑61 (MQ=255) tACAATCAGATGGAATAAATGGCGCGATAACGCTCATTTTATGACGAGGCACACACAtttt > 1:2590116/1‑61 (MQ=255) tACAATCAGATGGAATAAATGGCGCGATAACGCTCATTTTATGACGAGGCACACACATTTTAAGTTCGa > 1:2379721/1‑69 (MQ=255) tACAATCAGATGGAATAAATGGCGCGATAACGCTCATTTTATGACGAGGCACACACATTTTAAGTTCGa > 1:1134715/1‑69 (MQ=255) tACAATCAGATGGAATAAATGGCGCGATAACGCTCATTTTATGACGAGGCACACACATTTTAAGTTCGa > 1:715585/1‑69 (MQ=255) tACAATCAGATGGAATAAATGGCGCGATAACGCTCATTTTATGACGAGGCACACACATTTTAAGTTCGa > 1:577017/1‑69 (MQ=255) tACAATCAGATGGAATAAATGGCGCGATAACGCTCATTTTATGACGAGGCACACACATTTTAAGTTCGa > 1:1768155/1‑69 (MQ=255) tACAATAAGATGGAATAAATGGCGCGATAACGCTCATTTTATGACGAGGCACACACAtttt > 1:2299321/1‑61 (MQ=255) aCAATCAGATGGAATAAATGGCGCGATAACGCTCATTTTATGACGAGGCACACACATTTTAAGTTCGat > 1:2705293/1‑69 (MQ=255) aCAATCAGATGGAATAAATGGCGCGATAACGCTCATTTTATGACGAGGCACACACATTTTAAGTTCGat > 1:3341423/1‑69 (MQ=255) aCAATCAGATGGAATAAATGGCGCGATAACGCTCATTTTATGACGAGGCACACACATTTTAAGTTCGat > 1:3668893/1‑69 (MQ=255) aCAATCAGATGGAATAAATGGCGCGATAACGCTCATTTTATGACGAGGCACACACATTTTAAGTTCGat > 1:790612/1‑69 (MQ=255) cAATCAGATGGAATAAATGGCGCGATAACGCTCATTTTATGACGAGGCACACACATTTTAAGTTCGat < 1:3226689/68‑1 (MQ=255) cAGATGGAATAAATGGCGCGATAACGCTCATTTTATGACGAGGCACACACATTTTAAGTTCGATATTtc > 1:3370302/1‑69 (MQ=255) aGATGGAATAAATGGCGCGATAACGCTCATTTTATGACGAGGCACACACATTTTAAGTTCGATATTtct > 1:3062736/1‑69 (MQ=255) aGATGGAATAAATGGCGCGATAACGCTCATTTTATGACGAGGCACACACATTTTAAGTTCGATATTtct > 1:3186035/1‑69 (MQ=255) aGATGGAATAAATGGCGCGATAACGCTCATTTTATGACGAGGCACACACATTTTAAGTTCGATATTtct > 1:2604901/1‑69 (MQ=255) ggAATAAATGGCGCGATAACGCTCATTTTATGACGAGGCACACACATCTTAAGTTCGATATTTCTCGtt > 1:2701849/1‑69 (MQ=255) aaTGGCGCGATAACGCTCATTTTATGACGAGGCACACACATTTTAAGTTCGATATTTCTCGt > 1:2673172/1‑62 (MQ=255) aaTGGCGCGATAACGCTCATTTTATGACGAGGCACACACATTTTAAGTTCGATATTTCTCGt > 1:2796391/1‑62 (MQ=255) aaTGGCGCGATAACGCTCATTTTATGACGAGGCACACACATTTTAAGTTCGATATTTCTCGTTTTTGc > 1:3058986/1‑68 (MQ=255) 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tttATGACGAGGCACACACATCTTAAGTTCGATATTTCTCGTTTTTGCt > 1:887556/1‑49 (MQ=255) tttATGACGAGGCACACACATCTTAAGTTCGATATTTCTCGTTTTTGCt > 1:2232101/1‑49 (MQ=255) ttATGACGAGGCACACACATTTTAAGTTCGATATTTCTCGTTTTTGCTCGTTAAc < 1:2230443/55‑1 (MQ=255) ttATGACGAGGCACACACATTTTAAGTTCGATATTTCTCGTTTTTGCTCGTTAAc < 1:455742/55‑1 (MQ=255) ttATGACGAGGCACACACATTTTAAGTTCGATATTTCTCGTTTTTGCTCGTTAACGATAAGTTTACAg > 1:545765/1‑68 (MQ=255) tGACGAGGCACACACATCTTAAGTTCGATATTTCTCGTTTTTGCTCGTTAACGATAAGTTTACAGCAt < 1:1763485/68‑1 (MQ=255) cacacaTTTTAAGTTCGATATTTCTCGTTTTTGCTCGTTAACGATAAGTTTACAGCATGCCTACAAGCa > 1:335273/1‑69 (MQ=255) cacacaTTTTAAGTTCGATATTTCTCGTTTTTGCTCGTTAACGATAAGTTTACAGCATGCCTACAAGCa > 1:905931/1‑69 (MQ=255) cacacaTTTTAAGTTCGATATTTCTCGTTTTTGCTCGTTAACGATAAGTTTACAGCATGCCTACAAGCa > 1:3529270/1‑69 (MQ=255) cacacaTCTTAAGTTCGATATTTCTCGTTTTTGCTCGTTAACGATAAGTTTACAGCATGCCTACAAGCa > 1:2580779/1‑69 (MQ=255) cacaTTTTAAGTTCGATATTTCTCGTTTTTGCTCGTTAACGATAAGTTTa < 1:3416262/50‑1 (MQ=255) cacaTTTTAAGTTCGATATTTCTCGTTTTTGCTCGTTAACGATAAGTTTa < 1:1714119/50‑1 (MQ=255) cacaTTTTAAGTTCGATATTCCTCGTTTTTGCTCGTTAACGATAAGTTTa < 1:1190664/50‑1 (MQ=255) acaTTTTAAGTTCGATATTTCTCGTTTTTGCTCGTTAACGATAAGttt < 1:3666913/48‑1 (MQ=255) acaTTTTAAGTTCGATATTTCTCGTTTTTGCTCGTTAACGATAAGttt < 1:2346671/48‑1 (MQ=255) acaTTTTAAGTTCGATATTTCTCGTTTTTGCTCGTTAACGATAAGTTTACAGCATGCCTACAAGCATCg < 1:1319647/69‑1 (MQ=255) caTTTTAAGTTCGATATTTCTCGTTTTTGCTCGTTAACGATAAGTTTACAGCATGCCTACAAGCATCg < 1:1284697/68‑1 (MQ=255) aTTTTAAGTTCGATATTTCTCGTTTTTGCTCGTTAACGATAAGTTTACAGCATGc < 1:865297/55‑1 (MQ=255) aTTTTAAGTTCGATATTTCTCGTTTTTGCTCGTTAACGATAAGTTTACAGCATGCCTACAAGCATCGTg < 1:1449128/69‑1 (MQ=255) aTTTTAAGTTCGATATTTCTCGTTTTTGCTCGTTAACGATAAGTTTACAGCATGCCTACAAGCATCGTg < 1:2885372/69‑1 (MQ=255) aTTTTAAGTTCGATATTTCTCGTTTTTGCTCGTTAACGATAAGTTTACAGCATGCCTACAAGCATCGTg > 1:1018766/1‑69 (MQ=255) aTTTTAAGTTCGATATTTCTCGTTTTTGCTCGTTAACGATAAGTTTACAGCATGCCTACAAGCATCGTg < 1:95575/69‑1 (MQ=255) aTTTTAAGTTCGATATTTCTAGTTTTTGCTCGTTAACGATAAGTTTACAGCATGCCTACAAGCATCGTg > 1:1817810/1‑69 (MQ=255) | CATCATGTACAATCAGATGGAATAAATGGCGCGATAACGCTCATTTTATGACGAGGCACACACATTTTAAGTTCGATATTTCTCGTTTTTGCTCGTTAACGATAAGTTTACAGCATGCCTACAAGCATCGTG > W3110S.gb/3518406‑3518537 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |