| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | W3110S.gb | 3,566,303 | T→C | 100% | C8C (TGT→TGC) | yihR → | predicted aldose‑1‑epimerase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 3,566,303 | 0 | T | C | 80.6% | 128.5 / 24.0 | 57 | C8C (TGT→TGC) | yihR | predicted aldose‑1‑epimerase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (11/0); new base C (29/16); total (40/17) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.35e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.24e-01 | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
GCAGTTTTTGGGTTTGACATCAGCCTCACGGGAGGCTGTATGTCGTTAATTAAGGTGCCTTGTATGCAAATCACCAATATGCATTGCAGTGGACAGACCGTTTCACTTGCCGCGGGGGATTAT > W3110S.gb/3566241‑3566363 | gCAGTTTTTGGGTTTGACATCAGCCTCACGGGAGGCTGTATGTCGTTAATTAAGGTGCCTTGCATGCaa < 1:2775984/69‑1 (MQ=255)gCAGTTTTTGGGTTTGACATCAGCCTCACGGGAGGCTGTATGTCGTTAATTAAGGTGCCTTGCATGCaa < 1:2244228/69‑1 (MQ=255) tttGGGTTTGACATCAGCCTCACGGGAGGCTGTATGTCGTTAATTAAGGTGCCTTGCATGCAAATCAcc > 1:3285020/1‑69 (MQ=255) tttGGGTTTGACATCAGCCTCACGGGAGGCTGTATGTCGTTAATTAAGGTGCCTTGCATGCAAATCAcc > 1:3310210/1‑69 (MQ=255) tttGGGTTTGACATCAGCCTCACGGGAGGCTGTATGTCGTTAATTAAGGTGCCTTGCATGCAAATCAcc > 1:1850914/1‑69 (MQ=255) tttGGGTTTGACATCAGCCTCACGGGAGGCTGTATGTCGTTAATTAAGGTGCCTTGCATGCAAATCAcc > 1:1929354/1‑69 (MQ=255) tttGGGTTTGACATCAGCCTCACGGGAGGCTGTATGTCGTTAATTAAGGTGCCTTGCATGCAAATCAcc > 1:749811/1‑69 (MQ=255) tttGGGTTTGACATCAGCCTAACGGGAGGCTGTATGTCGTTAATTAAGGTGCCTTGCATGCAAATCAcc > 1:3093679/1‑69 (MQ=255) gTTTGACATCAGCCTCACGGGAGGCTGTATGTCGTTAATTAAGGTGCCTTGCATGCAAATCACCaa > 1:2522032/1‑66 (MQ=255) gTTTGACATCAGCCTCACGGGAGGCTGTATGTCGTTAATTAAGGTGCCTTGCATGCAAATCACCAata < 1:236189/68‑1 (MQ=255) gTTTGACATCAGCCTCACGGGAGGCTGTATGTCGTTAATTAAGGTGCCTTGCATGCAAATCACCAata < 1:3397208/68‑1 (MQ=255) tttGACATCAGCCTCACGGGAGGCTGTATGTCGTTAATTAAGGTGCCTTGCATGCAAATCACCAATATg < 1:2358564/69‑1 (MQ=255) tttGACATCAGCCTCACGGGAGGCTGTATGTCGTTAATTAAGGTGCCTTGCATGCAAATCACCAATATg < 1:3386783/69‑1 (MQ=255) cAGCCTCACTGGAGGCTGTATGTCGTTAATTAAGGTGCCTTGCATGCAAATCACCAATATGCATTGCAg < 1:1398996/69‑1 (MQ=255) aGCCTCACGGGAGGCTGTATGTCGTTAATTAAGGTGCCTTGTATGCa > 1:3214062/1‑47 (MQ=255) aGCCTCACGGGAGGCTGTATGTCGTTAATTAAGGTGCCTTGTATGCa > 1:2778476/1‑47 (MQ=255) aGCCTCACGGGAGGCTGTATGTCGTTAATTAAGGTGCCTTGCATGCAAATCACCAATATGCATTGCAg > 1:3171426/1‑68 (MQ=255) aGCCTCACGGGAGGCTGTATGTCGTTAATTAAGGTGCCTTGCATGCAAATCACCAATATGCATTGCAg > 1:3635437/1‑68 (MQ=255) aGCCTCACGGGAGGCTGTATGTCGTTAATTAAGGTGCCTTGCATGCAAATCACCAATATGCATTGCAg > 1:1703263/1‑68 (MQ=255) tCACGGGAGGCTGTATGTCGTTAATTAAGGTGCCTTGCATGCAAATCACCAATATGCATTGCAGTGGa < 1:1899528/68‑1 (MQ=255) tCACGGGAGGCTGTATGTCGTTAATTAAGGTGCCTTGCATGCAAATCACCAATATGCATTGCAGTGGa < 1:776941/68‑1 (MQ=255) aCGGGAGGCTGTATGTCGTTAATTAAGGTGCCTTGCATGCAAATCACCAATATGCATTGCAGTGGACAg > 1:1115834/1‑69 (MQ=255) aCGGGAGGCTGTATGTCGTTAATTAAGGTGCCTTGCATGCAAATCACCAATATGCATTGCAGTGGACAg > 1:2141569/1‑69 (MQ=255) aCGGGAGGCTGTATGTCGTTAATTAAGGTGCCTTGCATGCAAATCACCAATATGCATTGCAGTGGACAg > 1:1442854/1‑69 (MQ=255) aCGGGAGGCTGTATGTCGTTAATTAAGGTGCCTTGCATGCAAATCACCAATATGCATTGCAGTGGACAg > 1:2189883/1‑69 (MQ=255) gggAGGCTGTATGTCGTTAATTAAGGTGCCTTGTATGCAAATCACCAATATGCATTGCAGTGGACAGAc > 1:2958876/1‑69 (MQ=255) gggAGGCTGTATGTCGTTAATTAAGGTGCCTTGTATGCAAATCACCAATATGCATTGCAGTGGACAGAc > 1:469091/1‑69 (MQ=255) aGGCTGTATGTCGTTAATTAAGGTGCCTTGCATGCAAATCACCAATATGCATTGCAGTGGACAGACCGt > 1:2902307/1‑69 (MQ=255) aGGCTGTATGTCGTTAATTAAGGTGCCTTGCATGCAAATCACCAATATGCATTGCAGTGGACAGACCGt > 1:2906663/1‑69 (MQ=255) aTGTCGTTAATTAAGGTGCCTTGCATGCAAATCACCAATATGCATTGCAGTGGACAGACCGTTTCACtt > 1:3298554/1‑69 (MQ=255) aTGTCGTTAATTAAGGTGCCTTGCATGCAAATCACCAATATGCATTGCAGTGGACAGACCGTTTCACtt > 1:974147/1‑69 (MQ=255) aTGTCGTTAATTAAGGTGCCTTGCATGCAAATCACCAATATGCATTGCAGTGGACAGACCGTTTCACtt > 1:2830971/1‑69 (MQ=255) aTGTCGTTAATTAAGGTGCCTTGCATGCAAATCACCAATATGCATTGCAGTGGACAGACCGTTTCACtt > 1:2866488/1‑69 (MQ=255) aTGTCGTTAATTAAGGTGCCTTGCATGCAAATCACCAATATGCATTGCAGTGGACAGACCGTTTCACtt > 1:2880063/1‑69 (MQ=255) tGTCGTTAATTAAGGTGCCTTGCATGCAAATCACCaa > 1:686188/1‑37 (MQ=255) tGTCGTTAATTAAGGTGCCTTGCATGCAAATCACCAATATGCATTGc > 1:3207882/1‑47 (MQ=255) tGTCGTTAATTAAGGTGCCTTGCATGCAAATCACCAATATGCATTGc > 1:811133/1‑47 (MQ=255) tGTCGTTAATTAAGGTGCCTTGCATGCAAATCACCAATATGCATTGc > 1:3008518/1‑47 (MQ=255) tGTCGTTAATTAAGGTGCCTTGCATGCAAATCACCAATATGCATTGc > 1:674072/1‑47 (MQ=255) gTCGTTAATTAAGGTGCCTTGTATGCAAATCACCAATATGCATTGCAGTGGACAGACCGTTTCACTTg > 1:2643362/1‑68 (MQ=255) gTCGTTAATTAAGGTGCCTTGTATGCAAATCACCAATATGCATTGCAGTGGACAGACCGTTTCACTTg > 1:3672988/1‑68 (MQ=255) gTCGTTAATTAAGGTGCCTTGTATGCAAATCACCAATATGCATTGCAGTGGACAGACCGTTTCACTTg > 1:636298/1‑68 (MQ=255) gTCGTTAATTAAGGTGCCTTGTATGCAAATCACCAATATGCATTGCAGTGGACAGACCGTTTCACTTGc > 1:2962518/1‑69 (MQ=255) gTCGTTAATTAAGGTGCCTTGCATGCAAATCACCAATATGCATTGCAGTGGACAGACCGTTTCACt < 1:3597669/66‑1 (MQ=255) tCGTTAATTAAGGTGCCTTGCATGCAAATCACCAATATGCATTGCAGTGGACAGACCGTTTCACTTGcc > 1:3155195/1‑69 (MQ=255) gTTAATTAAGGTGCCTTGTATGCAAATCACCAATATGCATTGCAGTGGACAGACCGt > 1:763475/1‑57 (MQ=255) gTTAATTAAGGTGCCTTGTATGCAAATCACCAATATGCATTGCAGTGGACAGACCGt > 1:38500/1‑57 (MQ=255) taattaaGGTGCCTTGCATGCAAATCACCAATATGCATTGCAGTGGACAGACCGTTTCACTTGCcgcg < 1:1950836/68‑1 (MQ=255) aattaaGGTGCCTTGCATGCAAATCACCAATATGCATTGCAGTGGACa < 1:311899/48‑1 (MQ=255) aattaaGGTGCCTTGCATGCAAATCACCAATATGCATTGCAGTGGACa < 1:392979/48‑1 (MQ=255) aattaaGGTGCCTTGCATGCAAATCACCAATATGCATTGCAGTGGACAGACCGttt > 1:1147755/1‑56 (MQ=255) aattaaGGTGCCTTGCATGCAAATCACCAATATGCATTGCAGTGGACAGACCGttt > 1:1074846/1‑56 (MQ=255) aattaaGGTGCCTTGAATGCAAATCACCAATATGCATTGCAGTGGACa < 1:243581/48‑1 (MQ=255) aattaaGCTGCCTTGCATGCAAATCACCAATATGCATTGCAGTGGACa < 1:299526/48‑1 (MQ=38) aaGGTGCCTTGTATGCAAATCACCAATATGCATTGCAGTGGACAGACCGTTTCACTTGCCGCGGGGGAt > 1:210061/1‑69 (MQ=255) gTGCCTTGCATGCAAATCACCAATATGCATTGCAGTGGACAGACCGTTTCACTTGCCGCGGGGGATTAt < 1:2740943/69‑1 (MQ=255) gTGCCTTGCATGCAAATCACCAATATGCATTGCAGTGGACAGACCGTTTCACTTGCCGCGGGGGATTAt < 1:3252529/69‑1 (MQ=255) | GCAGTTTTTGGGTTTGACATCAGCCTCACGGGAGGCTGTATGTCGTTAATTAAGGTGCCTTGTATGCAAATCACCAATATGCATTGCAGTGGACAGACCGTTTCACTTGCCGCGGGGGATTAT > W3110S.gb/3566241‑3566363 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |