| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | W3110S.gb | 236,107 | A→C | 54.1% | E14A (GAA→GCA) | dnaQ → | DNA polymerase III epsilon subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 236,107 | 0 | A | C | 54.1% | 145.6 / 145.4 | 137 | E14A (GAA→GCA) | dnaQ | DNA polymerase III epsilon subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (44/19); new base C (40/34); total (84/53) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.83e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.89e-01 | |||||||||||
Only 100 of 142 total aligned reads displayed.
ACGACAAGTCTGACATAAATGACCGCTATGAGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGATACCGAAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCCACAAGATCATTGAGATTGGTGCCGTTG > W3110S.gb/236040‑236175 | aCGACAAGTCTGACATAAATGACCGCTATGAGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGATACCGaa > 1:1413561/1‑69 (MQ=255) cAAGTCTGACATAAATGACCGCTATGAGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAacca > 1:1981684/1‑69 (MQ=255) cAAGTCTGACATAAATGACCGCTATGAGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAacca > 1:3695156/1‑69 (MQ=255) aaGTCTGACATAAATGACCGCTATGAGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGATACCGAAaccac > 1:2380919/1‑69 (MQ=255) tGACATAAATGACCGCTATGAGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGATACCGAAACCACCGGt > 1:2355879/1‑68 (MQ=255) tGACATAAATGACCGCTATGAGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGATACCGAAACCACCGGt > 1:2774683/1‑68 (MQ=255) aaTGACCGCTATGAGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGa > 1:144536/1‑65 (MQ=255) aaTGACCGCTATGAGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCa < 1:1747720/69‑1 (MQ=255) aaTGACCGCTATGAGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCa < 1:2467139/69‑1 (MQ=255) aaTGACCGCTATGAGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCa < 1:3300812/69‑1 (MQ=255) aaTGACCGCTATGAGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCa < 1:700330/69‑1 (MQ=255) aaTGACCGCTATGAGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGATACCGAAACCACCGGTATGa > 1:1111395/1‑65 (MQ=255) aaTGACCGCTATGAGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGATACCGAAACCACCGGTATGAACCa < 1:3344565/69‑1 (MQ=255) gACCGCTATGAGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGATACCGAAACCACCGGTATGAACCAGAt < 1:3696203/69‑1 (MQ=255) ccGCTATGAGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGATACCGAAACCACCGGTATGAACCAGATTg > 1:2962867/1‑69 (MQ=255) cTATGAGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTg < 1:1051605/69‑1 (MQ=255) tATGAGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGATACCGAAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTg > 1:1122370/1‑68 (MQ=255) aGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCgg < 1:2302443/47‑1 (MQ=255) aGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCgg < 1:2154716/47‑1 (MQ=255) aGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGATACCGAAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCAc > 1:3067210/1‑69 (MQ=255) aGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGATACCGAAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCAc > 1:2110450/1‑69 (MQ=255) gCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACt > 1:3498605/1‑69 (MQ=255) cTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATg < 1:3274242/69‑1 (MQ=255) cTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATg < 1:864783/69‑1 (MQ=255) cTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATg < 1:87742/69‑1 (MQ=255) cTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATg < 1:2160331/69‑1 (MQ=255) cTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATg < 1:3000520/69‑1 (MQ=255) tGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATg < 1:1798760/68‑1 (MQ=255) tGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATg < 1:1596566/68‑1 (MQ=255) tGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGa < 1:591966/69‑1 (MQ=255) gCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATg > 1:3085739/1‑45 (MQ=38) gCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGa > 1:359687/1‑46 (MQ=39) gCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGa > 1:1614984/1‑46 (MQ=39) gCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGaa < 1:3078235/69‑1 (MQ=255) cAATTACACGCCAGATCGTTCTCGATACCGAAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTgc > 1:1958405/1‑58 (MQ=255) cAATTACACGCCAGATCGTTCTCGATACCGAAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAg > 1:2013725/1‑69 (MQ=255) cAATTACACGCCAGATCGTTCTCGATACCGAAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAg > 1:3090507/1‑69 (MQ=255) aaTTACACGCCAGATCGTTCTCGATACCGAAACCACCGGTATg < 1:2527769/43‑1 (MQ=255) tACACGCCAGATCGTTCTCGATACCGAAACCACCGGTATGAACCAGAtt > 1:2889193/1‑49 (MQ=255) tACACGCCAGATCGTTCTCGATACCGAAACCACCGGTATGAACCAGAt > 1:2365547/1‑48 (MQ=255) acacGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAAcc > 1:1833942/1‑43 (MQ=38) acacGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAAcc > 1:2745267/1‑43 (MQ=38) acacGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATg > 1:3153695/1‑61 (MQ=255) acacGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATg > 1:1521795/1‑61 (MQ=255) acacGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATg > 1:1349508/1‑61 (MQ=255) acacGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATg > 1:2973820/1‑61 (MQ=255) acacGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGcc > 1:2391838/1‑67 (MQ=255) acacGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGcc > 1:3021937/1‑67 (MQ=255) acacGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGcc > 1:2387550/1‑67 (MQ=255) acacGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGcc > 1:2491961/1‑67 (MQ=255) acacGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGcc > 1:904167/1‑67 (MQ=255) acacGCCAGATCGTTCTCGATACCGAAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATg > 1:2773201/1‑61 (MQ=255) acacGCCAGATCGTTCTCGATACCGAAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATg > 1:3526036/1‑61 (MQ=255) acacGCCAGATCGTTCTCGATACCGAAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATg > 1:1852498/1‑61 (MQ=255) acacGCCAGATCGTTCTCGATACCGAAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATg > 1:1933431/1‑61 (MQ=255) acacGCCAGATCGTTCTCGATACCGAAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGcc > 1:2531525/1‑67 (MQ=255) acacGCCAGATCGTTCTCGATACCGAAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGcc > 1:1059968/1‑67 (MQ=255) acacGCCAGATCGTTCTCGATACCGAAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGcc > 1:2169406/1‑67 (MQ=255) acacGCCAGATCGTTCTCGATACCGAAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGcc > 1:601957/1‑67 (MQ=255) acacGCCAGATCGTTCTCGATACCGAAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCcac < 1:3455320/69‑1 (MQ=255) acacGCCAGATCGTTCTCGATACCGAAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCcac < 1:3161961/69‑1 (MQ=255) acacGCCAGATCGTTCTCGATACCGAAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCcac < 1:1911443/69‑1 (MQ=255) acacGCCAGATCGTTCTCGATACCGAAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCcac < 1:2013471/69‑1 (MQ=255) acacGCCAGATCGTTCTCGATACCGAAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCcac < 1:529995/69‑1 (MQ=255) acacGCCAGATCGTTCTCGATACCGAAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCcac < 1:2941121/69‑1 (MQ=255) acacGCAAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATg > 1:2086726/1‑61 (MQ=255) ccAGATCGTTCTCGATACCGAAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCCACAAGAt < 1:1274518/69‑1 (MQ=255) aTCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCCACAAGATCa > 1:192242/1‑67 (MQ=255) aTCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCCACAAGATCa > 1:688755/1‑67 (MQ=255) tCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATg < 1:3108386/51‑1 (MQ=255) tCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCCACAAGATCa > 1:435282/1‑66 (MQ=255) tCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCCACAAGATCa > 1:1413121/1‑66 (MQ=255) tCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCCACAAGATCa > 1:3294571/1‑66 (MQ=255) tCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCCACAAGATCa > 1:1441975/1‑66 (MQ=255) cGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATg < 1:3432525/50‑1 (MQ=255) cGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATg < 1:1240556/50‑1 (MQ=255) cGTTCTCGATACCGAAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACt > 1:1821767/1‑47 (MQ=255) cGTTCTCGATACCGAAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACt > 1:3209875/1‑47 (MQ=255) cGTTCTCGATACCGAAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACt > 1:759057/1‑47 (MQ=255) cGTTCTCGATACCGAAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACt > 1:2338043/1‑47 (MQ=255) cGTTCTCGATACCGAAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATg < 1:829698/50‑1 (MQ=255) cGTTCTCGATACCGAAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATg < 1:1147291/50‑1 (MQ=255) cGTTCTCGATACCGAAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATg < 1:67611/50‑1 (MQ=255) cGTTCTCGATACCGAAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCcac < 1:760367/58‑1 (MQ=255) cGTTCTCGATACCGAAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCcac < 1:2117898/58‑1 (MQ=255) cGTTCTCGATACCGAAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCCACAAGATCa > 1:95241/1‑65 (MQ=255) cGTTCTCGATACCGAAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCCACAAGATCa > 1:3076890/1‑65 (MQ=255) cGTTCTCGATACCGAAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCCACAAGATCATTga < 1:78533/69‑1 (MQ=255) gTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCCACAAGATCATTgag > 1:926675/1‑69 (MQ=255) gTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCCACAAGATCATTgag > 1:3515202/1‑69 (MQ=255) tctcGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCCACAAGATCATTGAGAt > 1:105902/1‑69 (MQ=255) tctcGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCCACAAGATCATTGAGAt < 1:2167592/69‑1 (MQ=255) ctcGATACCGAAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCCACAAGAt < 1:925680/59‑1 (MQ=255) ctcGATACCGAAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCCACAAGATCATTGAGAtt > 1:1108024/1‑69 (MQ=255) gATACCGAAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCTCTATGAAgg > 1:2057118/1‑47 (MQ=255) gATACCGAAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATg > 1:2192536/1‑43 (MQ=255) gATACCGAAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCCACAAGATCATTGAGATTGGt > 1:3600526/1‑69 (MQ=255) tACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCCACAAGATCATTGAGATTgg < 1:2148515/66‑1 (MQ=255) aaaCCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCCACAAGATCATTGAGATTGGTGCCGTTg < 1:469666/69‑1 (MQ=255) aaaCCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCCACAAGATCATTGAGATTGGTGCCGTTg < 1:9734/69‑1 (MQ=255) | ACGACAAGTCTGACATAAATGACCGCTATGAGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGATACCGAAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCCACAAGATCATTGAGATTGGTGCCGTTG > W3110S.gb/236040‑236175 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |