Predicted mutation
evidence seq id position mutation freq annotation gene description
RA W3110S.gb 264,394 T→C 11.5% N13D (AAC→GAC)  yafX ← hypothetical protein

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb264,3940TC11.5% 156.4 / 12.6 61N13D (AAC→GAC) yafXhypothetical protein
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base T (25/29);  new base C (3/4);  total (28/33)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.99e-01

GTGGCCAGAAATCGATACGCTGTTCATCGGGGACCGGCGTGACGGTCAGTTCAAATTCGGGTTGGTTAGCGGGTGCGAGGTCGTGCTGCGTCTGTGTTGTCATGGGTATGTCTCCGTCAATAAA  >  W3110S.gb/264328‑264451
                                                                  |                                                         
gtgGCCAGAAATCGATACGCTGTTCATCGGGGACCGGCGTGACGGTCAGTTCAAATTCGGGTTGGTTa                                                          <  1:3388452/68‑1 (MQ=255)
gtgGCCAGAAATCGATACGCTGTTCATCGGGGACCGGCGTGACGGTCAGTTCAAATTCGGGTTGGTTAg                                                         <  1:2523209/69‑1 (MQ=255)
gtgGCCAGAAATCGATACGCTGTTCATCGGGGACCGGCGTGACGGTCAGTTCAAATTCGGGTTGGTTAg                                                         <  1:1474094/69‑1 (MQ=255)
  ggCCAGAAATCGATACGCTGTTCATCGGGGACCGGCGTGACGGTCAGTTCAAATTCGGGTTGGTTacc                                                        >  1:3725383/1‑66 (MQ=255)
  ggCCAGAAATCGATACGCTGTTCATCGGGGACCGGCGTGACGGTCAGTTCAAATTCGGGTTGGTTAGCg                                                       >  1:1825760/1‑69 (MQ=255)
          aTCGATACGCTGTTCATCGGGGACCGGCGTGACGGTCAGTTCAAATTCGGGTTGGTTAGCGGGTGCGAg                                               <  1:2679806/69‑1 (MQ=255)
           tCGATACGCTGTTCATCGGGGACCGGCGTGACGGTCAGTTCAAATTCGGGTTGGTTAGCGGGTGCGAg                                               <  1:3579964/68‑1 (MQ=255)
               tACGCTGTTCATCGGGGACCGGCGTGACGGTCAGTTCAAATTCGGGTTGGTTAGCGGGTGCGAGTTCg                                           <  1:360655/68‑1 (MQ=255)
               tACGCTGTTCATCGGGGACCGGCGTGACGGTCAGTTCAAATTCGGGTTGGTTAGCGGGTGCGAGGTCg                                           <  1:2635361/68‑1 (MQ=255)
               tACGCTGTTCATCGGGGACCGGCGTGACGGTCAGTTCAAATTCGGGTTGGTTAGCGGGTGCGAGGTCg                                           <  1:1708178/68‑1 (MQ=255)
                 cGCTGTTCATCGGGGACCGGCGTGACGGTCAGTTCAAATTCGGGTTGGTCAGCGGGTGCGAGGTCGtgc                                        <  1:2419567/69‑1 (MQ=255)
                 cGCTGTTCATCGGGGACCGGCGTGACGGTCAGTTCAAATTCGGGTTGGTCAGCGGGTGCGAGGTCGtgc                                        <  1:3551120/69‑1 (MQ=255)
                 cGCTGTTCATCGGGGACCGGCGTGACGGTCAGTTCAAATTCGGGTTGGTCAGCGGGTGCGAGGTCGtgc                                        <  1:2654627/69‑1 (MQ=255)
                    tGTTCATCGGGGACCGGCGTGACGGTCAGTTCAAATTCGGGTTGGTTAGCGGGTGCGAGGTCGtgctgc                                     <  1:1017839/69‑1 (MQ=255)
                    tGTTCATCGGGGACCGGCGTGACGGTCAGTTCAAATTCGGGTTGGTTAGCGGGTGCGAGGTCGtgctgc                                     <  1:393768/69‑1 (MQ=255)
                    tGTTCATCGGGGACCGGCGTGACGGTCAGTTCAAATTCGGGTTGGTTAGCGGGTGCGAGGTCGtgctgc                                     <  1:1730270/69‑1 (MQ=255)
                       tCATCGGGGACCGGCGTGACGGTCAGTTCAAATTCGGGTTGGTTAGCGGGTGCGAGGTCGTGCTGCGTc                                  >  1:510630/1‑69 (MQ=255)
                       tCATCGGGGACCGGCGTGACGGTCAGTTCAAATTCGGGTTGGTTAGCGGGTGCGAGGTCGTGCTGCGTc                                  >  1:383513/1‑69 (MQ=255)
                       tCATCGGGGACCGGCGTGACGGTCAGTTCAAATTCGGGTTGGTTAGCGGGTGCGAGGTCGTGCTGCGTc                                  >  1:1146530/1‑69 (MQ=255)
                        cATCGGGGACCGGCGTGACGGTCAGTTCAAATTCGGGTTGGTCAGCGGGTGCGAGGTCGTGCTGCGTCt                                 >  1:1315843/1‑69 (MQ=255)
                        cATCGGGGACCGGCGTGACGGTCAGTTCAAATTCGGGTTGGTCAGCGGGTGCGAGGTCGTGCTGCGTCt                                 >  1:1240879/1‑69 (MQ=255)
                           cGGGGACCGGCGTGACGGTCAGTTCAAATTCGGGTTGGTTAGCGGGTGCGAGGTCGTGCTGCGTCtgtg                              >  1:1618313/1‑69 (MQ=255)
                            ggggACCGGCGTGACGGTCAGTTCAAATTCGGGTTGGTTAGCGGGTGCGAGGTCGTGCTGCGTCTgtgt                             >  1:2728809/1‑69 (MQ=255)
                            ggggACCGGCGTGACGGTCAGTTCAAATTCGGGTTGGTTAGCGGGTGCGAGGTCGTGCTGCGTCTgtgt                             >  1:1908418/1‑69 (MQ=255)
                            ggggACCGGCGTGACGGTCAGTTCAAATTCGGGTTGGTTAGCGGGTGCGAGGTCGTGCTGCGTCTgtgt                             >  1:19812/1‑69 (MQ=255)
                            ggggACCGGCGTGACGGTCAGTTCAAATTCGGGTTGGTTAGCGGGTGCGAGGTCGTGCTGCGTCTgtgt                             >  1:1278122/1‑69 (MQ=255)
                            ggggACCGGCGTGACGGTCAGTTCAAATTCGGGTTGGTTAGCGGGTGCGAGGTCGTGCTGCGTCTgtgt                             >  1:3428801/1‑69 (MQ=255)
                               gACCGGCGTGACGGTCAGTTCAAATTCGGGTTGGTTAGCGGGTGCGAGGTCGTGCTGCGTCTGtgttgt                          <  1:2911151/69‑1 (MQ=255)
                               gACCGGCGTGACGGTCAGTTCAAATTCGGGTTGGTTAGCGGGTGCGAGGTCGTGCTGCGTCTGtgttgt                          <  1:91983/69‑1 (MQ=255)
                               gACCGGCGTGACGGTCAGTTCAAATTCGGGTTGGTTAGCGGGTGCGAGGTCGTGCTGCGTCTGtgttgt                          <  1:1060586/69‑1 (MQ=255)
                               gACCGGCGTGACGGTCAGTTCAAATTCGGGTTGGTTAGCGGGTGCGAGGTCGTGCTGCGTCTGtgttgt                          <  1:2113340/69‑1 (MQ=255)
                               gACCGGCGTGACGGTCAGTTCAAATTCGGGTTGGTTAGCGGGTGCGAGGTCGTGCTGCGTCTGtgttgt                          <  1:2047566/69‑1 (MQ=255)
                                 ccGGCGTGACGGTCAGTTCAAATTCGGGTTGGTTAGCGGGTGCGAGGTCGTGCTGCGTCTGtgttgt                          <  1:1400051/67‑1 (MQ=255)
                                  cGGCGTGACGGTCAGTTCAAATTCGGGTTGGTTAGCGGGTGCGAGGTCGTGCTGCGTCTGtgttgt                          <  1:447256/66‑1 (MQ=255)
                                  cGGCGTGACGGTCAGTTCAAATTCGGGTTGGTTAGCGGGTGCGAGGTCGTGCTGCGTCTGtgttgt                          >  1:45587/1‑66 (MQ=255)
                                  cGGCGTGACGGTCAGTTCAAATTCGGGTTGGTTAGCGGGTGCGAGGTCGTGCTGCGTCTGtgttgt                          <  1:1864495/66‑1 (MQ=255)
                                  cGGCGTGACGGTCAGTTCAAATTCGGGTTGGTTAGCGGGTGCGAGGTCGTGCTGCGTCTGtgttgt                          <  1:2935537/66‑1 (MQ=255)
                                  cGGCGTGACGGTCAGTTCAAATTCGGGTTGGTTAGCGGGTGCGAGGTCGTGCTGCGTCTGtgttgt                          <  1:2775089/66‑1 (MQ=255)
                                        gACGGTCAGTTCAAATTCGGGTTGGTCAGCGGGTGCGAGGt                                             <  1:707964/41‑1 (MQ=255)
                                         aCGGTCAGTTCAAATTCGGGTTGGTTAGCGGGTGCGAGGTCGTGCTGCGTCTGTGTTGTCATggg                    <  1:2279162/65‑1 (MQ=255)
                                         aCGGTCAGTTCAAATTCGGGTTGGTTAGCGGGTGCGAGGTCGTGCTGCGTCTGTGTTGTCATggg                    <  1:1586337/65‑1 (MQ=255)
                                         aCGGTCAGTTCAAATTCGGGTTGGTTAGCGGGTGCGAGGTCGTGCTGCGTCTGTGTTGTCATggg                    <  1:2117738/65‑1 (MQ=255)
                                         aCGCTCAGTTCAAATTCGGGTTGGTCAGCGGGTGCGAGGTCGTGCTGCGTCTGTGTTGTCATGGGTATg                >  1:127071/1‑69 (MQ=255)
                                          cGGTCAGTTCAAATTCGGGTTGGTTAGCGGGTGCGAGGTCg                                           <  1:2284457/41‑1 (MQ=255)
                                          cGGTCAGTTCAAATTCGGGGTGGTTAGCGGGTGCGAGGTCg                                           <  1:3239034/41‑1 (MQ=255)
                                            gTCAGTTCAAATTCGGGTTGGTTAGCGGGTGCGAGGTCGTGCTGCGTCTGTGTTGTCATGGGTATGtct             >  1:1420401/1‑69 (MQ=255)
                                              cAGTTCAAATTCGGGTTGGTTAGCGGGTGCGAGGTCGTGCTGCGTCTGTGTTGTCATGGGTATGTCTcc           >  1:1295796/1‑69 (MQ=255)
                                                  tCAAATTCGGGTTGGTTAGCGGGTGCGAGGTCGTGCTGCGTCTGTGTTGTCATGGGTATGTCTCCGTc        >  1:3584024/1‑68 (MQ=255)
                                                   cAAATTCGGGTTGGTTAGCGGGTGCGAGGTCGTGCTGCGTCTGtgttgt                          >  1:361463/1‑49 (MQ=255)
                                                   cAAATTCGGGTTGGTTAGCGGGTGCGAGGTCGTGCTGCGTCTGtgttgt                          >  1:2348530/1‑49 (MQ=255)
                                                   cAAATTCGGGTTGGTTAGCGGGTGCGAGGTCGTGCTGCGTCTGTGTTGTCATGGGTAt                 >  1:3128472/1‑58 (MQ=255)
                                                   cAAATTCGGGTTGGTTAGCGGGTGCGAGGTCGTGCTGCGTCTGTGTTGTCATGGGTAt                 >  1:2465339/1‑58 (MQ=255)
                                                   cAAATTCGGGTTGGTTAGCGGGTGCGAGGTCGTGCTGCGTCTGTGTTGTCATGGGTAt                 >  1:2072611/1‑58 (MQ=255)
                                                   cAAATTCGGGTTGGTTAGCGGGTGCGAGGTCGTGCTGCGTCTGTGTTGTCATGGGTATGTCTCCGTc        >  1:2234656/1‑67 (MQ=255)
                                                   cAAATTCGGGTTGGTTAGCGGGTGCGAGGTCGTGCTGCGTCTGTGTTGTCATGGGTATGTCTCCGTCa       >  1:2603751/1‑68 (MQ=255)
                                                   cAAATTCGGGTTGGTTAGCGGGTGCGAGGTCGTGCTGCGTCTGTGTTGTCATGGGTATGTCTCCGTCa       >  1:2272961/1‑68 (MQ=255)
                                                   cAAATTCGGGTTGGTTAGCGGGTGCGAGGTCGTGCTGCGTCTGTGTTGTCATGGGTATGTCTCCGTCa       >  1:515523/1‑68 (MQ=255)
                                                   cAAATTCGGGTTGGTTAGCGGGTGCGAGGTCGTGCTGCGTCTGTGTTGTCATGGGTATGTCTCCGTCa       >  1:1054307/1‑68 (MQ=255)
                                                       ttCGGGTTGGTTAGCGGGTGCGAGGTCGTGCTGCGTCTGTGTTGTCATGGGTATGTCTCCGTCAATaaa  <  1:2039051/69‑1 (MQ=255)
                                                        tCGGGTTGGTTAGCGGGTGCGAGGTCGTGCTGCGTCTGtgttgt                          <  1:1274033/44‑1 (MQ=255)
                                                        tCGGGTTGGTTAGCGGGTGCGAGGTCGTGCTGCGTCTGTGTTGTCATGGGTATGTCTCCGTCAATaaa  <  1:8780/68‑1 (MQ=255)
                                                                  |                                                         
GTGGCCAGAAATCGATACGCTGTTCATCGGGGACCGGCGTGACGGTCAGTTCAAATTCGGGTTGGTTAGCGGGTGCGAGGTCGTGCTGCGTCTGTGTTGTCATGGGTATGTCTCCGTCAATAAA  >  W3110S.gb/264328‑264451

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑