| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | W3110S.gb | 3,918,430 | G→A | 33.7% | L264L (CTG→TTG) | insK ← | IS150 conserved protein InsB |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 3,918,430 | 0 | G | A | 33.7% | 109.6 / 81.1 | 89 | L264L (CTG→TTG) | insK | IS150 conserved protein InsB |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (33/26); new base A (13/17); total (46/43) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.73e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.51e-01 | |||||||||||
CAGTTAAACACGAGGCATATAGGTCTGATTCCGATATTCAATTGGAGTCAGACCTTTTAATTTCAGGCTAATTCTTCTGCTGTTGTAGTATTCAATATATTCCGTAACAGCATCCTTCAGTTCGCT > W3110S.gb/3918365‑3918490 | cAGTTAAACACGAGGCATATAGGTCTGATTCCGATATTCAATTGGAGTCAGACCTTTTAATTTCAGGCt < 1:1925536/69‑1 (MQ=255) tAAACACGAGGCATATAGGTCTGATTCCGATATTCAATTGGAGTCAGACCTTTTAATTTCAGGCTAAtt > 1:1269534/1‑69 (MQ=255) tAAACACGAGGCATATAGGTCTGATTCCGATATTCAATTGGAGTCAGACCTTTTAATTTCAGGCTAAtt > 1:2151489/1‑69 (MQ=255) tAAACACGAGGCATATAGGTCTGATTCCGATATTCAATTGGAGTCAGACCTTTTAATTTCAGGCTAAtt > 1:2156067/1‑69 (MQ=255) aGGCATATAGGTCTGATTCCGATATTCAATTGGAGTCAGACCTTTTAATTTCAGGCTAATTCTTctgct > 1:1794707/1‑69 (MQ=255) ggCATATAGGTCTGATTCCGATATTCAATTGGAGTCAGACCTTTTAATTTCAAGCTAATTCTTctgctg > 1:1765119/1‑69 (MQ=255) atatAGGTCTGATTCCGATATTCAATTGGAGTCAGACCTTTTAATTTCAGGCTAATTCTTCTGCtgt > 1:824733/1‑67 (MQ=255) taGGTCTGATTCCGATATTCAATTGGAGTCAGACCTTTTAATTTCAGGCTAATtcttct > 1:2881593/1‑59 (MQ=255) taGGTCTGATTCCGATATTCAATTGGAGTCAGACCTTTTAATTTCAGGCTAATtcttct > 1:1681145/1‑59 (MQ=255) taGGTCTGATTCCGATATTCAATTGGAGTCAGACCTTTTAATTTCAGGCTAATTCTTCTGCTGTTgtag > 1:2129704/1‑69 (MQ=255) taGGTCTGATTCCGATATTCAATTGGAGTCAGACCTTTTAATTTCAGGCTAATTCTTCTGCTGTTgtag > 1:2015613/1‑69 (MQ=255) taGGTCTGATTCCGATATTCAATTGGAGTCAGACCTTTTAATTTCAGGCTAATTCTTCTGCTGTTgtag > 1:557645/1‑69 (MQ=255) taGGTCTGATTCCGATATTCAATTGGAGTCAGACCTTTTAATTTCAGGCTAATTCTTCTGCTGTTgtag > 1:661827/1‑69 (MQ=255) taGGTCTGATTCCGATATTCAATTGGAGTCAGACCTTTTAATTTCAGGCTAATTCTTCTGCTGTTgtag > 1:1431513/1‑69 (MQ=255) taGGTCTGATTCCGATATTCAATTGGAGTCAGACCTTTTAATTTCAGGCTAATTCTTCTGCTGTTgtag > 1:2814963/1‑69 (MQ=255) taGGTCTGATTCCGATATTCAATTGGAGTCAGACCTTTTAATTTCAGGCTAATTCTTCTGCTGTTgtag > 1:1191314/1‑69 (MQ=255) taGGTCTGATTCCGATATTCAATTGGAGTCAGACCTTTTAATTTCAGGCTAATTCTTCTGCTGTTgtag > 1:3139499/1‑69 (MQ=255) taGGTCTGATTCCGATATTCAATTGGAGTCAGACCTTTTAATTTCAAGCTAAttc > 1:797941/1‑55 (MQ=255) aGGTCTGATTCCGATATTCAATTGGAGTCAGACCTTTTAATTTCAAGCTaa < 1:2784745/51‑1 (MQ=255) aGGTCTGATTCCGATATTCAATTGGAGTCAGACCTTTTAATTTCAAGCTaa < 1:3496531/51‑1 (MQ=255) aGGTCTGATTCCGATATTCAATTGGAGTCAGACCTTTTAATTTCAAGCTaa < 1:1334508/51‑1 (MQ=255) ggTCTGATTCCGATATTCAATTGGAGTCAGACCTTTTAATTTCAGCCTAATTCTTCTGCTGTTgtagt > 1:2109294/1‑68 (MQ=255) ggTCTGATTCCGATATTCAATTGGAGTCAGACCTTTTAATTTCAAGCTAATTCTTctg < 1:2685542/58‑1 (MQ=255) ggTCTGATTCCGATATTCAATTGGAGTCAGACCTTTTAATTTCAAGCTAATTCTTctg < 1:2212112/58‑1 (MQ=255) tCCGATATTCAATTGGAGTCAGACCTTTTAATTTCAGGCTAATTCTTCTGCtgttg < 1:540988/56‑1 (MQ=255) tCCGATATTCAATTGGAGTCAGACCTTTTAATTTCAGGCTAATTCTTCTGCtgttg < 1:762621/56‑1 (MQ=255) tCCGATATTCAATTGGAGTCAGACCTTTTAATTTCAGGCTAATTCTTCTGCTGTTGTAGTATTCAata > 1:1639383/1‑68 (MQ=255) tCCGATATTCAATTGGAGTCAGACCTTTTAATTTCAGGCTAATTCTTCTGCTGTTGTAGTATTCAata < 1:925043/68‑1 (MQ=255) tCCGATATTCAATTGGAGTCAGACCTTTTAATTTCAAGCTAATTCTTCTGCTGTTGTAGTATTCaa < 1:2366611/66‑1 (MQ=255) tCCGATATTCAATTGGAGTCAGACCTTTTAATTTCAAGCTAATTCTTCTGCTGTTGTAGTATTCaa < 1:2085273/66‑1 (MQ=255) tCCGATATTCAATTGGAGTCAGACCTTTTAATTTCAAGCTAATTCTTCTGCTGTTGTAGTATTCaa < 1:2708721/66‑1 (MQ=255) tCCGATATTCAATTGGAGTCAGACCTTTTAATTTCAAGCTAATTCTTCTGCTGTTGTAGTATTCaa < 1:2982810/66‑1 (MQ=255) tCCGATATTCAATTGGAGTCAGACCTTTTAATTTCAAGCTAATTCTTCTGCTGTTGTAGTATTCaa < 1:3102447/66‑1 (MQ=255) tCCGATATTCAATTGGAGTCAGACCTTTTAATTTCAAGCTAATTCTTCTGCTGTTGTAGTATTCaa < 1:1059136/66‑1 (MQ=255) tCCGATATTCAATTGGAGTCAGACCTTTTAATTTCAAGCTAATTCTTCTGCTGTTGTAGTATTCaa < 1:842590/66‑1 (MQ=255) tCCGATATTCAATTGGAGTCAGACCTTTTAATTT‑AGGCTAATTCTTCTGCTGTTGTAGTATTCAatat > 1:3460380/1‑68 (MQ=255) gATATTCAATTGGAGTCAGACCTTTTAATTTCAAGCTAATTCTTCTGCTGTTGTAGTATTCAatatat < 1:2347656/68‑1 (MQ=255) tatTCAATTGGAGTCAGACCTTTTAATTTCAAGCTAATTCTTCTGCTGTTGTAGTATTCAATATATTc > 1:3714370/1‑68 (MQ=255) tatTCAATTGGAGTCAGACCTTTTAATTTCAAGCTAATTCTTCTGCTGTTGTAGTATTCAATATATTc > 1:2124600/1‑68 (MQ=255) atTCAATTGGAGTCAGACCTTTTAATTTCAGGCTAATTCTTCTGCtgttg < 1:1911936/50‑1 (MQ=255) atTCAATTGGAGTCAGACCTTTTAATTTCAGGCTAATTCTTCTGCtgttg < 1:868478/50‑1 (MQ=255) atTCAATTGGAGTCAGACCTTTTAATTTCAGGCTAATTCTTCTGCtgttg < 1:2799892/50‑1 (MQ=255) atTCAATTGGAGTCAGACCTTTTAATTTCAGGCTAATTCTTCTGCtgttg < 1:1350743/50‑1 (MQ=255) atTCAATTGGAGTCAGACCTTTTAATTTCAGGCTAATTCTTCTGCtgttg < 1:1518465/50‑1 (MQ=255) atTCAATTGGAGTCAGACCTTTTAATTTCAGGCTAATTCTTCTGCtgttg < 1:1715237/50‑1 (MQ=255) atTCAATTGGAGTCAGACCTTTTAATTTCAGGCTAATTCTTCTGCtgttg < 1:451676/50‑1 (MQ=255) atTCAATTGGAGTCAGACCTTTTAATTTCAGGCTAATTCTTCTGCtgttg < 1:2175844/50‑1 (MQ=255) ttCAATTGGAGTCAGACCTTTTAATTTCAGGCTAATTCTTCTGCTGTTGTAGTATTCAATATATTCCGt < 1:3538786/69‑1 (MQ=255) ttCAATTGGAGTCAGACCTTTTAATTTCAGGCTAATTCTTCTGCTGTTGTAGTATTCAATATATTCCGt < 1:2211600/69‑1 (MQ=255) cAATTGGAGTCAGACCTTTTAATTTCAGGCTAATTCTTCTGCTGTTGTAGTATTCAATATATTCCGTa < 1:918835/68‑1 (MQ=255) cAATTGGAGTCAGACCTTTTAATTTCAAGCTAATTCTTCTGCTGTTGTAGTATTCAATATATTCCGt > 1:2567603/1‑67 (MQ=255) cAATTGGAGTCAGACCTTTTAATTTCAAGCTAATTCTTCTGCTGTTGTAGTATTCAATATATTCCGt > 1:964986/1‑67 (MQ=255) ttGGAGTCAGACCTTTTAATTTCAGGCTAATTCTTCTGCTGTTGTAGTATTCAATATATTCCGTAACAg < 1:1500964/69‑1 (MQ=255) ttGGAGTCAGACCTTTTAATTTCAGGCTAATTCTTCTGCTGTTGTAGTATTCAATATATTCCGTAACAg > 1:2032345/1‑69 (MQ=255) ggAGTCAGACCTTTTAATTTCAGGCTAATTCTTCTGCtgttgt < 1:3374324/43‑1 (MQ=255) ggAGTCAGACCTTTTAATTTCAGGCTAATTCTTCTGCtgttgt < 1:976825/43‑1 (MQ=255) ggAGTCAGACCTTTTAATTTCAGGCTAATTCTTCTGCtgttgt < 1:1927558/43‑1 (MQ=255) ggAGTCAGACCTTTTAATTTCAGGCTAATTCTTCTGCtgttgt < 1:236477/43‑1 (MQ=255) ggAGTCAGACCTTTTAATTTCAGGCTAATTCTTCTGCTGTTGTAGTATTCAATATATTCCGTAACAGCa > 1:375083/1‑69 (MQ=255) ggAGTCAGACCTTTTAATTTCAGGCTAATTCTTCTGCTGTTGTAGTATTCAATATATTCCGTAACAGCa > 1:138909/1‑69 (MQ=255) ggAGTCAGACCTTTTAATTTCAGGCTAATTCTTCTGCTGTTGTAGTATTCAATATATTCCGTAACAGCa > 1:1465776/1‑69 (MQ=255) ggAGTCAGACCTTTTAATTTCAGGCTAATTCTTCTGCTGTTGTAGTATTCAATATATTCCGTAACAGCa > 1:3558317/1‑69 (MQ=255) gAGTCAGACCTTTTAATTTCAGGCTAATTCTTCTGCTGTTGTAGTATTCAATATATTCCGTAACAGCAt > 1:3296901/1‑69 (MQ=255) gTCAGACCTTTTAATTTCAGGCTAATTCTTCTGCTGTTGTAGTATTCAATATATTCCGTAACAGCATcc > 1:1165260/1‑69 (MQ=255) cAGACCTTTTAATTTCAGGCTAATTCTTCTGCTGTTGTAGTATTCAATATATTCCGTAACAGCa > 1:2109302/1‑64 (MQ=255) aGACCTTTTAATTTCAGGCTAATTCTTCTGCTGTTGTAGTATTCAATATATTCCGTAACAGCATCCTTc > 1:670895/1‑69 (MQ=255) aGACCTTTTAATTTCAAGCTAATTCTTCTGCTGTTgta > 1:775388/1‑38 (MQ=255) aGACCTTTTAATTTCAAGCTAATTCTTCTGCTGTTgta > 1:3629687/1‑38 (MQ=255) aGACCTTTTAATTTCAAGCTAATTCTTCTGCTGTTgta > 1:3674841/1‑38 (MQ=255) aGACCTTTTAATTTCAAGCTAATTCTTCTGCTGTTgta > 1:1377168/1‑38 (MQ=255) aGACCTTTTAATTTCAAGCTAATTCTTCTGCTGTTgta > 1:556937/1‑38 (MQ=255) aGACCTTTTAATTTCAAGCTAATTCTTCTGCTGTTGTAGTATTCAATATATTCCGTAACAGc < 1:612235/62‑1 (MQ=255) aGACCTTTTAATTTCAAGCTAATTCTTCTGCTGTTGTAGTATTCAATATATTCCGTAACAGc < 1:3031600/62‑1 (MQ=255) aGACCTTTTAATTTCAAGCTAATTCTTCTGCTGTTGTAGTATTCAATATATTCCGTAACAGc < 1:2638263/62‑1 (MQ=255) aGACCTTTTAATTTCAAGCTAATTCTTCAGCAGTTgta > 1:2238580/1‑38 (MQ=25) aCCTTTTAATTTCAGGCTAATTCTTCTGCtgttgt < 1:2556950/35‑1 (MQ=255) ccTTTTAATTTCAAGCTAATTCTTCTGCTGTTgtag < 1:827246/36‑1 (MQ=255) cTTTTAATTTCAGGCTAATTCTTCTGCTGTTgtag < 1:108682/35‑1 (MQ=255) cTTTTAATTTCAGGCTAATTCTTCTGCTGTTGTAGTATTCAATATATTCCGTAACAGCATCCTTCAGtt > 1:3097997/1‑69 (MQ=255) ttAATTTCAGGCTAATTCTTCTGCTGTTGTAGTATTCAATATATTCCGTaa < 1:1332333/51‑1 (MQ=255) ttAATTTCAGGCTAATTCTTCTGCTGTTGTAGTATTCAATATATTCCGTAACAGCATCCTTCAGTTCg > 1:317170/1‑68 (MQ=255) aaTTTCAGGCTAATTCTTCTGCTGTTGTAGTATTCaa < 1:2210894/37‑1 (MQ=255) aaTTTCAGGCTAATTCTTCTGCTGTTGTAGTATTCaa < 1:1637824/37‑1 (MQ=255) aaTTTCAGGCTAATTCTTCTGCTGTTGTAGTATTCAATATATTCCGTAACAGCATCCTTCAGTTCGCt > 1:1804165/1‑68 (MQ=255) aaTTTCAGGCTAATTCTTCTGCTGTTGTAGTATTCAATATATTCCGTAACAGCATCCTTCAGTTCGCt > 1:1578957/1‑68 (MQ=255) aaTTTCAGGCTAATTCTTATGCTGTTGTAGTATTCAATATATTCCGTAACAGCATCCTTCAGTTCGCt > 1:3720728/1‑68 (MQ=255) aaTTTCAAGCTAATTCTTCTGCTGTTGTAGTATTCAATATATTCCGTAACAGCATCCTTCAGTTCGCt > 1:2843064/1‑68 (MQ=255) aTTTCAGGCTAATTCTTCTGCTGTGGTAGTATTCaa < 1:1816020/36‑1 (MQ=255) tCAGGCTAATTCTTCTGCTGTTGTAGTATTCAATATATTCCGTAACAGCATCCTTCAGt > 1:633924/1‑59 (MQ=255) | CAGTTAAACACGAGGCATATAGGTCTGATTCCGATATTCAATTGGAGTCAGACCTTTTAATTTCAGGCTAATTCTTCTGCTGTTGTAGTATTCAATATATTCCGTAACAGCATCCTTCAGTTCGCT > W3110S.gb/3918365‑3918490 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |