| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | W3110S.gb | 4,025,948 | A→G | 26.8% | I268T (ATC→ACC) | nikA ← | nickel transporter subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 4,025,948 | 0 | A | G | 26.8% | 62.5 / 27.4 | 41 | I268T (ATC→ACC) | nikA | nickel transporter subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (10/20); new base G (7/4); total (17/24) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.51e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.51e-01 | |||||||||||
GCCAGCTCGTTGGTGGGGGCTTTGGCGGTATTGAGCGCCAGCATCACGGTTTCGATCGGCTGTGACAGTTGGGTGTGGTAAGCCGGATTCTGGCTAAAGCGGGCGAAGGTATCGAGCGGT > W3110S.gb/4025894‑4026013 | gCCAGCTCGTTGGTGGGGGCTTTGGCGGTATTGAGCGCCAGCATCACGGTTTCGATCGGCTGTGACAGt > 1:3100713/1‑69 (MQ=255) aGCTCGTTGGTGGGGGCTTTGGCGGTATTGAGCGCCAGCATCACGGTTTCGATCGGCTGTGACAg > 1:1961464/1‑65 (MQ=255) aGCTCGTTGGTGGGGGCTTTGGCGGTATTGAGCGCCAGCATCACGGTTTCGATCGGCTGTGACAg > 1:1466433/1‑65 (MQ=255) aGCTCGTTGGTGGGGGCTTTGGCGGTATTGAGCGCCAGCATCACGGTTTCGATCGGCTGTGACAg > 1:3662880/1‑65 (MQ=255) aGCTCGTTGGTGGGGGCTTTGGCGGTATTGAGCGCCAGCATCACGGTTTCGATCGGCTGTGACAg > 1:1585854/1‑65 (MQ=255) aGCTCGTTGGTGGGGGCTTTGGCGGTATTGAGCGCCAGCATCACGGTTTCGATCGGCTGTGACAGTTgg < 1:402949/69‑1 (MQ=255) ggCTTTGGCGGTATTGAGCGCCAGCATCACGGTTTCGATCGGCTGTGACAGTTGGGTGTGGTAAGCCgg < 1:2889334/69‑1 (MQ=255) ggCTTTGGCGGTATTGAGCGCCAGCATCACGGTTTCGATCGGCTGTGACAGTTGGGTGTGGTAAGCCgg < 1:3158412/69‑1 (MQ=255) ggCTTTGGCGGTATTGAGCGCCAGCATCACGGTTTCGATCGGCTGTGACAGTTGGGTGTGGTAAGCCgg < 1:3210587/69‑1 (MQ=255) gCTTTGGCGGTATTGAGCGCCAGCATCACGGTTTCGATCGGCTGTGACAGTTGGGTGTGGTAAGCCGGa < 1:1826627/69‑1 (MQ=255) cTTTGGCGGTATTGAGCGCCAGCATCACGGTTTCGATCGGCTGTGACAGTTGGGTGTGGTAAGCCGGAt < 1:2770791/69‑1 (MQ=255) ggCGGTATTGAGCGCCAGCATCACGGTTTCGGTCGGCTGTGACAGTTGGGTGTGGt > 1:3238643/1‑56 (MQ=255) ggCGGTATTGAGCGCCAGCATCACGGTTTCGGTCGGCTGTGACAGTTGGGTGTGGt < 1:263911/56‑1 (MQ=255) ggCGGTATTGAGCGCCAGCATCACGGTTTCGGTCGGCTGTGACAGTTGGGTGTGGt < 1:1675695/56‑1 (MQ=255) ggCGGTATTGAGCGCCAGCATCACGGTTTCGGTCGGCTGTGACAGTTGGGTGTGGt < 1:2447845/56‑1 (MQ=255) ggCGGTATTGAGCGCCAGCATCACGGTTTCGGTCGGCTGTGACAGTTGGGTGTGGt > 1:3709817/1‑56 (MQ=255) ggCGGTATTGAGCGCCAGCATCACGGTTTCGGTCGGCTGTGACAGTTGGGTGTGGt < 1:2236021/56‑1 (MQ=255) aTTGAGCGCCAGCATCACGGTTTCGATCGGCTGTGACAGTTGGGtgtg < 1:496792/48‑1 (MQ=255) aTTGAGCGCCAGCATCACGGTTTCGATCGGCTGTGACAGTTGGGtgtg < 1:3389905/48‑1 (MQ=255) ttGAGCGCCAGCATCACGGTTTCGGTCGGCTGTGACAGTTGGGTGTGGTAAGCCGGATTCTGGCTaa > 1:1686390/1‑67 (MQ=255) ttGAGCGCCAGCATCACGGTTTCGGTCGGCTGTGACAGTTGGGTGTGGTAAGCCGGATTCTGGCTaa > 1:1664727/1‑67 (MQ=255) ttGAGCGCCAGCATCACGGTTTCGGTCGGCTGTGACAGTTGGGTGTGGTAAGCCGGATTCTGGCTaa > 1:3368844/1‑67 (MQ=255) ttGAGCGCCAGCATCACGGTTTCGGTCGGCTGTGACAGTTGGGTGTGGTAAGCCGGATTCTGGCTaa > 1:2931303/1‑67 (MQ=255) gAGCGCCAGCATCACGGTTTCGGTCGGCTGTGACAGTTGGGTGTGGTAAGCCGGATTCTGGCTAAAGCg > 1:2281321/1‑69 (MQ=255) cATCACGGTTTCGATCGGCTGTGACAGTTGGGTGTGGTAAGCCGGATTCTGGCTAAAGCGGGCGAAGGt < 1:1758035/69‑1 (MQ=255) cATCACGGTTTCGATCGGCTGTGACAGTTGGGTGTGGTAAGCCGGATTCTGGCTAAAGCGGGCGAAGGt < 1:2968890/69‑1 (MQ=255) aCGGTTTCGATCGGCTGTGACAGTTGGGTGTTGTAAGCCGGATTCTGGCTAAAGCg < 1:2052568/56‑1 (MQ=255) aCGGTTTCGATCGGCTGTGACAGTTGGGTGTGGTAAGCCGGATTCTGGCTAAAGCg < 1:3101513/56‑1 (MQ=255) aCGGTTTCGATCGGCTGTGACAGTTGGGTGTGGTAAGCCGGATTCTGGCTAAAGCg < 1:877705/56‑1 (MQ=255) aCGGTTTCGATCGGCTGTGACAGTTGGGTGTGGTAAGCCGGATTCTGGCTAAAGCg < 1:2576770/56‑1 (MQ=255) aCGGTTTCGATCGGCTGTGACAGTTGGGTGTGGTAAGCCGGATTCTGGCTAAAGCg < 1:1440941/56‑1 (MQ=255) aCGGTTTCGATCGGCTGTGACAGTTGGGTGTGGTAAGCCGGATTCTGGCTAAAGCg < 1:1615585/56‑1 (MQ=255) aCGGTTTCGATCGGCTGTGACAGTTGGGTGTGGTAAGCCGGATTCTGGCTAAAGCg < 1:1546782/56‑1 (MQ=255) aCGGTTTCGATCGGCTGTGACAGTTGGGTGTGGTAAGCCGGATTCTGGCTAAAGCGGGCGAAGGTATCg < 1:624707/69‑1 (MQ=255) aCGGTTTCGATCGGCTGTGACAGTTGGGTGTGGTAAGCCGGATTCTGGCTAAAGCGGGCGAAGGTATCg < 1:3122709/69‑1 (MQ=255) aCGGTTTCGATCGGCTGTGACAGTTGGGTGTGGTAAGCCGGATTCTGGCTAAAGCGGGCGAAGGTATCg > 1:1392540/1‑69 (MQ=255) aCGGTTTCGATCGGCTGTGACAGTTGGGTGTGGTAAGCCGGATTCTGGCTAAAGCGGGCGAAGGTATCg < 1:1473341/69‑1 (MQ=255) aCGGTTTCGATCGGCTGTGACAGTTGGGTGTGGTAACCCGGATTCTGGCTAAAGCGGGCGAAGGTATCg > 1:1652607/1‑69 (MQ=255) tcggtcggCTGTGACAGTTGGGTGTGGTAAGCCGGATTCTGGCTAAAGCGGGCGAAGGTATCGAGCGGt < 1:1113313/69‑1 (MQ=255) tcggtcggCTGTGACAGTTGGGTGTGGTAAGCCGGATTCTGGCTAAAGCGGGCGAAGGTATCGAGCGGt < 1:2796320/69‑1 (MQ=255) tcggtcggCTGTGACAGTTGGGTGTGGTAAGCCGGATTCTGGCTAAAGCGGGCGAAGGTATCGAGCGGt < 1:541530/69‑1 (MQ=255) tcggtcggCTGTGACAGTTGGGTGTGGTAAGCCGGATTCTGGCTAAAGCGGGCGAAGGTATCGAGCGGt < 1:3489120/69‑1 (MQ=255) tcggtcggCTGTGACAGTTGGGTGTGGTAAGCCGGATTCTGGCTAAAGCGGGCGAAGGTATCGAGCGGt > 1:2251413/1‑69 (MQ=255) tcggtcggCTGTGACAGTTGGGTGTGGTAAGCCGGATTCTGGCTAAAGCGGGCGAAGGTATCGAGCGGt > 1:3094042/1‑69 (MQ=255) tcggtcggCTGTGACAGTCGGGTGTGGTAAGCCGGATTCTGGCTAAAGCGGGCGAAGGTATCGAGCGGt > 1:1737426/1‑69 (MQ=255) tCGATCGGCTGTGACAGTTGGGTGTGGTAAGCCGGATTCTGGCTAAAGCGGGCGAAGGTATCGAGCgg > 1:1694460/1‑68 (MQ=255) tCGATCGGCTGTGACAGTTGGGTGTGGTAAGCCGGATTCTGGCTAAAGCGGGCGAAGGTATCGAGCGGt > 1:1469220/1‑69 (MQ=255) cGATCGGCTGTGACAGTTGGGTGTGGTAAGCCGGATTCTGGCTAAAGCGGGCGAAGGTATCGAGCgg > 1:3285627/1‑67 (MQ=255) | GCCAGCTCGTTGGTGGGGGCTTTGGCGGTATTGAGCGCCAGCATCACGGTTTCGATCGGCTGTGACAGTTGGGTGTGGTAAGCCGGATTCTGGCTAAAGCGGGCGAAGGTATCGAGCGGT > W3110S.gb/4025894‑4026013 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |