| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | W3110S.gb | 4,031,980 | T→C | 46.7% | N663D (AAC→GAC) | zntA ← | zinc, cobalt and lead efflux system |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 4,031,980 | 0 | T | C | 46.7% | ‑0.7 / 40.3 | 30 | N663D (AAC→GAC) | zntA | zinc, cobalt and lead efflux system |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (5/11); new base C (3/11); total (8/22) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.89e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CTGGCGGATATTGGCGTGAGTGGCGCGTGCCAGTTCAATCATTTGCACCAGGCCGCGCAGGTGGTTATGGGTTAATGCTGCGTCGGCGGTTTCCAGCGCCACGTCTGTGCCGCTACCCATTGCAATCCC > W3110S.gb/4031915‑4032043 | cTGGCGGATATTGGCGTGAGTGGCGCGTGCCAGTTCAATCATTTGCACCAGGCCGCGCAGGTGGTCATg > 1:2605625/1‑69 (MQ=255)cTGGCGGATATTGGCGTGAGTGGCGCGTGCCAGTTCAATCATTTGCACCAGGCCGCGCAGGTGGTCATg > 1:2060/1‑69 (MQ=255) ggCGGATATTGGCGTGAGTGGCGCGTGCCAGTTCAATCATTTGCACCAGGCCGCGCAGGTGGTCATgg > 1:1243875/1‑68 (MQ=255) ggATATTGGCGTGAGTGGCGCGTGCCAGTTCAATCATTTGCACCAGGCCGCGCAGGTGGTCATGGGtt < 1:2076225/68‑1 (MQ=255) gATATTGGCGTGAGTGGCGCGTGCCAGTTCAATCATTTGCACCAGGCCGCGCAGGTGGTTATGGGTTaa < 1:47263/69‑1 (MQ=255) gATATTGGCGTGAGTGGCGCGTGCCAGTTCAATCATTTGCACCAGGCCGCGCAGGTGGTTATGGGTTaa < 1:2313339/69‑1 (MQ=255) gATATTGGCGTGAGTGGCGCGTGCCAGTTCAATCATTTGCACCAGGCCGCGCAGGTGGTTATGGGTTaa < 1:1536700/69‑1 (MQ=255) ttGGCGTGAGTGGCGCGTGCCAGTTCAATCATTTGCACCAGGCCGCGCAGGTGGTTATGGGTTAAtgct > 1:3229415/1‑69 (MQ=255) ttGGCGTGAGTGGCGCGTGCCAGTTCAATCATTTGCACCAGGCCGCGCAGGTGGTTATGGGTTAAtgct > 1:2242432/1‑69 (MQ=255) aGTGGCGCGTGCCAGTTCAATCATTTGCACCAGGCCGCGCAGGTGGTCATGGGTTAATGCTGCGTcggc < 1:3594035/69‑1 (MQ=255) aGTGGCGCGTGCCAGTTCAATCATTTGCACCAGGCCGCGCAGGTGGTCATGGGTTAATGCTGCGTcggc < 1:3515492/69‑1 (MQ=255) aGTGGCGCGTGCCAGTTCAATCATTTGCACCAGGCCGCGCAGGTGGTCATGGGTTAATGCTGCGTcggc < 1:2591312/69‑1 (MQ=255) aGTGGCGCGTGCCAGTTCAATCATTTGCACCAGGCCGCGCAGGTGGTCATGGGTTAATGCTGCGTcggc < 1:1267183/69‑1 (MQ=255) gcgcGTGCCAGTTCAATCATTTGCACCAGGCCGCGCAGGTGGTTATGGGTTAATGCTGCGTCGGCGGtt > 1:1052871/1‑69 (MQ=255) gcgcGTGCCAGTTCAATCATTTGCACCAGGCCGCGCAGGTGGTTATGGGTTAATGCTGCGTCGGCGGtt > 1:297803/1‑69 (MQ=255) aGTTCAATCATTTGCACCAGGCCGCGCAGGTGGTTATGGGTTAATGCTGCGTCGGCGGTTTCCAGCGcc < 1:2041188/69‑1 (MQ=255) aTCATTTGCACCAGGCCGCGCAGGTGGTTATGGGTTAATGCTGCGTCGGCGGTTTCCAGCGCCACGTc < 1:2630965/68‑1 (MQ=255) aTCATTTGCACCAGGCCGCGCAGGTGGTTATGGGTTAATGCTGCGTCGGCGGTTTCCAGCGCCACGTc < 1:366731/68‑1 (MQ=255) aTCATTTGCACCAGGCCGCGCAGGTGGTTATGGGTTAATGCTGCGTCGGCGGTTTCCAGCGCCACGTc < 1:208610/68‑1 (MQ=255) aTCATTTGCACCAGGCCGCGCAGGTGGTCATGGGTTAATGCTGCGTCGGCGGTTTCCAGCGCCACGTc < 1:2010696/68‑1 (MQ=255) aTCATTTGCACCAGGCAGCGCAGGTGGTCATGGGTTAATGCTGCGTCGGCGGTTTCCAGCGCCACGTc < 1:1719584/68‑1 (MQ=255) cACCAGGCCGCGCAGGTGGTTATGGGTTAATGCTGCGTCGGCGGTTTCCAGCGCCACGTCTGTGCCGc < 1:1680085/68‑1 (MQ=255) cACCAGGCCGCGCAGGTGGTTATGGGTTAATGCTGCGTCGGCGGTTTCCAGCGCCACGTCTGTGCCGc < 1:2857709/68‑1 (MQ=255) ccAGGCCGCGCAGGTGGTCATGGGTTAATGCTGCGTCGGCGGTTTCCAGCGCCACGTCTGTGCCGCTAc < 1:3063163/69‑1 (MQ=255) ccAGGCCGCGCAGGTGGTCATGGGTTAATGCTGCGTCGGCGGTTTCCAGCGCCACGTCTGTGCCGCTAc < 1:3346297/69‑1 (MQ=255) gcgcAGGTGGTTATGGGTTAATGCTGCGTCGGCGGTTTCCAGCGCCACGTCTGTGCCGCTACCCATTGc < 1:369878/69‑1 (MQ=255) gtggtTATGGGTTAATGCTGCGTCGGCGGTTTCCAGCGCCACGTCTGTGCCGCTACCCATTGCAATccc < 1:1937086/69‑1 (MQ=255) ggtCATGGGTTAATGCTGCGTCGGCGGTTTCCAGCGCCACGTCTGTGCCGCTACCCATTGCAATccc < 1:1316924/67‑1 (MQ=255) ggtCATGGGTTAATGCTGCGTCGGCGGTTTCCAGCGCCACGTCTGTGCCGCTACCCATTGCAATccc < 1:3300352/67‑1 (MQ=255) gtTATGGGTTAATGCTGCGTCGGCGGTTTCCAGCGCCACGTCtgtg > 1:1462406/1‑46 (MQ=255) | CTGGCGGATATTGGCGTGAGTGGCGCGTGCCAGTTCAATCATTTGCACCAGGCCGCGCAGGTGGTTATGGGTTAATGCTGCGTCGGCGGTTTCCAGCGCCACGTCTGTGCCGCTACCCATTGCAATCCC > W3110S.gb/4031915‑4032043 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |