| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | W3110S.gb | 4,271,811 | A→G | 76.9% | Y369C (TAT→TGT) | tyrB → | tyrosine aminotransferase, tyrosine‑repressible, PLP‑dependent |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 4,271,811 | 0 | A | G | 76.9% | 105.1 / 27.8 | 52 | Y369C (TAT→TGT) | tyrB | tyrosine aminotransferase, tyrosine‑repressible, PLP‑dependent |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (5/7); new base G (11/29); total (16/36) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.78e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TTCAGTTATACCGGTTTAAGTGCCGCTCAGGTTGACCGACTACGTGAAGAATTTGGTGTCTATCTCATCGCCAGCGGTCGCATGTGTGTCGCCGGGTTAAATACGGCAAATGTACAACGT > W3110S.gb/4271750‑4271869 | ttCAGTTATACCGGTTTAAGTGCCGCTCAGGTTGACCGACTACGTGAAGAATTTGGTGTCTGTCTCATc > 1:1542504/1‑69 (MQ=255)ttCAGTTATACCGGTTTAAGTGCCGCTCAGGTTGACCGACTACGTGAAGAATTTGGTGTCTGTCTCATc > 1:2846130/1‑69 (MQ=255)ttCAGTTATACCGGTTTAAGTGCCGCTCAGGTTGACCGACTACGTGAAGAATTTGGTGTCTGTCTCATc > 1:1855468/1‑69 (MQ=255)ttCAGTTATACCGGTTTAAGTGCCGCTCAGGTTGACCGACTACATGAAGAATTTGGTGTCTGTCTCATc > 1:243137/1‑69 (MQ=255) cAGTTATACCGGTTTAAGTGCCGCTCAGGTTGACCGACTACGTGAAGAATTTGGTGTCTAtctc < 1:1235541/64‑1 (MQ=255) ataCCGGTTTAAGTGCCGCTCAGGTTGACCGACTACGTGAAGAATTTGGTGTCTATCTCATCGCCAGCg > 1:31686/1‑69 (MQ=255) ccGGTTTAAGTGCCGCTCAGGTTGACCGACTACGTGAAGAATTTGGTGTCTGTCTCATCGCCAGCGGt > 1:1536189/1‑68 (MQ=255) ccGGTTTAAGTGCCGCTCAGGTTGACCGACTACGTGAAGAATTTGGTGTCTGTCTCATCGCCAGCGGt > 1:2939743/1‑68 (MQ=255) ggTTTAAGTGCCGCTCAGGTTGACCGACTACGTGAAGAATTTGGTGTCTGTCTCATCGCCAGCGGTCg < 1:768680/68‑1 (MQ=255) tttAAGTGCCGCTCAGGTTGACCGACTACGTGAAGAATTTGGTGTCTGTCTCATCGCCAGCGGTCGCAt < 1:2399695/69‑1 (MQ=255) tttAAGTGCCGCTCAGGTTGACCGACTACGTGAAGAATTTGGTGTCTGTCTCATCGCCAGCGGTCGCAt < 1:1729925/69‑1 (MQ=255) ttAAGTGCCGCTCAGGTTGACCGACTACGTGAAGAATTTGGTGTCTGTCTCATCGCCAGCGGTCGCAt < 1:398477/68‑1 (MQ=255) gTGCCGCTCAGGTTGACCGACTACGTGAAGAATTTGGTGTCTGTCTCATCGCCAGCGGTCGCAtgtgt < 1:758105/68‑1 (MQ=255) gTGCCGCTCAGGTTGACCGACTACGTGAAGAATTTGGTGTCTATCTCATCGCCAGCGGTCGCAtgtgt < 1:3432998/68‑1 (MQ=255) gCCGCTCAGGTTGACCGACTACGTGAAGAATTTGGTGTCTGTCTCATCGCCAGCGGTCGCATGTGTGTc > 1:1711291/1‑69 (MQ=255) cAGGTTGACCGACTACGTGAAGAATTTGGTGTCTATCTCATCGcc > 1:2018380/1‑45 (MQ=255) tttGACCGACTACGTGAAGAATTTGGTGTCTAtctc < 1:1675048/35‑1 (MQ=255) gTTGACCGACTACGTGAAGAATTTGGTGTCTGTCTCATCGCCAGCGGTCg < 1:2887969/50‑1 (MQ=255) gTTGACCGACTACGTGAAGAATTTGGTGTCTGTCTCATCGCCAGCGGTCGCATGTGTGTCGCCGGGTTa < 1:998269/69‑1 (MQ=255) gTTGACCGACTACGTGAAGAATTTGGTGTCTGTCTCATCGCCAGCGGTCGCATGTGTGTCGCCGGGTTa < 1:1481092/69‑1 (MQ=255) ttGACCGACTACGTGAAGAATTTGGTGTCTGTCTCATCGCCAGCGGTCg < 1:1691283/49‑1 (MQ=255) ttGACCGACTACGTGAAGAATTTGGTGTCTGTCTCATCGCCAGCGGTCg < 1:3431401/49‑1 (MQ=255) tGACCGACTACGTGAAGAATTTGGTGTCTGTCTCAt < 1:592013/36‑1 (MQ=255) tGACCGACTACGTGAAGAATTTGGTGTCTGTCTCATCGCCAGCGGTCGCATGTGTGTCGCCGGGTTaaa > 1:1498055/1‑69 (MQ=255) tGACCGACTACGTGAAGAATTTGGTGTCTGTCTAAt < 1:1944500/36‑1 (MQ=37) tGACCGACTACGTGAAGAATTTGGTGTCTATCTCATCGCCAGCGGTCGCATGTGTGTCGCCGGGTTa > 1:2318174/1‑67 (MQ=255) tGACCGACTACGTGAAGAATTTGGTGTCTATCTCATCGCCAGCGGTCGCATGTGTGTCGCCGGGTTa < 1:2088806/67‑1 (MQ=255) tGACCGACTACGTGAAGAATTTGGTGTCTATCTCATCGCCAGCGGTCGCATGTGTGTCGCCGGGTTa > 1:2987080/1‑67 (MQ=255) gACCGACTACGTGAAGAATTTGGTGTCTGTCTCATCGCCAGCGGTCGCATGTGTGTCGCCGGGTTAAAt > 1:3388140/1‑69 (MQ=255) gACCGACTACGTGAAGAATTTGGTGTCTGTCTCATCGCCAGCGGTCGCATGTGTGTCGCCGGGTTAAAt > 1:1484424/1‑69 (MQ=255) gACTACGTGAAGAATTTGGTGTCTGTCTCATCGCCAGc < 1:432532/38‑1 (MQ=255) aCTACGTGAAGAATTTGGTGTCTATCTCATCGCCAGCGGTCGCATGTGTGTCGCCGGGTTAAATACgg > 1:962206/1‑68 (MQ=255) aCGTGAAGAATTTGGTGTCTGTCTCATCGCCAGCGGTCGCATGTGTGTc > 1:1668917/1‑49 (MQ=255) tGAAGAATTTGGTGTCTGTCTCATCGCCAGCGGTCGCATGTGTGTCGCCGGGTTAAATACGGCAAATg < 1:2738996/68‑1 (MQ=255) tGAAGAATTTGGTGTCTGTCTCATCGCCAGCGGTCGCATGTGTGTCGCCGGGTTAAATACGGCAAATg < 1:459962/68‑1 (MQ=255) aagaaTTTGGTGTCTATCTCATCGCCAGCGGTCGCATGTGTGTCGCCGGGTTAAATACGGCAAATGTAc < 1:2072337/69‑1 (MQ=255) aagaaTTTGGTGTCTATCTCATCGCCAGCGGTCGCATGTGTGTCGCCGGGTTAAATACGGCAAATGTAc < 1:2164312/69‑1 (MQ=255) aagaaTTTGGTGTCTATCTCATCGCCAGCGGTCGCATGTGTGTCGCCGGGTTAAATACGGCAAATGTAc < 1:428721/69‑1 (MQ=255) gaaTTTGGTGTCTGTCTCATCGCCAGCGGTCGCATGTGTGTCGCCGGGTTAAATACGGCAAATGTACaa < 1:2218345/69‑1 (MQ=255) gaaTTTGGTGTCTGTCTCATCGCCAGCGGTCGCATGTGTGTCGCCGGGTTAAATACGGCAAATGTACaa < 1:2057461/69‑1 (MQ=255) gaaTTTGGTGTCTGTCTCATCGCCAGCGGTCGCATGTGTGTCGCCGGGTTAAATACGGCAAATGTACa < 1:2173590/68‑1 (MQ=255) gaaTTTGGTGTCTGTCTCATCGCCAGCGGTCGCATGTGTGTCGCCGGGTTAAATACGGCAAATGTACa < 1:1646228/68‑1 (MQ=255) aTTTGGTGTCTGTCTCATCGCCAGCGGTCGCATGTGTGTCGCCGGGTTAAATACGGCAAATGTACAACg < 1:781490/69‑1 (MQ=255) tttGGTGTCTGTCTCATCGCCAGCGGTCGCATGTGTGTCGCCGGGTTAAATACGGCAAATGTACAACgt < 1:2461400/69‑1 (MQ=255) tttGGTGTCTGTCTCATCGCCAGCGGTCGCATGTGTGTCGCCGGGTTAAATACGGCAAATGTACAACgt < 1:2526739/69‑1 (MQ=255) tttGGTGTCTGTCTCATCGCCAGCGGTCGCATGTGTGTCGCCGGGTTAAATACGGCAAATGTACAACgt < 1:963220/69‑1 (MQ=255) ttGGTGTCTGTCTCATCGCCAGCGGTCGCATGTGTGTCGCCGGGTTAAATACGGCAAATGTACAACgt < 1:3484014/68‑1 (MQ=255) ttgtgtCTGTCTCATCGCCAGCTGTCGCATGTGTGTCGCCGGGTTAAATa < 1:2896061/48‑1 (MQ=38) tGGTGTCTGTCTCATCGCCAGCGGTCGCATGTGTGTCGCCGGGTTAAATa < 1:3402441/50‑1 (MQ=255) tGGTGTCTGTCTCATCGCCAGCGGTCGCATGTGTGTCGCCGGGTTAAATa < 1:2447425/50‑1 (MQ=255) tGGTGTCTGTCTCATCGCCAGCGGTCGCATGTGTGTCGCCGGGTTAAATa < 1:3379644/50‑1 (MQ=255) tGGTGTCTGTCTCATCGCCAGCGGTCGCATGTGTGTCGCCGGGTTAAATa < 1:2023501/50‑1 (MQ=255) | TTCAGTTATACCGGTTTAAGTGCCGCTCAGGTTGACCGACTACGTGAAGAATTTGGTGTCTATCTCATCGCCAGCGGTCGCATGTGTGTCGCCGGGTTAAATACGGCAAATGTACAACGT > W3110S.gb/4271750‑4271869 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |