| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | W3110S.gb | 4,295,565 | T→C | 69.1% | F154F (TTT→TTC) | nrfE → | heme lyase (NrfEFG) for insertion of heme into c552, subunit NrfE |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 4,295,565 | 0 | T | C | 69.1% | 56.4 / 32.5 | 42 | F154F (TTT→TTC) | nrfE | heme lyase (NrfEFG) for insertion of heme into c552, subunit NrfE |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (8/5); new base C (6/23); total (14/28) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.48e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.11e-01 | |||||||||||
TATTTCCACCAGCAATCGAAGGCCGCGATCTCAATCCGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTTCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCGGTTTGATGGTAGCGGCGAGCGTGGCGCTGGCGAGTCT > W3110S.gb/4295501‑4295633 | tatTTCCTCCAGCAATCGAAGGCCGCGATCTCAATCCGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTCCATc < 1:2775144/69‑1 (MQ=255)tatTTCCACCAGCAATCGAAGGCCGCGATCTCAATCCGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTCCATc < 1:15987/69‑1 (MQ=255) atTTCCACCAGCAATCGAAGGCCGCGATCTCAATCCGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTCCATcc < 1:2128264/69‑1 (MQ=255) cAATCGAAGGCCGCGATCTCAATCCGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTTCATCCACCGCTGCttt < 1:1533396/69‑1 (MQ=255) cAATCGAAGGCCGCGATCTCAATCCGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTCCATCCACCGCTGCttt < 1:641207/69‑1 (MQ=255) cGAAGGCCGCGATCTCAATCCGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTTCa > 1:1961219/1‑51 (MQ=255) cGAAGGCCGCGATCTCAATCCGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTTCa > 1:1911197/1‑51 (MQ=255) cGAAGGCCGCGATCTCAATCCGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTTCa > 1:1579379/1‑51 (MQ=255) gAAGGCCGCGATCTCAATCCGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTTCATCCACCGCTGCtt > 1:1450543/1‑63 (MQ=255) gAAGGCCGCGATCTCAATCCGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTTCATCCACCGCTGCTTTACCtt > 1:2395476/1‑69 (MQ=255) ggCCGCGATCTCAATCCGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTCCATCCACCGCTGCTTTACCtt > 1:1185868/1‑66 (MQ=255) ggCCGCGATCTCAATCCGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTCCATCCACCGCTGCTTTACCtt > 1:2294117/1‑66 (MQ=255) ggCCGCGATCTCAATCCGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTCCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGc < 1:3504224/69‑1 (MQ=255) ccGCGATCTCAATCCGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTCCATc < 1:1508978/47‑1 (MQ=255) tcAATCCGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTCCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTa < 1:2089262/61‑1 (MQ=255) tcAATCCGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTCCATCCACCGCTGATTTACCTTGGCTa < 1:3097214/61‑1 (MQ=255) tCCGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTCCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCGGttt < 1:791858/66‑1 (MQ=255) tCCGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTCCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCGGTTTGAt < 1:487247/69‑1 (MQ=255) tCCGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTCCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCGGTTTGAt < 1:1338718/69‑1 (MQ=255) ccGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTCCATCCACCGCTGCtt > 1:468180/1‑45 (MQ=255) ccGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTCCATCCACCGCTGCtt < 1:3707310/45‑1 (MQ=255) ccGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTCCATCCACCGCTGCtt > 1:2119188/1‑45 (MQ=255) ccGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTCCATCCACCGCTGCTTTa < 1:273221/47‑1 (MQ=255) ccGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTCCATCCACCGCTGCTTTa < 1:88961/47‑1 (MQ=255) ccGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTCCATCCACCGCTGCTTTa < 1:1180099/47‑1 (MQ=255) ccGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTCCATCCACCGCTGCTTTa < 1:1474782/47‑1 (MQ=255) ccGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTCCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCGGTTTGAt < 1:3444603/68‑1 (MQ=255) ccGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATC‑TTCATCCAc > 1:1986662/1‑36 (MQ=37) aCATCCCGGTCTTATCTTTCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCGGttt < 1:3483127/54‑1 (MQ=255) aCATCCCGGTCTTATCTTCCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCGGTTTGAt < 1:679430/57‑1 (MQ=255) aTCCCGGTCTTATCTTCCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCGGTTTGAt < 1:3320119/55‑1 (MQ=255) aTCCCGGTCTTATCTTCCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCGGTTTGATGGTAGCGGCGAGCg < 1:1606568/69‑1 (MQ=255) tCCCGGTCTTATCTTCCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTa < 1:1977940/42‑1 (MQ=255) cccGGTCTTATCTTCCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCGGTTTGATGGTAGCGGCGAGCGt > 1:1788446/1‑68 (MQ=255) cccGGTCTTATCTTCCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCGGTTTGATGGTAGCGGCGAGCGTg > 1:888871/1‑69 (MQ=255) tCTTATCTTTCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCGGTTTGATTGTAGCGGCGAGCGTGGCGCt < 1:2314396/69‑1 (MQ=255) cTTATCTTTCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCGGTTTGATGGTAGCGGCGAGCGTGGCGCTg > 1:1269432/1‑69 (MQ=255) cTTATCTTTCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCGGTTTGATGGTAGCGGCGAGCGTGGCGCTg > 1:1833374/1‑69 (MQ=255) ttATCTTTCATCCACCGCTGCTTTACCTTTGCTATGGCGGttt < 1:121027/43‑1 (MQ=255) aTCTTTCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCGGTTTGATGGTAGCGGCGAg < 1:1337340/56‑1 (MQ=255) aTCTTCCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCGGt < 1:2584224/39‑1 (MQ=255) tCTTCCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCGGt < 1:3367032/38‑1 (MQ=255) tCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCGGTTTGATGGTAGCGGCGAGCGTGGCGCTGGCGAGTCt > 1:1192306/1‑69 (MQ=255) tCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCGGTTTGATGGTAGCGGCGAGCGTGGCGCTGGCGAGTCt > 1:2296718/1‑69 (MQ=255) | TATTTCCACCAGCAATCGAAGGCCGCGATCTCAATCCGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTTCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCGGTTTGATGGTAGCGGCGAGCGTGGCGCTGGCGAGTCT > W3110S.gb/4295501‑4295633 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |