| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | W3110S.gb | 4,549,768 | C→T | 45.8% | intergenic (+57/‑10) | fimC → / → fimD | chaperone, periplasmic/outer membrane usher protein, type 1 fimbrial synthesis |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 4,549,768 | 0 | C | T | 45.8% | 12.2 / 62.9 | 48 | intergenic (+57/‑10) | fimC/fimD | chaperone, periplasmic/outer membrane usher protein, type 1 fimbrial synthesis |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (14/12); new base T (8/14); total (22/26) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.59e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.83e-01 | |||||||||||
AATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCCGGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCTTGCATAT > W3110S.gb/4549702‑4549830 | aaTGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCTGGGTGATTTTAAGCCgg < 1:3206621/69‑1 (MQ=255) ggAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCCAGGTGATTTTAAGCCggagg < 1:2624580/69‑1 (MQ=255) tAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCCGGGTGATTTTAAGCTGGAGGaata > 1:2400416/1‑69 (MQ=255) tAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCCGGGTGATTTTAAGCTGGAGGaata > 1:2326392/1‑69 (MQ=255) aCGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGATTGCCGGGTGATTTTAAGCCGGAGGaataat > 1:2106641/1‑69 (MQ=255) aCGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGATTGCCGGGTGATTTTAAGCCGGAGGaataa > 1:1325500/1‑68 (MQ=255) gCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCCAGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGt < 1:358202/69‑1 (MQ=255) gCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCCAGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGt < 1:3472416/69‑1 (MQ=255) tttttCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCCGGGTGATTTTAAGATGGAGGAATAATGTCATATCTGaa < 1:1735797/69‑1 (MQ=255) tttCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCCGGGTGATTTTAAGCTGGAGGAATAATGTCATATCTGAAt > 1:985257/1‑68 (MQ=255) tttCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCCGGGTGATTTTAAGCTGGAGGAATAATGTCATATCTGAAt > 1:443279/1‑68 (MQ=255) tttCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCCGGGTGATTTTAAGCTGGAGGAATAATGTCATATCTGAAt > 1:2984713/1‑68 (MQ=255) cTGAATAAAAAGAATTGATTGCCGGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGAc < 1:3272264/69‑1 (MQ=255) cTGAATAAAAAGAATTGACTGCCGGGTGATTTTAAGCTGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGa < 1:1601793/68‑1 (MQ=255) aaTAAAAAGAATTGACTGCCGGGTGATTTTAAGCTGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACttt > 1:3432262/1‑69 (MQ=255) tAAAAAGAATTGACTGCTGGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACttt < 1:2747717/67‑1 (MQ=255) tAAAAAGAATTGACTGCCAGGTGATTTTAAGCCGTAGGAATAATGTc < 1:501495/47‑1 (MQ=39) tAAAAAGAATTGACTGCCAGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTc > 1:2869744/1‑47 (MQ=255) aaaaaGAATTGACTGCCGGGTGATTTTAAGCTGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTAcc < 1:813075/69‑1 (MQ=255) aaaaaGAATTGACTGCCAGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGt > 1:1475581/1‑45 (MQ=255) aaaaaGAATTGACTGCCAGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGt > 1:2941259/1‑45 (MQ=255) tGACTGCCGGGTGATTTTAAGCTGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAaca < 1:260072/69‑1 (MQ=255) gACTGCCGGGTGATTTTAAGCTGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAaca > 1:3100604/1‑68 (MQ=255) cTGCCGGGTGATATTAAGCTGGATGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAacaca < 1:393310/68‑1 (MQ=255) gCCGGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACaa < 1:1947349/69‑1 (MQ=255) gggTGATTTTAAGCTGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATg < 1:2497964/68‑1 (MQ=255) aggTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAATCACACAATg < 1:3274240/67‑1 (MQ=255) aggTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATg < 1:3478008/67‑1 (MQ=255) ggTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGa > 1:873672/1‑56 (MQ=255) tGATTTTAAGCTGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAacacac < 1:642632/61‑1 (MQ=255) tGATTTTAAGCTGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAacacac < 1:3413196/61‑1 (MQ=255) tGATTTTAAGCTGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAacacac < 1:2335510/61‑1 (MQ=255) aTTTTAAGCTGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCTTGCa < 1:313236/69‑1 (MQ=255) aTTTTAAGCTGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCTTGCa < 1:1397496/69‑1 (MQ=255) aTTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCTTGCa < 1:1412674/69‑1 (MQ=255) aTTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCTTGCa < 1:2980694/69‑1 (MQ=255) ttAAGCTGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAacaca < 1:145542/55‑1 (MQ=255) ttAAGCTGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAacaca < 1:144938/55‑1 (MQ=255) ttAAGCTGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAacaca < 1:2540471/55‑1 (MQ=255) ttAAGCTGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCTTGCatat > 1:482113/1‑69 (MQ=255) ttAAGCCGGAGGTATAATGTCATATCTGAATATAACACt > 1:763498/1‑39 (MQ=37) ttAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGa > 1:488674/1‑49 (MQ=255) ttAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGa > 1:2702255/1‑49 (MQ=255) ttAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGa > 1:1773987/1‑49 (MQ=255) ttAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCTTGCatat > 1:3240269/1‑69 (MQ=255) ttAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCTTGCatat > 1:2573042/1‑69 (MQ=255) ttAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCTTGCatat > 1:723467/1‑69 (MQ=255) ttAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCTTGCatat > 1:1012356/1‑69 (MQ=255) | AATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCCGGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCTTGCATAT > W3110S.gb/4549702‑4549830 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |