| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | W3110S.gb | 4,615,718 | C→T | 22.9% | intergenic (+33/‑360) | prfC → / → osmY | peptide chain release factor RF‑3/periplasmic protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 4,615,718 | 0 | C | T | 22.9% | 93.7 / 24.2 | 48 | intergenic (+33/‑360) | prfC/osmY | peptide chain release factor RF‑3/periplasmic protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (14/23); new base T (9/2); total (23/25) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.57e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.09e-01 | |||||||||||
CGTTCAGTTCCACCAGACCCGCGAGCATTAATTCTTGCCTCCAGGGCGCGGTAGCCGCTGCGCCCTGTCAATTTCCCTTCCTTATTAGCCGCTTACGGAATGTTCTTAAAACATTCACTTTTGCTTATGTTT > W3110S.gb/4615655‑4615786 | cGTTCAGTTCCACCAGACCCGCGAGCATTAATTCTTGCCTCCAGGGCGCGGTAGCCGCTGCGCTCTGTc > 1:1297027/1‑69 (MQ=255) gTTCCACCAGACCCGCGAGCATTAATTCTTGCCTCCAGGGCGCGGTAGCCGCTGCGCCCTGTCAAttt < 1:1476507/68‑1 (MQ=255) ccaccaGACCCGCGAGCATTAATTATTGCCTCCAGGGCGCGGTAGCCGCTGCGCCCTGTCAATTTCcct > 1:690065/1‑69 (MQ=255) caGACCCGCGAGCATTAATTCTTGCCTCCAGGGCGCGGTAGCCGCTGCGCCCTGTCAAttt > 1:1163428/1‑61 (MQ=255) cgcgAGCATTAATTCTTGCCTCCAGGGCGCGGTAGCCGCTGCGCCCTGTCAATTTCCCTTCCTTATTAg > 1:396238/1‑69 (MQ=255) gcgAGCATTAATTCTTGCCTCCAGGGCGCGGTAGCCGCTGCGCCCTGTCAATTTCCCTTCCTTATTAGc < 1:2461910/69‑1 (MQ=255) gCATTAATTCTTGCCTCCAGGGCGCGGTAGCCGCTGCGCCCTGTCAATTTCCCTTCCTTATTAGCCGCt < 1:2613297/69‑1 (MQ=255) gCATTAATTCTTGCCTCCAGGGCGCGGTAGCCGCTGCGCCCTGTCAATTTCCCTTCCTTATTAGCCGCt < 1:1754718/69‑1 (MQ=255) tCTTGCCTCCAGGGCGCGGTAGCCGCTGCGCCCTGTCAATTTCCCTTCCTTATTAGCCGCTTACGGaa < 1:1337895/68‑1 (MQ=255) cTTGCCTCCAGGGCGCGGTAGCCGCTGCGCCCTGTCAATTTCCCTTCCTTATTAGCCGCTTACGGAAt > 1:2926576/1‑68 (MQ=255) tGCCTCCAGGGCGCGGTAGCCGCTGCGCCCTGTCAATTTCCCTTCCTTATTAGCCGCTTACGGAATGt < 1:256246/68‑1 (MQ=255) tGCCTCCAGGGCGCGGTAGCCGCTGCGCCCTGTCAATTTCCCTTCCTTATTAGCCGCTTACGGAATGt < 1:2261379/68‑1 (MQ=255) ccTCCAGGGCGCGGTAGCCGCTGCGCCCTGTCAATTTCCCTTCCTTATTAGCCGCTTACGGAATGTTc > 1:112082/1‑68 (MQ=255) ccTCCAGGGCGCGGTAGCCGCTGCGCCCTGTCAATTTCCCTTCCTTATTAGCCGCTTACGGAATGTTc > 1:2466619/1‑68 (MQ=255) cTCCAGGGCGCGGTAGCCGCTGCGCCCTGTCAATTTCCCTTCCTTATTAGCCGCTTACGGAATGTTCt < 1:50215/68‑1 (MQ=255) ccAGGGCGCGGTAGCCGCTGCGCCCTGTCAATTTCCCTTCCTTATTAGCCGCTTACGGAATGTTCTTaa < 1:630819/69‑1 (MQ=255) ccAGGGCGCGGTAGCCGCTGCGCCCTGTCAATTTCCCTTCCTTATTAGCCGCTTACGGAATGTTCTTaa < 1:2295126/69‑1 (MQ=255) cAGGGCGCGGTAGCCGCTGCGCCCTGTCAATTTCCCTTCCTTATTAGCCGCTTACGGAATGTTCTTaa > 1:152203/1‑68 (MQ=255) gggCGCGGTAGCCGCTGCGCCCTGTCAATTTCCCTTCCTTATTAGCCGCTTACGGAATGTTCTTAAAAc > 1:1263474/1‑69 (MQ=255) cgcgGTAGCCGCTGCGCTCTGTCAATTTCCCTTCCtta > 1:2808877/1‑38 (MQ=255) cgcgGTAGCCGCTGCGCTCTGTCAATTTCCCTTCCtta > 1:2619591/1‑38 (MQ=255) cgcgGTAGCCGCTGCGCTCTGTCAATTTCCCTTCCtta > 1:1216832/1‑38 (MQ=255) cgcgGTAGCCGCTGCGCTCTGTCAATTTCCCTTCCTTATTAGCCGCTTACGGAATGTTCTTAAAACAtt > 1:3722075/1‑69 (MQ=255) cgcgGTAGCCGCTGCGCCCTGTCAATTTCccttcc > 1:1304727/1‑35 (MQ=255) cgcgGTAGCCGCTGCGCCCTGTCAATTTCCGTTCCTTATTAGCCGCTTACGGAATGTTCTTAAAACAtt > 1:820989/1‑69 (MQ=255) cgcgGTAGCCGCTGCGCCCTGTCAATTTCCCTTCCTTATTAGCCGCTTACGGAATGTTCTTAAAACAtt < 1:3684139/69‑1 (MQ=255) cgcgGTAGCCGCTGCGCCCTGTCAATTTCCCTTCCTTATTAGCCGCTTACGGAATGTTCTTAAAACAtt > 1:737437/1‑69 (MQ=255) ggTAGCCGCTGCGCCCTGTCAATTTCCCTTCCTTATTAGCCGCTTACGGAATGTTCTTAAAACATTCAc < 1:466172/69‑1 (MQ=255) gTAGCCGCTGCGCCCTGTCAATTTCCCTTCCTTATTAGCCGCTTACGGAATGTTCTTAAAACATTCACt < 1:666327/69‑1 (MQ=255) gTAGCCGCTGCGCCCTGTCAATTTCCCTTCCTTATTAGCCGCTTACGGAATGTTCTTAAAACATTCACt < 1:3383850/69‑1 (MQ=255) gTAGCCGCTGCGCCCTGTCAATTTCCCTTCCTTATTAGCCGCTTACGGAATGTTCTTAAAACATTCACt > 1:1722293/1‑69 (MQ=255) aGCCGCTGCGCCCTGTCAATTTCCCTTCCTTATTAGCCGCTTACGGa < 1:74217/47‑1 (MQ=255) aGCCGCTGCGCCCTGTCAATTTCCCTTCCTTATTAGCCGCTTACGGa < 1:628929/47‑1 (MQ=255) aGCCGCTGCGCCCTGTCAATTTCCCTTCCTTATTAGCCGCTTACGGAATGTTCTTAAAACATTCACttt < 1:1698598/69‑1 (MQ=255) aGCCGCTGCGCCCTGTCAAATTCCCTTCCTTATTAGCCGCTTACGGAATGTTCTTAAAACATTCACttt < 1:3616765/69‑1 (MQ=255) gCCGCTGCGCTCTGTCAATTTCCCTTCCTTATTAGCCGCTTACGGAATGTTCTTaa < 1:3546872/56‑1 (MQ=255) gCCGCTGCGCTCTGTCAATTTCCCTACCTTATTAGCCGCTTACGGAATGtt > 1:2313939/1‑51 (MQ=255) gCCGCTGCGCTCTGTCAATTTCCCTACCTTATTAGCCGCTTACGGAATGTTCTTaa > 1:1656881/1‑56 (MQ=255) gCCGCTGCGCTCTGTCAATTTCCCTACCTTATTAGCCGCTTACGGAATGTTCTTaa > 1:3667858/1‑56 (MQ=255) gCCGCTGCGCTCTGTCAATTTCCCTACCTTATTAGCCGCTTACGGAATGTTCTTaa > 1:1004189/1‑56 (MQ=255) gCCGCTGCGCCCTGTCAATTTCCCTTCCTTATTAGCCGCTTACGGAATGTTCTTAAAACATTCACtttt < 1:207821/69‑1 (MQ=255) gCTGCGCCCTGTCAATTTCCCTTCCTTATTAGCCGCTTACGGAATGTTCTTAAAACATTCACTTTTGCt < 1:3296753/69‑1 (MQ=255) gCTGCGCCCTGTCAATTTCCCTTCCTTATTAGCCGCTTACGGAATGTTCTTAAAACATTCACTTTTGCt < 1:1170486/69‑1 (MQ=255) tGCGCTCTGTCAATTTCCCTTCCTTATTAGCCGCTTACGGAATGTTCTTAAAACATTCACTTTTGCtt < 1:913057/68‑1 (MQ=255) gcgcCCTGTCAATTTCCCTTCCTTATTAGCCGCTTACGGAATGTTCTTaa < 1:1238273/50‑1 (MQ=255) gcgcCCTGTCAATTTCCCTTCCTTATTAGCCGCTTACGGAATGTTCTTAAAACATTCACTTTTGCt < 1:2242646/66‑1 (MQ=255) gcgcCCTGTCAATTTCCCTTCCTTATTAGCCGCTTACGGAATGTTCTTAAAACATTCACTTTTGCTTAt > 1:662684/1‑69 (MQ=255) gcgcCCTGTCAATTTCCCTTCCTTATTAGCCGCTTACGGAATGTTCTTAAAACATTCACTTTTGCTTAt > 1:2953147/1‑69 (MQ=255) ccTGTCAATTTCCCTTCCTTATTAGCCGCTTACGGAATGTTCTTAAAACATTCACTTTTGCTTATGttt > 1:3436674/1‑69 (MQ=255) ccTGTCAATTTCCCTTCCTTATTAGCCGCTTACGGAATGTTCTTAAAACATTCACTTTTGCTTATGtt > 1:3040574/1‑68 (MQ=255) | CGTTCAGTTCCACCAGACCCGCGAGCATTAATTCTTGCCTCCAGGGCGCGGTAGCCGCTGCGCCCTGTCAATTTCCCTTCCTTATTAGCCGCTTACGGAATGTTCTTAAAACATTCACTTTTGCTTATGTTT > W3110S.gb/4615655‑4615786 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |