| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | W3110S.gb | 47,828 | A→G | 76.6% | V20V (GTA→GTG) | kefC → | potassium:proton antiporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 47,828 | 0 | A | G | 76.6% | 126.5 / 36.3 | 64 | V20V (GTA→GTG) | kefC | potassium:proton antiporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (8/7); new base G (19/30); total (27/37) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.78e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.18e-01 | |||||||||||
CATCATGGATAGCCATACGCTGATTCAGGCGCTGATTTATCTCGGTTCGGCAGCGCTGATTGTACCCATTGCGGTACGTCTTGGTCTGGGATCGGTACTTGGCTACCTGATCGCCGGCTGCATTA > W3110S.gb/47765‑47889 | catcatGGATAGCCATACGCTGATTCAGGCGCTGATTTATCTCGGTTCGGCAGCGCTGATTGTGCCCAt < 1:1032835/69‑1 (MQ=255) atcatGGATAGCCATACGCTGATTCAGGCGCTGATTTATCTCGGTTCGGCAGCGCTGATTGTGCCCAt < 1:2477763/68‑1 (MQ=255) catGGATAGCCATACGCTGATTCAGGCGCTGATTTATCTCGGTTCGGCAGCGCTGATTGTGCCCATTGc > 1:1087480/1‑69 (MQ=255) catGGATAGCCATACGCTGATTCAGGCGCTGATTTATCTCGGTTCGGCAGCGCTGATTGTGCCCATTGc > 1:3719502/1‑69 (MQ=255) atGGATTGCCATACGCTGATTCAGGCGCTGATTTATCTCGGTTCGGCAGCGCTGATTGTGccc < 1:1855244/63‑1 (MQ=255) atGGATAGCCATACGCTGATTCAGGCGCTGATTTATCTCGGTTCGGCAGCGCTGATTGTGccc < 1:2453077/63‑1 (MQ=255) atGGATAGCCATACGCTGATTCAGGCGCTGATTTATCTCGGTTCGGCAGCGCTGATTGTGCCCATTGc > 1:1770001/1‑68 (MQ=255) atGGATAGCCATACGCTGATTCAGGCGCTGATTTATCTCGGTTCGGCAGCGCTGATTGTACCCATTGc > 1:340729/1‑68 (MQ=255) atGGATAGCCATACGCTGATTCAGGCGCTGATTTATCTCGGTTCGGCAGCGCTGATTGTACCCATTGc > 1:664719/1‑68 (MQ=255) atGGATAGCCATACGCTGATTCAGGCGCTGATTAATCTCGGTTCGGCAGCGCTGATTGTGCCCATTGc > 1:167501/1‑68 (MQ=255) atGGATAGCCATACGCTGATTCAGGCGATGATTTATCTCGGTTCGGCAGCGCTGATTGTGCCCATTGc > 1:2168313/1‑68 (MQ=255) ggATAGCCATACGCTGATTCAGGCGCTGATTTATCTCGGTTCGGCAGCGCTGATTGTGCCCATTGCgg < 1:3238052/68‑1 (MQ=255) ggATAGCCATACGCTGATTCAGGCGCTGATTTATCTCGGTTCGGCAGCGCTGATTGTGCCCATTGCgg < 1:2360846/68‑1 (MQ=255) ggATAGCCATACGCTGATTCAGGCGCTGATTTATCTCGGTTCGGCAGCGCTGATTGTACCCATTGCgg < 1:294799/68‑1 (MQ=255) gATAGCCATACGCTGATTCAGGCGCTGATTTATCTCGGTTCGGCAGCGCTGATTGTGCCCATTGCgg < 1:1821262/67‑1 (MQ=255) gATAGCCATACGCTGATTCAGGCGCTGATTTATCTCGGTTCGGCAGCGCTGATTGTACCCATTGCGGTa > 1:584020/1‑69 (MQ=255) gATAGCCATACGCTGATTCAGGCGCTGATTTATCTCGGTTCGGCAGCGCTGATTGTACCCATTGCGGTa < 1:617319/69‑1 (MQ=255) gATAGCCATACGCTGATTCAGGCGCTGATTTATCTCGGTTCGGCAGCGCTGATTGTACCCATTGCGGTa < 1:2981082/69‑1 (MQ=255) aTAGCCATACGCTGATTCAGGCGCTGATTTATCTCGGTTCGGCAGCGCTGATTGTACCCATTGCGGTa < 1:2125141/68‑1 (MQ=255) gCCATACGCTGATTCAGGCGCTGATTTATCTCGGTTCGGCAGCGCTGATTGTACCCATTGCGGTACGTc > 1:1870858/1‑69 (MQ=255) aCGCTGATTCAGGCGCTGATTTATCTCGGTTCGGCAGCGCTGATTGTAcc > 1:77943/1‑50 (MQ=255) aCGCTGATTCAGGCGCTGATTTATCTCGGTTCGGCAGCGCTGATTGTAcc > 1:73707/1‑50 (MQ=255) cGCTGATTCAGGCGCTGATTTATCTCGGTTCGGCAGCGCTGATTGTGccc > 1:1822736/1‑50 (MQ=255) cGCTGATTCAGGCGCTGATTTATCTCGGTTCGGCAGCGCTGATTGTGCCCATTGCGGTACGTc > 1:782936/1‑63 (MQ=255) cGCTGATTCAGGCGCTGATTTATCTCGGTTCGGCAGCGCTGATTGTGCCCATTGCGGTACGTCTTGGTc > 1:1992532/1‑69 (MQ=255) cGCTGATTCAGGCGCTGATTTATCTCGGTTCGGCAGCGCTGATTGTGCCCATTGCGGTACGTCTTGGTc > 1:2672779/1‑69 (MQ=255) cGCTGATTCAGGCGCTGATTTATCTCGGTTCGGCAGCGCTGATTGTGCCCATTGCGGTACGTCTTGGTc > 1:2674189/1‑69 (MQ=255) cGCTGATTCAGGCGCTGATTTATCTCGGTTCGGCAGCGCTGATTGTGCCCATTGCGGTACGTCTTGGTc > 1:2889842/1‑69 (MQ=255) cTGATTCAGGCGCTGATTTATCTCGGTTCGGCAGCGCTGATTGTGCCCATTGCGGTACGTCTTGGTCTg < 1:3394879/69‑1 (MQ=255) cTGATTCAGGCGCTGATTTATCTCGGTTCGGCAGCGCTGATTGTGCCCATTGCGGTACGTCTTGGTCTg < 1:3101283/69‑1 (MQ=255) ttCAGGCGCTGATTTATCTCGGTTCGGCAGCGCTGATTGTGCCCATTGCGGTACGTCTTGGTCTGGGAt > 1:3641486/1‑69 (MQ=255) ggCGTTGATTTATCTCGGTTCGGCAGCGCTGATTGTGCCCATTGCGGTACGTCTTGGTCTGGGATCgg < 1:847071/68‑1 (MQ=255) ggCGCTGATTTATCTCGGTTCGGCAGCTCTGATTGTGCCCATTGCGGTACGTCTTGGTCTGGGATCgg < 1:591810/68‑1 (MQ=255) ggCGCTGATTTATCTCGGTTCGGCAGCGCTGATTGTGCCCATTGCGGTACGTCTTGGTCTGGGATc > 1:2768553/1‑66 (MQ=255) ggCGCTGATTTATCTCGGTTCGGCAGCGCTGATTGTGCCCATTGCGGTACGTCTTGGTCTGGGATc > 1:2593323/1‑66 (MQ=255) ggCGCTGATTTATCTCGGTTCGGCAGCGCTGATTGTGCCCATTGCGGTACGTCTTGGTCTGGGATc > 1:2071665/1‑66 (MQ=255) ggCGCTGATTTATCTCGGTTCGGCAGCGCTGATTGTGCCCATTGCGGTACGTCTTGGTCTGGGATCgg < 1:2498834/68‑1 (MQ=255) ggCGCTGATTTATCTCGGTTCGGCAGCGCTGATTGTGCCCATTGCGGTACGTCTTGGTCTGGGATCgg > 1:2337150/1‑68 (MQ=255) gcgcTGATTTATCTCGGTTCGGCAGCGCTGATTGTGCCCATTGCGGTACGTCTTGGTCTGGGATCGGt < 1:2049656/68‑1 (MQ=255) gcgcTGATTTATCTCGGTTCGGCAGCGCTGATTGTGCCCATTGCGGTACGTCTTGGTCTGGGATCGGt < 1:3069563/68‑1 (MQ=255) gcgcTGATTTATCTCGGTTCGGCAGCGCTGATTGTGCCCATTGCGGTACGTCTTGGTCTGGGATCGGt < 1:3108268/68‑1 (MQ=255) gcgcTGATTTATCTCGGTTCGGCAGCGCTGATTGTGCCCATTGCGGTACGTCTTGGTCTGGGATCGGt < 1:379033/68‑1 (MQ=255) cgcTGATTTATCTCGGTTCGGCAGCGCTGATTGTGCCCATTGCGGTACGTCTTGGTCTGGGATCGGt < 1:2424241/67‑1 (MQ=255) tttATCTCGGTTCGGCAGCGCTGATTGTACCCATTGCGGTACGTCTTGGTCTGGGATCGGTACtt < 1:2830979/65‑1 (MQ=255) tttATCTCGGTTCGGCAGCGCTGATTGTACCCATTGCGGTACGTCTTGGTCTGGGATCGGTACtt < 1:3514023/65‑1 (MQ=255) ttATCTCGGTTCGGCAGCGCTGATTGTGCCCATTGCGGTACGTCTTGGTCTGGGATCGGTACTTGGCt > 1:931608/1‑68 (MQ=255) tcGGTTCGGCAGCGCTGATTGTGCCCATTGCGGTACGTCTTGGTCTGGGATCGGTACTTGGCTACCTg < 1:2062668/68‑1 (MQ=255) tcGGTTCGGCAGCGCTGATTGTGCCCATTGCGGTACGTCTTGGTCTGGGATCGGTACTTGGCTACCTg < 1:3717440/68‑1 (MQ=255) tcGGTTCGGCAGCGCTGATTGTGCCCATTGCGGTACGTCTTGGTCTGGGATCGGTACTTGGCTACCTg < 1:791138/68‑1 (MQ=255) ggTTCGGCAGCGCTGATTGTGCCCATTGCGGTACGTCTTGGTCTGGGATCGGTACTTGGCTACCTGATc > 1:1472236/1‑69 (MQ=255) ggTTCGGCAGCGCTGATTGTGCCCATTGCGGTACGTCTTGGTCTGGGATCGGTACTTGGCTACCTGATc > 1:805861/1‑69 (MQ=255) tCGGCAGCGCTGATTGTACCCATTGCGGTACGTCTTGGTCTGGGATCGGTACTTGGCt > 1:957321/1‑58 (MQ=255) tCGGCAGCGCTGATTGTACCCATTGCGGTACGTCTTGGTCTGGGATCGGTACTTGGCTa > 1:3062990/1‑59 (MQ=255) ggCAGCGCTGATTGTACCCATTGCGGTACGTCTTGGTCTGGGATCGGTACtt < 1:2727598/52‑1 (MQ=255) gCAGCGCTGATTGTGCCCATTGCGGTACGTCTTGGTCTGGGATCgg < 1:394178/46‑1 (MQ=255) gcTGATTGTGCCCATTGCGGTACGTCTTGGTCTggg < 1:1413794/36‑1 (MQ=255) gcTGATTGTGCCCATTGCGGTACGTCTTGGTCTGGGATCGGTACTTGGCTACCTGATCGCCGGCTGCat < 1:3427099/69‑1 (MQ=255) gcTGATTGTGCCCATTGCGGTACGTCTTGGTCTGGGATCGGTACTTGGCTACCTGATCGCCGGCTGCat < 1:1680317/69‑1 (MQ=255) ccgATTGTGCCCATTGCGGTACGTCTTGGTCTGGGATCGGTACTTGGCTACCTGATCGCCGGCTGCatt < 1:2355300/67‑1 (MQ=255) tGATTGTGCCCATTGCGGTACGTCTTGGTCTGGGATCGGTACTTGGCTACCTGATCGCCGGCTGCatta < 1:2308224/69‑1 (MQ=255) gATTGTGCCCATTGCGGTACGTCTTGGTCTGGGATCGGTACTTGGCTACCt < 1:2729234/51‑1 (MQ=255) gATTGTGCCCATTGCGGTACGTCTTGGTCTGGGATCGGTACTTGGCTACCt < 1:2263500/51‑1 (MQ=255) gATTGTGCCCATTGCGGTACGTCTTGGTCTGGGATCGGTACTTGGCTACCt < 1:2084682/51‑1 (MQ=255) gATTGTGCCCATTGCGGTACGTCTTGGTCTGGGATCGGTACTTGGCTACCt < 1:1488477/51‑1 (MQ=255) | CATCATGGATAGCCATACGCTGATTCAGGCGCTGATTTATCTCGGTTCGGCAGCGCTGATTGTACCCATTGCGGTACGTCTTGGTCTGGGATCGGTACTTGGCTACCTGATCGCCGGCTGCATTA > W3110S.gb/47765‑47889 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |