| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | W3110S.gb | 887,947 | G→A | 23.7% | A35T (GCT→ACT) | ybjK → | predicted DNA‑binding transcriptional regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 887,947 | 0 | G | A | 23.7% | 71.8 / 19.7 | 38 | A35T (GCT→ACT) | ybjK | predicted DNA‑binding transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (16/13); new base A (6/3); total (22/16) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.06e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.84e-01 | |||||||||||
GCTGGAGGCGGTGAAACTTTACGGAATACATGCTGTTACGCACCGCAAAATTGCTACCCTTGCCGGGGTACCGTTGGGATCGATGACCTACTATTTTTCAGGAATTGATGAGTTGTTAC > W3110S.gb/887895‑888013 | gCTGGAGGCGGTGAAACTTTACGGAATACATGCTGTTACGCACCGCAAAATTGCTACCCTTGCCGGGGt > 1:647851/1‑69 (MQ=255)gCTGGAGGCGGTGAAACTTTACGGAATACATGCTGTTACGCACCGCAAAATTGCTACCCTTGCCGGGGt > 1:533227/1‑69 (MQ=255)gCTGGAGGCGGTGAAACTTTACGGAATACATGCTGTTACGCACCGCAAAATTGCTACCCTTGCCGGGGt > 1:1356884/1‑69 (MQ=255)gCTGGAGGCGGTGAAACTTTACGGAATACATGCTGTTACGCACCGCAAAATTGCTACCCTTGCCGGGGt > 1:2560198/1‑69 (MQ=255)gCTGGAGGCGGTGAAACTTTACGGAATACATGCTGTTACGCACCGCAAAATTGCTACCCTTGCCGGGGt > 1:2224939/1‑69 (MQ=255) cTGGAGGCGGTGAAACTTTACGGAATACATGCTGTTACGCACCGCAAAATTGCTACCCTTGCCGGGGTa > 1:3621255/1‑69 (MQ=255) cTGGAGGCGGTGAAACTTTACGGAATACATGCTGTTACGCACCGCAAAATTGCTACCCTTGCCGGGGTa > 1:3194978/1‑69 (MQ=255) cTGGAGGCGGTGAAACTTTACGGAATACATGCTGTTACGCACCGCAAAATTGCTACCCTTGCCGGGGTa > 1:3137683/1‑69 (MQ=255) cTGGAGGCGGTGAAACTTTACGGAATACATGCTGTTACGCACCGCAAAATTGCTACCCTTGCCGGGGTa > 1:2159954/1‑69 (MQ=255) gAGGCGGTGAAACTTTACGGAATACATGCTGTTACGCACCGCAAAATTGCTACCCTTGCCGGGGTAcc < 1:1309365/68‑1 (MQ=255) ggCGGTGAAACTTTACGGAATACATGCTGTTACGCACCGCAAAATTGCTACCCTTGCCGGGGTACCGt < 1:708554/68‑1 (MQ=255) ggTGAAACTTTACGGAATACATGCTGTTACGCACCGCAAAATTGCTACCCTTGCCGGGGTACCGTTgg > 1:22007/1‑68 (MQ=255) gAAACTTTACGGAATACATGCTGTTACGCACCGCAAAATTGCTACCCTTGCCGGGGTACCGTTgg < 1:3514945/65‑1 (MQ=255) gAAACTTTACGGAATACATGCTGTTACGCACCGCAAAATTGCTACCCTTGCCGGGGTACCGTTgg < 1:3043984/65‑1 (MQ=255) gAAACTTTACGGAATACATGCTGTTACGCACCGCAAAATTACTACCCTTGCCGGGGTACCGTTGGGAt > 1:1044018/1‑68 (MQ=255) gAAACTTTACGGAATACATGCTGTTACGCACCGCAAAATTACTACCCTTGCCGGGGTACCGTTGGGATc > 1:3394175/1‑69 (MQ=255) aaaCTTTACGGAATACATGCTGTTACGCACCGCAAAATTACTACCCTTGCCGGGGTAcc < 1:3406222/59‑1 (MQ=255) aaaCTTTACGGAATACATGCTGTTACGCACCGCAAAATTACTACCCTTGCCGGGGTAcc < 1:582659/59‑1 (MQ=255) cTGTTACGCACCGCAAAATTGCTACCCTTGCCGGGGTACCGTTGGGATCGATGACCTACTATTTTTCa > 1:396058/1‑68 (MQ=255) cTGTTACGCACCGCAAAATTACTACCCTTGCCGGGGTACCGTTGGGATCGATGACCTACTATTTTTCa > 1:624603/1‑68 (MQ=255) cTGTTACGCACCGCAAAATTACTACCCTTGCCGGGGTACCGTTGGGATCGATGACCTACTATTTTTCa > 1:236534/1‑68 (MQ=255) aCGCACCGCAAAATTGCTACCCTTGCCGGGGTACCGTTGGTATCGATGACCTACTATTTTTCAGGAAtt < 1:2273158/69‑1 (MQ=255) aCGCACCGCAAAATTGCTACCCTTGCCGGGGTACCGTTGGTATCGATGACCTACTATTTTTCAGGAAtt < 1:2268696/69‑1 (MQ=255) aCGCACCGCAAAATTACTACCCTTGCCGGGGTACCGTTGGGATc < 1:395062/44‑1 (MQ=255) cACCGCAAAATTGCTACCCTTGCCGGGGTACCGTTGGGATCGATGACCTACTATTTTTCAGGAATtgat < 1:1243114/69‑1 (MQ=255) cACCGCAAAATTGCTACCCTTGCCGGGGTACCGTTGGGATCGATGACCTACTATTTTTCAGGAATtgat < 1:3266830/69‑1 (MQ=255) gCAAAATTACTACCCTTGCCGGGGTACCGTTGGGATCGATGAGCTACTATTTTTCAGGAATTGATGAgt > 1:1597960/1‑69 (MQ=255) aaaTTGCTACCCTTGCCGGGGTACCGTTGGGATCGATGACCTACTATTTTTCAGGAATTGATGAgttgt < 1:3297004/69‑1 (MQ=255) aaaTTGCTACCCTTGCCGGGGTACCGTTGGGATCGATGACCTACTATTTTTCAGGAATTGATGAgttgt < 1:1442101/69‑1 (MQ=255) aaaTTGCTACCCTTGCCGGGGTACCGTTGGGATCGATGACCTACTATTTTTCAGGAATTGATGAgttgt < 1:1567750/69‑1 (MQ=255) aaaTTGCTACCCTTGCCGGGGTACCGTTGGGATCGATGACCTACTATTTTTCAGGAATTGATGAgttgt < 1:2496481/69‑1 (MQ=255) aaTTGCTACCCTTGCCGGGGTACCGTTGGGATCGATGACCTACTATTTTTCAGGAATTGATGAgttgtt < 1:1006314/69‑1 (MQ=255) aTTACTACACTTGCCGGGGTACCGTTGGGATCGATGACCTACTAt > 1:2539207/1‑45 (MQ=38) ttGCTACCCTTGCCGGGGTACCGTTGGGATCGATGCCCTACTATTTTTCAGGAATTGATGAgtt > 1:1154503/1‑64 (MQ=255) ttGCTACCCTTGCCGGGGTACCGTTGGGATCGATGACCTACTATTTTTCAGGAATTGATGAg > 1:3684397/1‑62 (MQ=255) ttGCTACCCTTGCCGGGGTACCGTTGGGATCGATGACCTACTATTTTTCAGGAATTGATGAGTTGTTAc > 1:3331620/1‑69 (MQ=255) ttGCTACCCTTGCCGGGGTACCGTTGGGATCGATGACCTACTATTTTTCAGGAATTGATGAGTTGTTAc > 1:18838/1‑69 (MQ=255) ttGCTACCCTTGACGGGGTACCGTTGGGATCGATGACCTACTATTTTTCAGGAATTGATGAgtt > 1:1122376/1‑64 (MQ=255) | GCTGGAGGCGGTGAAACTTTACGGAATACATGCTGTTACGCACCGCAAAATTGCTACCCTTGCCGGGGTACCGTTGGGATCGATGACCTACTATTTTTCAGGAATTGATGAGTTGTTAC > W3110S.gb/887895‑888013 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |