| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | W3110S.gb | 70,244 | T→C | 34.2% | intergenic (‑196/‑143) | araB ← / → araC | L‑ribulokinase/DNA‑binding transcriptional dual regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 70,244 | 0 | T | C | 34.2% | 87.6 / 76.5 | 81 | intergenic (‑196/‑143) | araB/araC | L‑ribulokinase/DNA‑binding transcriptional dual regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (32/21); new base C (9/18); total (42/39) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.29e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
ATAATCAATGTGGACTTTTCTGCCGTGATTATAGACACTTTTGTTACGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTGGGTTAGCGAGAAGAGCCAG > W3110S.gb/70176‑70308 | ataatCAATGTGGACTTTTCTGCCGTGATTATAGACACTTTTGTTACGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGt < 1:988326/69‑1 (MQ=255)ataatCAATGTGGACTTTTCTGCCGTGATTATAGACACTTTTGTTACGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGt > 1:2758715/1‑69 (MQ=255)ataatCAATGTGGACTTTTCTGCCGTGATTATAGACACTTTTGTTACGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGt > 1:3576677/1‑69 (MQ=255)ataatCAATGTGGACTTTTCTGCCGTGATTATAGACACTTTTGTTACGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGt > 1:4296/1‑69 (MQ=255) tCAATGTGGACTTTTCTGCCGTGATTATAGACACTTTTGTTACGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGTCCCg > 1:2656236/1‑69 (MQ=255) tCAATGTGGACTTTTCTGCCGTGATTATAGACACTTTTGTTACGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGTCCCg > 1:1823906/1‑69 (MQ=255) aaTGTGGACTTTTCTGCCGTGATTATAGACACTTTTGTTACGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGTCCCGc > 1:686898/1‑68 (MQ=255) tgGACTTTTCTGCCGTGATTATAGACACTTTTGTTACGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGt > 1:2613410/1‑69 (MQ=255) gACTTTTCTGCCGTGATTATAGACACTTTTGTTACGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGt > 1:2078786/1‑67 (MQ=255) gACTTTTCTGCCGTGATTATAGACACTTTTGTTACGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGt > 1:382996/1‑67 (MQ=255) gACTTTTCTGCCGTGATTATAGACACTTTTGTTACGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGt > 1:1370336/1‑67 (MQ=255) gACTTTTCTGCCGTGATTATAGACACTTTTGTTACGCGTATTTGTCATGGCTTTGG‑CCCGCTTTGt > 1:566143/1‑66 (MQ=255) ttCTGCCGTGATTATAGACACTTTTGTTACGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGCCCCGCTTTGTTACAGaa > 1:1421568/1‑69 (MQ=255) tCTGCCGTGATTATAGACACTTTTGTTACGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAAt > 1:2217735/1‑69 (MQ=255) tCTGCCGTGATTATAGACACTTTTGTTACGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAAt > 1:2393272/1‑69 (MQ=255) cTGCCGTGATTATAGACACTTTTGTTACGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGCCCCGCTTTGTTACAGAAt < 1:3065555/68‑1 (MQ=255) gTGATTATAGACACTTTTGTTACGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACTGATTGCt < 1:2464890/66‑1 (MQ=255) gTGATTATAGACACTTTTGTTACGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACATAATGCt < 1:1251/66‑1 (MQ=255) gTGATTATAGACACTTTTGTTACGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCt < 1:919989/66‑1 (MQ=255) gTGATTATAGACACTTTTGTTACGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCt < 1:3115167/66‑1 (MQ=255) gATTATAGACACTTTTGTTACGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTtaa < 1:2266386/69‑1 (MQ=255) aTTATAGACACTTTTGTTACGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCtttt > 1:2092815/1‑66 (MQ=255) tataGACACTTTTGTTACGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTtaata < 1:2280501/68‑1 (MQ=255) tataGACACTTTTGTTACGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGCCCCGCTTTg < 1:320998/49‑1 (MQ=255) tataGACACTTTTGTTACGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGCCCCGCTTTg < 1:3368518/49‑1 (MQ=255) tataGACACTTTTGTTACGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGCCCCGCTTTg < 1:1324849/49‑1 (MQ=255) tataGACACTTTTGTTACGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGCCCCGCTTTg < 1:1412486/49‑1 (MQ=255) tataGACACTTTTGTTACGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGCCCCGCTTTg < 1:373954/49‑1 (MQ=255) ataGACACTTTTGTTACGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAg > 1:571705/1‑54 (MQ=255) ataGACACTTTTGTTACGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAg > 1:2992614/1‑54 (MQ=255) ataGACACTTTTGTTACGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCtttt < 1:1370170/63‑1 (MQ=255) ataGACACTTTTGTTACGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCtttt < 1:1461197/63‑1 (MQ=255) taGACACTTTTGTTACGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGc > 1:2735925/1‑69 (MQ=255) taGACACTTTTGTTACGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGc > 1:445299/1‑69 (MQ=255) gACACTTTTGTTACGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAg > 1:1988549/1‑51 (MQ=255) gACACTTTTGTTACGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAg > 1:861248/1‑51 (MQ=255) gACACTTTTGTTACGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAg > 1:598793/1‑51 (MQ=255) gACACTTTTGTTACGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGCCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCgg > 1:3280246/1‑69 (MQ=255) gACACTTTTGTTACGCGTTTTTGTCATGGCTTTAGCCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCgg > 1:1329537/1‑69 (MQ=255) cacTTTTGTTACGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGCCCCGCTTTGTTACAg < 1:3462486/49‑1 (MQ=255) cTTTTGTTACGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGa < 1:1240595/48‑1 (MQ=255) cTTTTGTTACGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGa < 1:389516/48‑1 (MQ=255) cTTTTGTTACGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGa < 1:247157/48‑1 (MQ=255) cTTTTGTTACGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGCCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGtt < 1:707046/69‑1 (MQ=255) ttttGTTACGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTa > 1:3630848/1‑69 (MQ=255) ttttGTTACGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTa < 1:1818285/69‑1 (MQ=255) ttttGTTACGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTa < 1:1063743/69‑1 (MQ=255) tttGTTACGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGtct > 1:2878346/1‑66 (MQ=255) tttGTTACGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGtct > 1:1381219/1‑66 (MQ=255) tttGTTACGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGtct > 1:3309970/1‑66 (MQ=255) tttGTTACGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTAc > 1:1385071/1‑69 (MQ=255) tttGTTACGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGCCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTAc > 1:1443276/1‑69 (MQ=255) ttGTTACGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCttt > 1:3463988/1‑52 (MQ=255) ttGTTACGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCttt > 1:3459570/1‑52 (MQ=255) ttGTTACGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCt > 1:449823/1‑50 (MQ=255) ttGTTACGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGCCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGtgat > 1:3468747/1‑65 (MQ=255) tGTTACGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTtaata > 1:1612747/1‑56 (MQ=255) gTTACGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGt < 1:613586/37‑1 (MQ=255) gTTACGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCgg > 1:3293965/1‑69 (MQ=255) gTTACGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGCCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTAcc < 1:998523/67‑1 (MQ=255) gTTACGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGCCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCg < 1:3286109/68‑1 (MQ=255) cgcgTTTTTGTCATGGCTTTGGCCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTgg > 1:1658706/1‑69 (MQ=255) gcgTTTTTGTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTgg < 1:3420792/68‑1 (MQ=255) cgTTTTTGTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTgg < 1:31321/67‑1 (MQ=255) cgTTTTTGTCATGGCTTTGGCCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTGGGt < 1:942367/69‑1 (MQ=255) cgTTTTTGTCATGGCTTTGGCCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTGGGt < 1:3586768/69‑1 (MQ=255) cgTTTTTGTCATGGCTTTGGCCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTGGGt < 1:3700288/69‑1 (MQ=255) tttGTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTGGGTTa > 1:3148003/1‑67 (MQ=255) tttGTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTGGGTTa > 1:2089591/1‑67 (MQ=255) gTCATGGCTTTGGCCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCggg < 1:2057439/48‑1 (MQ=255) tCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTGGGTTAGCgag < 1:1458683/68‑1 (MQ=255) tCATGGCTTTGGCCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTGGGTTAGCgag < 1:2862441/68‑1 (MQ=255) tCATGGCTTTGGCCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTGGGTTAGCgag < 1:3220119/68‑1 (MQ=255) tCATGGCTTTGGCCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTGGGTTAGCgag < 1:2672303/68‑1 (MQ=255) tCATGGCTTTCGCCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGtt < 1:3059636/50‑1 (MQ=39) cATGGCTTTGGCCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTGGGTTAGCgag > 1:326272/1‑67 (MQ=255) cATGGCTTTGGCCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTGGGTTAGCgag > 1:2097462/1‑67 (MQ=255) aTGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTGGGTTAGCgag > 1:1869298/1‑66 (MQ=255) tGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTGGGTTAGCGagaaga > 1:3228827/1‑69 (MQ=255) tGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTGGGTTAGCGagaaga > 1:3686731/1‑69 (MQ=255) gCTTTGGCCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTGGGTTAGCGagaaga > 1:288018/1‑67 (MQ=255) tttGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTGGGTTAGCGAGAAGAGcc < 1:2818899/68‑1 (MQ=255) ttGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTGGGTTAGCGAGAAGAGCCAg < 1:2114181/69‑1 (MQ=255) tGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTGGGTTAGCg < 1:2945234/57‑1 (MQ=255) tGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTGGGTTAGCg < 1:3621010/57‑1 (MQ=255) | ATAATCAATGTGGACTTTTCTGCCGTGATTATAGACACTTTTGTTACGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTGGGTTAGCGAGAAGAGCCAG > W3110S.gb/70176‑70308 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |