| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | W3110S.gb | 1,051,238 | T→C | 22.8% | intergenic (+286/+147) | insB → / ← cspH | IS1 transposase InsAB'/stress protein, member of the CspA‑family |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 1,051,238 | 0 | T | C | 22.8% | 109.0 / 32.4 | 57 | intergenic (+286/+147) | insB/cspH | IS1 transposase InsAB'/stress protein, member of the CspA‑family |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (14/30); new base C (6/7); total (20/37) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.09e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.89e-01 | |||||||||||
GAAATTGTTACGAAAGCTATTAATTATTGTTGGTAATATAGTTTCAAGTGGTACTATAACTGGCTGTTAAATGGCATTTATAACTATTAGGTGCAGAGATATTCGCTTAAATGGATTAGTTTCTTTGTGGAAAAGT > W3110S.gb/1051171‑1051306 | gAAATTGTTACGAAAGCTATTAATTATTGTTGGTATTATAGTTTCAAGTGGTACTATAACTGGCTGTTa < 1:3618312/69‑1 (MQ=255)gAAATTGTTACGAAAGCTATTAATTATTGTTGGTAATATAGTTTCAAGTGGTACTATAACTGGCTGTTa < 1:630958/69‑1 (MQ=255)gAAATTGTTACGAAAGCTATTAATTATTGTTGGTAATATAGTTTCAAGTGGTACTATAACTGGCTGTTa < 1:2353667/69‑1 (MQ=255)gAAATTGTTACGAAAGCTATTAATTATTGTTGGTAATATAGTTTCAAGTGGTACTATAACTGGCTGTTa > 1:2570078/1‑69 (MQ=255)gAAATTGTTACGAAAGCTATTAATTATTGTTGGTAATATAGTTTCAAGTGGTACTATAACTGGCTGTTa < 1:69094/69‑1 (MQ=255) aaaTTGTTACGAAAGCTATTAATTATTGTTGGTAATATAGTTTCAAGTGGTACTATAACTGGCTGTTaa < 1:2546905/69‑1 (MQ=255) aaaTTGTTACGAAAGCTATTAATTATTGTTGGTAATATAGTTTCAAGTGGTACTATAACTGGCTGTTaa < 1:2683849/69‑1 (MQ=255) tGTTACGAAAGCTATTAATTATTGTTGGTAATATAGTTTCAAGTGGTACTATAACTGGCTGTTAAATgg > 1:1139888/1‑69 (MQ=255) tGTTACGAAAGCTATTAATTATTGTTGGTAATATAGTTTCAAGTGGTACTATAACTGGCTGTTAAATgg > 1:2743274/1‑69 (MQ=255) tGTTACGAAAGCTATTAATTATTGTTGGTAATATAGTTTCAAGTGGTACTATAACTGGCTGTTAAATgg > 1:1319060/1‑69 (MQ=255) gTTACGAAAGCTATTAATTATTGTTGGTAATATAGTTTCAAGTGGTACTATAACTGGCTGTCAAATGGc > 1:2838705/1‑69 (MQ=255) aaaGCTATTAATTATTGTTGTTAATATAGTTTCAAGTGGTACTATAACTGGCTGTTAAATGGCATTtat < 1:1889673/69‑1 (MQ=255) aaaGCTATTAATTATTGTTGGTAATATAGTTTCAAGTGGTACTATAACTGGCTGTTAAATGGCATTtat < 1:1528743/69‑1 (MQ=255) aaaGCTATTAATTATTGTTGGTAATATAGTTTCAAGTGGTACTATAACTGGCTGTTAAATGGCATTtat < 1:2485602/69‑1 (MQ=255) aaaGCTATTAATTATTGTTGGTAATATAGTTTCAAGTGGTACTATAACTGGCTGTCAAATGGCATTtat > 1:1836607/1‑69 (MQ=255) aaaGCTATTAATTATTGTTGGTAATATAGTTTCAAGTGGTACTATAACTGGCTGTCAAATGGCATTtat < 1:3679434/69‑1 (MQ=255) ttaattaTTGTTGGTAATATAGTTTCAAGTGGTACTATAACTGGCTGTTAAATGGCATTTATAACTAtt > 1:625187/1‑69 (MQ=255) aattaTTGTTGGTAATATAGTTTCAAGTGGTACTATAACTGGCTGTTaaa < 1:3513156/50‑1 (MQ=255) aattaTTGTTGGTAATATAGTTTCAAGTGGTACTATAACTGGCTGTTaaa < 1:2963368/50‑1 (MQ=255) aattaTTGTTGGTAATATAGTTTCAAGTGGTACTATAACTGGCTGTTaaa < 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gttgGTAATATAGTTTCAAGTGGTACTATAACTGGCTGTTAAATGGCATTTATAACTATTAGGTGCag < 1:3287774/68‑1 (MQ=255) gttgGTAATATAGTTTCAAGTGGTACTATAACTGGCTGTTAAATGGCATTTATAACTATTAGGTGCag < 1:3292169/68‑1 (MQ=255) gttgGTAATATAGTTTCAAGTGGTACTATAACTGGCTGTTAAATGGCATTTATAACTATTAGGTGCa < 1:2750003/67‑1 (MQ=255) ggTAATATAGTTTCAAGTGGTACTATAACTGGCTGTCAAATGGCATTTATAACTATTAGGTGCAgaga < 1:2448188/68‑1 (MQ=255) ggTAATATAGTTTCAAGTGGTACTATAACTGGCTGTCAAATGGCATTTATAACTATTAGGTGCAgaga < 1:1586625/68‑1 (MQ=255) atatAGTTTCAAGTGGTACTATAACTGGCTGTTAAATGGCATTTATAACTATTAGGTGCag > 1:1707686/1‑61 (MQ=255) atatAGTTTCAAGTGGTACTATAACTGGATGTTAAATGGCATTTATAACTATTAGGTGCag > 1:3546342/1‑61 (MQ=255) ataGTTTCAAGTGGTACTATAACTGGCTGTTAAATGGCAtt < 1:243874/41‑1 (MQ=255) ataGTTTCAAGTGGTACTATAACTGGCTGTTAAATGGCAtt < 1:1473070/41‑1 (MQ=255) ataGTTTCAAGTGGTACTATAACTGGCTGTTAAATGGCAtt < 1:2287272/41‑1 (MQ=255) taGTTTCAAGTGGTACTATAACTGGCTGTTAAATGGCATTtat < 1:2641531/43‑1 (MQ=255) taGTTTCAAGTGGTACTATAACTGGCTGTTAAATGGCATTTATAACTATTAGGTGCa < 1:2565627/57‑1 (MQ=255) taGTTTCAAGTGGTACTATAACTGGCTGTTAAATGGCATTTATAACTATTAGGTGCa > 1:2019259/1‑57 (MQ=255) aGTTTCAAGTGGTACTATAACTGGCTGTTAAATGGCATTtat < 1:2858924/42‑1 (MQ=255) tCAAGTGGTACTATAACTGGCTGTTAAATGGCATTTATAACTATTAGGTGCAGAGATATTCGCTTaaa > 1:2300077/1‑68 (MQ=255) tCAAGTGGTACTATAACTGGCTGTTAAATGGCATTTATAACTATTAGGTGCAGAGATATTCGCTTaaa > 1:1952668/1‑68 (MQ=255) tCAAGTGGTACTATAACTGGCTGTTAAATGGCATTTATAACTATTAGGTGCAGAGATATTCGCTTaaa > 1:926216/1‑68 (MQ=255) tCAAGTGGTACTATAACTGGCTGTCAAATGGCATTTATAACTATTAGGTGCAGAGATATTCGCTTa < 1:638941/66‑1 (MQ=255) tCAAGTGGTACTATAACTGGCTGTCAAATGGCATTTATAACTATTAGGTGCAGAGATATTCGCTTa < 1:941473/66‑1 (MQ=255) ggTACTATAACTGGCTGTCAAATGGCATTTATAACTATTAGGTGCAgaga < 1:2300403/50‑1 (MQ=255) aCTATAACTGGCTGTTAAATGGCATTTATAACTATTAGGTGCAGAGATATTCGCTTAAATGGATTact < 1:6884/68‑3 (MQ=255) cTATAACTGGCTGTTAAATGGCATTTATAACTATTAGGTGCAgaga < 1:3484331/46‑1 (MQ=255) ataACTGGCTGTTAAATGGCATTTATAACTATTAGGTGCAGAGATATTCGCTTAAATGGATTAGTTTCt > 1:1962385/1‑69 (MQ=255) ataACTGGCTGTCAAATGGCATTTATAACTATTAGGTGCaga < 1:1145113/42‑1 (MQ=255) aCTGGCTGTCAAATGGCATTTATAACTATTAGGTGCAGAGATATTCGCTTAAATGGATTAGTTTCTTtg > 1:2211128/1‑69 (MQ=255) aCTGGCTGTCAAATGGCATTTATAACTATTAGGTGCAGAGATATTCGCTTAAATGGATTAGTTTCTTtg > 1:1340136/1‑69 (MQ=255) tAAATGGCATTTATAACTATTAGGTGCAGAGATATTCGCTTAAATGGATTAGTTTCTTTGTGGAAAAGt > 1:34692/1‑69 (MQ=255) | GAAATTGTTACGAAAGCTATTAATTATTGTTGGTAATATAGTTTCAAGTGGTACTATAACTGGCTGTTAAATGGCATTTATAACTATTAGGTGCAGAGATATTCGCTTAAATGGATTAGTTTCTTTGTGGAAAAGT > W3110S.gb/1051171‑1051306 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |