| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | W3110S.gb | 1,056,565 | G→A | 58.5% | G12G (GGC→GGT) | torS ← | hybrid sensory histidine kinase in two‑component regulatory system with TorR |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 1,056,565 | 0 | G | A | 58.5% | 15.1 / 48.1 | 41 | G12G (GGC→GGT) | torS | hybrid sensory histidine kinase in two‑component regulatory system with TorR |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (11/6); new base A (8/16); total (19/22) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.24e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.93e-01 | |||||||||||
TGATAAAGCGCAGGTTGTACCATCCCACCAGGGTACTGGTCAGGGTTAACAGCGCCATCAGGGCAAAGCCCATCCAGAGTCTTCGGGTCAGGGTTAAATTCACGGTCGGTGCACTTTAGGTGAAAAAGG > W3110S.gb/1056498‑1056626 | tGATAAAGCGCAGGTTGTACCATCCCACCAGGGTACTGGTCAGGGTTAACAGCGCCATCAGGGCAAAGc < 1:699934/69‑1 (MQ=255)tGATAAAGCGCAGGTTGTACCATCCCACCAGGGTACTGGTCAGGGTTAACAGCGCCATCAGGGCAAAGc < 1:1526640/69‑1 (MQ=255)tGATAAAGCGCAGGTTGTACCATCCCACCAGGGTACTGGTCAGGGTTAACAGCGCCATCAGGGCAAAGc < 1:2695000/69‑1 (MQ=255)tGATAAAGCGCAGGTTGTACCATCCCACCAGGGTACTGGTCAGGGTTAACAGCGCCATCAGGGCAAAGc < 1:1834572/69‑1 (MQ=255) gcAGGTTGTACCATCCCACCAGGGTACTGGTCAGGGTTAACAGCGCCATCAGGGCAAAACCCATCCaga < 1:3647674/69‑1 (MQ=255) ggTTGTACCATCCCACCAGGGTACTGGTCAGGGTTAACAGCGCCATCAGGGCAAAACCCATCCAGAGTc < 1:3640921/69‑1 (MQ=255) cccACCAGGGTACTGGTCAGGGTTAACAGCGCCATCAGGGCAAAGCCCATCCaga < 1:2073803/55‑1 (MQ=255) cccACCAGGGTACTGGTCAGGGTTAACAGCGCCATCAGGGCAAAGCCCATCCaga < 1:2700040/55‑1 (MQ=255) ggTACTGGTCATGGTTAACAGCGCCATCAGGGCAAAACCCATCCAGAGTCTTCGGGTCAGGGTTAAAtt < 1:1422272/69‑1 (MQ=255) ggTACTGGTCAGGGTTAACAGCGCCATCAGGGCAAAACCCATCCAGAGTCTTCGGGTCAGGGTTAAAtt < 1:2417413/69‑1 (MQ=255) ggTACTGGTCAGGGTTAACAGCGCCATCAGGGCAAAACCCATCCAGAGTCTTCGGGTCAGGGTTAAAtt < 1:2985320/69‑1 (MQ=255) ggTACTGGTCAGGGTTAACAGCGCCATCAGGGCAAAACCCATCCAGAGTCTTCGGGTCAGGGTTAAAtt < 1:1554559/69‑1 (MQ=255) ggTACTGGTCAGGGTTAACAGCGCCATCAGGGCAAAACCCATCCAGAGTCTTCGGGTCAGGGTTAAAtt < 1:580958/69‑1 (MQ=255) ggTACTGGTCAGGGTTAACAGCGCCATCAGGGCAAAACCCATCCAGAGTCTTCGGGTCAGGGTTAAAtt < 1:1864755/69‑1 (MQ=255) aCTGGTCAGGGTTAACAGCGCCATCAGGGCAAAACCCATCCAGAGTCTTCGGGTCAGGGTTAAATTCAc > 1:1550101/1‑69 (MQ=255) aCTGGTCAGGGTTAACAGCGCCATCAGGGCAAAACCCATCCAGAGTCTTCGGGTCAGGGTTAAATTCAc > 1:2766794/1‑69 (MQ=255) gTCAGGGTTAACAGCGCCATCAGGGCAAAACCCATCCAGAGTCTTCGGGTCAGGGTTAAATTCAcggtc > 1:1355038/1‑69 (MQ=255) cAGGGTTAACAGCGCCATCAGGGCAAAACCCATCCAGAGTCTTCGGGTCAGGGTTAAATTCAcggtc < 1:397168/67‑1 (MQ=255) ggTTAACAGCGCCATCAGGGCAAAACCCATCCAGAGTCTTCGGGTCAGGGTTAAATTCACGGTCGGTg < 1:3689017/68‑1 (MQ=255) ggTTAACAGCGCCATCAGGGCAAAACCCATCCAGAGTCTTCGGGTCAGGGTTAAATTCACGGTCGGTGc > 1:2579576/1‑69 (MQ=255) ggTTAACAGCGCCATCAGGGCAAAACCCATCCAGAGTCTTCGGGTCAGGGTTAAATTCACGGTCGGTGc > 1:2586787/1‑69 (MQ=255) cAGCGCCATCAGGGCAAAACCCATCCAGAGTCTTCGGGTCAGGGTTAAATTCACGGTCGGTGCACttt < 1:2252101/68‑1 (MQ=255) cgcCATCAGGGCAAAACCCATCCAGAGTCTTCGGGTCAGGGTTAAATTCACGGTCGGTGCa > 1:1757966/1‑61 (MQ=255) tCAGGGCAAAACCCATCGAGAGTCTTCGGGTCAGGGTTa > 1:2019314/1‑39 (MQ=37) tCAGGGCAAAACCCATCCAGAGTCTTCGGGTCAGGGTTa > 1:857768/1‑39 (MQ=255) cAGGGCAAAACCCATCCAGAGTCTTCGGGTCAGGGTTAAATTCACGGTCGGTGCACTTTAGGTGaaaaa < 1:3188988/69‑1 (MQ=255) cAGGGCAAAACCCATCCAGAGTCTTCGGGTCAGGGTTAAATTCACGGTCGGTGCACTTTAGGTGaaaaa < 1:2333116/69‑1 (MQ=255) aGGGCAAAGCCCATCCATAGTCTTCGGGTCAGGGTTAAATTCACGGTCGGTGCACTTTAGGTGAAAAAg > 1:1249880/1‑69 (MQ=255) aGGGCAAAGCCCATCCAGAGTCTTCGGGTCAGGGTTAAATTCACGGTCGGTGCACTTTAGGTGAAAAAg > 1:3162829/1‑69 (MQ=255) aGGGCAAAGCCCATCCAGAGTCTTCGGGTCAGGGTTAAATTCACGGTCGGTGCACTTTAGGTGAAAAAg > 1:351468/1‑69 (MQ=255) aGGGCAAAGCCCATCCAGAGTCTTCGGGTCAGGGTTAAATTCACGGTCGGTGCACTTTAGGTGAAAAAg > 1:2792366/1‑69 (MQ=255) aGGGCAAAGCCCATCCAGAGTCTTCGGGTCAGGGTTAAATTCACGGTCGGTGCACTTTAGGTGAAAAAg > 1:474817/1‑69 (MQ=255) aGGGCAAAACCCATCCAGAGTCTTCGGGTCAGGGTTAAATTCAcggt < 1:3125487/47‑1 (MQ=255) aGGGCAAAACCCATCCAGAGTCTTCGGGTCAGGGTTAAATTCAcggt < 1:278146/47‑1 (MQ=255) aGGGCAAAACCCATCCAGAGTCTTCGGGTCAGGGTTAAATTCAcggt < 1:1972650/47‑1 (MQ=255) ggCAAAGCCCATCCAGAGTCTTCGGGTCAGGGTTAAATTCACGGTCGGTGCACtt > 1:3281558/1‑55 (MQ=255) ggCAAAGCCCATCCAGAGTCTTCGGGTCAGGGTTAAATTCACGGTCGGTGCACTTTAGGTGAAAAAgg > 1:3268672/1‑68 (MQ=255) ggCAAAGCCCATCCAGAGTCTTCGGGTCAGGGTTAAATTCACGGTCGGTGCACTTTAGGTGAAAAAgg > 1:3285860/1‑68 (MQ=255) ggCAAAGCCCATCCAGAGTCTTCGGGTCAGGGTTAAATTCACGGTCGGTGCACTTTAGGTGAAAAAgg > 1:2293739/1‑68 (MQ=255) ggCAAAGCCCATCCAGAGTCTTCGGGTCAGGGTTAAATTCACGGTCGGTGCACTTTAGGTGAAAAAgg > 1:1301913/1‑68 (MQ=255) ggCAAAGCCCATCCAGAGTCTTCGGGTCAGGGTTAAATTCACGGTCGGTGCACTTTAGGTGAAAAAgg > 1:726622/1‑68 (MQ=255) | TGATAAAGCGCAGGTTGTACCATCCCACCAGGGTACTGGTCAGGGTTAACAGCGCCATCAGGGCAAAGCCCATCCAGAGTCTTCGGGTCAGGGTTAAATTCACGGTCGGTGCACTTTAGGTGAAAAAGG > W3110S.gb/1056498‑1056626 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |