| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | W3110S.gb | 70,434 | C→T | 47.5% | N16N (AAC→AAT) | araC → | DNA‑binding transcriptional dual regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 70,434 | 0 | C | T | 47.5% | 4.0 / 54.6 | 40 | N16N (AAC→AAT) | araC | DNA‑binding transcriptional dual regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (11/10); new base T (10/9); total (21/19) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GTGGGAGTATGAAAAGTATGGCTGAAGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAACGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACGGTTATCTCGATTTTTTTATCGACCG > W3110S.gb/70370‑70499 | gtggGAGTATGAAAAGTATGGCTGAAGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAATGccc < 1:2899130/69‑1 (MQ=255)gtggGAGTATGAAAAGTATGGCTGAAGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAATGccc < 1:2537146/69‑1 (MQ=255)gtggGAGTATGAAAAGTATGGCTGAAGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAATGcc > 1:3362417/1‑68 (MQ=255) aGTATGAAAAGTATGGCTGAAGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAATGCCCATCtg < 1:585166/69‑1 (MQ=255) tGAAAAGTATGGCTGAAGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAACGCCCATCtggtgg > 1:2360340/1‑69 (MQ=255) aaaaGTATGGCTGAAGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAACGCCCATCTGGTGGCg > 1:1892828/1‑69 (MQ=255) aaGTATGGCTGAAGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAATGCCCATCTGGTGGCggg > 1:1739802/1‑69 (MQ=255) gTATGGCTGAAGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAATGCCCATCTGGTGGCGGGt > 1:199568/1‑68 (MQ=255) tATGGCTGAAGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAATGCCCATCTGGTGGCGGGttt < 1:1376149/69‑1 (MQ=255) tATGGCTGAAGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAACGCCCATCTGGTGGCGGtttt < 1:1079411/69‑1 (MQ=255) tATGGCTGAAGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAACGCCCATCTGGTGGCGGGttt < 1:108059/69‑1 (MQ=255) tATGGCTGAAGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAACGCCCATCTGGTGGCGGGttt < 1:3221313/69‑1 (MQ=255) aGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAATGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGa > 1:2970040/1‑68 (MQ=255) gcgcAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAATGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGAtt < 1:3567697/69‑1 (MQ=255) gcAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAACGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGa < 1:2175577/69‑1 (MQ=255) aaTGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAATGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGcc > 1:3356004/1‑69 (MQ=255) aTCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAATGCCCATCTGGTTGCGGGttt < 1:2457603/49‑1 (MQ=39) aTCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAATGCCCATCTGGTGGCGGGttt < 1:2167584/49‑1 (MQ=255) aTCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAATGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACg > 1:3425042/1‑69 (MQ=255) aTCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAATGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACg > 1:2481828/1‑69 (MQ=255) aTCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAATGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACg > 1:3047690/1‑69 (MQ=255) ccccTGCTGCCGGGATACTCGTTTAACGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACGGt < 1:1765686/69‑1 (MQ=255) ccTGCTGCCGGGATACTCGTTTAACGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACGGt < 1:3570699/67‑1 (MQ=255) gctgcCGGGATACTCGTTTAATGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACGGTTAtc > 1:2769408/1‑68 (MQ=255) gcCGGGATACTCGTTTAACGCCCATCTGGTGGCGGGttt < 1:409322/39‑1 (MQ=255) gcCGGGATACTCGTTTAACGCCCATCTGGTGGCGGGttt < 1:7021/39‑1 (MQ=255) gcCGGGATACTCGTTTAACGCCCATCTGGTGGCGGGttt < 1:148430/39‑1 (MQ=255) aTACTCGTTTAATGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACGGTTATCTCGa < 1:370582/63‑1 (MQ=255) aTACTCGTTTAACGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACGGTTATCTCGAtttttt > 1:1607344/1‑69 (MQ=255) aTACTCGTTTAACGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACGGTTATCTCGAttttt > 1:1012900/1‑68 (MQ=255) tACTCGTTTAATGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACGGTTATCTCGa < 1:2047912/62‑1 (MQ=255) aCTCGTTTAACGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACGGTTATCTCGATTTTTTTa > 1:928299/1‑69 (MQ=255) cGTTTAACGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACGGTTATCTCGATTTTTTTATcg > 1:375466/1‑69 (MQ=255) gTTTAACGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACGGTTATCTCGATTTTTTTATcga > 1:2823519/1‑69 (MQ=255) gTTTAACGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACGGTTATCTCGATTTTTTTATcga > 1:3707631/1‑69 (MQ=255) gTTTAACGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACGGTTATCTCGATTTTTTTATcga > 1:2292987/1‑69 (MQ=255) gTTTAACGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACGGTTATCTCGATTTTTTTATcga > 1:2029531/1‑69 (MQ=255) gTTTAACGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACGGTTATCTCGATTTTTTTATcga > 1:1079284/1‑69 (MQ=255) ttAACGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACGGTTATCTCGAtttttt < 1:1820627/61‑1 (MQ=255) tAATGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGACAACGGTTATCTCGATTTTTTTATcgaccg > 1:520081/1‑69 (MQ=255) | GTGGGAGTATGAAAAGTATGGCTGAAGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAACGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACGGTTATCTCGATTTTTTTATCGACCG > W3110S.gb/70370‑70499 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |