| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | W3110S.gb | 1,303,631 | C→T | 100% | Q246Y (CAG→TAT) | oppA → | oligopeptide transporter subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 1,303,631 | 0 | C | T | 100.0% | 174.6 / NA | 59 | Q246Y (CAG→TAT) | oppA | oligopeptide transporter subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base T (35/24); total (35/24) | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
AACGAACGAATCGTTCTTGAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACCAGGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCAACCGCTACCGTAGTGGTGAA > W3110S.gb/1303568‑1303693 | aacgaacgAATCGTTCTTGAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTa > 1:1196517/1‑69 (MQ=255)aacgaacgAATCGTTCTTGAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTa > 1:2449876/1‑69 (MQ=255)aacgaacgAATCGTTCTTGAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTa > 1:1354449/1‑69 (MQ=255)aacgaacgAATCGTTCTTGAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTa > 1:3042712/1‑69 (MQ=255)aacgaacgAATCGTTCTTGAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTa > 1:595830/1‑69 (MQ=255)aacgaacgAATCGTTCTTGAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTa > 1:327803/1‑69 (MQ=255)aacgaacgAATCGTTCTTGAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTa > 1:3331770/1‑69 (MQ=255) acgaaTCGTTCTTGAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTa > 1:746857/1‑69 (MQ=255) aaTCGTTCTTGAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTAttt < 1:2141037/69‑1 (MQ=255) aTCGTTCTTGAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTg < 1:1882096/69‑1 (MQ=255) aTCGTTCTTGAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTg < 1:559995/69‑1 (MQ=255) cGTTCTTGAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGcc < 1:2240922/69‑1 (MQ=255) cTTGAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAAcc > 1:2495131/1‑57 (MQ=255) cTTGAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTAtt > 1:167466/1‑69 (MQ=255) gAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTa > 1:1995594/1‑56 (MQ=255) ccGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTg > 1:898815/1‑64 (MQ=255) ccGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGtt < 1:433247/69‑1 (MQ=255) aCCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTAcc < 1:1968295/69‑1 (MQ=255) aCCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTAcc < 1:2843892/69‑1 (MQ=255) ccTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTAcc < 1:139515/68‑1 (MQ=255) cTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTAcc > 1:1940487/1‑67 (MQ=255) cTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCg > 1:1870627/1‑68 (MQ=255) cTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCg > 1:710897/1‑68 (MQ=255) cTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCg > 1:14241/1‑68 (MQ=255) cTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCg > 1:2239293/1‑68 (MQ=255) cTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCg > 1:2243665/1‑68 (MQ=255) cTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTA‑‑TAACCTATTTGcc < 1:1656240/46‑1 (MQ=37) aCTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCt > 1:1300379/1‑39 (MQ=37) aCTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCt > 1:245063/1‑39 (MQ=37) aCTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCt > 1:1536776/1‑39 (MQ=37) aCTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCt > 1:1781105/1‑39 (MQ=37) cTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATg > 1:2594245/1‑68 (MQ=255) cTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATg > 1:2598637/1‑68 (MQ=255) ggAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCa < 1:286119/69‑1 (MQ=255) ggAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCa < 1:1593177/69‑1 (MQ=255) ggAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCa < 1:405724/69‑1 (MQ=255) gAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTg > 1:1542644/1‑47 (MQ=39) gAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGc > 1:743774/1‑48 (MQ=39) gAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGc > 1:177528/1‑48 (MQ=39) gAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCaa > 1:2712528/1‑69 (MQ=255) gAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCa > 1:2491502/1‑68 (MQ=255) aacGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCAACCGc > 1:3462682/1‑69 (MQ=255) aacGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCAACCGc > 1:420343/1‑69 (MQ=255) aacGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCAACCGc > 1:3527250/1‑69 (MQ=255) aacGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCAACCGc > 1:2133879/1‑69 (MQ=255) acGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGcc < 1:3420750/37‑1 (MQ=37) acGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGcc < 1:3668289/37‑1 (MQ=37) acGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCAACCGCt > 1:206713/1‑69 (MQ=255) cgcgAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCAACCGCTa > 1:68977/1‑69 (MQ=255) aaaaCCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCAACCGCTACCGt < 1:3702497/69‑1 (MQ=255) aaaaCCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCAACCGCTACCGt < 1:3048091/69‑1 (MQ=255) aaaaCCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCAACCGCTACCGt < 1:2597467/69‑1 (MQ=255) aaaaCCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCAACCGCTACCGt < 1:1326176/69‑1 (MQ=255) aaaaCCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCAACCGCTACCGt < 1:945170/69‑1 (MQ=255) aaaCCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCAACCGCTACCGt < 1:234222/68‑1 (MQ=255) ccGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTAcc < 1:1803953/47‑1 (MQ=39) ccGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTAcc < 1:2936364/47‑1 (MQ=39) ccGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTAcc < 1:2504983/47‑1 (MQ=39) attaACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCAACCGCTACCGTAGTGGTGaa < 1:907837/69‑1 (MQ=255) | AACGAACGAATCGTTCTTGAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACCAGGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCAACCGCTACCGTAGTGGTGAA > W3110S.gb/1303568‑1303693 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |