| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | W3110S.gb | 1,352,814 | G→A | 18.0% | intergenic (‑61/+307) | fabI ← / ← ycjD | enoyl‑[acyl‑carrier‑protein] reductase, NADH‑dependent/conserved hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 1,352,814 | 0 | G | A | 18.0% | 143.8 / 23.8 | 61 | intergenic (‑61/+307) | fabI/ycjD | enoyl‑[acyl‑carrier‑protein] reductase, NADH‑dependent/conserved hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (21/29); new base A (7/4); total (28/33) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.17e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.18e-01 | |||||||||||
AAACCCATAGCTTTAATCCTTATTGTTGATGCTTGTTGTGCCTGAAAATCAGGCGATTCGTCGTTTTAGTAAACAGTACGAACAGATAAACGGTTATTATAATCAACCTGGCTGTGAGTAGCTATAGTTGCC > W3110S.gb/1352746‑1352877 | aaaCCCATAGCTTTAATCCTTATTGTTGATGCTTGTTGTGCCTGAAAATCAGGCGATTCGTCGTTTTAg < 1:2032153/69‑1 (MQ=255) aCCCATAGCTTTAATCCTTATTGTTGATGCTTGTTGTGCCTGAAAATCAGGCGATTCGTCGTTTTAGTa < 1:2134216/69‑1 (MQ=255) ccATAGCTTTAATCCTTATTGTTGATGCTTGTTGTGCCTGAAAATCAGGCGATTCGTCGTTTTAGTaaa < 1:3696317/69‑1 (MQ=255) cATAGCTTTAATCCTTATTGTTGATGCTTGTTGTGCCTGAAAATCAGGCGATTCGTCGTTTTAGTAAAc < 1:864174/69‑1 (MQ=255) tAGCTTTAATCCTTATTGTTGATGCTTGTTGTGCCTGAAAATCAGGCGATTCGTCGTTTTAGTAAACAg < 1:565810/69‑1 (MQ=255) tAGCTTTAATCCTTATTGTTGATGCTTGTTGTGCCTGAAAATCAGGCGATTCGTCGTTTTAGTAAACAg > 1:201389/1‑69 (MQ=255) tAGCTTTAATCCTTATTGTTGATGCTTGTTGTGCCTGAAAATCAGGCGATTCGTCGTTTTAGTAAACAg < 1:525713/69‑1 (MQ=255) tAGCTTTAATCCTTATTGTTGATGCTTGTTGTGCCTGAAAATCAGGCGATTCGTCGTTTTAGTAAACAg < 1:1793900/69‑1 (MQ=255) tAGCTTTAATCCTTATTGTTGATGCTTGTTGTGCCTGAAAATCAGGCGATTCGTCGTTTTAGTAAACAg < 1:2136018/69‑1 (MQ=255) tAGCTTTAATCCTTATTGTTGATGCTTGTTGTGCCTGAAAATCAGGCGATTCGTCGTTTTAGTAAACAg < 1:23979/69‑1 (MQ=255) tAGCTTTAATCCTTATTGTTGATGCTTGTTGTGCCTGAAAATCAGGCGATTCGTCGTTTTAGTAAACAg > 1:3435248/1‑69 (MQ=255) tAGCTTTAATCCTTATTGTTGATGCTTGTTGTGCCTGAAAATCAGGCGATTCGTCGTTTTAGTAAACAg < 1:1488696/69‑1 (MQ=255) tAGCTTTAATCCTTATTGTTGATGCTTGTTGTGCCTGAAAATCAGGCGATTCGTCGTTTTAGTAAACAg > 1:1393468/1‑69 (MQ=255) tAGCTTTAATCCTTATTGTTGATGCTTGTTGTGCCTGAAAATCAGGCGATTCGTCGTTTTAGTAAACAg < 1:2843185/69‑1 (MQ=255) tAGCTTTAATCCTTATTGTTGATGCTTGTTGTGCCTGAAAATCAGGCGATTCGTCGTTTTAGTAAACAg < 1:1028558/69‑1 (MQ=255) tAGCTTTAATCCTTATTGTTGATGCTTGTTGTGCCTGAAAATCAGGCGATTCGTCGTTTTAGTAAACAg > 1:3269744/1‑69 (MQ=255) tAGCTTTAATCCTTATTGTTGATGCTTGTTGTGCCTGAAAATCAGGCGATTCGTCGTTTTAATaaa > 1:2481465/1‑66 (MQ=255) tAGCTTTAATCCTTATTGTTGATGCTTGTTGTGCCTGAAAATCAGGCGATTCGTCGTTTTAATaaa > 1:3203986/1‑66 (MQ=255) tAGCTTTAATCCTTATTGTTGATGCTTGTTGTGCCTGAAAATCAGGCGATTCGTCGTTTTAATaaa > 1:3293131/1‑66 (MQ=255) tAGCTTTAATCCTTATTGTTGATGCTTGTTGTGCCTGAAAATCAGGCGATTCGTCGTTTTAATaaa > 1:461830/1‑66 (MQ=255) tAGCTTTAATCCTTATTGTTGATGCTTGTTGTGCCTGAAAATCAGGCGATTCGTCGTTTTAATaaa > 1:553794/1‑66 (MQ=255) tCCTTATTGTTGATGCTTGTTGTGCCTGAAAATCAGGCGATTCGTCGTTTTAGTAAACAGTACGAACa < 1:2446372/68‑1 (MQ=255) tCCTTATTGTTGATGCTTGTTGTGCCTGAAAATCAGGCGATTCGTCGTTTTAGTAAACAGTACGAACa < 1:3042766/68‑1 (MQ=255) ccTTATTGTTGATGCTTGTTGTGCCTGAAAATCAGGCGATTCGTCGTTTTAATAAACAGTACGAACAg > 1:2311256/1‑68 (MQ=255) tATTGTTGATGCTTGTTGTGCCTGAAAATCAGGCGATTCGTCGTTTTAGTAAACAGTACGAACAGATaa > 1:2214836/1‑69 (MQ=255) aTTGTTGATGCTTGTTGTGCCTGAAAATCAGGCTATTCGTCGTTTTAGTAAACa < 1:1526253/54‑1 (MQ=255) ttgttgATGCTTGTTGTGCCTGAAAATCAGGCGATTCGTCGTTTTAGTAAACAGTACg > 1:527299/1‑58 (MQ=255) ttgttgATGCTTGTTGTGCCTGAAAATCAGGCGATTCGTCGTTTTAGTAAACAGTACg > 1:947561/1‑58 (MQ=255) gttgATGCTTGTTGTGCCTGAAAATCAGGCGATTCGTCGTTTTAGTaaa > 1:3662161/1‑49 (MQ=255) gttgATGCTTGTTGTGCCTGAAAATCAGGCGATTCGTCGTTTTAGTaaa > 1:818815/1‑49 (MQ=255) gttgATGCTTGTTGTGCCTGAAAATCAGGCGATTCGTCGTTTTAGTaaa > 1:860673/1‑49 (MQ=255) gttgATGCTTGTTGTGCCTGAAAATCAGGCGATTCGTCGTTTTAGTAAACAGTACg < 1:857879/56‑1 (MQ=255) ttgATGCTTGTTGTGCCTGAAAATCAGGCGATTCGTCGTTTTAGTAAACAGTACGAACAGATAAACGGt > 1:3480609/1‑69 (MQ=255) ttgATGCTTGTTGTGCCTGAAAATCAGGCGATTCGTCGTTTTAGTAAACAGTACGAACAGATAAACGGt > 1:3324683/1‑69 (MQ=255) ttgATGCTTGTTGTGCCTGAAAATCAGGCGATTCGTCGTTTTAGTAAACAGTACGAACAGATAAACGGt > 1:983071/1‑69 (MQ=255) ttgATGCTTGTTGTGCCTGAAAATCAGGCGATTCGTCGTTTTAGTAAACAGTACGAACAGATAAACGGt > 1:2226411/1‑69 (MQ=255) gATGCTTGTTGTGCCTGAAAATCAGGCGATTCGTCGTTTTAGTaaa > 1:3120227/1‑46 (MQ=255) gATGCTTGTTGTGCCTGAAAATCAGGCGATTCGTCGTTTTAGTaaa > 1:1919043/1‑46 (MQ=255) gtgCCTGAAAATCAGGCGATTCGTCGTTTTAGTAAACAGTACGAACAGATAAACGGTTATTATAATCa < 1:1524628/68‑1 (MQ=255) gtgCCTGAAAATCAGGCGATTCGTCGTTTTAGTAAACAGTACGAACAGATAAACGGTTATTATAATCa < 1:1687729/68‑1 (MQ=255) gtgCCTGAAAATCAGGCGATTCGTCGTTTTAGTAAACAGTACGAACAGATAAACGGTTATTATAATCa < 1:2510821/68‑1 (MQ=255) gtgCCTGAAAATCAGGCGATTCGTCGTTTTAATAAACAGTACGAACAGATAAACGGTTATTATAATCa < 1:493485/68‑1 (MQ=255) gtgCCTGAAAATCAGGCGATTCGTAGTTTTAATAAACAGTACGAACAGATAAACGGTTATTATAATCa < 1:3218957/68‑1 (MQ=255) gCCTGAAAATCAGGCGATTCGTCGTTTTAGTAAACAGTACGAACAGATAAACGGTTATTATAATCAAc < 1:1266267/68‑1 (MQ=255) gAAAATCAGGCGATTCGTCGTTTTAGTAAACAGTACGAACAGATAAACGGTTATTATAATCAACCTGGc < 1:3719910/69‑1 (MQ=255) gAAAATCAGGCGATTCGTCGTTTTAGTAAACAGTACGAACAGATAAACGGTTATTATAATCAACCTGGc < 1:1202188/69‑1 (MQ=255) aaaaTCAGGCGATTCGTCGTTTTAGTAAACAGTACGAACAGATAAACGGTTATTATAATCa > 1:763176/1‑61 (MQ=255) aTCAGGCGATTCGTCGTTTTAGTAAACAGTACGAACAGATAAACGGTTATTATAATCAACCTGGCtgtg < 1:908006/69‑1 (MQ=255) tCAGGCGATTCGTCGTTTTAGTAAACAGTACGAACAGATAAACGGTTATTATAATCAACCTGGCtgtg < 1:1013289/68‑1 (MQ=255) tCAGGCGATTCGTCGTTTTAGTAAACAGTACGAACAGATAAACGGTTATTATAATCAACCTGGCtgtg < 1:3044991/68‑1 (MQ=255) aTTCGTCGTTTTAATAAACAGTACGAACAGATAAACGGTTATTATAATCAACCTGGCTGTGAGTAGCta < 1:402876/69‑1 (MQ=255) aTTCGTCGTTTTAATAAACAGTACGAACAGATAAACGGTTATTATAATCAACCTGGCTGTGAGTAGCta < 1:2001814/69‑1 (MQ=255) ttCGTCGTTTTAGTAAACAGTACGAACAGATAAACGGTTATTATAATCAACCTGGCTGTGAGTAGCtat < 1:621465/69‑1 (MQ=255) tcgtcgTTTTAGTAAACAGTACGAACAGATAAACGGTTATTATAATCa < 1:1953378/48‑1 (MQ=255) tcgtcgTTTTAGTAAACAGTACGAACAGATAAACGGTTATTATAATCa < 1:1050969/48‑1 (MQ=255) cgtcgtTTTAGTAAACAGTACGAACAGATAAACGGTTATTATAATCa > 1:1671429/1‑47 (MQ=255) cgtTTTAGTAAACAGTACGAACAGATAAACGGTTATTATAATCAACCTGGCTGTGAGTAGCtat > 1:1525590/1‑64 (MQ=255) cgtTTTAGTAAACAGTACGAACAGATAAACGGTTATTATAATCAACCTGGCTGTGAGTAGCtat > 1:649084/1‑64 (MQ=255) cgtTTTAGTAAACAGTACGAACAGATAAACGGTTATTATAATCAACCTGGCTGTGAGTAGCtat > 1:2593725/1‑64 (MQ=255) cgtTTTAGTAAACAGTACGAACAGATAAACGGTTATTATAATCAACCTGGCTGTGAGTAGCTATAGtt < 1:242917/68‑1 (MQ=255) gtTTTAATAAACAGTACGAACAGATAAACGGTTATTATAATCAAcc > 1:3160716/1‑46 (MQ=255) tttAGTAAACAGTACGAACAGATAAACGGTTATTATAATCAACCTGGCTGTGAGTAGCTATAGTTGcc < 1:102647/68‑1 (MQ=255) | AAACCCATAGCTTTAATCCTTATTGTTGATGCTTGTTGTGCCTGAAAATCAGGCGATTCGTCGTTTTAGTAAACAGTACGAACAGATAAACGGTTATTATAATCAACCTGGCTGTGAGTAGCTATAGTTGCC > W3110S.gb/1352746‑1352877 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |