| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | W3110S.gb | 1,427,990 | G→A | 29.1% | intergenic (+296/‑178) | ydaY → / → ynaA | hypothetical protein/predicted tail protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 1,427,990 | 0 | G | A | 29.1% | 123.9 / 60.3 | 79 | intergenic (+296/‑178) | ydaY/ynaA | hypothetical protein/predicted tail protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (21/35); new base A (7/16); total (28/51) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.13e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.34e-01 | |||||||||||
TATTGATTGAGCGCGATGAATTTGAAGCAGTGATCTTTGCACTGGATGACCAGTATTTTCAGGAGCAGTGTGTGTAGTTGTTAATTACGTACACTCTGTTACAGAGATGTGATGGTGTCTTTAATTAAATC > W3110S.gb/1427926‑1428056 | tATTGATTGAGCGCGATGAATTTGAAGCAGTGATCTTTGCACTGGATGACCAGTATTTTCAGGAACAgt > 1:1965314/1‑69 (MQ=255)tATTGATTGAGCGCGATGAATTTGAAGCAGTGATCTTTGCACTGGATGACCAGTATTTTCAGGAACAgt > 1:833015/1‑69 (MQ=255)tATTGATTGAGCGCGATGAATTTGAAGCAGTGATCTTTGCACTGGATGACCAGTATTTTCAGGAACAgt > 1:3620353/1‑69 (MQ=255)tATTGATTGAGCGCGATGAATTTGAAGCAGTGATCTTTGCACTGGATGACCAGTATTTTCAGGAACAg > 1:3179421/1‑68 (MQ=255) ttgattgaGCGCGATGAATTTGAAGCAGTGATCTTTGCTCTGGATGACCAGTATTTTCAGGAGCAgtgt > 1:1157844/1‑69 (MQ=255) gattgaGCGCGATGAATTTGAAGCAGTGATCTTTGCACTGGATGACCAGTATTTTCAGGAGCAgtgtg > 1:2875884/1‑68 (MQ=255) gattgaGCGCGATGAATTTGAAGCAGTGATCTTTGCACTGGATGACCAGTATTTTCAGGAGCAgtgtg > 1:3423746/1‑68 (MQ=255) cgATGAATTTGAAGCAGTGATCTTTGCACTGGATGACCAGTATTTTCAGGAACAGTGTGTGTAgttgtt < 1:2703057/69‑1 (MQ=255) cgATGAATTTGAAGCAGTGATCTTTGCACTGGATGACCAGTATTTTCAGGAACAGTGTGTGTAgttgtt < 1:281282/69‑1 (MQ=255) cgATGAATTTGAAGCAGTGATCTTTGCACTGGATGACCAGTATTTTCAGGAACAGTGTGTGTAgttgtt < 1:3047630/69‑1 (MQ=255) tGAATTTGAAGCAGTGATCTTTGCACTGGATGACCAGTATTTTCAGGAGCAGTGTGTGTAgttgtt > 1:1525269/1‑66 (MQ=255) tGAATTTGAAGCAGTGATCTTTGCACTGGATGACCAGTATTTTCAGGAACAGTGTGTGTAGTTGTTAAt > 1:2474749/1‑69 (MQ=255) tGAATTTGAAGCAGTGATCTTTGCACTGGATGACCAGTATTTTCAGGAACAGTGTGTGTAGTTGTTAAt > 1:3187516/1‑69 (MQ=255) tGAAGCAGTGATCTTTGCACTGGATGACCAGTATTTTCAGGAGCAGTGTGTGTAGTTGTTa < 1:3302382/61‑1 (MQ=255) tGAAGCAGTGATCTTTGCACTGGATGACCAGTATTTTCAGGAGCAGTGTGTGTAGTTGTTa < 1:2816875/61‑1 (MQ=255) tGAAGCAGTGATCTTTGCACTGGATGACCAGTATTTTCAGGAGCAGTGTGTGTAGTTGTTAATTACGTa < 1:2519613/69‑1 (MQ=255) tGAAGCAGTGATCTTTGCACTGGATGACCAGTATTTTCAGGAGCAGTGTGTGTAGTTGTTAATTACGTa < 1:3240504/69‑1 (MQ=255) tGAAGCAGTGATCTTTGCACTGGATGACCAGTATTTTCAGGAGCAGTGTGTGTAGTTGTTAATTACGTa < 1:336907/69‑1 (MQ=255) tGAAGCAGTGATCTTTGCACTGGATGACCAGTATTTTCAGGAGCAGTGTGTGTAGTTGTTAATTACGTa < 1:3401757/69‑1 (MQ=255) 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aTCTTTGCACTGGATGACCAGTATTTTCAGGAGCAGTGTGTGTAg > 1:946665/1‑45 (MQ=255) aTCTTTGCACTGGATGACCAGTATTTTCAGGAGCAGTGTGTGTAg > 1:3531585/1‑45 (MQ=255) aTCTTTGCACTGGATGACCAGTATTTTCAGGAACAGTGTGTGTAGTTGTTa < 1:944623/51‑1 (MQ=255) aTCTTTGCACTGGATGACCAGTATTTTCAGGAACAGTGTGTGTAGTTGTTa < 1:255182/51‑1 (MQ=255) aTCTTTGCACTGGATGACCAGTATTTTCAGGAACAGTGTGTGTAGTTGTTa < 1:9915/51‑1 (MQ=255) aTCTTTGCACTGGATGACCAGTATTTTCAGGAACAGTGTGTGTAGTTGTTa < 1:1540787/51‑1 (MQ=255) aTCTTTGCACTGGATGACCAGTATTTTCAGGAACAGTGTGTGTAGTTGTTa < 1:2232165/51‑1 (MQ=255) tttGCACTGGATGACCAGTATTTTCAGGAACAGTGTGTGTAGTTGTTAATTACGTACACTCTGTTa > 1:226120/1‑66 (MQ=255) cACTGGATGACCAGTATTTTCAGGAGCAGTGTGTGTAGTTGTTAATTACGTACACTCTGTTACagag < 1:2154409/67‑1 (MQ=255) cACTGGATGACCAGTATTTTCAGGAACAGTGTGTGTAGTTGTTAATTACGTACACTCTGTTACaga < 1:124332/66‑1 (MQ=255) aCTGGATGACCAGTATTTTCAGGAGCAGTGTGTGTAGTTGTTAATTACGTACACTCTGTTACAGAGAt < 1:1485076/68‑1 (MQ=255) aCTGGATGACCAGTATTTTCAGGAGCAGTGTGTGTAGTTGTTAATTACGTACACTCTGTTACAGAGAt < 1:474240/68‑1 (MQ=255) aCTGGATGACCAGTATTTTCAGGAGCAGTGTGTGTAGTTGTTAATTACGTACACTCTGTTACAGAGAt < 1:3616643/68‑1 (MQ=255) aCTGGATGACCAGTATTTTCAGGAACAGTGTGTGTAGTTGTTAATTACGTACACTCTGTTACaga < 1:2819273/65‑1 (MQ=255) tGGATGACCAGTATTTTCAGGAGCAGTGTGTGTAGTTGTTAATTACGTACACTCTGTTACAGAGAtgtg < 1:2855827/69‑1 (MQ=255) ggATGACCAGTATTTTCAGGAGCAGTGTGTGTAGTTGTTAATTa > 1:1058726/1‑44 (MQ=255) ggATGACCAGTATTTTCAGGAGCAGTGTGTGTAGTTGTTAATTa > 1:3470193/1‑44 (MQ=255) ggATGACCAGTATTTTCAGGAGCAGTGTGTGTAGTTGTTAATTa > 1:2145315/1‑44 (MQ=255) ggATGACCAGTATTTTCAGGAGCAGTGTGTGTAGTTGTTAATTa > 1:3564052/1‑44 (MQ=255) gATGACCAGTATTTTCAGGAGCAGTGTGTGTAGTTGTTAAt > 1:2271644/1‑41 (MQ=255) gATGACCAGTATTTTCAGGAGCAGTGTGTGTAGTTGTTAAt > 1:1776507/1‑41 (MQ=255) gATGACCAGTATTTTCAGGAGCAGTGTGTGTAGTTGTTAAt > 1:844787/1‑41 (MQ=255) gATGACCAGTATTTTCAGGAGCAGTGTGTGTAGTTGTTAATTACGTACACTCTGTTACAGAGAtgt < 1:1127346/66‑1 (MQ=255) tGACCAGTATTTTCAGGAGCAGTGTGTGTAGTTGTTAATTACGTACACTCTGTTACAGAGATGTGAt < 1:1314626/67‑1 (MQ=255) tGACCAGTATTTTCAGGAGCAGTGTGTGTAGTTGTTAATTACGTACACTCTGTTACAGAGATGTGAt < 1:3403988/67‑1 (MQ=255) tGACCAGTATTTTCAGGAGCAGTGTGTGTAGTTGTTAATTACGTACACTCTGTTACAGAGATGTGAt < 1:1003135/67‑1 (MQ=255) tATTTTCAGGAGCAGTGTGTGTAGTTGTTAATTACGTACACTCTGTTACAGAGATGTGATGgt > 1:972424/1‑63 (MQ=255) tATTTTCAGGAGCAGTGTGTGTAGTTGTTAATTACGTACACTCTGTTACAGAGATGTGATGgt > 1:348038/1‑63 (MQ=255) tATTTTCAGGAGCAGTGTGTGTAGTTGTTAATTACGTACACTCTGTTACAGAGATGTGATGgt > 1:911389/1‑63 (MQ=255) tATTTTCAGGAGCAGTGTGTGTAGTTGTTAATTACGTACACTCTGTTACAGAGATGTGATGGTGTCttt < 1:1938399/69‑1 (MQ=255) aTTTTCAGGAGCAGTGTGTGTAGTTGTTAATTACGTACACTCTGTTACAGAGATGTGATGGTGTCTtta > 1:312048/1‑69 (MQ=255) aTTTTCAGGAGCAGTGTGTGTAGTTGTTAATTACGTACACTCTGTTACAGAGATGTGATGGTGTCTtta > 1:1235033/1‑69 (MQ=255) ttttCAGGAGCAGTGTGTGTAGTTGTTAATTACGTACACTCTg < 1:2320884/43‑1 (MQ=255) ttttCAGGAGCAGTGTGTGTAGTTGTTAATTACGTACACTCTGTTACAGAGAtgtg > 1:3056971/1‑56 (MQ=255) ttttCAGGAGCAGTGTGTGTAGTTGTTAATTACGTACACTCTGTTACAGAGATGTGATGGTGTCTtta > 1:3694952/1‑68 (MQ=255) ttttCAGGAACAGTGTGTGTAGTTGTTAATTACGTACACTCTGTTACAGAGATGTGATGGTGTCttt < 1:2125784/67‑1 (MQ=255) ttCAGGAGCAGTGTGTGTAGTTGTTAATTACGTACACTCTGTTACAGAGAtgt < 1:247498/53‑1 (MQ=255) ttCAGGAGCAGTGTGTGTAGTTGTTAATTACGTACACTCTGTTACAGAGAtgt < 1:869318/53‑1 (MQ=255) ttCAGGAGCAGTGTGTGTAGTTGTTAATTACGTACACTCTGTTACAGAGAtgt < 1:3533527/53‑1 (MQ=255) ttCAGGAGCAGTGTGTGTAGTTGTTAATTACGTACACTCTGTTACAGAGATGTGAt < 1:2319131/56‑1 (MQ=255) ttCAGGAGCAGTGTGTGTAGTTGTTAATTACGTACACTCTGTTACAGAGATGTGAt < 1:1899232/56‑1 (MQ=255) ttCAGGAGCAGTGTGTGTAGTTGTTAATTACGTACACTCTGTTACAGAGATGTGAt < 1:2516041/56‑1 (MQ=255) ttCAGGAGCAGTGTGTGTAGTTGTTAATTACGTACACTCTGTTACAGAGATGTGAt < 1:1773971/56‑1 (MQ=255) cAGGAGCAGTGTGTGTAGTTGTTAATTACGTACACTCTGTTACAGAGATGTGATGGTGTCTttaatta < 1:2005249/68‑1 (MQ=255) gAGCAGTGTGTGTAGTTGTTAATTACGTACACTCTGTTACaga < 1:1241744/43‑1 (MQ=255) gAGCAGTGTGTGTAGTTGTTAATTACGTACACTCTGTTACAGAGATGTGATGGTGTCTTTAATTAAATc < 1:871203/69‑1 (MQ=255) gAGCAGTGTGTGTAGTTGTTAATTACGTACACTCTGTTACAGAGATGTGATGGTGTCTTTAATTAAATc < 1:2323397/69‑1 (MQ=255) gCAGTGTGTGTAGTTGTTAATTACGTACACTCTGTTACAGAGAtgt < 1:3087056/46‑1 (MQ=255) gCAGTGTGTGTAGTTGTTAATTACGTACACTCTGTTACAGAGAtgt > 1:1210068/1‑46 (MQ=255) | TATTGATTGAGCGCGATGAATTTGAAGCAGTGATCTTTGCACTGGATGACCAGTATTTTCAGGAGCAGTGTGTGTAGTTGTTAATTACGTACACTCTGTTACAGAGATGTGATGGTGTCTTTAATTAAATC > W3110S.gb/1427926‑1428056 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |