| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| MC JC | W3110S.gb | 1,301,041 | Δ1,336 bp | 100% | insC–insD | insC, insD | |
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
| * | * | ÷ | W3110S.gb | 1301041–1302370 | 1302376 | 7–1336 | 51 [0] | [0] 50 | insC–insD | insC,insD |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | W3110S.gb | = 1301040 | 0 (0.000) | 31 (1.230) | 14/86 | NT | 100% | intergenic (+218/‑90) | ychE/insC | predicted inner membrane protein/IS2 element protein |
| ? | W3110S.gb | 1302377 = | 0 (0.000) | intergenic (+19/‑519) | insD/oppA | IS2 element protein/oligopeptide transporter subunit | |||||
CTCCTCACCATCATGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > W3110S.gb/1300970‑1301040‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑gatattaTTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCAC > W3110S.gb/1302377‑1302446 CTCCTCACCATCATGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATT > 1:926252/1‑70CTCCTCACCATCATGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATT < 1:327943/70‑1 ACCATCATGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAA < 1:396155/69‑1 ACCATCATGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAA < 1:341616/69‑1 ACCATCATGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAA < 1:2498466/69‑1 CCATCATGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGAT < 1:1227111/60‑1 ATCATGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCA > 1:1531414/1‑71 ATGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTG > 1:2786780/1‑71 ATGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTG > 1:1817583/1‑71 TTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCT > 1:1442777/1‑71 TTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCT > 1:1505912/1‑71 TATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCA > 1:2194069/1‑64 ATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAACTGATAT < 1:1462773/52‑1 CATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATT < 1:1437546/46‑1 CATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGA < 1:2014499/39‑1 TCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAG > 1:2279778/1‑71 TCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAG > 1:227662/1‑71 TCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTT > 1:2748625/1‑59 TCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGC > 1:2803625/1‑55 TCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTC < 1:862084/49‑1 TCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTC < 1:1599284/49‑1 CATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTC < 1:1451222/48‑1 ATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTG > 1:675162/1‑71 ATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTG > 1:2608947/1‑71 ATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTG > 1:1658180/1‑71 ATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAG > 1:2078272/1‑69 ATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTA > 1:127787/1‑40 ATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGAT < 1:276754/36‑1 ATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGC > 1:313725/1‑69 CTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTC > 1:2040938/1‑41 CTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTC < 1:1959410/41‑1 CTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTC > 1:1858413/1‑41 CTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATT < 1:1104538/36‑1 GGGCTTGCTGAAGATTAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATA > 1:1549106/1‑70 GGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAA > 1:795411/1‑71 GGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAA > 1:1932197/1‑71 CTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAA > 1:124926/1‑71 CTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAAT < 1:2704903/69‑1 TTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAAT < 1:468332/68‑1 TAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAAT < 1:484290/57‑1 ATTGAAATTATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATT < 1:1318818/71‑1 ATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATT < 1:1540938/71‑1 TGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTAT > 1:2361674/1‑71 ATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTG < 1:740092/71‑1 TGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTA < 1:2610672/60‑1 TATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATT > 1:201249/1‑71 TATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATA < 1:189297/43‑1 TTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTT < 1:1498835/70‑1 TTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTT > 1:2305269/1‑70 TTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAAT < 1:928138/58‑1 TTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTA < 1:925272/55‑1 TATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAA > 1:647303/1‑44 ATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCAC > 1:964576/1‑71 ATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCA > 1:2131479/1‑70 ATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCA > 1:2134767/1‑70 ATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAA > 1:1767188/1‑47 ATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAA > 1:2385514/1‑37 CTCCTCACCATCATGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > W3110S.gb/1300970‑1301040‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑gatattaTTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCAC > W3110S.gb/1302377‑1302446 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |