| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | W3110S.gb | 3748799 = | 5 (0.170) | 67 (2.280) | 32/100 | NT | 93.1% | coding (184/984 nt) | tnaB | tryptophan transporter of low affinity |
| ? | W3110S.gb | 4056222 = | NA (NA) | intergenic (‑564/+15) | yrhB/insB | hypothetical protein/IS1 transposase InsAB' | |||||
CGAACTGAATATATTTTCTGTGCCAATATTATCTCTAATTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATG > W3110S.gb/4056159‑4056284 | cGAACTGAATATATTTTCTGTGCCAATATTATCTCTAATTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTaa > 1:993052/1‑68 (MQ=255)cGAACTGAATATATTTTCTGTGCCAATATTATCTCTAATTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTAATGa < 1:170883/71‑1 (MQ=255) cTGAATATATTTTCTGTGCCAATATTATCTCTAATTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTAATGACt > 1:2262084/1‑69 (MQ=255) cTGAATATATTTTCTGTGCCAATATTATCTCTAATTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTcc < 1:2775339/71‑1 (MQ=255) atatatTTTCTGTGCCAATATTATCTCTAATTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACt < 1:162472/71‑1 (MQ=255) ttCTGTGCCAATATTATCTCTAATTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGa < 1:2391740/70‑1 (MQ=255) ttCTGTGCCAATATTATCTCTAATTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGa > 1:1747103/1‑70 (MQ=255) tCTGTGCCAATATTATCTCTAATTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGa < 1:1362203/69‑1 (MQ=255) tgCCAATATTATCTCTAATTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGt < 1:222264/46‑1 (MQ=255) tgCCAATATTATCTCTAATTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAgtgt < 1:1061507/71‑1 (MQ=255) tgCCAATATTATCTCTAATTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAgtg < 1:527809/70‑1 (MQ=255) tgCCAATATTATCTCTAATTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAg < 1:1053731/68‑1 (MQ=255) ccAATATTATCTCTAATTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTaa > 1:2338739/1‑46 (MQ=255) ccAATATTATCTCTAATTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTaa > 1:860899/1‑46 (MQ=255) cAATATTATCTCTAATTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGtttt < 1:1421015/71‑1 (MQ=255) attatCTCTAATTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAgtg > 1:2532245/1‑63 (MQ=255) attatCTCTAATTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAgt > 1:2528935/1‑62 (MQ=255) attatCTCTAATTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAg < 1:2709666/61‑1 (MQ=255) ttatCTCTAATTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTAAt > 1:1830370/1‑41 (MQ=255) ttatCTCTAATTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGtt > 1:576949/1‑71 (MQ=255) atCTCTAATTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGa > 1:2363014/1‑55 (MQ=255) tctcTAATTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTAAt < 1:2238804/38‑1 (MQ=255) tctAATTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTAATGa > 1:1902775/1‑38 (MQ=255) tctAATTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTAATGa > 1:2411394/1‑38 (MQ=255) tctAATTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTAATGa > 1:2405547/1‑38 (MQ=255) tctAATTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTAATGa > 1:2299799/1‑38 (MQ=255) tctAATTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGa > 1:160408/1‑70 (MQ=255) ctAATTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTAATGa > 1:162012/1‑37 (MQ=255) ctAATTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTAATGa > 1:1177923/1‑37 (MQ=255) ctAATTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTAATGa > 1:1818908/1‑37 (MQ=255) tAATTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGAt < 1:2402579/69‑1 (MQ=255) tAATTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGAt < 1:1269661/69‑1 (MQ=255) tAATTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGAt < 1:512545/69‑1 (MQ=255) tAATTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGAt < 1:2799939/69‑1 (MQ=255) tAATTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGAt < 1:2050933/69‑1 (MQ=255) tAATTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGAt < 1:2634196/69‑1 (MQ=255) tttCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGAt < 1:117267/66‑1 (MQ=255) tCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATa > 1:2133302/1‑47 (MQ=255) tCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATaa > 1:956681/1‑66 (MQ=255) aaGTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGAc < 1:2689795/71‑1 (MQ=255) tACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGAt < 1:1151850/54‑1 (MQ=255) aCTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATaa > 1:1224090/1‑55 (MQ=255) tttAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCAt > 1:2233740/1‑71 (MQ=38) tAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATg < 1:1724465/70‑1 (MQ=35) aTGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGa < 1:2598628/45‑1 (MQ=32) aTGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGa < 1:139073/45‑1 (MQ=32) | CGAACTGAATATATTTTCTGTGCCAATATTATCTCTAATTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATG > W3110S.gb/4056159‑4056284 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |