| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | W3110S.gb | 2,989,682 | C→T | 7.7% | intergenic (+26/‑242) | ygeF → / → ygeG | hypothetical protein/predicted chaperone |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 2,989,682 | 0 | C | T | 7.7% | 198.0 / 5.7 | 65 | intergenic (+26/‑242) | ygeF/ygeG | hypothetical protein/predicted chaperone |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (29/31); new base T (3/2); total (32/33) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.72e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.38e-01 | |||||||||||
CGACATTCTACCCTTCTCAAAAATCCCCTTTTTAATTTTCATTG‑AAAAAATGGCAATTGATACTATGAATCCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATGTAATGTCGTAATTAAGATAACTAATAAGGTGAATATTAGTAA > W3110S.gb/2989612‑2989751 | cGACATTCTACCCTTCTCAAAAATCCCCTTTTTAATTTTCATTG‑AAAAAATGGCAATTGATACTATGAATc < 1:2252756/71‑1 (MQ=255) gACATTCTACCCTTCTCAAAAATCCCCTTTTTAATTTTCATTG‑AAAAAATGGCAATTGATACTATGAATcc < 1:788513/71‑1 (MQ=255) cTACCCTTCTCAAAAATCCCCTTTTTAATTTTCATTGAAAAAAATGGCAATTGATACTATGAATCCAGGt > 1:1171231/1‑70 (MQ=255) cTACCCTTCTCAAAAATCCCCTTTTTAATTTTCATTG‑AAAAAATGGCAATTGATACTATGAATCCAGGTCa > 1:1762849/1‑71 (MQ=255) cTACCCTTCTCAAAAATCCCCTTTTTAATTTTCATTG‑AAAAAATGGCAATTGATACTATGAATCCAGGTCa > 1:768573/1‑71 (MQ=255) tACCCTTCTCAAAAATCCCCTTTTTAATTTTCATTG‑AAAAAATGGCAATTGATACTATGAATCCAGGTCa > 1:559361/1‑70 (MQ=255) cccTTCTCAAAAATCCCCTTTTTAATTTTCATTG‑AAAAAATGGCAATTGATACTATGAATCCATGTCATa < 1:2670651/70‑1 (MQ=255) cccTTCTCAAAAATCCCCTTTTTAATTTTCATTG‑AAAAAATGGCAATTGATACTATGAATCCAGGTCATa < 1:1026888/70‑1 (MQ=255) cccTTCTCAAAAATCCCCTTTTTAATTTTCATTG‑AAAAAATGGCAATTGATACTATGAATCCAGGTCATa < 1:1663728/70‑1 (MQ=255) ccTTCTCAAAAATCCCCTTTTTAATTTTCATTG‑AAAAAATGGCAATTGATACTATGAATCCAGGTCATaca < 1:598206/71‑1 (MQ=255) cTTCTCAAAAATCCCCTTTTTAATTTTCATTG‑AAAAAATGGCAATTGATACTATGAATCCAg > 1:1424269/1‑62 (MQ=255) ctcAAAAATCCCCTTTTTAATTTTCATTG‑AAAAAATGGCAATTGATACTATGAATCCAGGTCATACACAt > 1:2501856/1‑70 (MQ=255) tcAAAAATCCCCTTTTTAATTTTCATTG‑AAAAAATGGCAATTGATACTATGAATCCAGGTCATaca < 1:2763859/66‑1 (MQ=255) tcAAAAATCCCCTTTTTAATTTTCATTG‑AAAAAATGGCAATTGATACTATGAATCCAGGTCATACACAt > 1:239119/1‑69 (MQ=255) tCCCCTTTTTAATTTTCATTG‑AAAAAATGGCAATTGATACTATGAATCCAGGTCATACACATTAAGGCAtt < 1:797121/71‑1 (MQ=255) tttttAATTTTCATTG‑AAAAAATGGCAATTGATACTATGAATCCAGGTCATACACATTAAgg < 1:1330098/62‑1 (MQ=255) tttAATTTTCATTG‑AAAAAATGGCAATTGATACTATGAATCCAGGTCATACAGATTAAGGCATTTATg < 1:952980/68‑1 (MQ=255) tttAATTTTCATTG‑AAAAAATGGCAATTGATACTATGAATCCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATGt < 1:545244/69‑1 (MQ=255) ttCATTG‑AAAAAATGGCAATTGATACTATGAATCCAGGTCATACACATTAAg > 1:2016846/1‑52 (MQ=255) ttCATTG‑AAAAAATGGCAATTGATACTATGAATCCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATGTAATGTCGt < 1:21759/70‑1 (MQ=255) aaaaaTGGCAATTGATACTATGAATCCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATGTAATGTCGTAATTAAGAt < 1:790297/71‑1 (MQ=255) aaaaTGGCAATTGATACTATGAATCCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATGTAATGTCGTAATTAAGATa < 1:1523314/71‑1 (MQ=255) aTGGCAATTGATACTATGAATTCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATGTAATGTCGTAATTAAGATaa > 1:1394838/1‑69 (MQ=255) aTGGCAATTGATACTATGAATTCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATGTAATGTCGTAATTAAGATAAc > 1:1459972/1‑70 (MQ=255) aTGGCAATTGATACTATGAATTCAGGTCATACACATTAAGGCATTAATGTAATGTCGTAATTAAGATAAc > 1:525361/1‑70 (MQ=255) aTGGCAATTGATACTATGAATCCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATGTAATGTCGTAATTAAGATAAc > 1:1394420/1‑70 (MQ=255) aaTTGATACTATGAATCCAGGTCATACACATTAAGGCAtt < 1:1251063/40‑1 (MQ=255) aTTGATACTATGAATCCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATg < 1:2203128/43‑1 (MQ=255) aTTGATACTATGAATCCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATg < 1:1144429/43‑1 (MQ=255) aTTGATACTATGAATCCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATg < 1:1216438/43‑1 (MQ=255) aTTGATACTATGAATCCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATg < 1:1707812/43‑1 (MQ=255) aTTGATACTATGAATCCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATGTAATGTCGTAATTAAGAt < 1:2348417/61‑1 (MQ=255) ttGATACTATGAATTCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATGt < 1:2224858/43‑1 (MQ=255) ttGATACTATGAATTCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATGt < 1:2063798/43‑1 (MQ=255) ttGATACTATGAATCCAGGTCATACACATTAAGGCAtt < 1:44945/38‑1 (MQ=255) ttGATACTATGAATCCAGGTCATACACATTAAGGCAtt < 1:2384182/38‑1 (MQ=255) ttGATACTATGAATCCAGGTCATACACATTAAGGCATTTa > 1:2435812/1‑40 (MQ=255) ttGATACTATGAATCCAGGTCATACACATTAAGGCATTTa > 1:1136053/1‑40 (MQ=255) ttGATACTATGAATCCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATGTAATGTCGTAATTAAGAt < 1:2283102/60‑1 (MQ=255) tGATACTATGAATCCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATGTAATGTCGTAATTAAg > 1:2778460/1‑57 (MQ=255) tGATACTATGAATCCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATGTAATGTCGTAATTAAGATaa > 1:495761/1‑61 (MQ=255) tGATACTATGAATCCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATGTAATGTCGTAATTAAGATAACTAATAAGGt > 1:1330311/1‑71 (MQ=255) tGATACTATGAATCCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATGTAATGTCGTAATTAAGATAACTAATAAGGt > 1:746740/1‑71 (MQ=255) tGATACTATGAATCCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATGTAATGTCGTAATTAAGATAACTAATAAGGt > 1:604556/1‑71 (MQ=255) gATACTATGAATCCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATGTaa > 1:72377/1‑43 (MQ=255) gATACTATGAATCCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATGTAATGTCGTAATTAAg > 1:2340755/1‑56 (MQ=255) gATACTATGAATCCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATGTAATGTCGTAATTAAGATaa > 1:783666/1‑60 (MQ=255) gATACTATGAATCCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATGTAATGTCGTAATTAAGATAACTAATAAGGt > 1:1829537/1‑70 (MQ=255) gATACTATGAATCCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATGTAATGTCGTAATTAAGATAACTAATAAGGt > 1:305905/1‑70 (MQ=255) tACTATGAATCCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATGTAATGTCGTAATTAAGATAACTAATAAGGTGaa < 1:1815115/71‑1 (MQ=255) tACTATGAATCCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATGTAATGTCGTAATTAAGATAACTAATAAGGTGaa < 1:2098405/71‑1 (MQ=255) tACTATGAATCCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATGTAATGTCGTAATTAAGATAACTAATAAGGTGaa < 1:2548043/71‑1 (MQ=255) aCTATGAATCCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATGTAATGTCGTaa > 1:1741290/1‑48 (MQ=255) cTATGAATCCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATGTAATGTCGTAATTAAGATAACtaataa < 1:1177443/63‑1 (MQ=255) cTATGAATCCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATGTAATGTCGTAATTAAGATAACtaa < 1:476324/60‑1 (MQ=255) cTATGAATCCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATGTAATGTCGTAATTAAGATAACTAATAAGGTGAata > 1:2083130/1‑71 (MQ=255) tATGAATCCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATGTAATGTCGTAATTaa < 1:1746854/50‑1 (MQ=255) aTGAATCCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATGTAAt > 1:2274375/1‑38 (MQ=255) aTGAATCCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATGTAATGTCGTAATTAAGATaa > 1:1711011/1‑54 (MQ=255) aTGAATCCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATGTAATGTCGTAATTAAGATAACtaata > 1:1794382/1‑60 (MQ=255) aTGAATCCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATGTAATGTCGTAATTAAGATAACTAATAAGGTGAatat > 1:1512670/1‑70 (MQ=255) tGAATCCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATGTAATGTCGTAATTaa < 1:375301/48‑1 (MQ=255) tGAATCCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATGTAATGTCGTAATTaa < 1:2317219/48‑1 (MQ=255) tGAATCCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATGTAATGTCGTAATTAAGAt < 1:1528039/51‑1 (MQ=255) tGAATCCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATGTAATGTCGTAATTAAGATAACTAATAAGGTGAatat > 1:2513457/1‑69 (MQ=255) gAATCCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATGTAATGTCGTAATTAAGATAACTAATAAGGTGAATATTAg > 1:27025/1‑71 (MQ=255) tCCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATGTAATGTCGTAATTAAGATAACTAATAAGGTGAATATTAGTaa < 1:2598647/71‑1 (MQ=255) | CGACATTCTACCCTTCTCAAAAATCCCCTTTTTAATTTTCATTG‑AAAAAATGGCAATTGATACTATGAATCCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATGTAATGTCGTAATTAAGATAACTAATAAGGTGAATATTAGTAA > W3110S.gb/2989612‑2989751 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |