| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | W3110S.gb | 3,404,628 | A→C | 18.6% | intergenic (+315/‑663) | yhdH → / → accB | predicted oxidoreductase, Zn‑dependent and NAD(P)‑binding/acetyl CoA carboxylase, BCCP subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 3,404,628 | 0 | A | C | 18.6% | 59.7 / 23.2 | 43 | intergenic (+315/‑663) | yhdH/accB | predicted oxidoreductase, Zn‑dependent and NAD(P)‑binding/acetyl CoA carboxylase, BCCP subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (22/13); new base C (3/5); total (25/18) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.47e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.58e-01 | |||||||||||
GCTACGCTTAGCCCCTTACTTATTTCTGGTACCATGGGGTGAATAATCTGATTTTGTTTGACTACAAATTAATCACTCGAACCTATTTAATGCTGAGCATTGTCAATCGGTTAATTTTGCGTGCTTTAG > W3110S.gb/3404561‑3404689 | gctacgctTAGCCCCTTACTTATTTCTGGTACCATGGGGTGAATAATCTGATTTTGTTTGACTACAAAtt > 1:2406055/1‑70 (MQ=255) tAGCCCCTTACTTATTTCTGGTACCATGGGGTGAATAATCTGATTTTGTTTGACTACAACTTAATCACTc > 1:1567212/1‑70 (MQ=255) ttacttaTTTCTGGTACCATGGGGTGAATAATCTGATTTTGTTTGACTACAAATTAATCACTCGAACCTa > 1:2052510/1‑70 (MQ=255) ttacttaTTTCTGGTACCATGGGGTGAATAATCTGATTTTGTTTGACTACAAATTAATCACTCGAACCTAt > 1:1367447/1‑71 (MQ=255) tacttaTTTCTGGTACCATGGGGTGAATAATCTGATTTTGTTTGACTACAACTTAATCACTCGAACCTAt > 1:2143893/1‑70 (MQ=255) acttaTTTCTGGTACCATGGGGTGAATAATCTGATTTTGTTTGACTACAAATTAATCACTCGAACCTAtt > 1:2490081/1‑70 (MQ=255) cttaTTTCTGGTACCATGGGGTGAATAATCTGATTTTGTTTGACTACAAATTAATCACTCGAACCTAttt < 1:785015/70‑1 (MQ=255) cttaTTTCTGGTACCATGGGGTCAATAATCTGATTTTGTTTGACTACAACTTAATCACTCGAACCTAttt < 1:845461/70‑1 (MQ=255) taTTTCTGGTACCATGGGGTGAATAATCTGATTTTGTTTGACTACAAATTAATCACTCGAACCTATTTaa > 1:1180737/1‑70 (MQ=255) aTTTCTGGTACCATGGGGTGAATAATCTGATTTTGTTTGACTACAAATTAATCACTCGAACCTATTTaa < 1:1537833/69‑1 (MQ=255) aTTTCTGGTACCATGGGGTGAATAATCTGATTTTGTTTGACTACAAATTAATCACTCGAACCTATTTaa < 1:1218426/69‑1 (MQ=255) aTTTCTGGTACCATGGGGTGAATAATCTGATTTTGTTTGACTACAAATTAATCACTCGAACCTATTTAATg > 1:2302682/1‑71 (MQ=255) tttCTGGTACCATGGGGTGAATAATCTGATTTTGTTTGACTACAAATTAATCACTCGAACCTATTTaa < 1:1768475/68‑1 (MQ=255) gTACCATGGGGTGAATAATCTGATTTTGTTTGACTACAAATTAATCACTCGAACCTATTTAATGCTGAGc < 1:2064120/70‑1 (MQ=255) gTACCATGGGGTGAATAATCTGATTTTGTTTGACTACAAATTAATCACTCGAACCTATTTAATGCTGAGCa < 1:318278/71‑1 (MQ=255) tACCATGGGGTGAATAATCTGATTTTGTTTGACTACAAATTAATCACTCGAACCTATTTaa < 1:2744432/61‑1 (MQ=255) tACCATGGGGTGAATAATCTGATTTTGTTTGACTACAAATTAATCACTCGAACCTATTTAATGCTTAGCAt > 1:24842/1‑71 (MQ=255) aCCATGGGGTGAATAATCTGATTTTGTTTGACTACAAATTAATCACTCGAACCTATTTAATGCTGAGCAt > 1:2213498/1‑70 (MQ=255) ccATGGGGTGAATAATCTGATTTTGTTTGACTACAAATTAATCACTCGAACCTATTTAATGCTGAGCATTg > 1:2739741/1‑71 (MQ=255) aTGGGGTGAATAATCTGATTTTGTTTGACTACAAATTAATCACTCGAACCTATTTAATGCTGAGCATTGt > 1:44494/1‑70 (MQ=255) gTGAATAATCTGATTTTGTTTGACTACAAaataat > 1:2470448/1‑35 (MQ=255) gTGAATAATCTGATTTTGTTTGACTACAAATTAAt > 1:1925496/1‑35 (MQ=255) tGAATAATCTGATTTTGTTTGACTACAACTTAATCACTCGAACCTATTTAATGCTGAg < 1:1325314/58‑1 (MQ=255) gAATAATCTGATTTTGTTTGACTACAACTTAATCACTCGAACCTATTTAATGCTGAGCATTGTCAATCGGt > 1:1334807/1‑71 (MQ=255) aataatCTGATTTTGTTTGACTACAAATTAATCACTCGAACCTa > 1:838160/1‑44 (MQ=255) aataatCTGATTTTGTTTGACTACAAATTAATCACTCGAACCTATTTAATGCTGAGCATTGTCAATc > 1:97079/1‑67 (MQ=255) aataatCTGATTTTGTTTGACTACAAATTAATCACTCGAACCTATTTAATGCTGAGCATTGTCAATCGGt > 1:412778/1‑70 (MQ=255) taatCTGATTTTGTTTGACTACAACTTAATCACTCGAACCTATTTAATGCTGAGc < 1:908310/55‑1 (MQ=255) taatCTGATTTTGTTTGACTACAACTTAATCACTCGAACCTATTTAATGCTGAGc < 1:1252490/55‑1 (MQ=255) taatCTGATTTTGTTTGACTACAAATTAATCACTCGAACCTATTTAATGCTGAg < 1:1102300/54‑1 (MQ=255) taatCTGATTTTGTTTGACTACAAATTAATCACTCGAACCTATTTAATGCTGAGCATTGTCAATCGGTTaa > 1:2577827/1‑71 (MQ=255) taatCTGATTTTGTTTGACTACAAATTAATCACTCGAACCTATTTAATGCTCAGCAtt < 1:1326676/58‑1 (MQ=255) atCTGATTTTGTTTGACTACAAATTAATCACTCGAACCTAt > 1:586268/1‑41 (MQ=255) tCTGATTTTGTTTGACTACAAATTAATCACTCGAACCTATTTAATGc < 1:952294/47‑1 (MQ=255) tGATTTTGTTTGACTACAAATTAATCACTCGAACCTATTTAATGCTg > 1:1372203/1‑47 (MQ=255) ttttGTTTGACTACAAATTAATCACTCGAACCTATTTAATGCt < 1:283573/43‑1 (MQ=255) ttgtttgACTACAAATTAATCACTCGAACCTATTTaa > 1:2572272/1‑37 (MQ=255) ttgtttgACTACAAATTAATCACTCGAACCTATTTaa > 1:753268/1‑37 (MQ=255) ttgtttgACTACAAATTAATCACTCGAACCTATTTaa > 1:2131150/1‑37 (MQ=255) tgtttgACTACAAATTAATCACTCGAACCTATTTAATGCTGAGCa > 1:1409967/1‑45 (MQ=255) tgtttgACTACAAATTAATCACTCGAACCTATTTAATGCTGAGCATTGTCAATCGGTTAATTTTGCGTGCt > 1:1622709/1‑71 (MQ=255) gACTACAACTTAATCACTCGAACCTATTTAATGCTGAGCATTGTCAATCGGTTAATTTTGCGTGCTTTAg < 1:2628270/70‑1 (MQ=255) gACTACAAATTAATCACTCGAACCTATTTAATGCTGAGCATTGTCAATCGGTTAATTTTGCGTGCTTTAg < 1:2594612/70‑1 (MQ=255) gACTACAAATTAATCACTCGAACCTATTTAATGCTGAGCATTGTCAATCGGTTAATTTTGCGTGCTTTAg < 1:1084344/70‑1 (MQ=255) | GCTACGCTTAGCCCCTTACTTATTTCTGGTACCATGGGGTGAATAATCTGATTTTGTTTGACTACAAATTAATCACTCGAACCTATTTAATGCTGAGCATTGTCAATCGGTTAATTTTGCGTGCTTTAG > W3110S.gb/3404561‑3404689 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |