| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | W3110S.gb | 582,879 | G→A | 11.3% | intergenic (+596/‑25) | ylcE → / → appY | hypothetical protein/DNA‑binding transcriptional activator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 582,879 | 0 | G | A | 11.3% | 179.6 / 11.1 | 62 | intergenic (+596/‑25) | ylcE/appY | hypothetical protein/DNA‑binding transcriptional activator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (25/30); new base A (4/3); total (29/33) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.96e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.96e-01 | |||||||||||
TAAATGCACATCATCCTGATTATGATTGTGTATTTAATTGGTTGTTATTTGACTACTATCAACTTGTTTTAATTTTATGATAGGTGCAAGATGGATTATGTTTGCTCCGTAGTTTTCATCTGTCAATCA > W3110S.gb/582814‑582942 | taAATGCACATCATCCTGATTATGATTGTGTATTTAATTGGTTGTTATTTGACTACTATCAACTTGtttt > 1:2463731/1‑70 (MQ=255) tGCACATCATCCTGATTATGATTGTGTATTTAATTGGTTGTTATTTGACTACTATCAACTTGTTTTAAttt > 1:581232/1‑71 (MQ=255) acaTCATCCTGATTATGATTGTGTATTTAATTGGTTGTTATTTGACTACTATCAACTTGTTTTAATTTTAt < 1:577413/71‑1 (MQ=255) atcatcCTGATTATGATTGTGTATTTAATTGGTTGTTATTTGACTACTATCAACTTGTTTTAATTTTATGa < 1:984443/71‑1 (MQ=255) tcatcCTGATTATGATTGTGTATTTAATTGGTTGTTATTTGACTACTATCAACTTGTTTTAATTTTAt < 1:2713368/68‑1 (MQ=255) tcatcCTGATTATGATTGTGTATTTAATTGGTTGTTATTTGACTACTATCAACTTGTTTTAATTTTAt < 1:1868693/68‑1 (MQ=255) tcatcCTGATTATGATTGTGTATTTAATTGGTTGTTATTTGACTACTATCAACTTGTTTTAATTTTATGa < 1:1128750/70‑1 (MQ=255) atcCTGATTATGATTGTGTATTTAATTGGTTGTTATTTGACTACTATCAACTTGTTTTAATTTTATGATAg < 1:98284/71‑1 (MQ=255) tcCTCATTATGATTGTGTATTTAATTGGTTGTTATTTGACTACTATCAACTTGTTTTAAttt < 1:2496417/62‑1 (MQ=255) cTGATTATGATTGTGTATTTAATTGGTTGTTATTTGACTACTATCAACTTGTTTTAATTTTa > 1:38201/1‑62 (MQ=255) cTGATTATGATTGTGTATTTAATTGGTTGTTATTTGACTACTATCAACTTGTTTTAATTTTATGATAGGTg > 1:2403210/1‑71 (MQ=255) gATTATGATTGTGTATTTAATTGGTTGTTATTTGACTACTATCAACTTATTTTAATTTTATGATAGGTg > 1:1721659/1‑69 (MQ=255) tgtgTATTTAATTGGTTGTTATTTGACTACTATCAACTTGTTTTAATTTTATGATAgg > 1:2280311/1‑58 (MQ=255) tgtATTTAATTGGTTGTTATTTGACTACTATCAACTTGTTTTAATTTTATGATAGGTGCAAGATGGATTAt < 1:964275/71‑1 (MQ=255) tgtATTTAATTGGTTGTTATTTGACTACTATCAACTTGTTTTAATTTTATGATAGGTGCAAGATGGATTAt < 1:479144/71‑1 (MQ=255) gtATTTAATTGGTTGTTATTTGACTACTATCAACTTGTTTTAATTTTAt < 1:1924469/49‑1 (MQ=255) tATTTAATTGGTTGTTATTTGACTACTATCAACTTGTTTTAATTTTATGATAGGTGCaa < 1:1934795/59‑1 (MQ=255) tATTTAATTGGTTGTTATTTGACTACTATCAACTTGTTTTAATTTTATGATAGGTGCaa < 1:2564357/59‑1 (MQ=255) tATTTAATTGGTTGTTATTTGACTACTATCAACTTGTTTTAATTTTATGATAGGTGCaa < 1:1309828/59‑1 (MQ=255) tATTTAATTGGTTGTTATTTGACTACTATCAACTTGTTTTAATTTTATGATAGGTGCAAGATGGATTa > 1:1509912/1‑68 (MQ=255) tAATTGGTTGTTATTTGACTACTATCAACTTGTTTTAATTTTATGATAGGTGCAAg > 1:977858/1‑56 (MQ=255) tAATTGGTTGTTATTTGACTACTATCAACTTGTTTTAATTTTATGATAGGTGCAAGATGGATTATGt > 1:232873/1‑67 (MQ=255) tAATTGGTTGTTATTTGACTACTATCAACTTGTTTTAATTTTATGATAGGTGCAAGATGGATTATGTTTg > 1:407707/1‑70 (MQ=255) tGGTTGTTATTTGACTACTATCAACTTGTTTTAATTTTATGATAGGTGCAAGa > 1:2473099/1‑53 (MQ=255) ggTTGTTATTTGACTACTATCAACTTGTTTTAATTTTATGATAg > 1:1266181/1‑44 (MQ=255) gttgttATTTGACTACTATCAACTTGTTTTAATTTTATGATAGGTGCaa < 1:2592109/49‑1 (MQ=255) gttgttATTTGACTACTATCAACTTGTTTTAATTTTATGATAGGTGCaa < 1:1323412/49‑1 (MQ=255) gttgttATTTGACTACTATCAACTTGTTTTAATTTTATGATAGGTGCaa < 1:2595389/49‑1 (MQ=255) gttgttATTTGACTACTATCAACTTATTTTAATTTTATGATAGGTGCAAGATGGATTATGTTTGCTCCg > 1:2367507/1‑69 (MQ=255) ttgttATTTGACTACTATCAACTTGTTTTAATTTTATGATa < 1:1832030/41‑1 (MQ=255) ttgttATTTGACTACTATCAACTTATTTTAATTTTATGATAGGTGCAAGATgg < 1:1382472/53‑1 (MQ=255) gttATTTGACTACTATCAACTTGTTTTAATTTTATGATAGGTGCAAGa > 1:684668/1‑48 (MQ=255) 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ctaTCAACTTATTTTAATTTTATGATAGGTGCAAGATGGATTATGTTTGCTCCGTAGTTTTCATCTGTCaa > 1:366510/1‑71 (MQ=255) ctaTCAACTTATTTTAATTTTATGATAGGTGCAAGATGGATTATGTTTGCTCCGTAGTTTTCATCTGTCa > 1:1960456/1‑70 (MQ=255) taTCAACTTGTTTTAATTTTATGATAGGTGCAAGATg < 1:648833/37‑1 (MQ=255) taTCAACTTGTTTTAATTTTATGATAGGTGCAAGATg < 1:1550074/37‑1 (MQ=255) taTCAACTTGTTTTAATTTTATGATAGGTGCAAGATGGATTa < 1:2633010/42‑1 (MQ=255) taTCAACTTGTTTTAATTTTATGATAGGTGCAAGATGGATTATGTTTg < 1:817120/48‑1 (MQ=255) taTCAACTTATTTTAATTTTATGATAGGTGCAAGATGGATTATg < 1:378392/44‑1 (MQ=255) taTCAACTTATTTTAATTTTATGATAGGTGCAAGATGGATTATg < 1:381662/44‑1 (MQ=255) tCAACTTGTTTTAATTTTATGATAGGTGCAAGATGGa > 1:2492391/1‑37 (MQ=255) tCAACTTGTTTTAATTTTATGATAGGTGCAAGATGGa > 1:2024097/1‑37 (MQ=255) tCAACTTGTTTTAATTTTATGATAGGTGCAAGATGGATTATg < 1:1733147/42‑1 (MQ=255) tCAACTTGTTTTAATTTTATGATAGGTGCAAGATGGATTATGTTTGCTCCGTAGTTTTCATCTGTCAATc < 1:347541/70‑1 (MQ=255) tCAACTTGTTTTAATTTTATGATAGGTGCAAGATGGATTATGTTTGCTCCGTAGTTTTCATCTGTCAATCa < 1:2323647/71‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |