| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | W3110S.gb | 3,769,914 | G→A | 75.6% | A410T (GCC→ACC) | dgoT → | D‑galactonate transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 3,769,914 | 0 | G | A | 75.6% | 68.5 / 23.4 | 41 | A410T (GCC→ACC) | dgoT | D‑galactonate transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (5/5); new base A (16/15); total (21/20) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CCGTTCCGCTGGTGGTGGGGTACCTGGCGCAGGGTTACGGTTTCGCACCTGCACTGGTTTATATCTCCGCCGTCGCGTTGATTGGCGCGCTCTCTTATATCCTGCTGGTGGGCGATGTGAAGCGCGTTGGCTAAT > W3110S.gb/3769846‑3769980 | ccGTTCCGCTGGTGGTGGGGTACCTGGCGCAGGGTTACGGTTTCGCACCTGCACTGGTTTATATCTccacc < 1:799558/71‑1 (MQ=255) cTGGTGGTGGGGTACCTGGCGCAGGGTTACGGTTTCGCACCTGCACTGGTTTATATCTCCACCGTCGCGtt < 1:2541770/71‑1 (MQ=255) tggGGTACCTGGCGCAGGGTTACGGTTTCGCACCTGCACTGGTTTATATCTCCACCGTCGCGTTGAtt < 1:1411060/68‑1 (MQ=255) gTACCTGGCGCAGGGTTACGGTTTCGCACCTGCACTGGTTTATATCTCCACCGTCGCGTTGATTGgcgc > 1:1426413/1‑69 (MQ=255) ccTGGCGCAGGGTTACGGTTTCGCACCTGCACTGGTTTATATCTCCACCGTCGCGTTGATTGGCGCGctc < 1:266368/70‑1 (MQ=255) ggCGCAGGGTTACGGTTTCGCACCTGCACTGGTTTATATCTCCGCCGTCGCGTTGAt > 1:1528113/1‑57 (MQ=255) ggCGCAGGGTTACGGTTTCGCACCTGCACTGGTTTATATCTCCGCCGTCGCGTTGAt > 1:673194/1‑57 (MQ=255) ggCGCAGGGTTACGGTTTCGCACCTGCACTGGTTTATATCTCCACCGTCGCGTTGATTGGCGCGctctct > 1:1257157/1‑70 (MQ=255) ggCGCAGGGTTACGGTTTCGCACCTGCACTGGTTTATATCTCCACCGTCGCGTTGATTGGCGCGctc > 1:680092/1‑67 (MQ=255) gcgcAGGGTTACGGTTTCGCACCTGCACTGGTTTATATCTCCGCCGTCGCGTTGATTGGCGCGCTCTCTta < 1:2608612/71‑1 (MQ=255) gcgcAGGGTTACGGTTTCGCACCTGCACTGGTTTATATCTCCACCGTCGTGTTGATTGGCGCGctctct < 1:2648776/69‑1 (MQ=255) gcgcAGGGTTACGGTTTCGCACCTGCACTGGTTTATATCTCCACCGTCGCGTTGATTGGCGCGctctct < 1:178273/69‑1 (MQ=255) gcgcAGGGTTACGGTTTCGCACCTGCACTGGTTTATATCTCCACCGTCGCGTTGATTGGCGCGctctct < 1:259508/69‑1 (MQ=255) gcgcAGGGTTACGGTTTCGCACCTGCACTGGTTTATATCTCCACCGTCGCGTTGATTGGCGCGctctct < 1:2603462/69‑1 (MQ=255) gcgcAGGGTTACGGTTTCGCACCTGCACTGGTTTATATCTCCACCGTCGCGTTGATTGGCGCGctctct < 1:487806/69‑1 (MQ=255) gTTACGGTTTCGCACCTGCACTGGTTTATATCTCCACCGTCGCGTTGATTGGCGCGctctct < 1:206550/62‑1 (MQ=255) gTTACGGTTTCGCACCTGCACTGGTTTATATCTCCACAGTCGCGTTGATTGGCGCGctctct < 1:343577/62‑1 (MQ=255) ttACGGTTTCGCACCTGCACTGGTTTATATCTCCACCGTCGCGTTGATTg > 1:138928/1‑50 (MQ=255) tACGGTTTCGCACCTGCACTGGTTTATATCTccaccg > 1:270172/1‑37 (MQ=255) tACGGTTTCGCACCTGCACTGGTTTATATCTCCACCGTCGCGTTGATTGGCGCGCTCTCTta > 1:2656121/1‑62 (MQ=255) aCGGTTTCGCACCTGCACTGGTTTATATCTCCACCGTCGCGTTGa > 1:2113254/1‑45 (MQ=255) aCGGTTTCGCACCTGCACTGGTTTATATCTCCACCGTCGCGTTGa > 1:2713515/1‑45 (MQ=255) aCGGTTTCGCACCTGCACTGGTTTATATCTCCACCGTCGCGTTGATTGGCGCGCTCTCTTATATCctgct < 1:2137919/70‑1 (MQ=255) tttCGCACCTGCACTGGTTTATATCTCCGCCGTCGCGtt < 1:2251179/39‑1 (MQ=255) tCGCACCTGCACTGGTTTATATCTCCGCCGTCGCGTTGa > 1:2405933/1‑39 (MQ=255) tCGCACCTGCACTGGTTTATATCTCCGCCGTCGCGTTGa > 1:1274288/1‑39 (MQ=255) tCGCACCTGCACTGGTTTATATCTCCACCGTCGCGTTGATTGgcgcgc > 1:302462/1‑48 (MQ=255) tCGCACCTGCACTGGTTTATATCTCCACCGTCGCGTTGATTGgcgc > 1:933050/1‑46 (MQ=255) tCGCACCTGCACTGGTTTATATCTCCACCGTCGCGTTGATTGGCGCGCTCTCTTATATCCTGCTGGTGGGc > 1:2147215/1‑71 (MQ=255) cGCACCTGCACTGGTTTATATCTCCACCGTCGCGTTGATTGGCGCGCTCTCTTATATCCTGCTGGTGGGc < 1:1145259/70‑1 (MQ=255) gCACCTGCACTGGTTTATATCTCCGCCGTCGCGtt < 1:824092/35‑1 (MQ=255) tGCACTGGTTTATATCTCCGCCGTCGCGTTGATTGGCGCGCTCTCTTATATCCTGCTGGTGGGCGAtgtg > 1:1495403/1‑70 (MQ=255) tGCACTGGTTTATATCTCCACCGTCGCGTTGATTGGCGCGct > 1:2031209/1‑42 (MQ=255) tGCACTGGTTTATATCTCCACCGTCGCGTTGATTGGCGCGCTCTCTTATATc > 1:853702/1‑52 (MQ=255) tGCACTGGTTTATATCTCCACCGTCGCGTTGATTGGCGCGCTCTCTTATATCCTGCTGGTGGGCGAtgtg > 1:549070/1‑70 (MQ=255) gTTTATATCTCCACCGTCGCGTTGATTGGCGCGCTCTCTTATATCCTGCTGGTGGGCGATGTGAAgcgc < 1:1730484/69‑1 (MQ=255) tttATATCTCCGCCGTCGCGTTGATTGGCGCGCTCTCTTATATCctgct < 1:667249/49‑1 (MQ=255) tttATATCTCCGCCGTCGCGTTGATTGGCGCGCTCTCTTATATCctgct < 1:1063806/49‑1 (MQ=255) tttATATCTCCACCGTCGCGTTGATTGGCGCGCTCTCTta < 1:479413/40‑1 (MQ=255) tttATATCTCCACCGTCGCGTTGATTGGCGCGCTCTCTTATATCctg > 1:6483/1‑47 (MQ=255) tctcCACCGTCGCGTTGATTGGCGCGCTCTCTTATATCCTGCTGGTGGGCGATGTGAAGCGCGTTGGCTa < 1:2095084/70‑1 (MQ=255) tctcCACCGTCGCGTTGATTGGCGCGCTCTCTTATATCCTGCTGGGGGGCGATGTGAAGCGCGTTGGCTaa > 1:411215/1‑71 (MQ=255) tcCACCGTCGCGTTGATTGGCGCGCTCTCTTATATCCTGCTGGTGGGCGATGTGAAGCGCGTTGGCTAAt > 1:2680005/1‑70 (MQ=255) | CCGTTCCGCTGGTGGTGGGGTACCTGGCGCAGGGTTACGGTTTCGCACCTGCACTGGTTTATATCTCCGCCGTCGCGTTGATTGGCGCGCTCTCTTATATCCTGCTGGTGGGCGATGTGAAGCGCGTTGGCTAAT > W3110S.gb/3769846‑3769980 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |