| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | W3110S.gb | 3,918,430 | G→A | 8.0% | L264L (CTG→TTG) | insK ← | IS150 conserved protein InsB |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 3,918,430 | 0 | G | A | 8.0% | 230.0 / 8.2 | 75 | L264L (CTG→TTG) | insK | IS150 conserved protein InsB |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (32/37); new base A (3/3); total (35/40) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.62e-01 | |||||||||||
AGTTAAACACGAGGCATATAGGTCTGATTCCGATATTCAATTGGAGTCAGACCTTTTAATTTCAGGCTAATTCTTCTGCTGTTGTAGTATTCAATATATTCCGTAACAGCATCCTTCAGTTCGCTTA > W3110S.gb/3918366‑3918492 | aGTTAAACACGAGGCATATAGGTCTGATTCCGATATTCAATTGGAGTCAGACCTTTTAATTTCAGGCTAAt > 1:2380111/1‑71 (MQ=255) gTTAAACACGAGGCATATAGGTCTGATTCCGATATTCAATTGGAGTCAGACCCTTTAATTTCAGGCTAAt > 1:2066078/1‑70 (MQ=255) ttAAACACGAGGCATATAGGTCTGATTCCGATATTCAATTGGAGTCAGACCTTTTAATTTCAGGCt < 1:701612/66‑1 (MQ=255) ttAAACACGAGGCATATAGGTCTGATTCCGATATTCAATTGGAGTCAGACCTTTTAATTTCAGGCt < 1:1627996/66‑1 (MQ=255) ttAAACACGAGGCATATAGGTCTGATTCCGATATTCAATTGGAGTCAGACCTTTTAATTTCAGGCTAAttc > 1:465302/1‑71 (MQ=255) aaaCACGAGGCATATAGGTCTGATTCCGATATTCAATTGGAGTCAGACCTTTTAATTTCAGGCTAAttctt > 1:2170543/1‑71 (MQ=255) aaaCACGAGGCATATAGGTCTGATTCCGATATTCAATTGGAGTCAGACCTTTTAATTTCAGGCTAAttct > 1:1908680/1‑70 (MQ=255) cacGAGGCATATAGGTCTGATTCCGATATTCAATTGGAGTCAGACCTTTTAATTTCAGGCTAATTCTTctg > 1:103183/1‑71 (MQ=255) cacGAGGCATATAGGTCTGATTCCGATATTCAATTGGAGTCAGACCTTTTAATTTCAGGCTAATTCTTctg < 1:1830010/71‑1 (MQ=255) acGTGGCATATAGGTCTGATTCCGATATTCAATTGGAGTCAGACCTTTTAATTTCAGGCt < 1:2057571/60‑1 (MQ=255) gCATATAGGTCTGATTCCGATATTCAATTGGAGTCAGACCTTTTAATTTCAGGCTAATTCTTCTGCtgttg < 1:433004/71‑1 (MQ=255) gCATATAGGTCTGATTCCGATATTCAATTGGAGTCAGACCTTTTAATTTCAGGCTAATTCTTCTGCtgttg > 1:2655751/1‑71 (MQ=255) gCATATAGGTCTGATTCCGATATTCAATTGGAGTCAGACCTTTTAATTTCAAGCTAATTCTTCTGCtgttg < 1:1066394/71‑1 (MQ=255) atatAGGTCTGATTCCGATATTCAATTGGAGTCAGACCTTTTAATTTCAGGCTAATTCTTCTGCtgttg > 1:2284313/1‑69 (MQ=255) tataGGTCTGATTCCGATATTCAATTGGAGTCAGACCTTTTAATTTCAGGCTAATTCTTctgc < 1:152180/63‑1 (MQ=255) tataGGTCTGATTCCGATATTCAATTGGAGTCAGACCTTTTAATTTCAGGCTAATTCTTctgc < 1:2712806/63‑1 (MQ=255) tataGGTCTGATTCCGATATTCAATTGGAGTCAGACCTTTTAATTTCAGGCTAATTCTTCTGCtgttgt < 1:2596696/69‑1 (MQ=255) tataGGTCTGATTCCGATATTCAATTGGAGTCAGACCTTTTAATTTCAGGCTAATTCTTCTGCtgttgt < 1:1232281/69‑1 (MQ=255) tataGGTCTGATTCCGATATTCAATTGGAGTCAGACCTTTTAATTTCAGGCTAATTCTTCTGCtgttg < 1:1380366/68‑1 (MQ=255) tataGGTCTGATTCCGATATTCAATTGGAGTCAGACCTTTTAATTTCAGGCTAATTCTTCTGCTGTTgtag < 1:2126709/71‑1 (MQ=255) tataGGTCTGATTCCGATATTCAATTGGAGTCAGACCTTTTAATTTCAGGCTAATTCTTCTGCTGTTgtag < 1:2054155/71‑1 (MQ=255) taGGTCTGATTCCGATATTCAATTGGAGTCAGACCTTTTAATTTCAgg > 1:978622/1‑48 (MQ=255) taGGTCTGATTCCGATATTCAATTGGAGTCAGACCTTTTAATTTCAGGCTAATTCTTCTGCTGTTgtagta > 1:2154536/1‑71 (MQ=255) taGGTCTGATTCCGATATTCAATTGGAGTCAGACCTTTTAATTTCAGGCTAATTCTTCTGCTGTTgtagta > 1:2718108/1‑71 (MQ=255) taGGTCTGATTCCGATATTCAATTGGAGTCAGACCTTTTAATTTCAGGCTAATTCTTCTGCTGTTgtagta > 1:2721114/1‑71 (MQ=255) taGGTCTGATTCCGATATTCAATTGGAGTCAGACCTTTTAATTTCAGGCTAATTCTTCTGCTGTTgtagta > 1:623283/1‑71 (MQ=255) taGGTCTGATTCCGATATTCAATTGGAGTCAGACCTTTTAATTTCAGGCTAATTCTTCTGCTGTTgtagta > 1:861350/1‑71 (MQ=255) taGGTCTGATTCCGATATTCAATTGGAGTCAGACCTTTTAATTTCAGGCTAATTCTTCTGCTGTTgtagta > 1:86737/1‑71 (MQ=255) taGGTCTGATTCCGATATTCAATTGGAGTCAGACCTTTTAATTTCAGGCTAATTCTTCTGCTGTTgtagta > 1:2127802/1‑71 (MQ=255) taGGTCTGATTCCGATATTCAATTGGAGTCAGACCTTTTAATTTCAGGCTAATTCTTCTGCTGTTgtagta > 1:1498507/1‑71 (MQ=255) taGGTCTGATTCCGATATTCAATTGGAGTCAGACCTTTTAATTTCAGGCTAATTCTTCTGCTGTTgtagt > 1:1900538/1‑70 (MQ=255) tCTGATTCCGATATTCAATTGGAGTCAGACCTTTTAATTTCAAGCTAAtt > 1:1585527/1‑50 (MQ=255) cTGATTCCGATATTCAATTGGAGTCAGACC‑TTTAATTTCAGGCTaa > 1:739422/1‑46 (MQ=39) aTTCCGATATTCAATTGGAGTCAGACCTTTTAATTTCAGGCTAAttc > 1:1784343/1‑47 (MQ=255) aTTCCGATATTCAATTGGAGTCAGACCTTTTAATTTCAGGCTAATTCTTCTGCTGTTGTAGTATTCAata < 1:2534966/70‑1 (MQ=255) aTTCCGATATTCAATTGGAGTCAGACCTTTTAATTTCAGGCTAATTCTTCTGCTGTTGTAGTATTCAata > 1:862024/1‑70 (MQ=255) aTTCCGATATTCAATTGGAGTCAGACCTTTTAATTTCAGGCTAATTCTTCTGCTGTTGTAGTATTCAata < 1:1566231/70‑1 (MQ=255) aTTCCGATATTCAATTGGAGTCAGACCTTTTAATTTCAGGCTAATTCTTCTGCTGTTGTAGTATTCAata < 1:1566233/70‑1 (MQ=255) aTTCCGATATTCAATTGGAGTCAGACCTTTTAATTTCAGGCTAATTCTTCTGCTGTTGTAGTATTCAat < 1:947031/69‑1 (MQ=255) ttCCGATATTCAATTGGAGTCAGACCTTTTAATTTCAGGCTAATTCTTCTGCTGTTgtagt < 1:1688903/61‑1 (MQ=255) ttCCGATATTCAATTGGAGTCAGACCTTTTAATTTCAAGCTAATTCTTCTGCTGTTGTAGTATTCAatata > 1:711964/1‑71 (MQ=255) ttCCGATATTCAATTGGAGTCAGACCTTTTAATTTCAAGCTAATTCTTCTGCTGTTGTAGTATTCAatata < 1:2642923/71‑1 (MQ=255) ttCCGATATTCAATTGGAGTCAGACCTTTTAATTTCAAGCTAATTCTTCTGCTGTTGTAGTATTCAatata < 1:2509868/71‑1 (MQ=255) tCCGATATTCAATTGGAGTCAGACCTTTTAATTTCAGGCTAATTCTTCTGCTGTTgtagt > 1:2618433/1‑60 (MQ=255) ccGATATTCAATTGGAGTCAGACCTTTTAATTTCAGGCTAATTATTCTGCtgt > 1:562974/1‑53 (MQ=255) cGATATTCAATTGGAGTCAGACCTTTTAATTTCAGGCTAATTCTTCTGCTGTTGTAGTATTCAATATATTc < 1:2047013/71‑1 (MQ=255) tatTCAATTGGAGTCAGACCTTTTAATTTCAGGCTAATTCTTCTGCTGTTGTAGTATTCAATATATTCCGt < 1:2418834/71‑1 (MQ=255) ttCAATTGGAGTCAGACCTTTTAATTTCAGGCTAATTCTTCTGCTGTTGTAGTATTCAATATATTCCGTa < 1:157496/70‑1 (MQ=255) cAATTGGAGTCAGACCTTTTAATTTCAGGCTAAttctt > 1:1746349/1‑38 (MQ=255) cAATTGGAGTCAGACCTTTTAATTTCAGGCTAATTCTTCTGCTGTTGTAGTATTCAatata > 1:2022840/1‑61 (MQ=255) cAATTGGAGTCAGACCTTTTAATTTCAGGCTAATTCTTCTGCTGTTGTAGTATTCAatata > 1:729393/1‑61 (MQ=255) cAATTGGAGTCAGACCTTTTAATTTCAGGCTAATTCTTCTGCTGTTGTAGTATTCAATATATTCCGTaa > 1:1963565/1‑69 (MQ=255) aaTTGGAGTCAGACCTTTTAATTTCAGGCTAATTCTTCTGCTGTTGTAGTATTCaa < 1:2057320/56‑1 (MQ=255) aTTGGAGTCAGACCTTTTAATTTCAGGCTAATTCTTCTGCtgttgt < 1:2611601/46‑1 (MQ=255) aTTGGAGTCAGACCTTTTAATTTCAGGCTAATTCTTCTGCTGTTGTAGTATTCAatatat < 1:1251064/60‑1 (MQ=255) ttGGAGTCAGACCTTTTAATTTCAGGCTAATTCTTCTGCTGTTGTAGTATTCAATATATTCCGTAACAGCa < 1:1585985/71‑1 (MQ=255) tGGAGTCAGACCTTTTAATTTCAGGCTAATTCTTCTGCTGTTGTAGTATTCAATATATTCCGTAACAGCAt > 1:2457643/1‑71 (MQ=255) gTCAGACCTTTTAATTTCAGGCTAATTCTTCTGCTGTTGTAGTATTCaa < 1:2053384/49‑1 (MQ=255) gTCAGACCTTTTAATTTCAGGCTAATTCTTCTGCTGTTGTAGTATTCAatata < 1:2174640/53‑1 (MQ=255) gTCAGACCTTTTAATTTCAGGCTAATTCTTCTGCTGTTGTAGTATTCAATATATTCCGTAACAGCATCCtt < 1:1089302/71‑1 (MQ=255) aGACCTTTTAATTTCAGGCTAATTCTTCTGCTGTTGTAGTATTCAATATATTCCGTAACAGCATCCTTCAg > 1:1332718/1‑71 (MQ=255) aGACCTTTTAATTTCAGGCTAATTCTTCTGCTGTTGTAGTATTCAATATATTCCGTAACAGCATCCTTCAg > 1:917216/1‑71 (MQ=255) aGACCTTTTAATTTCAGGCTAATTCTTCTGCTGTTGTAGTATTCAATATATTCAGTAACAGCATCCTTCAg > 1:501935/1‑71 (MQ=255) aCCTTTTAATTTCAGGCTAATTCTTCTGCTGTTgta < 1:914407/36‑1 (MQ=255) aCCTTTTAATTTCAGGCTAATTCTTCTGCTGTTGTAGTATTCAATATATTCCGTAACAGCATCCTTCAGtt > 1:1786448/1‑71 (MQ=255) ccTTTTAATTTCAGGCTAATTCTTCTGCTGTTGTAGTATTCAATATATTCCGTAACAGCATCCTTCAGTTc > 1:309400/1‑71 (MQ=255) cTTTTAATTTCAGGCTAATTCTTCTGCTGTTGTAGTATTCa < 1:623192/41‑1 (MQ=255) cTTTTAATTTCAGGCTAATTCTTCTGCTGTTGTAGTATTCAATATATTCCGTAACAGCATCCTTc < 1:210511/65‑1 (MQ=255) ttttAATTTCAGGCTAATTCTTCTGCTGTTGTAGTATTCaa < 1:2265841/41‑1 (MQ=255) ttAATTTCAGGCTAATTCTTCTGCTGTTGTAGTATTCAATATATTCCGTAACAGCATCCTTCAGTTCGCt < 1:1965679/70‑1 (MQ=255) aaTTTCAGGCTAATTCTTCTGCTGTTGTAGTATTCAATATATTCCGTAACAGCATCCTTCAGTTCGCTta < 1:1801866/70‑1 (MQ=255) aaTTTCAGGCTAATTCTTCTGCTGTTGTAGTATTCAATATATTCCGTAACAGCATCCTTCAGTTCGCTta < 1:1038664/70‑1 (MQ=255) aTTTCAGGCTAATTCTTCTGCTGTTGTAGTATTCAATATATTCCGTAACAGCATCCTTCAGTTCGCTta < 1:1035455/69‑1 (MQ=255) tttCAGGCTAATTCTTCTGCTGTTGTAGTATTCAATATATTCCGTAACAGCa < 1:1199023/52‑1 (MQ=255) tttCAGGCTAATTCTTCTGCTGTTGTAGTATTCAATATATTCCGTAACAGCa < 1:2296033/52‑1 (MQ=255) tCAAGCTAATTCTTCTGCTGTTGTAGTATTCAATATATTCCGTaa > 1:1989489/1‑45 (MQ=255) | AGTTAAACACGAGGCATATAGGTCTGATTCCGATATTCAATTGGAGTCAGACCTTTTAATTTCAGGCTAATTCTTCTGCTGTTGTAGTATTCAATATATTCCGTAACAGCATCCTTCAGTTCGCTTA > W3110S.gb/3918366‑3918492 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |