| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | W3110S.gb | 4,007,539 | G→A | 81.6% | pseudogene (367/393 nt) | yhiK → | ECK3474:JW5674:b3489; hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 4,007,539 | 0 | G | A | 81.6% | 81.7 / 14.2 | 38 | pseudogene (367/393 nt) | yhiK | ECK3474:JW5674:b3489; hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (4/3); new base A (13/18); total (17/21) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.78e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.67e-01 | |||||||||||
TTATGGGGCTAAATTCCCTGAAGGAAGCACGTGATAAAAATAATAAAATAATTTATTCCTCAGGGCTTAGTTGTTTTCAACTACATTAAAACTCCATGAATACGGTGGTATGTCTTTTTAAT > W3110S.gb/4007477‑4007598 | ttatGGGGCTAAATTCCCTGAAGGAAGCACGTGATAAAAATAATAAAATAATTTATTCCTCAAGGCTTa < 1:1655190/69‑1 (MQ=255)ttatGGGGCTAAATTCCCTGAAGGAAGCACGTGATAAAAATAATAAAATAATTTATTCCTCAAGGCTTAgt < 1:2059996/71‑1 (MQ=255) atGGGGCTAAATTCCCTGAAGGAAGCACGTGATAAAAATAATAAAATAATTTATTCCTCAAGGCTTAgttc > 1:429396/1‑70 (MQ=255) atGGGGCTAAATTCCCTGAAGGAAGCACGTGATAAAAATAATAAAATAATTTATTCCTCAAGGCTTAgttc > 1:426109/1‑70 (MQ=255) aaaTTCCCTGAAGGAAGCACGTGATAAAAATAATAAAATAATTTATTCCTCAGGGCTTAGTTGTTTTCAAc > 1:2299568/1‑71 (MQ=255) aaaTTCCCTGAAGGAAGCACGTGATAAAAATAATAAAATAATTTATTACTCAGGGCTTAGTTGTTTTCaa > 1:2041902/1‑70 (MQ=255) aaTTCCCTGAAGGAAGCACGTGATAAAAATAATAAAATAATTTATTCCTCAAGGCTTAGTTGTTTTCAAc > 1:1734016/1‑70 (MQ=255) ttCCCTGAAGGAAGCACGTGATAAAAATAATAAAATAATTTATTCCTCAGGGCTTAGTTGTTTTCAACTa > 1:2570103/1‑70 (MQ=255) taccTGAAGGAAGCACGTGATAAAAATAATAAAATAATTTATTCCTCAAGGCTTAGTTGTTTTCAACTACa > 1:711028/3‑71 (MQ=255) tCCCTGAAGGAAGCACGTGATAAAAATAATAAAATAATTTATTCCTCAAGGCTTAGTTGTTTTCAACTAc < 1:2636202/70‑1 (MQ=255) aaggaagCACGTGATAAAAATAATAAAATAATTTATTCCTCAAGGCTTAGTTGTTTTCAACTa > 1:2554515/1‑63 (MQ=255) ggaagCACGTGATAAAAATAATAAAATAATTTATTCCTCAAGGCTTAGTTGTTTTCAACTACATTaa < 1:1750251/67‑1 (MQ=255) ggaagCACGTGATAAAAATAATAAAATAATTTATTCCTCAAGGCTTAGTTGTTTTCAACTACATTAAAACt > 1:1838479/1‑71 (MQ=255) agCACGTGATAAAAATAATAAAATAATTTATTCCTCAGGGCTTAGTTGTTTTCAACTACATTAAAACTCCa > 1:1949780/1‑71 (MQ=255) agCACGTGATAAAAATAATAAAATAATTTATTCCTCAAGGCTTAGTTGTTTTCAACTACATTAAAACTCCa > 1:647382/1‑71 (MQ=255) cGTGATAAAAATAATAAAATAATTTATTCCTCAAGGCTTAGTTGTTTTCAACTACATTAAAACTCCATGaa < 1:518764/71‑1 (MQ=255) tGATAAAAATAATAAAATAATTTATTCCTCAAGGCTTAGTTGTTTTCAACTACATTAAAACTCCATGAATa > 1:380268/1‑71 (MQ=255) aTAAAAATAATAAAATAATTTATTCCTCAGGGCTTAGTTGTTTTc < 1:2638176/45‑1 (MQ=255) aTAAAAATAATAAAATAATTTATTCCTCAAGGCTTa < 1:2526657/36‑1 (MQ=255) aTAAAAATAATAAAATAATTTATTCCTCAAGGCTTAGTTGTTTTCAACTACATTAAAACTCCATGAATACg > 1:1338819/1‑71 (MQ=255) tAAAAATAATAAAATAATTTATTCCTCAAGGCTTAGTTGTTTTc < 1:1862707/44‑1 (MQ=255) aaaaaTAATAAAATAATTTATTCCTCAAGGCTTAgttgt > 1:1162954/1‑39 (MQ=255) aaaaaTAATAAAATAATTTATTCCTCAAGGCTTAGTTGTTTTCaa > 1:766246/1‑45 (MQ=255) aaaataataaaataatTTATTCCTCAAGGCTTAgtt < 1:1628184/36‑1 (MQ=255) aaaataataaaataatTTATTCCTCAAGGCTTAgtt < 1:448286/36‑1 (MQ=255) aaataataaaataatTTATTCCTCAGGGCTTAGTTGTTTTCAACTACATTAAAACTCCATGAATACggtgg < 1:2205938/71‑1 (MQ=255) aaataataaaataatTTATTCCTCAAGGCTTAGTTGTTTTCAAc < 1:886728/44‑1 (MQ=255) aataataaaataatTTATTCCTCAAGGCTTAGTTGTTTTCAACTACATTAAAACTCCATGAAt < 1:1664280/63‑1 (MQ=255) aataataaaataatTTATTCCTCAAGGCTTAGTTGTTTTCAACTACATTAAAACTCCATGAAt < 1:508771/63‑1 (MQ=255) taataaaataatTTATTCCTCAAGGCTTAGTTGTTTTCAACTACATTAAAACTCCATGAATAc > 1:2459345/1‑63 (MQ=255) taataaaataatTTATTCCTCAAGGCTTAGTTGTTTTCAACTACATTAAAACTCCATGAATAc > 1:727561/1‑63 (MQ=255) ataaaataatTTATTCCTCAAGGCTTAGTTGTTTTCAACTACATTAAAACTCCATGAATACGGTGGTATGt < 1:2700555/71‑1 (MQ=255) ataaaataatTTATTCCTCAAGGCTTAGTTGTTTTCAACTACATTAAAACTCCATGAATACGGTGGTATGt < 1:2703713/71‑1 (MQ=255) ataaaataatTTATTCCTCAAGGCTTAGTTGTTTTCAACTACATTAAAACTCCATGAATACGGTGGTATGt < 1:2115981/71‑1 (MQ=255) aaacaatTTATTCCTCAAGGCTTAGTTGTTTTCAACTACATTAAAACTCCATGAATACGGTGGTATGTCtt < 1:1011664/71‑1 (MQ=255) taatTTATTCCTCAAGGCTTAGTTGTTTTCAACTACATTAAAACTCCATGAATACGGTGGTATGTCttttt < 1:1586828/71‑1 (MQ=255) tttATTCCTCAGGGCTTAGTTGTTTTCAACTACATTAAAACTCCATGAATACGGTGGTATGTCTTTTTAAt < 1:1179442/71‑1 (MQ=255) tttATTCCTCAAGGCTTAGTTGTTTTCAACTACATTAAAACTCCATGAATACGGTGGTATGTCTTTTTAAt < 1:674440/71‑1 (MQ=255) | TTATGGGGCTAAATTCCCTGAAGGAAGCACGTGATAAAAATAATAAAATAATTTATTCCTCAGGGCTTAGTTGTTTTCAACTACATTAAAACTCCATGAATACGGTGGTATGTCTTTTTAAT > W3110S.gb/4007477‑4007598 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |