| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | W3110S.gb | 4,013,034 | C→T | 12.2% | P719L (CCG→CTG) | rbbA → | fused ribosome‑associated ATPases |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 4,013,034 | 0 | C | T | 12.2% | 114.8 / 7.1 | 41 | P719L (CCG→CTG) | rbbA | fused ribosome‑associated ATPases |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (23/13); new base T (3/2); total (26/15) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.93e-01 | |||||||||||
GCGGGCTGATGAATATTGAGACGCGCTATCGCTATAACCCGGACGTAAAAAGCCTGCCAGCGATTGTTCCGGCGGTGATCCCGCTTCTGCTGATGATGATCCCGTCAATGCTAAGCGCCCTTAGCGTGGTGCGGGAAA > W3110S.gb/4012965‑4013102 | gCGGGCTGATGAATATTGAGACGCGCTATCGCTATAACCCGGACGTAAAAAGCCTGCCAGCGATTGTTCcg > 1:2446054/1‑71 (MQ=255) atgaATATTGAGACGCGCTATCGCTATAACCCGGACGTAAAAAGCCTGCCAGCGATTGTTCCGGCGGTGa < 1:686013/70‑1 (MQ=255) gaATATTGAGACGCGCTATCGCTATAACCCGGACGTAAAAAGCCTGCCAGCGATTGTTCCGGCGGTGATcc > 1:183695/1‑71 (MQ=255) aaTATTTAGACGCGCTATCGCTATAACCCGGACGTAAAAAGCCTGCCAGCGATTGTTCCGGCGGTGATcc > 1:1096214/1‑70 (MQ=255) ttGAGACGCGCTATCGCTATAACCCGGACGTAAAAAGCCTGCCAGCGATTGTTCCGGCGGTGATCCCGc < 1:2793120/69‑1 (MQ=255) ttGAGACGCGCTATCGCTATAACCCGGACGTAAAAAGCCTGCCAGCGATTGTTCCGGCGGTGATCCCGCt < 1:948549/70‑1 (MQ=255) tGAGACGCGCTATCGCTATAACCCGGACGTAAAAAGCCTGCCAGCGATTGTTCCGGCGGTGATCCCGCTTc > 1:2325881/1‑71 (MQ=255) gagaCGCGCTATCGCTATAACCCGGACGTAAAAAGCCTGCCAGCGATTGTTCCGGCGGTGATCCCGCTTc > 1:1404971/1‑70 (MQ=255) gaCGCGCTATCGCTATAACCCGGACGTAAAAAGCCTGCCAGCGATTGTTCCGGCGGTGATCCCGCTTctgc > 1:2608243/1‑71 (MQ=255) aCGCGCTATCGCTATAACCCGGACGTAAAAAGCCTGCCAGCGATTGTTCCGGCGGTGATCCCGCTTctgct < 1:1183319/71‑1 (MQ=255) cgctatcgctatAACCCGGACGTAAAAAGCCTGCCAGCGATTGTTCCGGCGGt < 1:2612746/53‑1 (MQ=255) cgctatAACCCGGACGTAAAAAGCCTGCCAGCGATTGTTCCGGCGGTGATCCCGCTTCTGCTgatgatgat > 1:1827658/1‑71 (MQ=255) tataACCCGGACGTAAAAAGCCTGCCAGCGATTGTTCCGGCGGTGATCCCGCTTct < 1:1711305/56‑1 (MQ=255) taACCCGGACGTAAAAAGCCTGCCAGCGATTGTTCCGGCGGTGATCCCGCTTctgc > 1:734622/1‑56 (MQ=255) aCCCGGACGTAAAAAGCCTGCCAGCGATTGTTCTGGCGGTGATCCCGCTTCTGCtga > 1:500758/1‑57 (MQ=255) aCCCGGACGTAAAAAGCCTGCCAGCGATTGTTCTGGCGGTGATCCCGCTTCTGCTGATGATGATCCCGTc < 1:574116/70‑1 (MQ=255) aCCCGGACGTAAAAAGCCTGCCAGCGATTGTTCCGGCGGTGATCCCGCTTCTGCTGATGATGATCCCGTc < 1:1705591/70‑1 (MQ=255) aCCCGGACGTAAAAAGCCTGCCAGCGATTGTTCCGGCGGTGATCCCGCTTCTGCTGATGATGATCCCGTc < 1:1843398/70‑1 (MQ=255) aCCCGGACGTAAAAAGCCTGCCAGCGATTGTTCCGGCGGTGATCCCGCTTCTGCTGATGATGATCCCGTc > 1:2640667/1‑70 (MQ=255) aCCCGGACGTAAAAAGCCTGCCAGCGATTGTTCCGGCGGTGATCCCGCTTCTGCTGATGATGATCCCGTc < 1:1370862/70‑1 (MQ=255) cGTAAAAAGCCTGCCAGCGATTGTTCTGGCGGTGATCCCGCTTCTGCTGATGATGATCCCGTCAATGCt > 1:2794296/1‑69 (MQ=255) aaaaGCCTGCCAGCGATTGTTCCGGCGGTGATCCCGCTTCTGCTgatgatgat > 1:169178/1‑53 (MQ=255) aaaaGCCTGCCAGCGATTGTTCCGGCGGTGATCCCGCTTCTGCTgatgatgat > 1:208080/1‑53 (MQ=255) aaaaGCCTGCCAGCGATTGTTCCGGCGGTGATCCCGCTTCTGCTGATGATGATCCCGTCAATGCTa > 1:1784932/1‑66 (MQ=255) aaaGCCTGCCAGCGATTGTTCCGGCGGTGATCCCGCTTCTGCTGATGATGATCCCGTCAATGCTAAGCGcc < 1:710029/71‑1 (MQ=255) aaGCCTGCGAGCGATTGTTCCGGCGGTGATCCCGCTTCTGCTGATGATGATCCCGTCaa > 1:2792725/1‑59 (MQ=255) aaGCCTGCCAGCGATTGTTCCGGCGGTGATCCCGCTTCTGCtga > 1:2797778/1‑44 (MQ=255) aGCCTGCCAGCGATTGTTCTGGCGGTGATCCCGCTTCTGCTGATGATGATCCCGTCAATGCTAAGCGCCCt < 1:1115279/71‑1 (MQ=255) gCCTGCCAGCGATTGTTCCGGCGGTGATCCCGCTTCTGCTGATGATGATCCCGTCAATGCTAAGCGCCCt > 1:827357/1‑70 (MQ=255) cTGCCAGCGATTGTTCCGGCGGTGATCCCGCTTCTGCTGATGATGATCCCGTCAATGCTAAGCGCCCTTAg < 1:214488/71‑1 (MQ=255) ccAGCGATTGTTCCGGCGGTGATCCCGCTTCTGCTGATGATGATCCCGTCAATGCTAAgcgc > 1:1898926/1‑62 (MQ=255) ccAGCGATTGTTCCGGCGGTGATCCCGCTTCTGCTGATGATGATCCCGTCAATGCTAAgcg > 1:2762413/1‑61 (MQ=255) ccAGCGATTGTTCCGGCGCTGATCACGCTTCTGCtgatgat > 1:819256/1‑41 (MQ=38) gCGATTGTTCTGGCGGTGATCCCGCTTCTGCTGATGATGATCCCGTCAATGCTAAGCGccc > 1:1558848/1‑61 (MQ=255) cGATTGTTCCGGCGGTGATCCCGCTTCTGCTGATGATGATCCCGTc < 1:697223/46‑1 (MQ=255) gATTGTTCCGGCGGTGATCCCGCTTCTGCTgatgatgat > 1:2362952/1‑39 (MQ=255) gATTGTTCCGGCGGTGATCCCGCTTCTGCTgatgatgat > 1:2299087/1‑39 (MQ=255) gATTGTTCCGGCGGTGATCCCGCTTCTGCTGATGATGATCCCGTCAAt > 1:730497/1‑48 (MQ=255) gATTGTTCCGGCGGTGATCCCGCTTCTGCTGATGATGATCCCGTCAATGCTAAGCGCCCTTAGCGTGGTGc > 1:594719/1‑71 (MQ=255) aTTGTTCCGGCGGTGATCCCGCTTCTGCTGATGATGATCCCGTCAATGCTAAGCGCCCTTAGCGTGGTGc < 1:1977588/70‑1 (MQ=255) ttGTTCCGGCGGTGATCCCGCTTCTGCTGATGATGATCCCGTCAATGCTAAGCGCCCTTAGCgtg > 1:2084737/1‑65 (MQ=255) tGTTCCGGCGGTGATCCCGCTTCTGCTGATGATGATCCCGTCAATGCTAAGCGCCCTTAGCGTGGTGCgg > 1:1460948/1‑70 (MQ=255) ccGGCGGTGATCCCGCTTCTGCTGATGATGATCCCGTCAATGCTAAGCGCCCTTAGCGTGGTGCGGGaaa < 1:126500/70‑1 (MQ=255) | GCGGGCTGATGAATATTGAGACGCGCTATCGCTATAACCCGGACGTAAAAAGCCTGCCAGCGATTGTTCCGGCGGTGATCCCGCTTCTGCTGATGATGATCCCGTCAATGCTAAGCGCCCTTAGCGTGGTGCGGGAAA > W3110S.gb/4012965‑4013102 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |