| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | W3110S.gb | 4,099,912 | C→T | 86.3% | A34T (GCT→ACT) | feoB ← | fused ferrous iron transporter, protein B |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 4,099,912 | 0 | C | T | 86.3% | 122.9 / 13.2 | 51 | A34T (GCT→ACT) | feoB | fused ferrous iron transporter, protein B |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (3/4); new base T (19/25); total (22/29) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.94e-01 | |||||||||||
TCCACCAGCGTGACCTGATGATCGGTGGTGGAGAATTGCCCTTCTTTACGTTCGACGGTAACGCCAGCCCAGTTACCTACACGCTGACGTGAGCCAGTGAGCTGGTTAAATAACGTTGTCTTGCCAGAATTTGG > W3110S.gb/4099845‑4099978 | tCCACCAGCGTGACCTGATGATCGGTGGTGGAGAATTGCCCTTCTTTACGTTCGACGGTAACGCCAGCCCa < 1:794455/71‑1 (MQ=255) accaGCGTGACCTGATGATCGGTGGTGGAGAATTGCCCTTCTTTACGTTCGACGGTAACGCCAGTCCAGtt < 1:1101060/71‑1 (MQ=255) ccaGCGTGACCTGATGATCGGTGGTGGAGAATTGCCCTTCTTTACGTTCGACGGTAACGCCAGTCCa < 1:757398/67‑1 (MQ=255) ccaGCGTGACCTGATGATCGGTGGTGGAGAATTGCCCTTCTTTACGTTCGACGGTAACGCCAGTCCAGTTa > 1:1415160/1‑71 (MQ=255) aGCGTGACCTGATGATCGGTGGTGGAGAATTGCCCTTCTTTACGTTCGACGGTAACGCCAGTCCAGTTAcc > 1:1989030/1‑71 (MQ=255) aGCGTGACCTGATGATCGGTGGTGGAGAATTGCCCTTCTTTACGTTCGACGGTAACGCCAGCCCAGTTAcc > 1:186259/1‑71 (MQ=255) gCGTGACCTGATGATCGGTGGTGGAGAATTGCCCTTCTTTACGTTCGACGGTAACGCCAGTCCa < 1:1096655/64‑1 (MQ=255) gCGTGACCTGATGATCGGTGGTGGAGAATTGCCCTTCTTTACGTTCGACGGTAACGCCAGTCCa < 1:1379924/64‑1 (MQ=255) gTGACCTGATGATCGGTGGTGGAGAATTGCCCTTCTTTACGTTCGACGGTAACGCCAGCCCAGTTACCTa > 1:2607339/1‑70 (MQ=255) aCCTGATGATCGGTGGTGGAGAATTGCCCTTCTTTACGTTCGACGGTAACGCCAGTCCAGtt < 1:1901560/62‑1 (MQ=255) aCCTGATGATCGGTGGTGGAGAATTGCCCTTCTTTACGTTCGACGGTAACGCCAGTCCAGtt < 1:2739042/62‑1 (MQ=255) cTGATGATCGGTGGTGGAGAATTGCCCTTCTTTACGTTCGACGGTAACGCCAGTCCAGTTACCTACACGCt < 1:2040214/71‑1 (MQ=255) gatgatCGGTGGTGGAGAATTGCCCTTCTTTACGTTCGACGGTAACGCCAGTCCAGTTa > 1:1918887/1‑59 (MQ=255) gatgatCGGTGGTGGAGAATTGCCCTTCTTTACGTTCGACGGTAACGCCAGTCCAGTTa > 1:2351280/1‑59 (MQ=255) gatgatCGGTGGTGGAGAATTGCCCTTCTTTACGTTCGACGGTAACGCCAGTCCAGTTa > 1:2704809/1‑59 (MQ=255) tgatCGGTGGTGGAGAATTGCCCTTCTTTACGTTCGACGGTAACGCCAGTCCAGtt < 1:1899641/56‑1 (MQ=255) tgatCGGTGGTGGAGAATTGCCCTTCTTTACGTTCGACGGTAACGCCAGTCCAGtt < 1:1970524/56‑1 (MQ=255) tgatCGGTGGTGGAGAATTGCCCTTCTTTACGTTCGACGGTAACGCCAGTCCAGtt < 1:1255736/56‑1 (MQ=255) tgatCGGTGGTGGAGAATTGCCCTTCTTTACGTTCGACGGTAACGCCAGTCCAGTTACCTACACGCTGACg > 1:2479172/1‑71 (MQ=255) tgatCGGTGGTGGAGAATTGCCCTTCTTTACGTTCGACGGTAACGCCAGTCCAGTTACCTACACGCTGACg > 1:1392223/1‑71 (MQ=255) gtggtgGAGAATTGCCCTTCTTTACGTTCGACGGTAACGCCAGTCCAGTTACCTACACGCTGACGTGAGcc < 1:1170856/71‑1 (MQ=255) gtggtgGAGAATTGCCCTTCTTTACGTTCGACGGTAACGCCAGTCCAGTTACCTACACGCTGACGTGAGcc < 1:871271/71‑1 (MQ=255) gtggtgGAGAATTGCCCTTCTTTACGTTCGACGGTAACGCCAGTCCAGTTACCTACACGCTGACGTGAGcc < 1:2448950/71‑1 (MQ=255) gtggtgGAGAATTGCCCTTCTTTACGTTCGACGGTAACGCCAGCCCAGTTACCTACACGCTGACGTGAGcc < 1:1339132/71‑1 (MQ=255) gtggAGAATTGCCCTTCTTTACGTTCGACGGTAACGCCAGTCCAGTTACCTACACGCTGACGTGAGCCAg < 1:2737961/70‑1 (MQ=255) tggAGAATTGCCCTTCTTTACGTTCGACGGTAACGCCAGTCCAGTTACCTACACGCTGACGTGAGCCAGTg < 1:952808/71‑1 (MQ=255) aaTTGCCCTTCTTTACGTTCGACGGTAACGCCAGCCCAGTTACCTACACGCt < 1:1969078/52‑1 (MQ=255) gCCCTTCTTTACGTTCGACGGTAACGCCAGTCCAGTTACCTa > 1:454299/1‑42 (MQ=255) cccTTCTTTACGTTCGACGGTAACGCCAGTCCAGTTACCTACACGCTGACGTGAGCCAGTGAGCTGGTTaa < 1:1992601/71‑1 (MQ=255) cccTTCTTTACGTTCGACGGTAACGCCAGTCCAGTTACCTACACGCTGACGTGAGCCAGTGAGCTGGTTa < 1:2528298/70‑1 (MQ=255) cccTTCTTTACGTTCGACGGTAACGCCAGTCCAGTTACCTACACGCTGACGTGAGCCAGTGAGCTGGTTa < 1:2562325/70‑1 (MQ=255) cccTTCTTTACGTTCGACGGTAACGCCAGTCCAGTTACCTACACGCTGACGTGAGCCAGTGAGCTGGTTa < 1:2636774/70‑1 (MQ=255) ttcttTACGTTCGACGGTAACGCCAGTCCAGTTAc > 1:2627584/1‑35 (MQ=255) cttTACGTTCGACGGTAACGCCAGTCCAGTTACCTACACGCTGACGTGAGCCAGTGAGCTGGTTAAATa < 1:2425990/69‑1 (MQ=255) cttTACGTTCGACGGTAACGCCAGTCCAGTTACCTACACGCTGACGTGAGCCAGTGAGCTGGTTAAATAAc > 1:629531/1‑71 (MQ=255) tttACGTTCGACGGTAACGCCAGTCCAGTTACCTACACGCTGACGTGAGCCAGTGAGCTGGTTAAATAACg > 1:1604730/1‑71 (MQ=255) tACGTTCGACGGTAACGCCAGTCCAGTTACCTACACGCTGACGTGAGCCAGTGAGCTGGTTAAATAAc < 1:1606154/68‑1 (MQ=255) tACGTTCGACGGTAACGCCAGTCCAGTTACCTACACGCTGACGTGAGCCAGTGAGCTGGTTAAATAAc > 1:904746/1‑68 (MQ=255) aCGTTCGACGGTAACGCCAGTCCAGTTACCTACACGCTGACGTGAGCCAGTGAGCTGGTTAAATAACGtt < 1:1544168/70‑1 (MQ=255) cGTTCGACGGTAACGCCAGTCCAGTTACCTACACGCTGACGTGAGCCAGTGAGCTGGTTAAATAACGTTGt < 1:718501/71‑1 (MQ=255) cGTTCGACGGTAACGCCAGTCCAGTTACCTACACGCTGACGTGAGCCAGTGAGCTGGTTAAATAACGTTGt < 1:894255/71‑1 (MQ=255) gTAACGCCAGTCCAGTTACCTACACGCTGACGTGAGcc < 1:379738/38‑1 (MQ=255) aaCGCCAGTCCAGTTACCTACACGCTGACGTGAGCCAg > 1:432695/1‑38 (MQ=255) aaCGCCAGTCCAGTTACCTACACGCTGACGTGAGCCAg > 1:1511560/1‑38 (MQ=255) aaCGCCAGTCCAGTTACCTACACGCTGACGTGAGCCAGTGAGCTGGTTAAATAACGTTGTCTTg > 1:2274552/1‑64 (MQ=255) aaCGCCAGTCCAGTTACCTACACGCTGACGTGAGCCAGTGAGCTGGTTAAATAACGTTGTCTTGCCAGaa > 1:998922/1‑70 (MQ=255) aaCGCCAGTCCAGTTACCTACACGCTGACGTGAGCCAGTGAGCTGGTTAAATAACGTTGTCTTGCCAGAAt > 1:84403/1‑71 (MQ=255) aaCGCCAGTCCAGTTACCTACACGCTGACGTGAGCCAGTGAGCTGGTTAAATAACGTTGTCTTGCCAGAAt > 1:2331052/1‑71 (MQ=255) aaCGCCAGCCCAGTTACCTACACGCTGACGTGAGCCAGTGAGCTGGTTAAATAACGTTGTCTTGCCAGAAt > 1:1290766/1‑71 (MQ=255) aCGCCAGTCCAGTTACCTACACGCTGACGTGAGCCAGTGAGCTGGTTAAATAACGTTGTCTTGCCAGAAtt > 1:905607/1‑71 (MQ=255) ccagtccagtTACCTACACGCTGACGTGAGCCAGTGAGCTGGTTAAATAACGTTGTCTTGCCAGAATTTg > 1:1556337/1‑70 (MQ=255) ccAGCCCAGTTACCTACACGCTGACGTGAGCCAGTGAGCTGGTTAAATAACGTTGTCTTGCCAGAATTTgg < 1:35395/71‑1 (MQ=255) | TCCACCAGCGTGACCTGATGATCGGTGGTGGAGAATTGCCCTTCTTTACGTTCGACGGTAACGCCAGCCCAGTTACCTACACGCTGACGTGAGCCAGTGAGCTGGTTAAATAACGTTGTCTTGCCAGAATTTGG > W3110S.gb/4099845‑4099978 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |