| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | W3110S.gb | 4,405,345 | G→A | 17.8% | intergenic (+67/‑9) | hfq → / → hflX | HF‑I, host factor for RNA phage Q beta replication/predicted GTPase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 4,405,345 | 0 | G | A | 17.8% | 107.8 / 15.1 | 45 | intergenic (+67/‑9) | hfq/hflX | HF‑I, host factor for RNA phage Q beta replication/predicted GTPase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (20/17); new base A (6/2); total (26/19) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.35e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.96e-01 | |||||||||||
TAAGGTTTCGGGCTGTTTTTTTACACGGGGAGCCAGCGATCCTGCGTTCCCCGCTGATCTATTTAGAGGGTTATACGCTTGTTTGACCGTTATGATGCTGGTGAGCAGGCGGTACTGGTACACATCTATTTTAC > W3110S.gb/4405276‑4405409 | tAAGGTTTCGGGCTGTTTTTTTACACGGGGAGCCAGCGATCCTGCGTTCCCCGCTGATCTATTTAGAGGGt < 1:2375315/71‑1 (MQ=255)tAAGGTTTCGGGCTGTTTTTTTACACGGGGAGCCAGCGATCCTGCGTTCCCCGCTGATCTATTTAGAGGGt < 1:213260/71‑1 (MQ=255)tAAGGTTTCGGGCTGTTTTTTTACACGGGGAGCCAGCGATCCTGCGTTCCCCGCTGATCTATTTAGAGGGt < 1:1588800/71‑1 (MQ=255) tCGGGCTGTTTTTTTACACGGGGAGCCAGCGATCCTGCGTTCCCCGCTGATCTATTTAGAGGGTtata > 1:2526421/1‑68 (MQ=255) tCGGGCTGTTTTTTTACACGGGGAGCCAGCGATCCTGCGTTCCCCGCTGATCTATTTAGAGGGTTATACGc > 1:2491690/1‑71 (MQ=255) gCTGTTTTTTTACACGGGGAGCCAGCGATCCTGCGTTCCCCGCTGATCTATTTAGAGGGTTATACGCTTg < 1:325407/70‑1 (MQ=255) tttttttACACGGGGAGCCAGCGATCCTGCGTTCCCCGCTGATCTATTTAGAGGGTTATACGCTTGTTTg < 1:450622/70‑1 (MQ=255) ttttttACACGGGGAGCCAGCGATCCTGCGTTCCCCGCTGATCTATTTAGAGGGTTATACGCTTGTTTGAc > 1:1190117/1‑71 (MQ=255) ttACACGGGGAGCCAGCGATCCTGCGTTCCCCGCTGATCTATTTAGAGGATTATACGCTTGTTTGACCGt < 1:620583/70‑1 (MQ=255) cacGGGGAGCCAGCGATCCTGCGTTCCCCGCTGATCTATTTAGAGGGTTATACGCTTGTTTGACCGTTat < 1:2256770/70‑1 (MQ=255) ggggAGCCAGCGATCCTGCGTTCCCCGCTGATCTATTTAGAGGATTATACGCTTGTTTGACCGTTatgatg > 1:2352329/1‑71 (MQ=255) gggAGCCAGCGATCCTGCGTTCCCCGCTGATCTATTTAGAGGGTTATACGCTTGTTTGACCGTTATGATGc < 1:1541894/71‑1 (MQ=255) ggAGCCAGCGATCCTGCGTTCCCCGCTGATCTATTTAGAGGGTTATACGCTTGTTTGACCGTTATGATGCt > 1:1562539/1‑71 (MQ=255) ggAGCCAGCGATCCTGCGTTCCCCGCTGATCTATTTAGAGGGTTATACGCTTGTTTGACCGTTATGATGCt < 1:2077922/71‑1 (MQ=255) gAGCCAGCGATCCTGCGTTCCCCGCTGATCTATTTAGAGGGt < 1:1387571/42‑1 (MQ=255) cAGCGATCCTGCGTTCCCCGCTGATCTATTTAGAGGGTTATACGCTTGTTTGACCGTTATGATGCTGGt > 1:700760/1‑69 (MQ=255) aGCGATCCTGCGTTCCCCGCTGATCTATTTAGAGGGTTATACGCTTGTTTGACCGTTATGATGCTGGTGAg > 1:558504/1‑71 (MQ=255) aTCCTGCGTTCCCCGCTGATCTATTTAGAGGGTTATACGCTTGTTTGACCGTTATGATGCTGGTGAGCAgg > 1:399971/1‑71 (MQ=255) ccTGCGTTCCCCGCTGATCTATTTAGAGGGTTATACGCTTGTTTGACCGTTatga > 1:1486028/1‑55 (MQ=255) ccTGCGTTCCCCGCTGATCTATTTAGAGGGTTATACGCTTGTTTGACCGTTATGATGCTGGTGAGCAGGCg > 1:156237/1‑71 (MQ=255) cTGCGTTCCCCGCTGATCTATTTAGAGGGTTATACGCTTGTTTGAcc < 1:1937418/47‑1 (MQ=255) cTGCGTTCCCCGCTGATCTATTTAGAGGGTTATACGCTTGTTTGACCGtt < 1:2576743/50‑1 (MQ=255) cTGCGTTCCCCGCTGATCTATTTAGAGGGTTATACGCTTGTTTGACCGTTATGATGCTGGTGAGCAGGCgg < 1:455245/71‑1 (MQ=255) cTGCGTTCCCCGCTGATCTATTTAGAGGGTTATACGCTTGTTTGACCGTTATGATGCTGGTGAGCAGGCgg > 1:2000370/1‑71 (MQ=255) cTGCGTTCCCCGCTGATCTATTTAGAGGATTATACGCTTGTTTGACCGTTATGATGCTGGTGAGCAGGCgg < 1:2295361/71‑1 (MQ=255) ttCCCCGCTGATCTATTTAGAGGGTTATACGCTTGTTTg < 1:2384854/39‑1 (MQ=255) ttCCCCGCTGATCTATTTAGAGGGTTATACGCTTGTTTg < 1:1573759/39‑1 (MQ=255) ttCCCCGCTGATCTATTTAGAGGGTTATACGCTTGTTTGACCGTTat < 1:562963/47‑1 (MQ=255) ccccGCTGATCTATTTAGAGGATTATACGCTTGTTTGACCGTTATGATGc > 1:1197342/1‑50 (MQ=255) ccccGCTGATCTATTTAGAGGATTATACGCTTGTTTGACCGTTATGATGc > 1:59503/1‑50 (MQ=255) ccccGCTGATCTATTTAGAGGATTATACGCTTGTTTGACCGTTATGATGCTGGTGAGCAGGCGGTACTgg > 1:575474/1‑70 (MQ=255) cccGCTGATCTATTTAGAGGGTTATACGCTTGTTTGACCGTTATGATGCTGGTGAGCAGGCGGTACTGGTa < 1:987762/71‑1 (MQ=255) gATCTATTTAGAGGGTTATACTCTTGTTTGACCGTTATGATGCTGGTGAGCAGGCGGTACTGGTacac < 1:2121886/68‑1 (MQ=255) cTATTTAGAGGGTTATACGCTTGTTTGACCGTTATGATGCTGGTGAGCAGGCGGTACTGGTACACATCTAt > 1:1839571/1‑71 (MQ=255) cTATTTAGAGGATTATACGCGTGTTTGACCGTTATGATGCTGGTGAGCAGGCGGTACTGGTACACATCTAt > 1:1893827/1‑71 (MQ=255) tttAGAGGGTTATACGCTTGTTTGACCGTTATGATGCTGGTGAg > 1:2071613/1‑44 (MQ=255) tttAGAGGGTTATACGCTTGTTTGACCGTTATGATGCTGGTGAGCAGGCGGTACTGGTACACATCTAttt > 1:2374204/1‑70 (MQ=255) tAGAGGGTTATACGCTTGTTTGACCGTTATGATGCTgg > 1:2391550/1‑38 (MQ=255) tAGAGGGTTATACGCTTGTTTGACCGTTATGATGCTgg > 1:1094250/1‑38 (MQ=255) tAGAGGGTTATACGCTTGTTTGACCGTTATGATGCTGGTGAGc > 1:1362618/1‑43 (MQ=255) tAGAGGGTTATACGCTTGTTTGACCGTTATGATGCTGGTGAGCAGGCGGTACTGGTACACATCTATTTTAc > 1:1461353/1‑71 (MQ=255) tAGAGGGTTATACGCTTGTTTGACCGTTATGATGCTGGTGAGCAGGCGGTACTGGTACACATCTATTTTAc > 1:2253083/1‑71 (MQ=255) tAGAGGGTTATACGCTTGTTTGACCGTTATGATGCTGGTGAGCAGGCGGTACTGGTACACATCTATTTTAc > 1:712357/1‑71 (MQ=255) tAGAGGGTTATACGCTTGTTTGACCGTTATGATGCTCGTGAGCAGGCGGTACTCGTACACATCTATTTTAc > 1:1306303/1‑71 (MQ=255) tAGAGGATTATACGCTTGTTTGACCGTTATGATGCTGGTGAGCAGGCGGTACTGGTACACATCTATTTTAc > 1:1649306/1‑71 (MQ=255) gggTTATACGCTTGTTTGACCGTTATGATGCTGGTGAGCAGGCGGTACTGGTaca > 1:243552/1‑55 (MQ=255) gggTTATACGCTTGTTTGACCGTTATGATGCTGGTGAGCAGGCGGTACTGGTaca > 1:2300256/1‑55 (MQ=255) | TAAGGTTTCGGGCTGTTTTTTTACACGGGGAGCCAGCGATCCTGCGTTCCCCGCTGATCTATTTAGAGGGTTATACGCTTGTTTGACCGTTATGATGCTGGTGAGCAGGCGGTACTGGTACACATCTATTTTAC > W3110S.gb/4405276‑4405409 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |