| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | W3110S.gb | 4,547,129 | G→A | 87.8% | M137I (ATG→ATA) | fimE → | tyrosine recombinase/inversion of on/off regulator of fimA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 4,547,129 | 0 | G | A | 87.8% | 119.7 / 10.3 | 49 | M137I (ATG→ATA) | fimE | tyrosine recombinase/inversion of on/off regulator of fimA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (2/4); new base A (32/11); total (34/15) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.24e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.95e-01 | |||||||||||
AGGCCTATCGCATTATTCGCGATGCCGGTATTGAAGCTGGAACCGTAACGCAGACTCATCCTCATATGTTAAGGCATGCTTGCGGTTATGAATTGGCGGAGCGTGGTGCAGATACTCGTTTAATTCAGGATTATCT > W3110S.gb/4547062‑4547197 | agGCCTATCGCATTATTCGCGATGCCGGTATTGAAGCTGGAACCGTAACGCAGACTCATCCTCATATAtt > 1:438318/1‑70 (MQ=255) ggCCTATCGCATTATTCGCGATGCCGGTATTGAAGCTGGAACCGTAACGCAGACTCATCCTCATATAtt > 1:191892/1‑69 (MQ=255) gCATTATTCGCGATGCCGGTATTGAAGCTGGAACCGTAACGCAGACTCATCCTCATATATTAAGGCATGCt < 1:2035823/71‑1 (MQ=255) gCATTATTCGCGATGCCGGTATTGAAGCTGGAACCGTAACGCAGACTCATCCTCATATATTAAGGCATGCt > 1:541537/1‑71 (MQ=255) gCATTATTCGCGATGCCGGTATTGAAGCTGGAACCGTAACGCAGACTCATCCTCATATATTAAGGCATGCt > 1:60798/1‑71 (MQ=255) attCGCGATGCCGGTATTGAAGCTGGAACCGTAACGCAGACTCATCCTCATATATTAAGGCATGCTTGCgg > 1:1821291/1‑71 (MQ=255) attCGCGATGCCGGTATTGAAGCTGGAACCGTAACGCAGACTCATCCTCATATATTAAGGCATGCTTGCgg > 1:2460879/1‑71 (MQ=255) attCGCGATGCCGGTATTGAAGCTGGAACCGTAACGCAGACTCATCCTCATATATTAAGGCATGCTTGCgg > 1:752898/1‑71 (MQ=255) cgcgATGCCGGTATTGAAGCTGGAACCGTAACGCAGACTCATCCTCATATATTAAGGCATGCTTGCGGTTa > 1:1494599/1‑71 (MQ=255) gcgATGCCGGTATTGAAGCTGGAACCGTAACGCAGACTCATCCTCATATATTAAGGCATGCTTGCGGTTa < 1:833895/70‑1 (MQ=255) gATGCCGGTATTGAAGCTGGAACCGTAACGCAGACTCATCCTCATATATTAAGGCATGCTTGCGGTTATGa < 1:1270309/71‑1 (MQ=255) gATGCCGGTATTGAAGCTGGAACCGTAACGCAGACTCATCCTCATATATTAAGGCATGCTTGCGGTTATGa < 1:896169/71‑1 (MQ=255) gATGCCGGTATTGAAGCTGGAACCGTAACGCAGACTCATCCTCATATATTAAGGCATGCTTGCGGTTATGa < 1:440108/71‑1 (MQ=255) ccGGTATTGAAGCTGGAACCGTAACGCAGACTCATCCTCATATGTTAAGGCATGCTTGTGGTTATGAATTg < 1:819527/71‑1 (MQ=255) ccGGTATTGAAGCTGGAACCGTAACGCAGACTCATCCTCATATATTAAGGCATGCTTGCGGTTATGAATTg > 1:1712632/1‑71 (MQ=255) ccGGTATTGAAGCTGGAACCGTAACGCAGACTCATCCTCATATATTAAGGCATGCTTGCGGTTATGAATTg < 1:2060907/71‑1 (MQ=255) aTTGAAGCTGGAACCGTAACGCAGACTCATCCTCATATATTAAGGCATGCTTGCGGTTATGAATTGGCg > 1:1996310/1‑69 (MQ=255) ttGAAGCTGGAACCGTAACGCAGACTCATCCTCATATGTTAAGGCATGCTTGCGGTTATGAATTGGCgg < 1:2295134/69‑1 (MQ=255) ttGAAGCTGGAACCGTAACGCAGACTCATCCTCATATATTAAGGCATGCTTGCGGTTATGAATTGGCGGAg < 1:224756/71‑1 (MQ=255) gAAGCTGGAACCGTAACGCAGACTCATCCTCATATATTAAGGCATGCTTGCGGTTa > 1:2531568/1‑56 (MQ=255) gAAGCTGGAACCGTAACGCAGACTCATCCTCATATATTAAGGCATGCTTGCGGTTa > 1:1992873/1‑56 (MQ=255) gAAGCTGGAACCGTAACGCAGACTCATCCTCATATATTAAGGCATGCTTGCGGTTATGaa > 1:1329044/1‑60 (MQ=255) gAAGCTGGAACCGTAACGCAGACTCATCCTCATATATTAAGGCATGCTTGCGGTTATGaa > 1:2709274/1‑60 (MQ=255) gAAGCTGGAACCGTAACGCAGACTCATCCTCATATATTAAGGCATGCTTGCGGTTATGAATTGGCGGAGc > 1:276708/1‑70 (MQ=255) gAAGCTGGAACCGTAACGCAGACTCATCCTCATATATTAAGGCATGCTTGCGGTTATGAATTGGCGGAGCg > 1:1250960/1‑71 (MQ=255) gAAGCTGGAACCGTAACGCAGACTCATCCTCATATATTAAGGCATGCTTGCGGTTATGAATTGGCGGAGCg > 1:2045952/1‑71 (MQ=255) gAAGCTGGAACCGTAACGCAGACTCATCCTCATATATTAAGGCATGCTTGCGGTTATGAATTGGCGGAGCg > 1:1367608/1‑71 (MQ=255) gAAGCTGGAACCGTAACGCAGACTCATCCTCATATATTAAGGCATGCTTGCGGTTATGAATTGGCGGAGCg > 1:665224/1‑71 (MQ=255) aaGCTGGAACCGTAACGCAGACTCATCCTCATATGTTAAGGCATGCTTGCGGTTATGAATTGGCGGAGCgt < 1:1516343/71‑1 (MQ=255) cTGGAACCGTAACGCAGACTCATCCTCATATATTAAGGCATGCTTGCGGTTATGAATTGGCGGAGCgtggt > 1:2383899/1‑71 (MQ=255) cTGGAACCGTAACGCAGACTCATCCTCATATATTAAGGCATGCTTGCGGTTATGAATTGGCGGAGCgtggt > 1:1706947/1‑71 (MQ=255) tGGAACCGTAACGCAGACTCATCCTCATATATTAAGGCATGCTTGCGGTTATGAATTGGCGGAGCgtggtg > 1:1826137/1‑71 (MQ=255) gAACCGTAACGCAGACTCATCCTCATATATTAAGGCATGCTTGCGGTTATGAATTGGCGGAGc < 1:1131504/63‑1 (MQ=255) aaCCGTAACGCAGACTCATCCTCATATATTAAGGCATGCTTGCGGTTATGAATTGGCGGAGc < 1:1579380/62‑1 (MQ=255) aCCGTAACGCAGACTCATCCTCATATATTAAGGCATGCTTGCGGTTATGAATTGGCGGAGCgtggtg > 1:1128092/1‑67 (MQ=255) gTAACGCAGACTCATCCTCATATATTAAGGCATGc > 1:1519753/1‑35 (MQ=255) gTAACGCAGACTCATCCTCATATATTAAGGCATGc > 1:1523133/1‑35 (MQ=255) gACTCATCCTCATATGTTAAGGCATGCTTGCGGTTATGAATTGGCGGAGCGTGGTGCAGATACTCGTTTaa < 1:1975523/71‑1 (MQ=255) cTCATCCTCATATATTAAGGCATGCTTGCGGTTATGAATTGGCGGAGCGTGGTGCAGATACTCGTTTAAtt > 1:1982868/1‑71 (MQ=255) cTCATCCTCATATATTAAGGCATGCTTGCGGTTATGAATTGGCGGAGCGTGGTGCAGATACTCGTTTAAt > 1:2274127/1‑70 (MQ=255) tCATCCTCATATGTTAAGGCATGCTTGCGGTTATGAATTGGCGGAGCGTGGTGCAGATACTCGTTTAAtt > 1:437057/1‑70 (MQ=255) tCATCCTCATATATTAAGGCATGCTTGCGGTTATg < 1:1574665/35‑1 (MQ=255) tCATCCTCATATATTAAGGCATGCTTGCGGTTATGAATTGGCg > 1:304173/1‑43 (MQ=255) tCATCCTCATATATTAAGGCATGCTTGCGGTTATGAATTGGCGGAGCGTGGTGCAGa > 1:2059281/1‑57 (MQ=255) tCATCCTCATATATTAAGGCATGCTTGCGGTTATGAATTGGCGGAGCGTGGTGCAGATACTCGTTTAAtt > 1:702208/1‑70 (MQ=255) tCATCCTCATATATTAAGGCATGCTTGCGGTTATGAATTGGCGGAGCGTGGTGCAGATACTCGTTTAAtt > 1:2736468/1‑70 (MQ=255) cTCATATATTAAGGCATGCTTGCGGTTATGAATTGGCGGAGCGTGGTGCAGATACTCGTTTAATTCAGGAt > 1:1658145/1‑71 (MQ=255) cTCATATATTAAGGCATGCTTGCGGTTATGAATTGGCGGAGCGTGGTGCAGATACTCGTTTAATTCAGGAt < 1:2437046/71‑1 (MQ=255) atatatTAAGGCATGCTTGCGGTTATGAATTGGCGGAGCGTGGTGCAGATACTCGTTTAATTCAGGAtt < 1:716081/69‑1 (MQ=255) tataTTAAGGCATGCTTGCGGTTATGAATTGGCGGAGCgt < 1:838600/40‑1 (MQ=255) atGTTAAGGCATGCTTGCGGTTATGAATTGGCGGAGCGTGGTGCAGATACTCGTTTAATTCAGGATTAtct > 1:1614298/1‑71 (MQ=255) | AGGCCTATCGCATTATTCGCGATGCCGGTATTGAAGCTGGAACCGTAACGCAGACTCATCCTCATATGTTAAGGCATGCTTGCGGTTATGAATTGGCGGAGCGTGGTGCAGATACTCGTTTAATTCAGGATTATCT > W3110S.gb/4547062‑4547197 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |