| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | W3110S.gb | 1,427,990 | G→A | 9.1% | intergenic (+296/‑178) | ydaY → / → ynaA | hypothetical protein/predicted tail protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 1,427,990 | 0 | G | A | 9.1% | 164.4 / 6.4 | 55 | intergenic (+296/‑178) | ydaY/ynaA | hypothetical protein/predicted tail protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (16/34); new base A (3/2); total (19/36) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.27e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.68e-01 | |||||||||||
CGGTATTGATTGAGCGCGATGAATTTGAAGCAGTGATCTTTGCACTGGATGACCAGTATTTTCAGGAGCAGTGTGTGTAGTTGTTAATTACGTACACTCTGTTACAGAGATGTGATGGTGTCTTTAATTAAATCGAT > W3110S.gb/1427923‑1428059 | cGGTATTGATTGAGCGCGATGAATTTGAAGCAGTGATCTTTGCACTGGATGACCAGTATTTTCAGGAGCAg > 1:1634547/1‑71 (MQ=255) gTATTGATTGAGCGCGATGAATTTGAAGCAGTGATCTTTGCACTGGATGACCAGTATTTTCAGGAGCAgtg < 1:1699330/71‑1 (MQ=255) attgattgAGCGCGATGAATTTGAAGCAGTGATCTTTGCACTGGATGACCAGTATTTTCAGGAGCAgtgtg > 1:1233062/1‑71 (MQ=255) ttgattgaGCGCGATGAATTTGAAGCAGTGATCTTTGCACTGGATGACCAGTATTTTCAGGAGCAgtgtgt > 1:814128/1‑71 (MQ=255) gattgaGCGCGATGAATTTGAAGCAGTGATCTTTGCACTGGATGACCAGTATTTTCAGGAGCAgtgtgtg > 1:1716959/1‑70 (MQ=255) attgaGCGCGATGAATTTGAAGCAGTGATCTTTGCACTGGATTACCAGTATTTTCAGGAGCAgtgtgtgt < 1:1013611/70‑1 (MQ=255) attgaGCGCGATGAATTTGAAGCAGTGATCTTTGCACTGGATGACCAGTATTTTCAGGAGCAgtgtgtgt < 1:692907/70‑1 (MQ=255) attgaGCGCGATGAATTTGAAGCAGTGATCTTTGCACTGGATGACCAGTATTTTCAGGAGCAgtgtgtgt < 1:2180866/70‑1 (MQ=255) cgcgATGAATTTGAAGCAGTGATCTTTGCACTGGATGACCAGTATTTTCAGGAGCAGTGTGTGTAgttgtt < 1:873191/71‑1 (MQ=255) gATGAATTTGAAGCAGTGATCTTTGCACTGGATGACCAGTATTTTCAGGAGCAGTGTGTGTAgttgtt < 1:58262/68‑1 (MQ=255) gATGAATTTGAAGCAGTGATCTTTGCACTGGATGACCAGTATTTTCAGGAGCAGTGTGTGTAGTTGTTAAt < 1:1201244/71‑1 (MQ=255) gATGAATTTGAAGCAGTGATCTTTGCACTGGATGACCAGTATTTTCAGGAGCAGTGTGTGTAGTTGTTAAt < 1:847351/71‑1 (MQ=255) aTGAATTTGAAGCAGTGATCTTTGCACTGGATGACCAGTATTTTCAGGAGCAGTGTGTGTAGTTGTTAAt < 1:660724/70‑1 (MQ=255) aaTTTGAAGCAGTGATCTTTGCACTGGATGACCAGTATTTTCAGGAGCAGTGTGTGTAGTTGTTAATTACg < 1:1189954/71‑1 (MQ=255) aaTTTGAAGCAGTGATCTTTGCACTGGATGACCAGTATTTTCAGGAGCAGTGTGTGTAGTTGTTAATTACg < 1:142768/71‑1 (MQ=255) tGAAGCAGTGATCTTTGCACTGGATGACCAGTATTTTCAGGAGCAGTGTGTGTAGTTGTTAATTACGTaca > 1:952171/1‑71 (MQ=255) tGAAGCAGTGATCTTTGCACTGGATGACCAGTATTTTCAGGAGCAGTGTGTGTAGTTGTTAATTACGTaca > 1:1959901/1‑71 (MQ=255) tGAAGCAGTGATCTTTGCACTGGATGACCAGTATTTTCAGGAGCAGTGTGTGTAGTTGTTAATTACGTac < 1:2629274/70‑1 (MQ=255) tGAAGCAGTGATCTTTGCACTGGATGACCAGTATTTTCAGGAACAGTGTGTGTAGTTGTTAATTACGTaca > 1:1617711/1‑71 (MQ=255) tGAAGCAGTGATCTTTGCACTGGATGACCAGTATTTTCAGGAACAGTGTGTGTAGTTGTTAATTACGTaca > 1:1411052/1‑71 (MQ=255) gTGATCTTTGCACTGGATGACCAGTATTTTCAGGAGCAGTGTGTGTAgttgtt < 1:1272944/53‑1 (MQ=255) tGATCTTTGCACTGGATGACCAGTATTTTCAGGAGCAgtgtgtgt < 1:319612/45‑1 (MQ=255) tGATCTTTGCACTGGATGACCAGTATTTTCAGGAGCAGTGTGTGTAGTTGTTAAtt < 1:1544323/56‑1 (MQ=255) tGATCTTTGCACTGGATGACCAGTATTTTCAGGAGCAGTGTGTGTAGTTGTTAAtt < 1:1468611/56‑1 (MQ=255) gATCTTTGCACTGGATGACCAGTATTTTCAGGAGCAGTGTGTGTAGTTGTTAATTACGTACACTCTGTTa > 1:1087364/1‑70 (MQ=255) aTCTTTTCACTGGATGACCAGTATTTTCAGGAGCAGTGTGTGTAgtt > 1:2573/1‑47 (MQ=255) aTCTTTGCACTGGATGACCAGTATTTTCAGGAGCAGTGTGTGTATTTGTTAATTACGTa > 1:733887/1‑59 (MQ=255) aTCTTTGCACTGGATGACCAGTATTTTCAGGAGCAGTGTGTGTAGTTGTTAATTACGTacac > 1:2127013/1‑62 (MQ=255) aTCTTTGCACTGGATGACCAGTATTTTCAGGAGCAGTGTGTGTAGTTGTTAATTACGTa > 1:2223438/1‑59 (MQ=255) aTCTTTGCACTGGATGACCAGTATTTTCAGGAGCAGTGTGTGTAGTTGTTAATTACGTa < 1:1120645/59‑1 (MQ=255) aTCTTTGCACTGGATGACCAGTATTTTCAGGAGCAGTGTGTGTAGTTGTTAATTACGTACACTCTGTTa > 1:1871206/1‑69 (MQ=255) aTCTTTGCACTGGATGACCAGTATTTTCAGGAGCAGTGTGTGTAGTTGTTAATTACGTACACTCTGTTa > 1:251094/1‑69 (MQ=255) cTTTGCACTGGATGACCAGTATTTTCAGGAACAGTGTGTGTAGTTGTTAATTACGTACACTCTGTTACa > 1:873770/1‑69 (MQ=255) tttGCACTGGATGACCAGTATTTTCAGGAGCAGTGTGTGTAGTTGTTAAt < 1:509341/50‑1 (MQ=255) tGCACTGGATGACCAGTATTTTCAGGAGCAGTGTGTGTAGTTGTTAATTACGTACACTCTGTTACaga < 1:401271/68‑1 (MQ=255) tGCACTGGATGACCAGTATTTTCAGGAGCAGTGTGTGTAGTTGTTAATTACGTACACTCTGTTACaga < 1:404504/68‑1 (MQ=255) tGCACTGGATGACCAGTATTTTCAGGAGCAGTGTGTGTAGTTGTTAATTACGTACACTCTGTTACaga < 1:497422/68‑1 (MQ=255) tGCACTGGATGACCAGTATTTTCAGGAGCAGTGTGTGTAGTTGTTAATTACGTACACTCTGTTACAgaga < 1:418004/70‑1 (MQ=255) tGGATGACCAGTATTTTCAGGAACAGTGTGTGTAgttgtt < 1:1980161/40‑1 (MQ=255) aCCAGTATTTTCAGGAGCAGTGTGTGTAGTTGTTAATTACGTACACTCTGTTACAGAGATGTGATGgtgt < 1:2562998/70‑1 (MQ=255) aGTATTTTCAGGAACAGTGTGTGTAGTTGTTAATTACGTACACTCTGTTACAGAGATGTGATGGTGTCttt < 1:1096652/71‑1 (MQ=255) tATTTTCAGGAGCAGTGTGTGTAGTTGTTAATTACGTACActct < 1:118959/44‑1 (MQ=255) tATTTTCAGGAGCAGTGTGTGTAGTTGTTAATTACGTACActct < 1:2807191/44‑1 (MQ=255) tATTTTCAGGAGCAGTGTGTGTAGTTGTTAATTACGTACACTCTGTTACaga < 1:575470/52‑1 (MQ=255) tATTTTCAGGAGCAGTGTGTGTAGTTGTTAATTACGTACACTCTGTTACaga < 1:2229694/52‑1 (MQ=255) tATTTTCAGGAGCAGTGTGTGTAGTTGTTAATTACGTACACTCTGTTACAGAGAtgt < 1:2345233/57‑1 (MQ=255) tATTTTCAGGAGCAGTGTGTGTAGTTGTTAATTACGTACACTCTGTTACAGAGAtgt < 1:116116/57‑1 (MQ=255) ttttCAGGAGCAGTGTGTGTAGTTGTTAATTACGTa > 1:973230/1‑36 (MQ=255) ttttCAGGAGCAGTGTGTGTAGTTGTTAATTACGTACACTCTGTTACAGAGATGTGa > 1:1024960/1‑57 (MQ=255) ttttCAGGAGCAGTGTGTGTAGTTGTTAATTACGTACACTCTGTTACAGAGATGTGATGGTGTCTttaatt < 1:1027950/71‑1 (MQ=255) ttttCAGGAGCAGTGTGTGTAGTTGTTAATTACGTACACTCTGTTACAGAGATGTGATGGTGTCTttaat > 1:2638652/1‑70 (MQ=255) ttCAGGAGCAGTGTGTGTAGTTGTTAATTACGTACACTCTGTTACAGAGATGTGATGGTGTCTttaatta < 1:1268433/70‑1 (MQ=255) aGCAGTGTGTGTAGTTGTTTATTACGTACACTCTGTTACAGAGATGTGATGGTGTCTTTAATTAAATCgat < 1:517478/71‑1 (MQ=255) aGCAGTGTGTGTAGTTGTTAATTACGTACACTCTGTTACAGAGATGTGATGGTGTCTTTAATTAAATCgat < 1:1662029/71‑1 (MQ=255) aGCAGTGTGTGTAGTTGTTAATTACGTACACTCTGTTACAGAGATGTGATGGTGTCTTTAATTAAATCgat < 1:1059292/71‑1 (MQ=255) | CGGTATTGATTGAGCGCGATGAATTTGAAGCAGTGATCTTTGCACTGGATGACCAGTATTTTCAGGAGCAGTGTGTGTAGTTGTTAATTACGTACACTCTGTTACAGAGATGTGATGGTGTCTTTAATTAAATCGAT > W3110S.gb/1427923‑1428059 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |