| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | W3110S.gb | 2,117,348 | C→T | 18.2% | G229D (GGC→GAC) | wcaM ← | predicted colanic acid biosynthesis protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 2,117,348 | 0 | C | T | 18.2% | 76.1 / 9.8 | 33 | G229D (GGC→GAC) | wcaM | predicted colanic acid biosynthesis protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (16/11); new base T (2/4); total (18/15) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.75e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TTCGCCACGACAAAGTTTTTCACTGCCTGGTCTTCCGGGTAGTTGTTATCATAAGTGCTTCCCGCAAGGCCTATGCCGATGCCCCAGTTGATTTTGCCGTTGGTACAGTTGATGCGCTCGATGACA > W3110S.gb/2117279‑2117404 | ttCGCCACGACAAAGTTTTTCACTGCCTGGTCTTCCGGGTAGTTGTTATCATAAGTGCTTCCCGCAAGGcc < 1:1161102/71‑1 (MQ=255)ttCGCCACGACAAAGTTTTTCACTGCCTGGTCTTCCGGGTAGTTGTTATCATAAGTGCTTCCCGCAAGGcc < 1:1623919/71‑1 (MQ=255) cGACAAAGTTTTTCACTGCCTGGTCTTCCGGGTAGTTGTTATCATAAGTGCTTCCCGCAAGGCCTATGcc > 1:1681233/1‑70 (MQ=255) cGACAAAGTTTTTCACTGCCTGGTCTTCCGGGTAGTTGTTATCATAAGTGCTTCCCGCAAGGCCTATGcc > 1:1684347/1‑70 (MQ=255) aaaGTTTTTCACTGCCTGGTCTTCCGGGTAGTTGTTATCATAAGTGCTTCCCGCAAGGCCTATGCCGATGc > 1:2481218/1‑71 (MQ=255) aaGTTTTTCACTGCCTGGTCTTCCGGGTAGTTGTTATCATAAGTGCTTCCCGCAAGGCCTATGcc < 1:2245147/65‑1 (MQ=255) aaGTTTTTCACTGCCTGGTCTTCCGGGTAGTTGTTATCATAAGTGCTTCCCGCAAGGCCTATGcc < 1:501348/65‑1 (MQ=255) aGTTTTTCACTGCCTGGTCTTCCGGGTAGTTGTTATCATAAGTGCTTCCCGCAAGGCCTa > 1:449393/1‑60 (MQ=255) aCTGCCTGGTCTTCCGGGTAGTTGTTATCATAAGTGCTTCCCGCAAGGCCTATGCCGATGCCCCAGTTGa < 1:1227002/70‑1 (MQ=255) aCTGCCTGGTCTTCCGGGTAGTTGTTATCATAAGTGCTTCCCGCAAGGCCTATGCCGATGCCCCAGTTGAt < 1:1838908/71‑1 (MQ=255) gacTGGTCTTCCGGGTAGTTGTTATCATAAGTGCTTCCCGCAAGGTCTATGcc < 1:2204898/51‑1 (MQ=255) tGGTCTTCCGGGTAGTTGTTATCATAAGTGCTTCCCGCAAGGCCTATGcc < 1:2178533/50‑1 (MQ=255) tGGTCTTCCGGGTAGTTGTTATCATAAGTGCTTCCCGCAAGGCCTATGCCGa > 1:2404512/1‑52 (MQ=255) tGGTCTTCCGGGTAGTTGTTATCATAAGTGCTTCCCGCAAGGCCTATGCCGa > 1:2301528/1‑52 (MQ=255) tCTTCCGGGTAGTTGTTATCATAAGTGCTTCCCGCAAGGTCTATGCCGATGCCCCAGTTGATTTTGCCGtt < 1:1512668/71‑1 (MQ=255) tCTTCCGGGTAGTTGTTATCATAAGTGCTTCCCGCAAGGCCTATGcc < 1:2593384/47‑1 (MQ=255) tCTTCCGGGTAGTTGTTATCATAAGTGCTTCCCGCAAGGCCTATGCCGATGCCCCAGTTGATTTTGCCGtt < 1:865590/71‑1 (MQ=255) cTTCCGGGTAGTTGTTATCATAAGTGCTTCCCGCAAGGTCTa > 1:2061180/1‑42 (MQ=255) ccGGGTAGTTGTTATCATAAGTGCTTCCCGCAAGGCCTATGCCGa > 1:2156318/1‑45 (MQ=255) ccGGGTAGTTGTTATCATAAGTGCTTCCCGCAAGGCCTATGCCGa > 1:9735/1‑45 (MQ=255) cGGGTAGTTGTTATCATAAGTGCTTCCCGCAAGGCCTATGCCGATGCCCCAGTTGATTTTGCCGTTGGTAc < 1:2556956/71‑1 (MQ=255) tAGTTGTTATCATAAGTGCTTCCCGCAAGGCCTATGCCGATGCCCCAGTTGATTTTGCCGTTGGTACAGtt > 1:1705138/1‑71 (MQ=255) tAGTTGTTATCATAAGTGCTTCCCGCAAGGCCTATGCCGATGCCCCAGTTGATTTTGCCGTTGGTACAGt > 1:776787/1‑70 (MQ=255) gttgttATCATAAGTGCTTCCCGCAAGGCCTATGCCGATGCCCCAGTTGATTTTGCCGTTGGTACAGtt < 1:1581784/69‑1 (MQ=255) tgttATCATAAGTGCTTCCCGCAAGGCCTATGCCGATGCCCCAGTTGATTTTGCCGTTGGTACAGTTGATg > 1:1207607/1‑71 (MQ=255) gttATCATAAGTGCTTCCCGCAAGGTCTATGCCGATGCCCCAGTTGATTTTGCCGTTGGTACAGTTGATgc > 1:779061/1‑71 (MQ=255) gttATCATAAGTGCTTCCCGCAAGGCCTATGCCGATGCCCCAGTTGATTTTGCCGt > 1:1628778/1‑56 (MQ=255) gttATCATAAGTGCTTCCCGCAAGGCCTATGCCGATGCCCCAGTTGATTTTGCCGTTGGTACAGTTGa > 1:315008/1‑68 (MQ=255) aTCATAAGTGCTTCCCGCAAGGCCTATGCCGATGCCCCAGTTGATTTTGCCGTTGGTACAGTTGa > 1:2067102/1‑65 (MQ=255) aGTGCTTCCCGCAAGGTCTATGCCGATGCCCCAGTTGATTTTGCCGTTGGTACAGTTGATGCGCTCGATGa < 1:1762753/71‑1 (MQ=255) aGTGCTTCCCGCAAGGCCTATGCCGATGCCCCAGTTGATTTTGCCGTTGGTACAGTTGATGCGCTCGATg > 1:785616/1‑70 (MQ=255) tGCTTCCCGCAAGGCCTATGCCGATGCCCCAGTTGATTTTGCCGTTGGTACAGTTGATGCGCTCGATGACa < 1:302877/71‑1 (MQ=255) gCTTCCCGCAAGGCCTATGCCGATGCCCCAGTTGATTTTGCCGTTGGTACAGTTGATGCGCTCGa > 1:2334856/1‑65 (MQ=255) ttCCCGCAAGGCCTATGCCGATGCCCCAGTTGATTTTGCCGTTGGTACAGTTGATGCGCTCGATGACa < 1:711942/68‑1 (MQ=255) aGGTCTATGCCGATGCCCCAGTTGATTTTGCCGtt < 1:2219352/35‑1 (MQ=255) | TTCGCCACGACAAAGTTTTTCACTGCCTGGTCTTCCGGGTAGTTGTTATCATAAGTGCTTCCCGCAAGGCCTATGCCGATGCCCCAGTTGATTTTGCCGTTGGTACAGTTGATGCGCTCGATGACA > W3110S.gb/2117279‑2117404 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |