| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | W3110S.gb | 2,143,096 | C→T | 12.9% | A218A (GCG→GCA) | asmA ← | predicted assembly protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 2,143,096 | 0 | C | T | 12.9% | 83.0 / 4.5 | 31 | A218A (GCG→GCA) | asmA | predicted assembly protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (13/14); new base T (2/2); total (15/16) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.58e-01 | |||||||||||
CCCCTGCCCCTGAATACCTTGTTTTGGTAAATCGGCACCCTGCAACTGCCAGTTAATTTGTTCAATAGCCGCCGTTAAATCATGCGGATAATCAGAAGCATCTACCGTACCGTTAAGGGATATCGTGAGAT > W3110S.gb/2143027‑2143157 | cccctgcccctgAATACCTTGTTTTGGTAAATCGGCACCCTGCAACTGCCAGTTAATTTGTTCAATAgccg > 1:1521870/1‑71 (MQ=255)cccctgcccctgAATACCTTGTTTTGGTAAATCGGCACCCTGCAACTGCCAGTTAATTTGTTCAATAgccg > 1:1689043/1‑71 (MQ=255) ccctgcccctgAATACCTTGTTTTGGTAAATCGGCACCCTGCAACTGCCAGTTAATTTGTTCAATAgccgc > 1:687249/1‑71 (MQ=255) ccctgcccctgAATACCTTGTTTTGGTAAATCGGCACCCTGCAACTGCCAGTTAATTTGTTCAATAgccg > 1:1783406/1‑70 (MQ=255) ctgAATACCTTGTTTTGGTAAATCGGCACCCTGCAACTGCCAGTTAATTTGTTCAATAGCCGCCGTTAAAt < 1:282213/71‑1 (MQ=255) gAATACCTTGTTTTGGTAAATCGGCACCCTGCAACTGCCAGTTAATTTGTTCAATAGCCGCCGTTAAATCa > 1:2470875/1‑71 (MQ=255) aaTACCTTGTTTTGGTAAATCGGCACCCTGCAACTGCCAGTTAATTTGTTCAATAGCCGCCGTTAAATCAt > 1:2806358/1‑71 (MQ=255) aaTACCTTGTTTTGGTAAATCGGCACCCTGCAACTGCCAGTTAATTTGTTCAATAGCCGCCGTTAAATCAt > 1:1998516/1‑71 (MQ=255) aCCTTGTTTTGGTAAATCGGCACCCTGCAACTGCCAGTTAATTTGTTCAATAGCCGCCGTTAAATCa > 1:1434947/1‑67 (MQ=255) ccTTGTTTTGGTAAATCGGCACCCTGCAACTGCCAGTTAATTTGTTCAATAGCCGCCGTTAAATCATGCg < 1:2648786/70‑1 (MQ=255) cTTGTTTTGGTAAATCGGCACCCTGCAACTGCCAGTTAATTTGTTCAATAGCCGCCGTTAAATCATGCGGa > 1:1104325/1‑71 (MQ=255) ttGTTTTGGTAAATCGGCACCCTGCAACTGCCAGTTAATTTGTTCAATAGCCGCCGTTAAAt < 1:1136888/62‑1 (MQ=255) gTTTTGGTAAATCGGCACCCTGCAACTGCCAGTTAATTTGTTCAATAGCCGCCGTTAAATCATGCGGATaa > 1:1400908/1‑71 (MQ=255) aaaTCGGCACCCTGCAACTGCCAGTTAATTTGTTCAATAGCCTCCGTTAAATCATGCGGATAATCAGAAg > 1:902295/1‑70 (MQ=255) ggCAACCTGCAACTGCCAGTTAATTTGTTCAATAGCCGCCGTTAAATCATGCGGATAATCAGAAGCATCta < 1:1690907/71‑1 (MQ=255) cAACTGCCAGTTAATTTGTTCAATAGCCGCCGTTAAATCATGCGGATAATCAGAAGCATCtaccgtacc < 1:92331/69‑1 (MQ=255) cAACTGCCAGTTAATTTGTTCAATAGCCGCCGTTAAATCATGCGGATAATCAGAAGCATCtaccgtacc < 1:1237101/69‑1 (MQ=255) aaCTGCCAGTTAATTTGTTCAATAGCCGCCGTTAAATCATGCGGATAATCAGAAGCATCTaccgtaccgt > 1:2699631/1‑70 (MQ=255) ccAGTTAATTTGTTCAATAGCCGCCGTTAAATCATGCGGATAATCAGAAGCATCta > 1:2547253/1‑56 (MQ=255) gTTAATTTGTTCAATAGCCTCCGTTAAATCATGCGTATAATCAg < 1:630387/44‑1 (MQ=38) gTTAATTTGTTCAATAGCCGCCGTTAAATCATGCGGATAATCAg < 1:312547/44‑1 (MQ=255) gTTAATTTGTTCAATAGCCGCCGTTAAATCATGCGGATAATCAg < 1:2751892/44‑1 (MQ=255) aaTTTGTTCAATAGCTGCCGTTAAATCATGCGGATAATCAGAAGCATCTACCGTACCGTTAAGGGATATCg > 1:1032982/1‑71 (MQ=255) aaTTTGTTCAATAGCTGCCGTTAAATCATGCGGATAATCAGAAGCATCTACCGTACCGTTAAGGGATATCg > 1:2196387/1‑71 (MQ=255) aaTTTGTTCAATAGCCGCCGTTAAATCATGCGGATAATCAGAAGCATCta > 1:421852/1‑50 (MQ=255) aaTTTGTTCAATAGCCGCCGTTAAATCATGCGGATAATCAGAAGCATCTACCGTACCGTTAAGGGATATc < 1:1726292/70‑1 (MQ=255) aaTTTGTTCAATAGCCGCCGTTAAATCATGCGGATAATCAGAAGCATCTACCGTACCGTTAAGGGATATCg > 1:258752/1‑71 (MQ=255) aTTTGTTCAATTGCCGCCGTTAAATCATGCGGATAATCAGAAGCATCTACCGTACCGTTAAGGGATATCGt < 1:2567273/71‑1 (MQ=255) aTTTGTTCAATAGCCGCCGTTAAATCATGCGGATAATCAGAAGCATCTACCGTACCGTTAAGGGa < 1:1971469/65‑1 (MQ=255) tttGTTCAATAGCTGCCGTTAAATCATGCGGATAATCAGAAGCATCtaccg < 1:1731109/51‑1 (MQ=255) tttGTTCAATAGCTGCCGTTAAATCATGCGGATAATCAGAAGCATCtaccg < 1:2195184/51‑1 (MQ=255) tttGTTCAATAGCCGCCGTTAAATCATGCGGATAATCAGAAGc < 1:984969/43‑1 (MQ=255) tGTTCAATAGCCGCCGTTAAATCATGCGGATAATCAGAAGCATCTACCGTACCGTTAAGGGATATCGt > 1:1261055/1‑68 (MQ=255) tGTTCAATAGCCGCCGTTAAATCATGCGGATAATCAGAAGCATCTACCGTACCGTTAAGGGATATCGTga < 1:1133165/70‑1 (MQ=255) tAGCCGCCGTTAAATCATGCGGATAATCAGAAGCATCTACCGTACCGTTAAGGGATATCGTga > 1:771820/1‑63 (MQ=255) gccgccGTTAAATCATGCGGATAATCAGAAGCATCTACCGTACCGTTAAGGGATATCGTGAGAt > 1:2294431/1‑64 (MQ=255) | CCCCTGCCCCTGAATACCTTGTTTTGGTAAATCGGCACCCTGCAACTGCCAGTTAATTTGTTCAATAGCCGCCGTTAAATCATGCGGATAATCAGAAGCATCTACCGTACCGTTAAGGGATATCGTGAGAT > W3110S.gb/2143027‑2143157 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |