| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | W3110S.gb | 2,178,242 | G→A | 10.6% | P48S (CCT→TCT) | gatA ← | galactitol‑specific enzyme IIA component of PTS |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 2,178,242 | 0 | G | A | 10.6% | 130.4 / 6.5 | 47 | P48S (CCT→TCT) | gatA | galactitol‑specific enzyme IIA component of PTS |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (27/15); new base A (3/2); total (30/17) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.63e-01 | |||||||||||
AGCATGAATCGCCTCACAATGCGGTATTGCAATAGCGTGCTGCTCAAGCATTATCCCGGTAGGGAATTCTGCTTCTCTGGCAATTAATGCCTGTGGCCAGGTATCATGAACCACACCTTTGGCGAGCATCTC > W3110S.gb/2178180‑2178311 | agCATGAATCGCCTCACAATGCGGTATTGCAATAGCGTGCTGCTCAAGCATTATCCCGGTAGGGAATTc < 1:1854736‑M2/67‑1 (MQ=255)agCATGAATCGCCTCACAATGCGGTATTGCAATAGCGTGCTGCTCAAGCATTATCCCGGTAGGGAATTCt > 1:64176‑M2/3‑70 (MQ=255)agCATGAATCGCCTCACAATGCGGTATTGCAATAGCGTGCTGCTCAAGCATTATCCCGGTAGGGAATTCTg > 1:818597‑M2/3‑71 (MQ=255) gCCTCACAATGCGGTATTGCAATAGCGTGCTGCTCAAGCATTATCCCGGTAGGGAATTCTGCTTCTCTGGc < 1:2596341/71‑1 (MQ=255) tCACAATGCGGTATTGCAATAGCGTGCTGCTCAAGCATTATCCCGGTAGGGAATTCt < 1:2051995/57‑1 (MQ=255) acaATGCGGTATTGCAATAGCGTGCTGCTCAAGCATTATCCCGGTAGGGAATTCTGCTTCTCTGGCAAtt > 1:1804355/1‑70 (MQ=255) acaATGCGGTATTGCAATAGCGTGCTGCTCAAGCATTATCCCGGTAGGGAATTCTGCTTCTCTGGCAAtt > 1:330811/1‑70 (MQ=255) acaATGCGGTATTGCAATAGCGTGCTGCTCAAGCATTATCCCGGTAGGGAATTCTGCTTCTCTGGCAAtt < 1:1515162/70‑1 (MQ=255) acaATGCGGTATTGCAATAGCGTGCTGCTCAAGCATTATCCCGGTAGGGAATTCTGCTTATCTGGCAAtt > 1:538214/1‑70 (MQ=255) aaTGCGGTATTGCAATAGCGTGCTGCTCAAGCATTATCCCGGTAGGGAATTCTGCTTCTCTGGCAATTAAt < 1:209985/71‑1 (MQ=255) tGCGGTATTGCAATAGCGTGCTGCTCAAGCATTATCCCGGTAGGGAATTCTGCTTCTCTGGc < 1:1337852/62‑1 (MQ=255) tGCGGTATTGCAATAGCGTGCTGCTCAAGCATTATCCCGGTAGGGAATTCTGCTTCTCTGGCAATTAATGc > 1:2666394/1‑71 (MQ=255) tGCGGTATTGCAATAGCGTGCTGCTCAAGCATTATCCCGGTAGGGAATTCTGCTTCTCTGGCAATTAATGc > 1:1389191/1‑71 (MQ=255) cGGTATTGCAATAGCGTGCTGCTCAAGCATTATCCCGGTAGGGAATTCTGCTTCTCTGGCAATTAATGcc < 1:2361504/70‑1 (MQ=255) tATTGCAATAGCGTGCTGCTCAAGCATTATCCCGGTAGGGAATTCTGCTTCTCTGGCAATTAATGCCtgtg > 1:1889545/1‑71 (MQ=255) aTTGCAATAGCGTGCTGCTCAAGCATTATCCCGGTAGGGAATTCTGCTTCTCTGGCAATTAATGCCtg > 1:291403/1‑68 (MQ=255) ttGCAATAGCGTGCTGCTCAAGCATTATCCCGGTAGGGAATTCTGCTTCTCTGGCAATTAATGCCTGTGGc > 1:381944/1‑71 (MQ=255) gCAATAGCGTGCTGCTCAAGCATTATCCCGGTAGGGAAtt > 1:2454968/1‑40 (MQ=255) gCAATAGCGTGCTGCTCAAGCATTATCCCGGTAGGGAATTc > 1:1491097/1‑41 (MQ=255) gCAATAGCGTGCTGCTCAAGCATTATCCCGGTAGGGAATTc > 1:598435/1‑41 (MQ=255) gCAATAGCGTGCTGCTCAAGCATTATCCCGGTAGGGAATTCTGCTTCTCTGGc > 1:1032466/1‑53 (MQ=255) gCAATAGCGTGCTGCTCAAGCATTATCCCGGTAGGGAATTCTGCTTCTCTGGCAATTAATGCCTGTGGc > 1:1043999/1‑69 (MQ=255) gCAATAGCGTGCTGCTCAAGCATTATCCCGGTAGGGAATTCTGCTTCTCTGGCAATTAATGCCTGTGGc > 1:2042109/1‑69 (MQ=255) gCAATAGCGTGCTGCTCAAGCATTATCCCGGTAGAGAATTCTGCTTCTCTGGCAATTAATGc > 1:108622/1‑62 (MQ=255) cAATAGCGTGCTGCTCAAGCATTATCCCGGTAGGGAATTCTGCTTCTCTGGCAATTAATGCCTGTGGCCa < 1:1099370/70‑1 (MQ=255) tAGCGTGCTGCTCAAGCATTATCCCGGTAGGGAATTCTGCTTCTCTGGCAATTAATGCCTGTGGCCAGGTa > 1:2778199/1‑71 (MQ=255) aGCGTGCTGCTCAAGCATTATCCCGGTAGGGAAtt > 1:214743/1‑35 (MQ=255) aGCGTGCTGCTCAAGCATTATCCCGGTAGGGAAtt > 1:473431/1‑35 (MQ=255) aGCGTGCTGCTCAAGCATTATCCCGGTAGGGAAtt > 1:1045859/1‑35 (MQ=255) aGCGTGCTGCTCAAGCATTATCCCGGTAGGGAATTCTGCTTCTCTGGCAATTAATGCCTGTGGCCAGGTa > 1:507223/1‑70 (MQ=255) aGCGTGCTGCTCAAGCATTATCCCGGTAGAGAATTCTGCTTCTCTGGCAATTAATGCCTGTGGCCAGGTa > 1:2480276/1‑70 (MQ=255) aGCGTGCTGCTCAAGCATTATCCCGGTAGAGAATTCTGCTTCTCTGGCAATTAATGCCTGTGGCCAGGTa > 1:2477033/1‑70 (MQ=255) gCGTGCTGCTCAAGCATTATCCCGGTAGGGAATTCTGCTTCTCTGGCAATTAATGCCTGTGGCCAGGTAt > 1:1076613/1‑70 (MQ=255) tgctgcTCAAGCATTATCCCGGTAGGGAATTCTGCTTCTCTGGCAATTAATGCCTGTGTCCAGGTATCAt > 1:411642/1‑70 (MQ=255) tgctgcTCAAGCATTATCCCGGTAGGGAATTCTGCTTCTCTGGCAATTAATGCCTGTGGCCAGGTATCATg < 1:933281/71‑1 (MQ=255) ctCAAGCATTATCCCGGTAGGGAATTCTGCTTCTCTGGCAATTAATGCCTGTGGCCAGGTATCATGAACca > 1:2381772/1‑71 (MQ=255) cAAGCATTATCCCGGTAGGGAATTCTGCTTCTCTGGCAATTAATGCCTGTGGCCAGGTATCATGAACcaca > 1:698666/1‑71 (MQ=255) aGCATTATCCCGGTAGGGAATTCTGCTTCTCTGGCAATTAATGCCTGTGGCCAGGTATCATGAACCACAcc < 1:2002919/71‑1 (MQ=255) cATTATCCCGGTAGGGAATTCTGCTTCTCTGGCAATTAATGCCTGTGGCCAGGTATCATGAACCacac < 1:590481/68‑1 (MQ=255) aTTATCCCGGTAGGGAATTCTGCTTCTCTGGCAATTAATGCCTGTGGCCAGGTATCATGAACCACACCttt < 1:741277/71‑1 (MQ=255) ttATCCCGGTAGGGAATTCTGCTTCTCTGGCAATTAATGCCTGTGGCAAGGTATCATGa > 1:941324/1‑59 (MQ=255) ttATCCCGGTAGAGAATTCTGCTTCTCTGGCAATTAATGCCTGTGGCCAGGTATCATGAACCACACCttt < 1:2363863/70‑1 (MQ=255) ttATCCCGGTAGAGAATTCTGCTTCTCTGGCAATTAATGCCTGTGGCCAGGTATCATGAACCACACCttt < 1:729519/70‑1 (MQ=255) aTCCCGGTAGGGAATTCTGCTTCTCTGGCAATTAATGCCTGTGGCCAGGTATCATGAACCACACCTTTGGc > 1:1532717/1‑71 (MQ=255) cGGTAGGGAATTCTGCTTCTCTGGCAATTAATGCCTGTCGCCAGGTATCATGAACCACACCTTTGGCGAGc < 1:2068332/71‑1 (MQ=255) tAGGGAATTCTGCTTCTCTGGGAATTAATGCCTGTGGCCa < 1:725545/40‑1 (MQ=255) tAGGGAATTCTGCTTCTCTGGCAATTAATGCCTGTGGCCa < 1:942863/40‑1 (MQ=255) gggAATTCTGCTTCTCTGGCAATTAATGCCTGTGGCCAGGTATCATGAACCACACCTTTGGCGAGCAtctc < 1:30738/71‑1 (MQ=255) gggAATTCTGCTTCTCTGGCAATTAATGCCTGTGGCCAGGTATCATGAACCACACCTTTGGCGAGCAtct < 1:1473594/70‑1 (MQ=255) ggAATTCTGCTTCTCTGGCAATTAATGCCTGTGGCCAGGTATCATGAACCACACCTTTGGCGAGCAtct < 1:1804197/69‑1 (MQ=255) ggAATTCTGCTTCTCTGGCAATTAATGCCTGTGGCCAGGTATCATGAACCACACCTTTGGCGAGCAtct < 1:980310/69‑1 (MQ=255) ggAATTCTGCTTCTCTGGCAATTAATGCCTGTGGCCAGGTATCATGAACCACACCTTTGGCGACCAtct < 1:177188/69‑1 (MQ=255) | AGCATGAATCGCCTCACAATGCGGTATTGCAATAGCGTGCTGCTCAAGCATTATCCCGGTAGGGAATTCTGCTTCTCTGGCAATTAATGCCTGTGGCCAGGTATCATGAACCACACCTTTGGCGAGCATCTC > W3110S.gb/2178180‑2178311 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |