| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | W3110S.gb | 3748799 = | 1 (0.040) | 42 (1.810) | 8/112 | NT | 97.7% | coding (184/984 nt) | tnaB | tryptophan transporter of low affinity |
| ? | W3110S.gb | 4056222 = | NA (NA) | intergenic (‑564/+15) | yrhB/insB | hypothetical protein/IS1 transposase InsAB' | |||||
AGGTGTTACCGATTAAATCTTTGGTGATGGTGTTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAGGATAAAGGCACCCCAGAAAA > W3110S.gb/3748730‑3748867 | gagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccc < 1:1536436‑M1/1‑1 (MQ=255)gagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCt > 1:1123488‑M1/70‑71 (MQ=255)gagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCt > 1:650859‑M1/70‑71 (MQ=255)gagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCt > 1:682962‑M1/70‑71 (MQ=255) aCCGATTAAATCTTTGGTGATGGTGTTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCtaataa > 1:1242864/1‑69 (MQ=255) aCCGATTAAATCTTTGGTGATGGTGTTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCtaa > 1:166661/1‑66 (MQ=255) gacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCt > 1:879753‑M1/61‑62 (MQ=255) gATTAAATCTTTGGTGATGGTGTTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggt > 1:182034‑M2/1‑68 (MQ=255) 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(MQ=255) acaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTaataacaat < 1:518455‑M1/11‑1 (MQ=255) acaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTaataacaa < 1:1652357‑M1/10‑1 (MQ=255) aTTAAATCTTTGGTGATGGTGTTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggt > 1:778593‑M2/1‑67 (MQ=255) ttGGTGATGGTGTTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCtaat < 1:234080/54‑1 (MQ=255) gggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGaa < 1:1464034‑M1/20‑1 (MQ=255) gggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGaa < 1:33363‑M1/20‑1 (MQ=255) gggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGaa < 1:1851195‑M1/20‑1 (MQ=255) gggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGaa < 1:622081‑M1/20‑1 (MQ=255) attatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCa > 1:635045‑M1/45‑71 (MQ=255) attatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCa > 1:272781‑M1/45‑71 (MQ=255) 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(MQ=255) atctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTaataacaa < 1:368008‑M1/10‑1 (MQ=255) atctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTaataacaa < 1:934593‑M1/10‑1 (MQ=255) atctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTaataacaa < 1:962362‑M1/10‑1 (MQ=255) atctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAAccc < 1:415313‑M1/16‑1 (MQ=255) atctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGGAtt < 1:1593924‑M1/29‑1 (MQ=255) atctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCAtt < 1:1936618‑M1/29‑1 (MQ=255) atctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCAtt < 1:1815781‑M1/29‑1 (MQ=255) gtgtTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactga < 1:1677353‑M2/71‑23 (MQ=255) gtgtTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactga < 1:546794‑M2/71‑23 (MQ=255) gtgtTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactga < 1:1626512‑M2/71‑23 (MQ=255) tAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgattt > 1:72925‑M2/1‑45 (MQ=255) tAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgattt > 1:130182‑M2/1‑45 (MQ=255) cTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgta < 1:1165749‑M2/71‑32 (MQ=255) cTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgta < 1:1061528‑M2/71‑32 (MQ=255) aaacactatcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGc > 1:681163‑M1/31‑70 (MQ=255) aaacactatcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGc > 1:551499‑M1/31‑70 (MQ=255) aaacactatcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGc > 1:1823156‑M1/31‑70 (MQ=255) aaacactatcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGc > 1:1195549‑M1/31‑70 (MQ=255) actatcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGa > 1:1598678‑M1/27‑71 (MQ=255) actatcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGa > 1:1596364‑M1/27‑71 (MQ=255) actatcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGa > 1:444380‑M1/27‑71 (MQ=255) actatcaataagtgggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGa > 1:1833309‑M1/27‑71 (MQ=255) aTAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgttttt < 1:1851288‑M2/70‑45 (MQ=255) tAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttga > 1:1239735‑M2/1‑25 (MQ=255) tAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttga > 1:1335732‑M2/1‑25 (MQ=255) agttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAGGATaaa > 1:218514‑M1/17‑71 (MQ=255) agttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAGGATaaa > 1:1353388‑M1/17‑71 (MQ=255) aaTTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttga > 1:1114796‑M2/1‑24 (MQ=255) aaTTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttga > 1:976038‑M2/1‑24 (MQ=255) gtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCa > 1:1843462‑M1/10‑36 (MQ=255) attaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAGGATAAAGGCAccc < 1:62906‑M1/62‑1 (MQ=255) attaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAGGATAAAGGCAccc < 1:1452631‑M1/62‑1 (MQ=255) tGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagt < 1:804022‑M2/71‑58 (MQ=255) tGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagt < 1:1816272‑M2/71‑58 (MQ=255) tGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactg < 1:1512811‑M2/35‑22 (MQ=255) gctgctAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagt > 1:627551‑M2/1‑13 (MQ=255) gCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagt > 1:975269‑M2/1‑13 (MQ=255) gCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagt > 1:993005‑M2/1‑13 (MQ=255) gCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagt > 1:686960‑M2/1‑13 (MQ=255) gCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagt > 1:713607‑M2/1‑13 (MQ=255) 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AGGTGTTACCGATTAAATCTTTGGTGATGGTGTTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAGGATAAAGGCACCCCAGAAAA > W3110S.gb/3748730‑3748867 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |