| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | W3110S.gb | = 2173565 | NA (NA) | 58 (2.500) | 13/112 | NT | 100% | pseudogene (306/2041 nt) pseudogene (306/339 nt) |
gatR gatR |
DNA‑binding transcriptional regulator; ECK2083:JW5340+JW2074:b4498 DNA‑binding transcriptional regulator, C‑ter fragment; ECK2083:JW2074:b2090 |
| ? | W3110S.gb | = 3932933 | 0 (0.000) | coding (222/1608 nt) | dppA | dipeptide transporter | |||||
ACCTATGACGCCTCTTCCGTCCCGCTTTATAACCGTCTGGTTGAATTTAAAATCGGCACCACCGAAGTGATCCCGGGCCTCGCTGAAAAGTGGGAAGTCAGCGAAGACGGTAAAACCTATACCTTCCATCT > W3110S.gb/3932865‑3932995 | aCCTATGACGCCTCTTCCGTCCCGCTTTATAACCGTCTGGTTGAATTTAAAATCGGCACCACCGAAGTGt < 1:1278053‑M2/70‑2 (MQ=255) ccTATGACGCCTCTTCCGTCCCGCTTTATAACCGTCTGGTTGAATTTAAAATCGGCACCACCGAAGTGtga > 1:824313‑M2/1‑68 (MQ=255) tgagtcacctctgactgagagtttactcacttagccgcgtgtccactattgctgggtaagatcAGTGATcc > 1:189110‑M2/64‑71 (MQ=255) tgagtcacctctgactgagagtttactcacttagccgcgtgtccactattgctgggtaagatcAGTGATcc > 1:1964852‑M2/64‑71 (MQ=255) tgagtcacctctgactgagagtttactcacttagccgcgtgtccactattgctgggtaagatcAGTGATcc > 1:1680213‑M2/64‑71 (MQ=255) tgagtcacctctgactgagagtttactcacttagccgcgtgtccactattgctgggtaagatcAGTGATcc > 1:334426‑M2/64‑71 (MQ=255) tgagtcacctctgactgagagtttactcacttagccgcgtgtccactattgctgggtaagatcAGTGATc > 1:1358122‑M2/64‑70 (MQ=255) cTATGACGCCTCTTCCGTCCCGCTTTATAACCGTCTGGTTGAATTTAAAATCGGCACCACCGAAGTGtgat > 1:1016083‑M2/1‑67 (MQ=255) cTATGACGCCTCTTCCGTCCCGCTTTATAACCGTCTGGTTGAATTTAAAATCGGCACCACCGAAGTGtgat > 1:454647‑M2/1‑67 (MQ=255) gagtcacctctgactgagagtttactcacttagccgcgtgtccactattgctgggtaagatcAGTGATccc > 1:710015‑M2/63‑71 (MQ=255) gagtcacctctgactgagagtttactcacttagccgcgtgtccactattgctgggtaagatcAGTGATccc > 1:1374952‑M2/63‑71 (MQ=255) gagtcacctctgactgagagtttactcacttagccgcgtgtccactattgctgggtaagatcAGTGATccc > 1:1745740‑M2/63‑71 (MQ=255) gagtcacctctgactgagagtttactcacttagccgcgtgtccactattgctgggtaagatcAGTGATccc > 1:198967‑M2/63‑71 (MQ=255) gagtcacctctgactgagagtttactcacttagacgcgtgtccactattgctgggtaagatcAGTGATccc > 1:18143‑M2/63‑71 (MQ=255) gtcacctctgactgagagtttactcacttagccgcgtgtccactattgctgggtaagatcaAGtgattaa < 1:1103289‑M2/9‑4 (MQ=255) aCGCCTCTTCCGTCCCGCTTTATAACCGTCTGGTTGAATTTAAAATCGGCACCACCGAAGTGtgatcctac < 1:362971‑M2/71‑10 (MQ=255) aCGCCTCTTCCGTCCCGCTTTATAACCGTCTGGTTGAATTTAAAATCGGCACCACCGAAGTGtgatcctac < 1:256092‑M2/71‑10 (MQ=255) aCGCCTCTTCCGTCCCGCTTTATAACCGTCTGGTTGAATTTAAAATCGGCACCACCGAAGTGtgatcctac < 1:224338‑M2/71‑10 (MQ=255) aCGCCTCTTCCGTCCCGCTTTATAACCGTCTGGTTGAATTTAAAATCGGCACCACCGAAGTGtgatcctac < 1:1260012‑M2/71‑10 (MQ=255) aCGCCTCTTCCGTCCCGCTTTATAACCGTCTGGTTGAATTTAAAATCGGCACCACCGAAGTGtgatcctac < 1:1237381‑M2/71‑10 (MQ=255) aCGCCTCTTCCGTCCCGCTTTATAACCGTCTGGTTGAATTTAAAATCGGCACCACCGAAGTGtgatcctac < 1:7058‑M2/71‑10 (MQ=255) aCGCCTCTTCCGTCCCGCTTTATAACCGTCTGGTTGAATTTAAAATCGGCACCACCGAAGTGtgatcctac < 1:1190232‑M2/71‑10 (MQ=255) aCGCCTCTTCCGTCCCGCTTTATAACCGTCTGGTTGAATTTAAAATCGGCACCACCGAAGTGtgatcctac < 1:101670‑M2/71‑10 (MQ=255) aCGCCTCTTCCGTCCCGCTTTATAACCGTCTGGTTGAATTTAAAATCGGCACCACCGAAGTGtgatccta < 1:1527539‑M2/70‑9 (MQ=255) ccTCTTCCGTCCCGCTTTATAACCGTCTGGTTGAATTTAAAATCGGCACCACCGAAGTGtgatcctaccca > 1:1507776‑M2/1‑59 (MQ=255) ccTCTTCCGTCCCGCTTTATAACCGTCTGGTTGAATTTAAAATCGGCACCACCGAAGTGtgatcctaccca > 1:1001832‑M2/1‑59 (MQ=255) ctctTCCGTCCCGCTTTATAACCGTCTGGTTGAATTTAAAATCGGCACCACCGAAGTGtgatcctaccca > 1:1051324‑M2/1‑58 (MQ=255) ttCCGTCCCGCTTTATAACCGTCTGGTTGAATTTAAAATCGGCACCGCCGAAGTGtgatcctacccacgt < 1:578897‑M2/70‑16 (MQ=255) ttCCGTCCCGCTTTATAACCGTCTGGTTGAATTTAAAATCGGCACCACCGAAGTGtgatcctacccacgt < 1:957342‑M2/70‑16 (MQ=255) ttCCGTCCCGCTTTATAACCGTCTGGTTGAATTTAAAATCGGCACCACCGAAGTGtgatcctacccacgt < 1:684840‑M2/70‑16 (MQ=255) ttCCGTCCCGCTTTATAACCGTCTGGTTGAATTTAAAATCGGCACCACCGAAGTGtgatcctacccacgt < 1:202415‑M2/70‑16 (MQ=255) tCCGTCCCGCTTTATAACCGTCTGGTTGAATTTAAAATCGGCACCACCGAAGTGtgatcc < 1:1175479‑M2/60‑7 (MQ=255) tCCGTCCCGCTTTATAACCGTCTGGTTGAATTTAAAATCGGCACCACCGAAGTGtgatcc < 1:1660278‑M2/60‑7 (MQ=255) tCCGTCCCGCTTTATAACCGTCTGGTTGAATTTAAAATCGGCACCACCGAAGTGtgatcc < 1:1896469‑M2/60‑7 (MQ=255) ctgagagtttactcacttagccgcgtgtccactattgctgggtaagatcAGTGATCCCGGGCCTCGCTGaa < 1:1833700‑M2/22‑1 (MQ=255) ccGTCCCGCTTTATAACCGTCTGGTTGAATTTAAAATCGGCACCACCGAAGTGtgatcctacccacgtaa > 1:1867652‑M2/1‑53 (MQ=255) ccGTCCCGCTTTATAACCGTCTGGTTGAATTTAAAATCGGCACCACCGAAGTGtgatcctacccacgtaa > 1:118967‑M2/1‑53 (MQ=255) ccGTCCCGCTTTATAACCGTCTGGTTGAATTTAAAATCGGCACCACCGAAGTGtgatcctacccacgt > 1:764090‑M2/1‑53 (MQ=255) ccGTCCCGCTTTATAACCGTCTGGTTGAATTTAAAATCGGCACCACCGAAGTGtgatcctacccacgt > 1:1189437‑M2/1‑53 (MQ=255) ccGTCCCGCTTTATAACCGTCTGGTTGAATTTAAAATCGGCACCACCGAAGTGtgatcctacccacgt > 1:1733818‑M2/1‑53 (MQ=255) ccGTCCCGCTTTATAACCGTCTGGTTGAATTTAAAATCGGCACCACCGAAGTGtgatcctacccacgt > 1:695666‑M2/1‑53 (MQ=255) ccGTCCCGCTTTATAACCGTCTGGTTGAATTTAAAATCGGCACCACCGAAGTGtgatcctacccacgt > 1:1323459‑M2/1‑53 (MQ=255) ccGTCCCGCTTTATAACCGTCTGGTTGAATTTAAAATCGGCACCACCGAAGTGtgatcctacccacgt > 1:268544‑M2/1‑53 (MQ=255) ccGTCCCGCTTTATAACCGTCTGGTTGAATTTAAAATCGGCACCACCGAAGTGtgatcctacccacgt > 1:985700‑M2/1‑53 (MQ=255) ccGTCCCGCTTTATAACCGTCTGGTTGAATTTAAAATCGGCACCACCGAAGTGtgatcctacccacgt > 1:576949‑M2/1‑53 (MQ=255) agagtttactcacttagccgcgtgtccactattgctgggtaagatcAGTGATCCCGGGCCTCGCTGaaa < 1:815915‑M2/23‑1 (MQ=255) agagtttactcacttagccgcgtgtccactattgctgggtaagatcAGTGATCCCGGGCCTCGCTGaaa < 1:1830215‑M2/23‑1 (MQ=255) agagtttactcacttagccgcgtgtccactattgctgggtaagatcAGTGATCCCGGGCCTCGCTGaaa < 1:1083813‑M2/23‑1 (MQ=255) agagtttactcacttagccgcgtgtccactattgctgggtaagatcAGTGATCCCGGGCCTCGCTGaaa < 1:1207769‑M2/23‑1 (MQ=255) agagtttactcacttagccgcgtgtccactattgctgggtaagatcAGTGATCCCGGGCCTCGCTGaaa < 1:1597475‑M2/23‑1 (MQ=255) agagtttactcacttagccgcgtgtccactattgctgggtaagatcAGTGATCCCGGGCCTCGCTGaaa < 1:1140545‑M2/23‑1 (MQ=255) gCTTTATAACCGTCTGGTTGAATTTAAAATCGGCACCACCGAAGTGtgatcctacccacgtaatatggaca > 1:516828‑M2/1‑46 (MQ=255) gCTTTATAACCGTCTGGTTGAATTTAAAATCGGCACCACCGAAGTGtgatcctacccacgtaatatggaca > 1:1828238‑M2/1‑46 (MQ=255) gCTTTATAACCGTCTGGTTGAATTTAAAATCGGCACCACCGAAGTGtgatcctacccacgtaatatggaca > 1:471040‑M2/1‑46 (MQ=255) gCTTTATAACCGTCTGGTTGAATTTAAAATCGGCACCACCGAAGTGtgatcctacccacgtaatatggaca > 1:1301727‑M2/1‑46 (MQ=255) gCTTTATAACCGTCTGGTTGAATTTAAAATCGGCACCACCGAAGTGtgatcctacccacgtaatatggaca > 1:855668‑M2/1‑46 (MQ=255) tactcacttagccgcgtgtccactattgctgggtaagatcAGTGATCCCGGGCCTCGCTGAAAAGTggg > 1:1840394‑M2/41‑69 (MQ=255) tactcacttagccgcgtgtccactattgctgggtaagatcAGTGATCCCGGGCCTCGCTGAAAAGTggg > 1:555009‑M2/41‑69 (MQ=255) tactcacttagccgcgtgtccactattgctgggtaagatcAGTGATCCCGGGCCTCGCTGAAAAGTggg > 1:1703021‑M2/41‑69 (MQ=255) tactcacttagccgcgtgtccactattgctgggtaagatcAGTGATCCCGGGCCTCGCTGAAAAGTggg > 1:1938721‑M2/41‑69 (MQ=255) tactcacttagccgcgtgtccactattgctgggtaagatcAGTGATCCCGGGCCTCGCTGAAAAGTggg > 1:1901889‑M2/41‑69 (MQ=255) ttATAACCGTCTGGTTGAATTTAAAATCGGCACCACCGAAGTGtgatcgtacccacgtaata < 1:468719‑M2/62‑20 (MQ=255) ttATAACCGTCTGGTTGAATTTAAAATCGGCACCACCGAAGTGtgatcctacccacgtaata < 1:203529‑M2/62‑20 (MQ=255) ttATAACCGTCTGGTTGAATTTAAAATCGGCACCACCGAAGTGtgatcctacccacgtaata < 1:1691270‑M2/62‑20 (MQ=255) ttATAACCGTCTGGTTGAATTTAAAATCGGCACCACCGAAGTGtgatcctacccacgtaata < 1:1153317‑M2/62‑20 (MQ=255) ttATAACCGTCTGGTTGAATTTAAAATCGGCACCACCGAAGTGtgatcctacccacgtaata < 1:105918‑M2/62‑20 (MQ=255) ttATAACCGTCTGGTTGAATTTAAAATCGGCACCACCGAAGTGtgatcctacccacgtaata < 1:534348‑M2/62‑20 (MQ=255) ttATAACCGTCTGGTTGAATTTAAAATCGGCACCACCGAAGTGtga < 1:1766230‑M2/46‑4 (MQ=255) ttATAACAGTCTGGTTGAATTTAAAATCGGCACCACCGAAGTGtgatactacccacgtaata < 1:513248‑M2/62‑20 (MQ=255) ccgcgtgtccactattgctgggtaagatcAGTGATCCCGGGCCTCGCTGAAAAGTGGGAAGTCAGCGAAGa < 1:24603‑M2/42‑1 (MQ=255) ccgcgtgtccactattgctgggtaagatcAGTGATCCCGGGCCTCGCTGAAAAGTGGGAAGTCAGCGAAGa < 1:50531‑M2/42‑1 (MQ=255) tGGTTGAATTTAAAATCGGCACCACCGAAGTGtgatcctacccacgtaatatggacacaggcctaagcgag < 1:981879‑M2/71‑40 (MQ=255) gAATTTAAAATCGGCACCACCGAAGTGtgatcctacccacgtaa < 1:950402‑M2/44‑18 (MQ=255) gAATTTAAAATCGGCACCACCGAAGTGtgatcctacccacgtaa < 1:988863‑M2/44‑18 (MQ=255) gAATTTAAAATCGGCACCACCGAAGTGtgatcctacccacgtaa < 1:250659‑M2/44‑18 (MQ=255) gAATTTAAAATCGGCACCACCGAAGTGtgatcctacccacgtaa < 1:1805072‑M2/44‑18 (MQ=255) gAATTTAAAATCGGCACCACCGAAGTGtgatcctacccacgtaa < 1:1783600‑M2/44‑18 (MQ=255) gAATTTAAAATCGGCACCACCGAAGTGtgatcctacccacgtaa < 1:1908437‑M2/44‑18 (MQ=255) cactattgctgggtaagttcAGTGATCCCGGGCCTCGCTGAAAAGTGGGAAGTCAGCGAAGACGGTAAAAc > 1:1283921‑M2/21‑71 (MQ=255) cactattgctgggtaagatcAGTGATCCCGGGCCTCGCTGAAAAGTGGGAAGTCAGCGAAGACGGTaaaa > 1:1886458‑M2/21‑70 (MQ=255) cactattgctgggtaagatcAGTGATCCCGGGCCTCGCTGAAAAGTGGGAAGTCAGCGAAGACGGTAAAAc > 1:655106‑M2/21‑71 (MQ=255) cactattgctgggtaagatcAGTGATCCCGGGCCTCGCTGAAAAGTGGGAAGTCAGCGAAGACGGTAAAAc > 1:1125482‑M2/21‑71 (MQ=255) cactattgctgggtaagatcAGTGATCCCGGGCCTCGCTGAAAAGTGGGAAGTCAGCGAAGACGGTAAAAc > 1:1385283‑M2/21‑71 (MQ=255) tAAAATCGGCACCACCGAAGTGtgatcctacccacgtaatatggacacaggcctaagcgaggttcttgtt > 1:1802877‑M2/1‑22 (MQ=255) tAAAATCGGCACCACCGAAGTGtgatcctacccacgtaatatggacacaggcctaagcgaggttcttgtt > 1:986368‑M2/1‑22 (MQ=255) tAAAATCGGCACCACCGAAGTGtgatcctacccacgtaatatggacacaggcctaagcgaggttcttgtt > 1:1397148‑M2/1‑22 (MQ=255) aaaTCGGCACCACCGAAGTGtgatcctacccacgtaatatggacacaggcctaagcgaggttcttgtt > 1:1323802‑M2/1‑20 (MQ=255) ggCACCACCGAAGTGtgatcctacccacgtaatatggacacaggcctaagcgaggttcttgttttcaaat < 1:1734857‑M2/70‑56 (MQ=255) accGAAGTGtgatcctacccacgtaatatggacacaggcctaagcgaggttcttgttttcaaattgttccg < 1:1403087‑M2/71‑63 (MQ=255) accGAAGTGtgatcctacccacgtaatatggacacaggcctaagcgaggttcttgttttcaaattgttccg < 1:1444116‑M2/71‑63 (MQ=255) accGAAGTGtgatcctacccacgtaatatggacacaggcctaagcgaggttcttgttttcaaattgttccg < 1:1516312‑M2/71‑63 (MQ=255) accGAAGTGtgatcctacccacgtaatatggacacaggcctaagcgaggttcttgttttcaaattgttccg < 1:493891‑M2/71‑63 (MQ=255) accGAAGTGtgatcctacccacgtaatatggacacaggcctaagcgaggttcttgttttcaaattgttccg < 1:1128036‑M2/71‑63 (MQ=255) | ACCTATGACGCCTCTTCCGTCCCGCTTTATAACCGTCTGGTTGAATTTAAAATCGGCACCACCGAAGTGATCCCGGGCCTCGCTGAAAAGTGGGAAGTCAGCGAAGACGGTAAAACCTATACCTTCCATCT > W3110S.gb/3932865‑3932995 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |