Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	freq	annotation	gene	description
RA	W3110S.gb	264,394	T→C	44.4%	N13D (AAC→GAC)	yafX ←	hypothetical protein

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	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	W3110S.gb	264,394	0	T	C	44.4%	10.2 / 59.1	45	N13D (AAC→GAC)	yafX	hypothetical protein
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base T (7/18);  new base C (7/13);  total (14/31)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.49e-01
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.80e-01

GTGGCCAGAAATCGATACGCTGTTCATCGGGGACCGGCGTGACGGTCAGTTCAAATTCGGGTTGGTTAGCGGGTGCGAGGTCGTGCTGCGTCTGTGTTGTCATGGGTATGTCTCCGTCAATAAA  >  W3110S.gb/264328‑264451                                                                   |                                                          gtgGCCAGAAATCGATACGCTGTTCATCGGGGACCGGCGTGACGGTCAGTTCAAATTCGGGTTGGTTAGCg                                                       >  1:356975/1‑71 (MQ=255) gtgGCCAGAAATCGATACGCTGTTCATCGGGGACCGGCGTGACGGTCAGTTCAAATTCGGGTTGGTTAGCg                                                       >  1:1556995/1‑71 (MQ=255) gtgGCCAGAAATCGATACGCTGTTCATCGGGGACCGGCGTGACGGTCAGTTCAAATTCGGGTTGGTTAGCg                                                       >  1:1404039/1‑71 (MQ=255) gtgGCCAGAAATCGATACGCTGTTCATCGGGGACCGGCGTGACGGTCAGTTCAAATTCGGGTTGGTTAGCg                                                       >  1:467794/1‑71 (MQ=255)              gATACGCTGTTCATCGGGGACCGGCGTGACGGTCAGTTCAAATTCGGGTTGGTTAGCGGGTGCGAGGTCGt                                          <  1:1226127/71‑1 (MQ=255)              gATACGCTGTTCATCGGGGACCGGCGTGACGGTCAGTTCAAATTCGGGTTGGTTAGCGGGTGCGAGGTCGt                                          <  1:1786285/71‑1 (MQ=255)              gATACGCTGTTCATCGGGGACCGGCGTGACGGTCAGTTCAAATTCGGGTTGGTTAGCGGGTGCGAGGTCGt                                          <  1:306571/71‑1 (MQ=255)              gATACGCTGTTCATCGGGGACCGGCGTGACGGTCAGTTCAAATTCGGGTTGGTTAGCGGGTGCGAGGTCGt                                          <  1:1139675/71‑1 (MQ=255)              gATACGCTGTTCATCGGGGACCGGCGTGACGGTCAGTTCAAATTCGGGTTGGTTAGCGGGTGCGAGGTCGt                                          <  1:1429129/71‑1 (MQ=255)              gATACGCTGTTCATCGGGGACCGGCGTGACGGTCAGTTCAAATTCGGGTTGGTTAGCGGGTGCGAGGTCGt                                          <  1:1468483/71‑1 (MQ=255)              gATACGCTGTTCATCGGGGACCGGCGTGACGGTCAGTTCAAATTCGGGTTGGTTAGCGGGTGCGAGGTCGt                                          <  1:17214/71‑1 (MQ=255)                       ttCATCGGGGACCGGCGTGACGGTCAGTTCAAATTCGGGTTGGTTAGCGGGTGCGAGGTCGTGCTGCGTc                                  <  1:1959896/70‑1 (MQ=255)                       ttCATCGGGGACCGGCGTGACGGTCAGTTCAAATTCGGGTTGGTCAGCGGGTGCGAGGTCGTGCTGCGTc                                  <  1:1203033/70‑1 (MQ=255)                       ttCATCGGGGACCGGCGTGACGGTCAGTTCAAATTCGGGTTGGTCAGCGGGTGCGAGGTCGTGCTGCGTc                                  <  1:1354590/70‑1 (MQ=255)                       ttCATCGGGGACCGGCGTGACGGTCAGTTCAAATTCGGGTTGGTCAGCGGGTGCGAGGTCGTGCTGCGTc                                  <  1:1438610/70‑1 (MQ=255)                       ttCATCGGGGACCGGCGTGACGGTCAGTTCAAATTCGGGTTGGTCAGCGGGTGCGAGGTCGTGCTGCGTc                                  <  1:1507710/70‑1 (MQ=255)                          aTCGGGGACCGGCGTGACGGTCAGTTCAAATTCGGGTTGGTTAGCGGGTGCGAGGTCGTGCTGCGTCtgt                               <  1:1873942/70‑1 (MQ=255)                          aTCGGGGACCGGCGTGACGGTCAGTTCAAATTCGGGTTGGTTAGCGGGTGCGAGGTCGTGCTGCGTCtgt                               <  1:1676174/70‑1 (MQ=255)                          aTCGGGGACCGGCGTGACGGTCAGTTCAAATTCGGGTTGGTTAGCGGGTGCGAGGTCGTGCTGCGTCtgt                               <  1:1917380/70‑1 (MQ=255)                          aTCGGGGACCGGCGTGACGGTCAGTTCAAATTCGGGTTGGTTAGCGGGTGCGAGGTCGTGCTGCGTCtgt                               <  1:56708/70‑1 (MQ=255)                               ggACCGGCGTGACGGTCAGTTCAAATTCGGGTTGGTCAGCGGGTGCGAGGTCGTGCTGCGTc                                  <  1:880613/62‑1 (MQ=255)                                        tGACGGTCAGTTCAAATTCGGGTTGGTCAGCGGGTGCGAGGTCGTGCTGCGTCTGtgttgt                          <  1:387539/61‑1 (MQ=255)                                        tGACGGTCAGTTCAAATTCGGGTTGGTCAGCGGGTGCGAGGTCGTGCTGCGTCTGtgttgt                          <  1:1649028/61‑1 (MQ=255)                                        tGACGGTCAGTTCAAATTCGGGTTGGTCAGCGGGTGCGAGGTCGTGCTGCGTCTGtgttgt                          <  1:1617114/61‑1 (MQ=255)                                        tGACGGTCAGTTCAAATTCGGGTTGGTCAGCGGGTGCGAGGTCGTGCTGCGTCTGtgttgt                          <  1:1596433/61‑1 (MQ=255)                                        tGACGGTCAGTTCAAATTCGGGTTGGTCAGCGGGTGCGAGGTCGTGCTGCGTCTGtgttgt                          <  1:1245253/61‑1 (MQ=255)                                        tGACGGTCAGTTCAAATTCGGGTTGGTCAGCGGGTGCGAGGTCGTGCTGCGTCTGtgttgt                          <  1:1393261/61‑1 (MQ=255)                                        tGACGGTCAGTTCAAATTCGGGTTGGTCAGCGGGTGCGAGGTCGGGCTGCGTCTGtgttgt                          <  1:1833229/61‑1 (MQ=37)                                          aCGGTCAGTTCAAATTCGGGTTGGTCAGCTGGTGCGAGGTCGTGCTGCGTCTGTGTTGTCa                        >  1:1541876/1‑61 (MQ=255)                                          aCGGTCAGTTCAAATTCGGGTTGGTCAGCGGGTGCGAGGTCGTGCTGCGTCTGTGTTGTCa                        >  1:1606049/1‑61 (MQ=255)                                          aCGGTCAGTTCAAATTCGGGTTGGTCAGCGGGTGCGAGGTCGTGCTGCGTCTGTGTTGTCa                        >  1:1934048/1‑61 (MQ=255)                                          aCGGTCAGTTCAAATTCGGGTTGGTCAGCGGGTGCGAGGTCGTGCTGCGTCTGTGTTGTCa                        >  1:1389694/1‑61 (MQ=255)                                           cGGTCAGTTCAAATTCGGGTTGGTCAGCGGGTGCGAGGTCGTGCTGCGTCTGTGTTGTCATGGGTATGtc              <  1:1749914/70‑1 (MQ=255)                                                   tCAAATTCGGGTTGGTTAGCGGGTGCGAGGTCGTGCTGCGTCTGTGTTGTCATGGGTa                  >  1:1001972/1‑58 (MQ=255)                                                   tCAAATTCGGGTTGGTTAGCGGGTGCGAGGTCGTGCTGCGTCTGTGTTGTCATGGGTa                  >  1:126942/1‑58 (MQ=255)                                                   tCAAATTCGGGTTGGTTAGCGGGTGCCAGGTCGTGCTGCGTCTGTGTTGTCAAGGGTa                  >  1:1789787/1‑58 (MQ=21)                                                   tCAAATTCGGGTTGGTCAGCGGGTGCGAGGTCGTGCTGCGTCTGTGTTGTCATGGGTATGTCTCCGTCaa      >  1:106645/1‑70 (MQ=255)                                                   tCAAATTCGGGTTGGTCAGCGGGTGCGAGGTCGTGCTGCGTCTGTGTTGTCATGGGTATGTCTCCGTCaa      >  1:845019/1‑70 (MQ=255)                                                   tCAAATTCGGGTTGGTCAGCGGGTGCGAGGTCGTGCTGCGTCTGTGTTGTCATGGGTATGTCTCCGTCaa      >  1:451539/1‑70 (MQ=255)                                                      aaTTCGGGTTGGTTAGCGGGTGCGAGGTCGTGCTGCGTCTGTGTTGTCATGGGTATGTCTCCGTCAATaaa  <  1:1374942/71‑1 (MQ=255)                                                      aaTTCGGGTTGGTTAGCGGGTGCGAGGTCGTGCTGCGTCTGTGTTGTCATGGGTATGTCTCCGTCAATaaa  <  1:556035/71‑1 (MQ=255)                                                      aaTTCGGGTTGGTTAGCGGGTGCGAGGTCGTGCTGCGTCTGTGTTGTCATGGGTATGTCTCCGTCAATaaa  <  1:199928/71‑1 (MQ=255)                                                      aaTTCGGGTTGGTTAGCGGGTGCGAGGTCGTGCTGCGTCTGTGTTGTCATGGGTATGTCTCCGTCAATaaa  <  1:1808580/71‑1 (MQ=255)                                                       aTTCGGGTTGGTTAGCGGGTGCGAGGTCGTGCTGCGTCTGTGTTGTCATGGGTATGTCTCCGTCAATaaa  <  1:291246/70‑1 (MQ=255)                                                       aTTCGGGTTGGTTAGCGGGTGCGAGGTCGTGCTGCGTCTGTGTTGTCATGGGTATGTCTCCGTCAATaaa  <  1:1428173/70‑1 (MQ=255)                                                                   |                                                          GTGGCCAGAAATCGATACGCTGTTCATCGGGGACCGGCGTGACGGTCAGTTCAAATTCGGGTTGGTTAGCGGGTGCGAGGTCGTGCTGCGTCTGTGTTGTCATGGGTATGTCTCCGTCAATAAA  >  W3110S.gb/264328‑264451

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑