| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | W3110S.gb | 3,918,430 | G→A | 33.3% | L264L (CTG→TTG) | insK ← | IS150 conserved protein InsB |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 3,918,430 | 0 | G | A | 33.3% | 103.4 / 74.9 | 81 | L264L (CTG→TTG) | insK | IS150 conserved protein InsB |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (35/19); new base A (18/9); total (53/28) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GACAGTTAAACACGAGGCATATAGGTCTGATTCCGATATTCAATTGGAGTCAGACCTTTTAATTTCAGGCTAATTCTTCTGCTGTTGTAGTATTCAATATATTCCGTAACAGCATCCTTCAGTTCGCT > W3110S.gb/3918363‑3918490 | gACAGTTAAACACGAGGCATATAGGTCTGATTCCGATATTCAATTGGAGTCAGACCTTTTAATTTCAAGCt < 1:1446304/71‑1 (MQ=255)gACAGTTAAACACGAGGCATATAGGTCTGATTCCGATATTCAATTGGAGTCAGACCTTTTAATTTCAAGCt < 1:1284954/71‑1 (MQ=255)gACAGTTAAACACGAGGCATATAGGTCTGATTCCGATATTCAATTGGAGTCAGACCTTTTAATTTCAAGCt < 1:64983/71‑1 (MQ=255)gACAGTTAAACACGAGGCATATAGGTCTGATTCCGATATTCAATTGGAGGCAGACCTTTTAATTTCAAGCt < 1:1875408/71‑1 (MQ=255) aCAGTTAAACACGAGGCATATAGGTCTGATTCCGATATTCAATTGGAGTCAGACCTTTTAATTTCAAGCt < 1:1227774/70‑1 (MQ=255) tAAACACGAGGCATATAGGTCTGATTCCGATATTCAATTGGAGTCAGACCTTTTAATTTCAGGCTAAttct > 1:326330/1‑71 (MQ=255) tAAACACGAGGCATATAGGTCTGATTCCGATATTCAATTGGAGTCAGACCTTTTAATTTCAGGCTAAttct > 1:237715/1‑71 (MQ=255) tAAACACGAGGCATATAGGTCTGATTCCGATATTCAATTGGAGTCAGACCTTTTAATTTCAGGCTAAttct > 1:219181/1‑71 (MQ=255) tAAACACGAGGCATATAGGTCTGATTCCGATATTCAATTGGAGTCAGACCTTTTAATTTCAGGCTAAttct > 1:1956523/1‑71 (MQ=255) tAAACACGAGGCATATAGGTCTGATTCCGATATTCAATTGGAGTCAGACCTTTTAATTTCAGGCTAAttct > 1:1759816/1‑71 (MQ=255) tAAACACGAGGCATATAGGTCTGATTCCGATATTCAATTGGAGTCAGACCTTTTAATTTCAGGCTAAttct > 1:330344/1‑71 (MQ=255) tAAACACGAGGCATATAGGTCTGATTCCGATATTCAATTGGAGTCAGACCTTTTAATTTCAGGCTAAttct > 1:1591715/1‑71 (MQ=255) tAAACACGAGGCATATAGGTCTGATTCCGATATTCAATTGGAGTCAGACCTTTTAATTTCAGGCTAAttct > 1:416041/1‑71 (MQ=255) tAAACACGAGGCATATAGGTCTGATTCCGATATTCAATTGGAGTCAGACCTTTTAATTTCAGGCTAAttct > 1:1516923/1‑71 (MQ=255) tAAACACGAGGCATATAGGTCTGATTCCGATATTCAATTGGAGTCAGACCTTTTAATTTCAGGCTAAttct > 1:1457798/1‑71 (MQ=255) tAAACACGAGGCATATAGGTCTGATTCCGATATTCAATTGGAGTCAGACCTTTTAATTTCAGGCTAAttct > 1:289767/1‑71 (MQ=255) tAAACACGAGGCATATAGGTCTGATTCCGATATTCAATTGGAGTCAGACCTTTTAATTTCAGGCTAAttct > 1:309182/1‑71 (MQ=255) tAAACACGAGGCATATAGGTCTGATTCCGATATTCAATTGGAGTCAGACCTTTTAATTTCAGGCTAAttct > 1:1279092/1‑71 (MQ=255) tAAACACGAGGCATATAGGTCTGATTCCGATATTCAATTGGAGTCAGACCTTTTAATTTCAGGCTAAttct > 1:1191442/1‑71 (MQ=255) tAAACACGAGGCATATAGGTCTGATTCCGATATTCAATTGGAGTCAGACCTTTTAATTTCAGGCTAAttct > 1:860767/1‑71 (MQ=255) aaaCACGAGGCATATAGGTCTGATTCCGATATTCAATTGGAGTCAGACCTTTTAATTTCAGGCTAAttct > 1:1904827/1‑70 (MQ=255) aaaCACGAGGCATATAGGTCTGATTCCGATATTCAATTGGAGTCAGACCTTTTAATTTCAAGCTAAttctt > 1:1661430/1‑71 (MQ=255) aaaCACGAGGCATATAGGTCTGATTCCGATATTCAATTGGAGTCAGACCTTTTAATTTCAAGCTAAttctt > 1:1186979/1‑71 (MQ=255) ggCATATAGGTCTGATTCCGATATTCAATTGGAGTCAGACCTTTTAATTTCAAGCTAATTCTTCTGCtgtt < 1:1551958/71‑1 (MQ=255) gCATATAGGTCTGATTCCGATATTCAATTGGAGTCAGACCTTTTAATTTCAAGCTAATTCTTCTGCtgtt < 1:1582120/70‑1 (MQ=255) gCATATAGGTCTGATTCCGATATTCAATTGGAGTCAGACCTTTTAATTTCAAGCTAATTCTTCTGCtgtt < 1:267107/70‑1 (MQ=255) taGGTCTGATTCCGATATTCAATTGGAGTCAGACCTTTTAATTTCAGGCTAATTCTTctgctg > 1:1070770/1‑63 (MQ=255) taGGTCTGATTCCGATATTCAATTGGAGTCAGACCTTTTAATTTCAGGCTAATTCTTCTGCTGTTgtagta > 1:1470982/1‑71 (MQ=255) taGGTCTGATTCCGATATTCAATTGGAGTCAGACCTTTTAATTTCAGGCTAATTCTTCTGCTGTTgtagta > 1:217305/1‑71 (MQ=255) taGGTCTGATTCCGATATTCAATTGGAGTCAGACCTTTTAATTTCAGGCTAATTCTTCTGCTGTTgtagta > 1:889502/1‑71 (MQ=255) taGGTCTGATTCCGATATTCAATTGGAGTCAGACCTTTTAATTTCAGGCTAATTCTTCTGCTGTTgtagta > 1:1823480/1‑71 (MQ=255) taGGTCTGATTCCGATATTCAATTGGAGTCAGACCTTTTAATTTCAGGCTAATTCTTCTGCTGTTgtagta > 1:527672/1‑71 (MQ=255) taGGTCTGATTCCGATATTCAATTGGAGTCAGACCTTTTAATTTCAGGCTAATTCTTCTGCTGTTgtagta > 1:1586700/1‑71 (MQ=255) taGGTCTGATTCCGATATTCAATTGGAGTCAGACCTTTTAATTTCAGGCTAATTCTTCTGCTGTTgtagta > 1:1376484/1‑71 (MQ=255) taGGTCTGATTCCGATATTCAATTGGAGTCAGACCTTTTAATTTCAGGCTAATTCTTCTGCTGTTgtagca > 1:41491/1‑69 (MQ=255) taGGTCTGATTCCGATATTCAATTGGAGTCAGACCTTTTAATTTCAAGCTAAtt > 1:589707/1‑54 (MQ=255) taGGTCTGATTCCGATATTCAATTGGAGTCAGACCTTTTAATTTCAAGCTAATTCTTCTGCTGTTgtagta > 1:494530/1‑71 (MQ=255) taGGTCTGATTCCGATATTCAATTGGAGTCAGACCTTTTAATTTCAAGCTAATTCTTCTGCTGTTgtagta > 1:1658222/1‑71 (MQ=255) taGGTCTGATTCCGATATTCAATTGGAGTCAGACCTTTTAATTTCAAGCTAATTCTTCTGCTGTTgtagta > 1:1173263/1‑71 (MQ=255) taGGTCTGATTCCGATATTCAATTGGAGTCAGACCTTTTAATTTCAAGCTAATTCTTCTGCTGTTgtagta > 1:116676/1‑71 (MQ=255) taGGTCTGATTCCGATATTCAATTGGAGTCAGACCTTTTAATTTCAAGCTAATTCTTCTGCTGTTgtagta > 1:301201/1‑71 (MQ=255) taGGTCTGATTCCGATATTCAATTGGAGTCAGACCTTTTAATTTCAAGCTAATTCTTCTGCTGTTgtagta > 1:597517/1‑71 (MQ=255) taGGTCTGATTCCGATATTCAATTGGAGTCAGACCTTTTAATTTCAAGCTAATTCTTCTGCTGTTgtagta > 1:201158/1‑71 (MQ=255) taGGTCTGATTCCGATATTCAATTGGAGTCAGACCTTTTAATTTCAAGCTAATTCTTCTGCTGTTgtagta > 1:444818/1‑71 (MQ=255) taGGTCTGATTCCGATATTCAATTGGAGTCAGACCTTTTAATTTCAACCTAATTCTTCTGCTGTTgtagta > 1:464874/1‑71 (MQ=255) tGATTCCGATATTCAATTGGAGTCAGACCTTTTAATTTCAGGCTAATTCTTCTGCTGTTGTAGTATTc < 1:450687/68‑1 (MQ=255) tGATTCCGATATTCAATTGGAGTCAGACCTTTTAATTTCAGGCTAATTCTTCTGCTGTTGTAGTATTc < 1:99519/68‑1 (MQ=255) tGATTCCGATATTCAATTGGAGTCAGACCTTTTAATTTCAGGCTAATTCTTCTGCTGTTGTAGTATTc < 1:672530/68‑1 (MQ=255) tGATTCCGATATTCAATTGGAGTCAGACCTTTTAATTTCAGGCTAATTCTTCTGCTGTTGTAGTATTc < 1:736439/68‑1 (MQ=255) tGATTCCGATATTCAATTGGAGTCAGACCTTTTAATTTCAGGCTAATTCTTCTGCTGTTGTAGTATTc < 1:976701/68‑1 (MQ=255) tGATTCCGATATTCAATTGGAGTCAGACCTTTTAATTTCAGGCTAATTCTTCTGCTGTTGTAGTATTc < 1:990819/68‑1 (MQ=255) tGATTCCGATATTCAATTGGAGTCAGACCTTTTAATTTCAGGCTAATTCTTCTGCTGTTGTAGTATTc < 1:1196979/68‑1 (MQ=255) aTTCCGATATTCAATTGGAGTCAGACCTTTTAATTTCAGGCTAATTCTTCTGCTGTTGTAGTATTCAata < 1:1422917/70‑1 (MQ=255) aTTCCGATATTCAATTGGAGTCAGACCTTTTAATTTCAGGCTAATTCTTCTGCTGTTGTAGTATTCAata < 1:1014993/70‑1 (MQ=255) aTTCCGATATTCAATTGGAGTCAGACCTTTTAATTTCAGGCTAATTCTTCTGCTGTTGTAGTATTCAata < 1:1129965/70‑1 (MQ=255) aTTCCGATATTCAATTGGAGTCAGACCTTTTAATTTCAGGCTAATTCTTCTGCTGTTGTAGTATTCAata > 1:94864/1‑70 (MQ=255) aTTCCGATATTCAATTGGAGTCAGACCTTTTAATTTCAGGCTAATTCTTCTGCTGTTGTAGTATTCAata < 1:1263974/70‑1 (MQ=255) aTTCCGATATTCAATTGGAGTCAGACCTTTTAATTTCAGGCTAATTCTTCTGCTGTTGTAGTATTCAata > 1:1703362/1‑70 (MQ=255) aTTCCGATATTCAATTGGAGTCAGACCTTTTAATTTCAGGCTAATTCTTCTGCTGTTGTAGTATTCAata > 1:1424629/1‑70 (MQ=255) aTTCCGATATTCAATTGGAGTCAGACCTTTTAATTTCAGGCTAATTCTTCTGCTGTTGTAGTATTCAata > 1:1456185/1‑70 (MQ=255) aTTCCGATATTCAATTGGAGTCAGACCTTTTAATTTCAGGCTAATTCTTCTGCTGTTGTAGTATTCAata < 1:480264/70‑1 (MQ=255) aTTCCGATATTCAATTGGAGTCAGACCTTTTAATTTCAGGCTAATTCTTCTGCTGTTGTAGTATTCAata > 1:402494/1‑70 (MQ=255) aTTCCGATATTCAATTGGAGTCAGACCTTTTAATTTCAGGCTAATTCTTCTGCTGTTGTAGTATTCAata < 1:1626874/70‑1 (MQ=255) aTTCCGATATTCAATTGGAGTCAGACCTTTTAATTTCAGGCTAATTCTTCTGCTGTTGTAGTATTCAata < 1:1564499/70‑1 (MQ=255) tCCGATATTCAATTGGAGTCAGACCTTTTAATTTCAAGCTAATTCTTCTGCTGTTGTAGTATTCAatatat > 1:1143855/1‑71 (MQ=255) tCCGATATTCAATTGGAGTCAGACCTTTTAATTTCAAGCTAATTCTTCTGCTGTTGTAGTATTCAatatat > 1:1555788/1‑71 (MQ=255) aaTTGGAGTCAGACCTTTTAATTTCAAGCTAATTCTTCTGCTGTTGTAGTATTCAATATATTCCGTAACAg < 1:1460376/71‑1 (MQ=255) ttGGAGTCAGACCTTTTAATTTCAGGCTAATTCTTCTGCTGTTGTAGTATTCAATATATTCCGTAACAGCa > 1:520305/1‑71 (MQ=255) ttGGAGTCAGACCTTTTAATTTCAGGCTAATTCTTCTGCTGTTGTAGTATTCAATATATTCCGTAACAGCa > 1:1303462/1‑71 (MQ=255) ttGGAGTCAGACCTTTTAATTTCAGGCTAATTCTTCTGCTGTTGTAGTATTCAATATATTCCGTAACAGCa > 1:550055/1‑71 (MQ=255) ttGGAGTCAGACCTTTTAATTTCAGGCTAATTCTTCTGCTGTTGTAGTATTCAATATATTCCGTAACAGCa > 1:1435868/1‑71 (MQ=255) aGACCTTTTAATTTCAGGCTAATTCTTCTGCTGTTGTAGTATTCAATATATTCCGTAACAGCATCCTTCAg > 1:1413987/1‑71 (MQ=255) aGACCTTTTAATTTCAAGCTAATTCTTCTGCTGTTGTAGTATTCAATATATTCCGTAACAGCATCCTTCAg > 1:42004/1‑71 (MQ=255) aGACCTTTTAATTTCAAGCTAATTCTTCTGCTGTTGTAGTATTCAATATATTCCGTAACAGCATCCTTCAg > 1:1494792/1‑71 (MQ=255) aGACCTTTTAATTTCAAGCTAATTCTTCTGCTGTTGTAGTATTCAATATATTCCGTAACAGCATCCTTCAg > 1:964162/1‑71 (MQ=255) aGACCTTTTAATTTCAAGCTAATTCTTCTGCTGTTGTAGTATTCAATATATTCCGTAACAGCATCCTTCAg > 1:1027748/1‑71 (MQ=255) gACCTTTTAATTTCAGGCTAATTCTTCTGCTGTTGTAGTATTCAATATATTCCGt < 1:943412/55‑1 (MQ=255) gACCTTTTAATTTCAGGCTAATTCTTCTGCTGTTGTAGTATTCAATATATTCCGt < 1:944383/55‑1 (MQ=255) gACCTTTTAATTTCAGGCTAATTCTTCTGCTGTTGTAGTATTCAATATATTCAGt < 1:52144/55‑1 (MQ=255) ttAATTTCAGGCTAATTCTTCTGCTGTTGTAGTATTCAATATATTCCGTAACAGCATCCTTCAGTTCGCt < 1:858702/70‑1 (MQ=255) aTTTCAGGCTAATTCTTCTGCTGTTGTAGTATTCAATATATTCCGTAACAGCATCCTTCAGTTCGCt < 1:981366/67‑1 (MQ=255) | GACAGTTAAACACGAGGCATATAGGTCTGATTCCGATATTCAATTGGAGTCAGACCTTTTAATTTCAGGCTAATTCTTCTGCTGTTGTAGTATTCAATATATTCCGTAACAGCATCCTTCAGTTCGCT > W3110S.gb/3918363‑3918490 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |