| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | W3110S.gb | 4,025,948 | A→G | 40.0% | I268T (ATC→ACC) | nikA ← | nickel transporter subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 4,025,948 | 0 | A | G | 40.0% | 15.0 / 33.7 | 30 | I268T (ATC→ACC) | nikA | nickel transporter subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (13/5); new base G (2/10); total (15/15) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.78e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
AAGAGCTTCACGTACTGCCAGCTCGTTGGTGGGGGCTTTGGCGGTATTGAGCGCCAGCATCACGGTTTCGATCGGCTGTGACAGTTGGGTGTGGTAAGCCGGATTCTGGCTAAAGCGGGCGAAGGTATCGAGCGGT > W3110S.gb/4025878‑4026013 | aaGAGCTTCACGTACTGCCAGCTCGTTGGTGGGGGCTTTGGCGGTATTGAGCGCCAGCATCACGGTTTCGa > 1:1759165/1‑71 (MQ=255) cTGCCAGCTCGTTGGTGGGTGCTTTGGCGGTATTGAGCGCCAGCATCACGGTTTCGATCGGCTGTGACAg < 1:452706/70‑1 (MQ=255) cTGCCAGCTCGTTGGTGGGGGCTTTGGCGGTATTGAGCGCCAGCATCACGGTTTCGATCGGCTGTGACAg < 1:549762/70‑1 (MQ=255) cTGCCAGCTCGTTGGTGGGGGCTTTGGCGGTATTGAGCGCCAGCATCACGGTTTCGATCGGCTGTGACAg < 1:1339907/70‑1 (MQ=255) cTGCCAGCTCGTTGGTGGGGGCTTTGGCGGTATTGAGCGCCAGCATCACGGTTTCGATCGGCTGTGACAg < 1:1564925/70‑1 (MQ=255) tGCCAGCTCGTTGGTGGGGGCTTTGGCGGTATTGAGCGCCAGCATCACGGTTTCGATCGGCTGTGACAg < 1:1556517/69‑1 (MQ=255) ttGAGCGCCAGCATCACGGTTTCGGTCGGCTGTGACAGTTGGGTGTGGTAAGCCGGa < 1:320071/57‑1 (MQ=255) ttGAGCGCCAGCATCACGGTTTCGGTCGGCTGTGACAGTTGGGTGTGGTAAGCCGGa < 1:883482/57‑1 (MQ=255) ttGAGCGCCAGCATCACGGTTTCGGTCGGCTGTGACAGTTGGGTGTGGTAAGCCGGa < 1:411967/57‑1 (MQ=255) ttGAGCGCCAGCATCACGGTTTCGGTCGGCTGTGACAGTTGGGTGTGGTAAGCCGGa < 1:1392824/57‑1 (MQ=255) ttGAGCGCCAGCATCACGGTTTCGGTCGGCTGTGACAGTTGGGTGTGGTAAGCCGGa < 1:1361888/57‑1 (MQ=255) ttGAGCGCCAGCATCACGGTTTCGGTCGGCTGTGACAGTTGGGTGTGGTAAGCCGGa < 1:1359553/57‑1 (MQ=255) ttGAGCGCCAGCATCACGGTTTCGGTCGGCTGTGACAGTTGGGTGTGGTAAGCCGGa < 1:479995/57‑1 (MQ=255) ttGAGCGCCAGCATCACGGTTTCGGTCGGATGTGACAGTTGGGTGTGGTAAGCCGGa < 1:918200/57‑1 (MQ=255) gAGCGCCTGCATCACGGTTTCGATCGGCTGTGACAGTTGGGTGTGGTAAGCCGGATTCTGGCTAAAGCggg > 1:355724/1‑71 (MQ=255) gAGCGCCAGCATCACGGTTTCGATCGGCTGTGACAGTTGGGTGTGGTAAGCCGGATTCTGGCTAAAGCggg > 1:349733/1‑71 (MQ=255) gAGCGCCAGCATCACGGTTTCGATCGGCTGTGACAGTTGGGTGTGGTAAGCCGGATTCTGGCTAAAGCggg > 1:1718124/1‑71 (MQ=255) gAGCGCCAGCATCACGGTTTCGATCGGCTGTGACAGTTGGGTGTGGTAAGCCGGATTCTGGCTAAAGCggg > 1:322566/1‑71 (MQ=255) gAGCGCCAGCATCACGGTTTCGATCGGCTGTGACAGTTGGGTGTGGTAAGCCGGATTCTGGCTAAAGCggg > 1:591225/1‑71 (MQ=255) gAGCGCCAGCATCACGGTTTCGATCGGCTGTGACAGTTGGGTGTGGTAAGCCGGATTCTGGCTAAAGCggg > 1:1702211/1‑71 (MQ=255) gAGCGCCAGCATCACGGTTTCGATCGGCTGTGACAGTTGGGTGTGGTAAGCCGGATTCTGGCTAAAGCggg > 1:1222249/1‑71 (MQ=255) aTCACGGTTTCGATCGGCTGTGACAGTTGGGTGTGGTAATCCGGATTCTGGCTAAAGCGGGCGAAGGTATc > 1:923572/1‑71 (MQ=255) aTCACGGTTTCGATCGGCTGTGACAGTTGGGTGTGGTAAGCCGGATTCTGGCTAAAGCGGGCGAAGGTAt > 1:1772584/1‑70 (MQ=255) aTCACGGTTTCGATCGGCTGTGACAGTTGGGTGTGGTAAGCCGGATTCTGGCTAAAGCGGGCGAAGGTATc > 1:1916527/1‑71 (MQ=255) aTCACGGTTTCGATCGGCTGTGACAGTTGGGTGTGGTAAGCCGGATTCTGGCTAAAGCGGGCGAAGGTATc > 1:581988/1‑71 (MQ=255) aCGGTTTCGGTCGGCTGTGACAGTTGGGTGTGGTAAGCCGGATTCTGGCTAAAGCGGGCGAAGGTATCGAg > 1:1187672/1‑71 (MQ=255) aCGGTTTCGGTCGGCTGTGACAGTTGGGTGTGGTAAGCCGGATTCTGGCTAAAGCGGGCGAAGGTATCGAg > 1:1100950/1‑71 (MQ=255) aCGGTTTCGATCGGCTGTGACAGTTGGGTGTGGTAAGCCGGATTCTGGCTAAAGCGGGCGAAGGTATCGAg > 1:540629/1‑71 (MQ=255) aCGGTTTCGATCGGCTGTGACAGTTGGGTGTGGTAAGCCGGATTCTGGCTAAAGCGGGCGAAGGTATCGAg > 1:1332082/1‑71 (MQ=255) tttCGGTCGGCTGTGACAGTTGGGTGTGGTAAGCCGGATTCTGGCTAAAGCGGGCGAAGGTATCGAGCGGt < 1:72390/71‑1 (MQ=255) tttCGGTCGGCTGTGACAGTTGGGTGTGGTAAGCCGGATTCTGGCTAAAGCGGGCGAAGGTATCGAGCGGt < 1:316255/71‑1 (MQ=255) | AAGAGCTTCACGTACTGCCAGCTCGTTGGTGGGGGCTTTGGCGGTATTGAGCGCCAGCATCACGGTTTCGATCGGCTGTGACAGTTGGGTGTGGTAAGCCGGATTCTGGCTAAAGCGGGCGAAGGTATCGAGCGGT > W3110S.gb/4025878‑4026013 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |