| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | W3110S.gb | 4,031,980 | T→C | 52.6% | N663D (AAC→GAC) | zntA ← | zinc, cobalt and lead efflux system |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 4,031,980 | 0 | T | C | 52.6% | ‑1.2 / 23.1 | 19 | N663D (AAC→GAC) | zntA | zinc, cobalt and lead efflux system |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (5/4); new base C (6/4); total (11/8) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TGGCGCGTGCCAGTTCAATCATTTGCACCAGGCCGCGCAGGTGGTTATGGGTTAATGCTGCGTCGGCGGTTTCCAGCGCCACGTCTGTGCCGCTACCCATTGCAATCCCGATGGCG > W3110S.gb/4031935‑4032050 | tGGCGCGTGCCAGTTCAATCATTTGCACCAGGCCGCGCAGGTGGTCATGGGTTAATGCTGCGTCGGCGGtt < 1:1006729/71‑1 (MQ=255)tGGCGCGTGCCAGTTCAATCATTTGCACCAGGCCGCGCAGGTGGTCATGGGTTAATGCTGCGTCGGCGGtt < 1:44311/71‑1 (MQ=255)tGGCGCGTGCCAGTTCAATCATTTGCACCAGGCCGCGCAGGTGGTCATGGGTTAATGCTGCGTCGGCGGtt < 1:149466/71‑1 (MQ=255)tGGCGCGTGCCAGTTCAATCATTTGCACCAGGCCGCGCAGGTGGTCATGGGTTAATGCTGCGTCGGCGGtt < 1:1578912/71‑1 (MQ=255) gcgcGTGCCAGTTCAATCATTTGCACCAGGCCGCGCAGGTGGTCATGGGTTAATGCTGCGTCGGCGGttt > 1:548371/1‑70 (MQ=255) gcgcGTGCCAGTTCAATCATTTGCACCAGGCCGCGCAGGTGGTCATGGGTTAATGCTGCGTCGGCGGttt > 1:1527251/1‑70 (MQ=255) gcgcGTGCCAGTTCAATCATTTGCACCAGGCCGCGCAGGTGGTCATGGGTTAATGCTGCGTCGGCGGTTTc > 1:254336/1‑71 (MQ=255) gcgcGTGCCAGTTCAATCATTTGCACCAGGCCGCGCAGGTGGTCATGGGTTAATGCTGCGTCGGCGGTTTc > 1:1750355/1‑71 (MQ=255) gcgcGTGCCAGTTCAATCATTTGCACCAGGCCGCGCAGGTGGTCATGGGTTAATGCTGCGTCGGCGGTTTc > 1:1945483/1‑71 (MQ=255) ccAGTTCAATCATTTGCACCAGGCCGCGCAGGTGGTTATGGGTTAATGCTGCGTCGGCGGTTTCCAgcgc > 1:750584/1‑70 (MQ=255) ccAGTTCAATCATTTGCACCAGGCCGCGCAGGTGGTTATGGGTTAATGCTGCGTCGGCGGTTTCCAgcgc > 1:274554/1‑70 (MQ=255) ccAGTTCAATCATTTGCACCAGGCCGCGCAGGTGGTTATGGGTTAATGCTGCGTCGGCGGTTTCCAgcgc > 1:1394237/1‑70 (MQ=255) ccAGTTCAATCATTTGCACCAGGCCGCGCAGGTGGTTATGGGTTAATGCTGCGTCGGCGGTTTCCAgcg > 1:1440535/1‑69 (MQ=255) ttCAATCATTTGCACCAGGCCGCGCAGGTGGTTATGGGtt < 1:1656453/40‑1 (MQ=255) ttCAATCATTTGCACCAGGCCGCGCAGGTGGTTATGGGtt < 1:397306/40‑1 (MQ=255) ttCAATCATTTGCACCAGGCCGCGCAGGTGGTTATGGGtt < 1:49879/40‑1 (MQ=255) ttCAATCATTTGCACCAGGCCGCGCAGGTGGTTATGGGtt < 1:652180/40‑1 (MQ=255) tCAATCATTTGCACCAGGCCGCGCAGGTGGTCATGGGTTAATGCTGCGTCGGCGGTTTCCAGCGCCACGTc > 1:1283848/1‑71 (MQ=255) cAATCATTTGCACCAGGCCGCGCAGGTGGTTATGGGTTAATGCTGCGTCGGCGGTTTCCAGCGCCACGTCt > 1:1471209/1‑71 (MQ=255) tATGGGTTAATGCTGCGTCGGCGGTTTCCAGCGCCACGTCTGTGCCGCTACCCATTGCAATCCCGATggcg > 1:317844/1‑71 (MQ=255) tATGGGTTAATGCTGCGTCGGCGGTTTCCAGCGCCACGTCTGTGCCGCTACCCATTGCAATCCCGATggcg > 1:749686/1‑71 (MQ=255) | TGGCGCGTGCCAGTTCAATCATTTGCACCAGGCCGCGCAGGTGGTTATGGGTTAATGCTGCGTCGGCGGTTTCCAGCGCCACGTCTGTGCCGCTACCCATTGCAATCCCGATGGCG > W3110S.gb/4031935‑4032050 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |