| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | W3110S.gb | 4,271,811 | A→G | 69.0% | Y369C (TAT→TGT) | tyrB → | tyrosine aminotransferase, tyrosine‑repressible, PLP‑dependent |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 4,271,811 | 0 | A | G | 69.0% | 38.5 / 20.8 | 29 | Y369C (TAT→TGT) | tyrB | tyrosine aminotransferase, tyrosine‑repressible, PLP‑dependent |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (3/6); new base G (3/17); total (6/23) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.39e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TGTTCAGTTATACCGGTTTAAGTGCCGCTCAGGTTGACCGACTACGTGAAGAATTTGGTGTCTATCTCATCGCCAGCGGTCGCATGTGTGTCGCCGGGTTA > W3110S.gb/4271748‑4271848 | tGTTCAGTTATACCGGTTTAAGTGCCGCTCAGGTTGACCGACTACGTGAAGAATTTGGTGTCTGTTTCATc < 1:1755398/71‑1 (MQ=255)tGTTCAGTTATACCGGTTTAAGTGCCGCTCAGGTTGACCGACTACGTGAAGAATTTGGTGTCTGTCTCATc < 1:8624/71‑1 (MQ=255)tGTTCAGTTATACCGGTTTAAGTGCCGCTCAGGTTGACCGACTACGTGAAGAATTTGGTGTCTGTCTCATc < 1:650551/71‑1 (MQ=255)tGTTCAGTTATACCGGTTTAAGTGCCGCTCAGGTTGACCGACTACGTGAAGAATTTGGTGTCTGTCTCATc < 1:1573020/71‑1 (MQ=255)tGTTCAGTTATACCGGTTTAAGTGCCGCTCAGGTTGACCGACTACGTGAAGAATTTGGTGTCTGTCTCATc < 1:1300739/71‑1 (MQ=255) ttCAGTTATACCGGTTTAAGTGCCGCTCAGGTTGACCGACTACGTGAAGAATTTGGTGTCTGTCTCATCGc > 1:1194375/1‑71 (MQ=255) ttCAGTTATACCGGTTTAAGTGCCGCTCAGGTTGACCGACTACGTGAAGAATTTGGTGTCTATCTCATCGc > 1:863382/1‑71 (MQ=255) ttCAGTTATACCGGTTTAAGTGCCGCTCAGGTTGACCGACTACGTGAAGAATTTGGTGTCTATCTCATCGc > 1:1704397/1‑71 (MQ=255) ttCAGTTATACCGGTTTAAGTGCCGCTCAGGTTGACCGACTACGTGAAGAATTTGGTGTCTATCTCATCGc > 1:1297406/1‑71 (MQ=255) ataCCGGTTTAAGTGCCGCTCAGGTTGACCGACTACGTGAAGAATTTGGTGTCTGTCTCATCGCCAGCGGt > 1:100167/1‑71 (MQ=255) ataCCGGTTTAAGTGCCGCTCAGGTTGACCGACTACGTGAAGAATTTGGTGTCTGTCTCATCGCCAGCGGt > 1:1772132/1‑71 (MQ=255) taCCGGTTTAAGTGCCGCTCAGGTT‑ACCGACTACGTGAAGAATTTGGTGTCTGTCTCATCGCCAGCGGTCg < 1:1954260/71‑1 (MQ=255) ccGGTTTAAGTGCCTCTCAGGTTGACCGACTACGTGAAGAATTTGGTGTCTGTCTCATCGCCAGCGGTCg < 1:1159793/70‑1 (MQ=255) ccGGTTTAAGTGCCGCTCAGGTTGACCGACTACGTTAAGAATTTGGTGTCTGTCTCATCGCCAGCGGTCg < 1:1512310/70‑1 (MQ=255) ccGGTTTAAGTGCCGCTCAGGTTGACCGACTACGTGAAGAATTTGGTGTCTGTCTCATCGCCAGCGGTCg < 1:287721/70‑1 (MQ=255) ccGGTTTAAGTGCCGCTCAGGTTGACCGACTACGTGAAGAATTTGGTGTCTGTCTCATCGCCAGCGGTCg < 1:1066821/70‑1 (MQ=255) ccGGTTTAAGTGCCGCTCAGGTTGACCGACTACGTGAAGAATTTGGTGTCTGTCTCATCGCCAGCGGTCg < 1:554733/70‑1 (MQ=255) ccGGTTTAAGTGCCGCTCAGGTTGACCGACTACGTGAAGAATTTGGTGTCTGTCTCATCGCCAGCGGTCg < 1:518184/70‑1 (MQ=255) ccGGTTTAAGTGCCGCTCAGGTTGACCGACTACGTGAAGAATTTGGTGTCTGTCTCATCGCCAGCGGTCg < 1:305414/70‑1 (MQ=255) ccGGTTTAAGTGCCGCTCAGGTTGACCGACTACGTGAAGAATTTGGTGTCTGTCTCATCGCCAGCGGTCg < 1:1294581/70‑1 (MQ=255) ccGGTTTAAGTGCCGCTCAGGTTGACCGACTACGTGAAGAATTTGGTGTCTGTCTCATCGCCAGCGGTCg < 1:1960862/70‑1 (MQ=255) ccGGTTTAAGTGCCGCTCAGGTTGACCGACTACGTGAAGAATTTGGTGTCTGTCTCATCGCCAGCGGTCg < 1:1713575/70‑1 (MQ=255) ccGGTTTAAGTGCCGCTCAGGTTGACCCACTACGTGAAGAATTTGGTGTCTGTCTCATCGCCAGCGGTCg < 1:1786654/70‑1 (MQ=255) aGGTTGACCGACTACGTGAAGAATTTGGTGTCTATCTCATCGCCAGCGGTCGCATGTGTGTCGCCGGGTTa < 1:1404841/71‑1 (MQ=255) aGGTTGACCGACTACGTGAAGAATTTGGTGTCTATCTCATCGCCAGCGGTCGCATGTGTGTCGCCGGGTTa < 1:1569981/71‑1 (MQ=255) aGGTTGACCGACTACGTGAAGAATTTGGTGTCTATCTCATCGCCAGCGGTCGCATGTGTGTCGCCGGGTTa < 1:759465/71‑1 (MQ=255) aGGTTGACCGACTACGTGAAGAATTTGGTGTCTATCTCATCGCCAGCGGTCGCATGTGTGTCGCCGGGTTa < 1:1035577/71‑1 (MQ=255) ggTTGACCGACTACGTGAAGAATTTGGTGTCTATCTCATCGCCAGCGGTCGCATGTGTGTCGCCGGGTTa < 1:797753/70‑1 (MQ=255) ggTTGACCGACTACGTGAAGAATTTGGTGTCTATCTCATCGCCAGAGGTCGCATGTGTGTCGCCGGGTTa < 1:178742/70‑1 (MQ=255) | TGTTCAGTTATACCGGTTTAAGTGCCGCTCAGGTTGACCGACTACGTGAAGAATTTGGTGTCTATCTCATCGCCAGCGGTCGCATGTGTGTCGCCGGGTTA > W3110S.gb/4271748‑4271848 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |