| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | W3110S.gb | 4,295,565 | T→C | 41.8% | F154F (TTT→TTC) | nrfE → | heme lyase (NrfEFG) for insertion of heme into c552, subunit NrfE |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 4,295,565 | 0 | T | C | 41.8% | 23.2 / 68.7 | 55 | F154F (TTT→TTC) | nrfE | heme lyase (NrfEFG) for insertion of heme into c552, subunit NrfE |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (21/11); new base C (13/10); total (34/21) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.78e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.37e-01 | |||||||||||
TTTCCACCAGCAATCGAAGGCCGCGATCTCAATCCGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTTCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCGGTTTGATGGTAGCGGCGAG > W3110S.gb/4295503‑4295615 | tttCCACCAGCAATCGAAGGCCGCGATCTCAATCCGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTTCATCCAcc > 1:907100/1‑71 (MQ=255)tttCCACCAGCAATCGAAGGCCGCGATCTCAATCCGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTTCATCCAcc > 1:1736128/1‑71 (MQ=255) tCCACCAGCAATCGAAGGCCGCGATCTCAATCCGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTTCATCCACCgc > 1:1542143/1‑71 (MQ=255) tCCACCAGCAATCGAAGGCCGCGATCTCAATCCGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTTCATCCACCgc > 1:1161366/1‑71 (MQ=255) tCCACCAGCAATCGAAGGCCGCGATCTCAATCCGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTTCATCCACCgc > 1:237165/1‑71 (MQ=255) tCCACCAGCAATCGAAGGCCGCGATCTCAATCCGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTTCATCCACCg > 1:1557187/1‑70 (MQ=255) tCCACCAGCAATCGAAGGCCGCGATCTCAATCCGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTTCATCCACCg > 1:1444656/1‑70 (MQ=255) caGCAATCGAAGGCCGCGATCTCAATCCGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTCCATCCACCGCTGCtt < 1:506264/71‑1 (MQ=255) caGCAATCGAAGGCCGCGATCTCAATCCGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTCCATCCACCGCTGCtt < 1:140558/71‑1 (MQ=255) caGCAATCGAAGGCCGCGATCTCAATCCGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTCCATCCACCGCTGCtt < 1:647661/71‑1 (MQ=255) aTCGAAGGCCGCGATCTCAATCCGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTCCTTCCACCGCTGCTTTACCt > 1:1547983/1‑71 (MQ=255) aTCGAAGGCCGCGATCTCAATCCGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTCCATCCACCGCTGCTTTACCt > 1:1699532/1‑71 (MQ=255) aTCGAAGGCCGCGATCTCAATCCGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTCCATCCACCGCTGCTTTACCt > 1:1443266/1‑71 (MQ=255) gAAGGCCGCGATCTCAATCCGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTTCATCCACCGCTGCTTTACCTTgg > 1:1431671/1‑71 (MQ=255) cgcgATCTCAATCCGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTCCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATgg > 1:41141/1‑71 (MQ=255) aTCTCAATCCGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTTCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCgg < 1:772477/70‑1 (MQ=255) aTCTCAATCCGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTTCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCgg < 1:8433/70‑1 (MQ=255) aTCTCAATCCGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTTCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCgg < 1:1570094/70‑1 (MQ=255) aTCTCAATCCGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTTCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCgg < 1:36759/70‑1 (MQ=255) aTCTCAATCCGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTTCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCgg < 1:1001987/70‑1 (MQ=255) aTCTCAATCCGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTTCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCgg < 1:1489367/70‑1 (MQ=255) aTCTCAATCCGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTTCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCgg < 1:86205/70‑1 (MQ=255) aTCTCAATCCGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTTCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCgg < 1:1402365/70‑1 (MQ=255) aTCTCAATCCGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTTCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCgg < 1:1304375/70‑1 (MQ=255) ctcAATCCGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTTCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCGGtt > 1:1472458/1‑70 (MQ=255) ctcAATCCGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTTCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCGGtt > 1:111520/1‑70 (MQ=255) ctcAATCCGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTTCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCGGtt > 1:1128128/1‑70 (MQ=255) ctcAATCCGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTTCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCGGtt > 1:1967828/1‑70 (MQ=255) ctcAATCCGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTTCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCGGtt > 1:1965104/1‑70 (MQ=255) ctcAATCCGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTTCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCGGtt > 1:1368404/1‑70 (MQ=255) cGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTTCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCGGTTTGATgg > 1:1730690/1‑69 (MQ=255) cGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTTCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCGGTTTGATgg > 1:1345132/1‑69 (MQ=255) cGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTTCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCGGTTTGATgg > 1:66709/1‑69 (MQ=255) cGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTTCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCGGTTTGATgg > 1:1113064/1‑69 (MQ=255) cGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTTCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCGGTTTGATgg > 1:586265/1‑69 (MQ=255) cGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTTCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCGGTTTGATgg > 1:579896/1‑69 (MQ=255) cGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTTCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGATATGGCGGTTTGATgg > 1:1202581/1‑69 (MQ=255) cGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTCCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCt > 1:714809/1‑54 (MQ=255) cGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTCCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCGGTTTGATgg > 1:887308/1‑69 (MQ=255) cGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTCCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCGGTTTGATgg > 1:797921/1‑69 (MQ=255) cGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTCCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCGGTTTGATgg > 1:1052380/1‑69 (MQ=255) cGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTCCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCGGTTTGATgg > 1:393853/1‑69 (MQ=255) cGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTCCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCGGTTTGATgg > 1:387652/1‑69 (MQ=255) cGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTCCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCGGTTTGATgg > 1:1625118/1‑69 (MQ=255) cGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTCCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCGGTTTGATgg > 1:131487/1‑69 (MQ=255) gctgcAACATCCCGGTCTTATCTTTCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTTTGGCgg < 1:1054414/57‑1 (MQ=255) cAACATCCCGGTCTTATCTTCCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCGGTTTGATGGTAGCGGCGAg < 1:529174/71‑1 (MQ=255) cAACATCCCGGTCTTATCTTCCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCGGTTTGATGGTAGCGGCGAg < 1:1629712/71‑1 (MQ=255) cAACATCCCGGTCTTATCTTCCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCGGTTTGATGGTAGCGGCGAg < 1:1627529/71‑1 (MQ=255) cAACATCCCGGTCTTATCTTCCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCGGTTTGATGGTAGCGGCGAg < 1:808974/71‑1 (MQ=255) cAACATCCCGGTCTTATCTTCCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCGGTTTGATGGTAGCGGCGAg < 1:1457567/71‑1 (MQ=255) cAACATCCCGGTCTTATCTTCCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCGGTTTGATGGTAGCGGCGAg < 1:868787/71‑1 (MQ=255) cAACATCCCGGTCTTATCTTCCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCGGTTTGATGGTAGCGGCGAg < 1:941421/71‑1 (MQ=255) ccGGTCTTATCTTTCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCgg < 1:1974822/46‑1 (MQ=255) aTCTTCCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGc > 1:964587/1‑36 (MQ=255) | TTTCCACCAGCAATCGAAGGCCGCGATCTCAATCCGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTTCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCGGTTTGATGGTAGCGGCGAG > W3110S.gb/4295503‑4295615 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |