| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | W3110S.gb | 579,794 | A→G | 44.7% | intergenic (+485/‑263) | ybcW → / → nohB | hypothetical protein/DNA packaging protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 579,794 | 0 | A | G | 44.7% | 6.6 / 50.9 | 38 | intergenic (+485/‑263) | ybcW/nohB | hypothetical protein/DNA packaging protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (4/17); new base G (4/13); total (8/30) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.76e-01 | |||||||||||
TTAAGTTGATGCAGATCAATTAATACGATACCTGCGTCATAATTGATTATTTGACGTGGTTTGATGGCGTAGATGCACGTTGTGACATGTAGATGATAATTATTATCATTTTGTGGGTCCTTTCCGGCGATCCGACAGGT > W3110S.gb/579724‑579863 | ttAAGTTGATGCAGATCAATTAATACGATACCTGCGTCATAATTGATTATTTGACGTGGTTTGATGGCGTa < 1:1737935/71‑1 (MQ=34)ttAAGTTGATGCAGATCAATTAATACGATACCTGCGTCATAATTGATTATTTGACGTGGTTTGATGGCGTa < 1:1270707/71‑1 (MQ=34)ttAAGTTGATGCAGATCAATTAATACGATACCTGCGTCATAATTGATTATTTGACGTGGTTTGATGGCGTa < 1:429269/71‑1 (MQ=34)ttAAGTTGATGCAGATCAATTAATACGATACCTGCGTCATAATTGATTATTTGACGTGGTTTGATGGCGTa < 1:559406/71‑1 (MQ=34)ttAAGTTGATGCAGATCAATTAATACGATACCTGCGTCATAATTGATTATTTGACGTGGTTTGATGGCGTa < 1:637612/71‑1 (MQ=34) gATGCAGATCAATTAATACGATACCTGCGTCATAATTGATTATTTGACGTGGTTTGATGGCGTGGATGCa < 1:243350/70‑1 (MQ=255) gATGCAGATCAATTAATACGATACCTGCGTCATAATTGATTATTTGACGTGGTTTGATGGCGTGGATGCa < 1:1804666/70‑1 (MQ=255) gATGCAGATCAATTAATACGATACCTGCGTCATAATTGATTATTTGACGTGGTTTGATGGCGTGGATGCa < 1:1723139/70‑1 (MQ=255) gATGCAGATCAATTAATACGATACCTGCGTCATAATTGATTATTTGACGTGGTTTGATGGCGTGGATGCa < 1:1700450/70‑1 (MQ=255) gATGCAGATCAATTAATACGATACCTGCGTCATAATTGATTATTTGACGTGGTTTGATGGCGTGGATGCa < 1:543743/70‑1 (MQ=255) gATGCAGATCAATTAATACGATACCTGCGTCATAATTGATTATTTGACGTGGTTTGATGGCGTGGATGCa < 1:606539/70‑1 (MQ=255) gATGCAGATCAATTAATACGATACCTGCGTCATAATTGATTATTTGACGTGGTTTGATGGCGTGGATGCa < 1:1329133/70‑1 (MQ=255) gATGCAGATCAATTAATACGATACCTGCGTCATAATTGATTATTTGACGTGGTTTGATGGCGTGGATGCa < 1:1273931/70‑1 (MQ=255) gATGCAGATCAATTAATACGATACCTGCGTCATAATTGATTATTTGACGTGGTTTGATGGCGTGGATGCa < 1:113809/70‑1 (MQ=255) aaTACGATACCTGCGTCATAATTGATTATTTGACGTGGTTTGATGGCGTAGATGCACGTTGTGACATGTa < 1:823327/70‑1 (MQ=255) aaTACGATACCTGCGTCATAATTGATTATTTGACGTGGTTTGATGGCGTAGATGCACGTTGTGACATGTa < 1:861024/70‑1 (MQ=255) aaTACGATACCTGCGTCATAATTGATTATTTGACGTGGTTTGATGGCGTAGATGCACGTTGTGACATGTa < 1:1839687/70‑1 (MQ=255) aaTACGATACCTGCGTCATAATTGATTATTTGACGTGGTTTGATGGCGTAGATGCACGTTGTGACATGTa < 1:29852/70‑1 (MQ=255) aTACGATACCTGCGTCATAATTGATTATTTGACGTGGTTTGATGGCGTa < 1:705177/49‑1 (MQ=38) aTACGATACCTGCGTCATAATTGATTATTTGACGTGGTTTGATGGCGTAGATGCACGTTGTGACATGTa < 1:425383/69‑1 (MQ=255) aTACGATACCTGCGTCATAATTGATTATTTGACGTGGTTTGATGGCGTAGATGCACGTTGTGACATGTa < 1:9328/69‑1 (MQ=255) aTACGATACCTGCGTCATAATTGATTATTTGACGTGGTTTGATGGCGTAGATGCACGTTGTGACATGTa < 1:1922667/69‑1 (MQ=255) tACGATACCTGCGTCATAATTGATTATTTGACGTGGTTTGATGGCGTAGATGCACGTTGTGACATGTa < 1:205965/68‑1 (MQ=255) aTACCTGCGTCATAATTGATTATTTGACGTGGTTTGATGGCGTGGATGCACGTTGTGACATGTAGATGATa < 1:237618/71‑1 (MQ=255) aTTGATTATTTGACGTGGTTTGATGGCGTAGATGCACg > 1:378845/1‑38 (MQ=255) aTTGATTATTTGACGTGGTTTGATGGCGTAGATGCACGTTGTGACATGTAGATGATAATTATTATCa > 1:1679640/1‑67 (MQ=255) aTTGATTATTTGACGTGGTTTGATGGCGTAGATGCACGTTGTGACATGTAGATGATAATTATTATCAtttt > 1:913005/1‑71 (MQ=255) aTTGATTATTTGACGTGGTTTGATGGCGTAGATGCACGTTGTGACATGTAGATGATAATTATTATCAtttt > 1:671823/1‑71 (MQ=255) tttGACGTGGTTTGATGGCGTGGATGCACGTTGTGACATGTAGATGATAat < 1:1190443/51‑1 (MQ=255) tttGACGTGGTTTGATGGCGTGGATGCACGTTGTGACATGTAGATGATAat < 1:639977/51‑1 (MQ=255) tttGACGTGGTTTGATGGCGTGGATGCACGTTGTGACATGTAGATGATAat < 1:1388460/51‑1 (MQ=255) tGACGTGGTTTGATGGCGTGGATGCACGTTGTGACATGTAGATGATAatta > 1:156762/1‑51 (MQ=255) tGACGTGGTTTGATGGCGTGGATGCACGTTGTGACATGTAGATGATAatta > 1:154453/1‑51 (MQ=255) tGACGTGGTTTGATGGCGTGGATGCACGTTGTGACATGTAGATGATAatta > 1:1302346/1‑51 (MQ=255) tGACGTGGTTTGATGGCGTGGATGCACGTTGTGACATGTAGATGATAatta > 1:1343314/1‑51 (MQ=255) aTGGCGTAGATGCACGTTGTGACATGTAGATGATAATTATTATCATTTTGTGGGTCCTTTCCGGCTATcc < 1:1660678/70‑1 (MQ=255) aTGGCGTAGATGCACGTTGTGACATGTAGATGATAATTATTATCATTTTGTGGGTCCTTTCCGGCGATcc < 1:148977/70‑1 (MQ=255) aTGGCGTAGATGCACGTTGTGACATGTAGATGATAATTATTATCATTTTGTGGGTCCTTTCCGGCGATcc < 1:969578/70‑1 (MQ=255) aTGGCGTAGATGCACGTTGTGACATGTAGATGATAATTATTATCATTTTGTGGGTCCTTTCCGGCGATcc < 1:932012/70‑1 (MQ=255) aTGGCGTAGATGCACGTTGTGACATGTAGATGATAATTATTATCATTTTGTGGGTCCTTTCCGGCGATcc < 1:37950/70‑1 (MQ=255) aTGGCGTAGATGCACGTTGTGACATGTAGATGATAATTATTATCATTTTGTGGGTCCTTTCCGGCGATcc < 1:273959/70‑1 (MQ=255) aTGGCGTAGATGCACGTTGTGACATGTAGATGATAATTATTATCATTTTGTGGGTCCTTTCCGGCGATcc < 1:1131434/70‑1 (MQ=255) aTGGCGTAGATGCACGTTGTGACATGTAGATGATAATTATTATCATTTTGTGGGTCCTTTCAGGCGATcc < 1:1890728/70‑1 (MQ=255) tAGATGCACGTTGTGACATGTAGATGATAATTATTATCATTTTGTGGGTCCTTTCCGGCGATCCGACAGGt < 1:1460931/71‑1 (MQ=255) | TTAAGTTGATGCAGATCAATTAATACGATACCTGCGTCATAATTGATTATTTGACGTGGTTTGATGGCGTAGATGCACGTTGTGACATGTAGATGATAATTATTATCATTTTGTGGGTCCTTTCCGGCGATCCGACAGGT > W3110S.gb/579724‑579863 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |