Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	freq	annotation	gene	description
RA	W3110S.gb	848,718	A→G	47.4%	intergenic (‑292/+112)	glnH ← / ← dps	glutamine transporter subunit/Fe‑binding and storage protein

Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	W3110S.gb	848,718	0	A	G	47.4%	‑4.0 / 24.7	19	intergenic (‑292/+112)	glnH/dps	glutamine transporter subunit/Fe‑binding and storage protein
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base A (4/6);  new base G (2/7);  total (6/13)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.28e-01
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00

AAACAATCTTTATGTAACGATTGTGTGATGATGTGGATACAAAAAATTTACTTAATCAGCTGGAGATAGCAGATGGATGCACTAAATAAGTGCGTTGAGGT  >  W3110S.gb/848651‑848751                                                                    |                                  aaaCAATCTTTATGTAACGATTGTGTGATGATGTGGATACAAAAAATTTACTTAATCAGCTGGAGATGGCa                                <  1:1266014/71‑1 (MQ=255) aaaCAATCTTTATGTAACGATTGTGTGATGATGTGGATACAAAAAATTTACTTAATCAGCTGGAGATGGCa                                <  1:356119/71‑1 (MQ=255) aaaCAATCTTTATGTAACGATTGTGTGATGATGTGGATACAAAAAATTTACTTAATCAGCTGGAGATAGCa                                <  1:1020626/71‑1 (MQ=255) aaaCAATCTTTATGTAACGATTGTGTGATGATGTGGATACAAAAAATTTACTTAATCAGCTGGAGATAGCa                                <  1:1560731/71‑1 (MQ=255) aaaCAATCTTTATGTAACGATTGTGTGATGATGTGGATACAAAAAATTTACTTAATCAGCTGGAGATAGCa                                <  1:17341/71‑1 (MQ=255)     aaTCTTTATGTAACGATTGTGTGATGATGTGGATACAAAAAATTTACTTAATCAGCTGGAGATAGCAgatg                            <  1:855403/71‑1 (MQ=255)     aaTCTTTATGTAACGATTGTGTGATGATGTGGATACAAAAAATTTACTTAATCAGCTGGAGATAGCAgatg                            <  1:694436/71‑1 (MQ=255)     aaTCTTTATGTAACGATTGTGTGATGATGTGGATACAAAAAATTTACTTAATCAGCTGGAGATAGCAgatg                            <  1:194767/71‑1 (MQ=255)                    aTTGTGTGATGATGTGGATACAAAAAATTTACTTAATCAGCTGGAGATAGCAGATGGATGCACTAAATAAg             >  1:986316/1‑71 (MQ=255)                    aTTGTGTGATGATGTGGATACAAAAAATTTACTTAATCAGCTGGAGATAGCAGATGGATGCACTAAATAAg             >  1:867114/1‑71 (MQ=255)                    aTTGTGTGATGATGTGGATACAAAAAATTTACTTAATCAGCTGGAGATAGCAGATGGATGCACTAAATAAg             >  1:1394614/1‑71 (MQ=255)                    aTTGTGTGATGATGTGGATACAAAAAATTTACTTAATCAGCTGGAGATAGCAGATGGATGCACTAAATAAg             >  1:357825/1‑71 (MQ=255)                            atgatgTGGATACAAAAAATTTACTTAATCAGCTGGAGATGGCAGATGGATGCACTAAATAAGTGCGTTGa     <  1:1049425/71‑1 (MQ=255)                            atgatgTGGATACAAAAAATTTACTTAATCAGCTGGAGATGGCAGATGGATGCACTAAATAAGTGCGTTGa     <  1:534053/71‑1 (MQ=255)                            atgatgTGGATACAAAAAATTTACTTAATCAGCTGGAGATGGCAGATGGATGCACTAAATAAGTGCGTTGa     <  1:152904/71‑1 (MQ=255)                            atgatgTGGATACAAAAAATTTACTTAATCAGCTGGAGATGGCAGATGGATGCACTAAATAAGTGCGTTGa     <  1:1372549/71‑1 (MQ=255)                            atgatgTGGATACAAAAAATTTACTTAATCAGCTGGAGATGGCAGATGGATGCACTAAATAAGTGCGTTGa     <  1:1104790/71‑1 (MQ=255)                                        cAAAAAATTTACTTAATCAGCTGGAGATGGCAGATGGATGCACTAAATAAGTGCGTTGAgtt  >  1:1705682/1‑60 (MQ=255)                                        cAAAAAATTTACTTAATCAGCTGGAGATGGCAGATGGATGCACTAAATAAGTGCGTTGAGGt  >  1:1176495/1‑62 (MQ=255)                                                                    |                                  AAACAATCTTTATGTAACGATTGTGTGATGATGTGGATACAAAAAATTTACTTAATCAGCTGGAGATAGCAGATGGATGCACTAAATAAGTGCGTTGAGGT  >  W3110S.gb/848651‑848751

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑