| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | W3110S.gb | 47,828 | A→G | 62.2% | V20V (GTA→GTG) | kefC → | potassium:proton antiporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 47,828 | 0 | A | G | 62.2% | 64.9 / 80.2 | 74 | V20V (GTA→GTG) | kefC | potassium:proton antiporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (19/9); new base G (22/24); total (41/33) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.47e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.13e-01 | |||||||||||
GGCCCATCATGGATAGCCATACGCTGATTCAGGCGCTGATTTATCTCGGTTCGGCAGCGCTGATTGTACCCATTGCGGTACGTCTTGGTCTGGGATCGGTACTTGGCTACCTGATCGCCGGCTGCATTATTGGC > W3110S.gb/47761‑47894 | ggCCCATCATGGATAGCCATACGCTGATTCAGGCGCTGATTTATCTCGGTTCGGCAGCGCTGATTGTAccc < 1:389375/71‑1 (MQ=255) gCCCATCATGGATAGCCATACGCTGATTCAGGCGCTGATTTATCTCTGTTCGGCAGCGCTGATTGTAccc < 1:284889/70‑1 (MQ=255) tcatGGATAGCCATACGCTGATTCAGGCGCTGATTTATCTCGGTTCGGCAGCGCTGATTGTGCCCATTGc < 1:881147/70‑1 (MQ=255) tcatGGATAGCCATACGCTGATTCAGGCGCTGATTTATCTCGGTTCGGCAGCGCTGATTGTGCCCATTGc < 1:445733/70‑1 (MQ=255) tcatGGATAGCCATACGCTGATTCAGGCGCTGATTTATCTCGGTTCGGCAGCGCTGATTGTAcc < 1:210843/64‑1 (MQ=255) tcatGGATAGCCATACGCTGATTCAGGCGCTGATTTATCTCGGTTCGGCAGCGCTGATTGTAcc < 1:1473304/64‑1 (MQ=255) tcatGGATAGCCATACGCTGATTCAGGCGCTGATTTATCTCGGTTCGGCAGCGCTGATTGTAcc < 1:770076/64‑1 (MQ=255) tcatGGATAGCCATACGCTGATTCAGGCGCTGATTTATCTCGGTTCGGCAGCGCTGATTGTAcc < 1:801349/64‑1 (MQ=255) tcatGGATAGCCATACGCTGATTCAGGCGCTGATTTATCTCGGCTCGGCAGCGCTGATTGTGCCCATTGc < 1:1606857/70‑1 (MQ=255) tcatGGATAACCATACGCTGATTCAGGCGCTGATTTATCTCGGTTCGGCAGCGCTGATTGTGCCCATTGc < 1:1371725/70‑1 (MQ=255) atGGATAGCCATACGCTGATTCAGGCGCTGATTTATCTCGGTTCGGCAGCGCTGATTGTGCCCATTGCgg > 1:1029045/1‑70 (MQ=255) atGGATAGCCATACGCTGATTCAGGCGCTGATTTATCTCGGTTCGGCAGCGCTGATTGTGCCCATTGCgg > 1:718772/1‑70 (MQ=255) atGGATAGCCATACGCTGATTCAGGCGCTGATTTATCTCGGTTCGGCAGCGCTGATTGTGCCCATTGCgg > 1:1767860/1‑70 (MQ=255) atGGATAGCCATACGCTGATTCAGGCGCTGATTTATCTCGGTTCGGCAGCGCTGATTGTGCCCATTGCgg > 1:780362/1‑70 (MQ=255) atGGATAGCCATACGCTGATTCAGGCGCTGATTTATCTCGGTTCGGCAGCGCTGATTGTGCCCATTGCgg > 1:1823642/1‑70 (MQ=255) atGGATAGCCATACGCTGATTCAGGCGCTGATTTATCTCGGTTCGGCAGCGCTGATTGTGCCCATTGCgg > 1:1374834/1‑70 (MQ=255) atGGATAGCCATACGCTGATTCAGGCGCTGATTTATCTCGGTTCGGCAGCGCTGATTGTGCCCATTGCgg > 1:353113/1‑70 (MQ=255) atGGATAGCCATACGCTGATTCAGGCGCTGATTTATCTCGGTTCGGCAGCGCTGATTGTGCCCATTGCgg > 1:1955397/1‑70 (MQ=255) atGGATAGCCATACGCTGATTCAGGCGCTGATTTATCTCGGTTCGGCAGCGCTGATTGTACCCa > 1:352606/1‑64 (MQ=255) atGGATAGCCATACGCTGATTCAGGCGCTGATTTATCTCGGTTCGGCAGCGCTGATTGTACCCa > 1:1969028/1‑64 (MQ=255) atGGATAGCCATACGCTGATTCAGGCGCTGATTTATCTCGGTTCGGCAGCGCTGATTGTACCCa > 1:693652/1‑64 (MQ=255) atGGATAGCCATACGCTGATTCAGGCGCTGATTTATCTCGGTTCGGCAGCGCTGATTGTACCCa > 1:1715518/1‑64 (MQ=255) atGGATAGCCATACGCTGATTCAGGCGCTGATTTATCTCGGTTCGGCAGCGCTGATTGTACCCa > 1:16567/1‑64 (MQ=255) atGGATAGCCATACGCTGATTCAGGCGCTGATTTATCTCGGTTCGGCAGCGCTGATTGTACCCa > 1:1622516/1‑64 (MQ=255) atGGATAGCCATACGCTGATTCAGGCGCTGATTTATCTCGGTTCGGCAGCGCTGATTGTACCCa > 1:1649959/1‑64 (MQ=255) atGGATAGCCATACGCTGATTCAGGCGCTGATTTATCTCGGTTCGGCAGCGCTGATTGTACCCATTg > 1:1763332/1‑67 (MQ=255) atGGATAGCCATACGCTGATTCAGGCGCTGATTTATCTCGGTTCGGCAGCGCTGATTGTACCCATTGCgg > 1:311563/1‑70 (MQ=255) atGGATAGCCATACGCTGATTCAGGCGCTGATTTATCTCGGTTCGGCAGCGCTGATTGTACCCATTGCgg > 1:1859244/1‑70 (MQ=255) atGGATAGCCATACGCTGATTCAGGCGCTGAATTATCTCGGTTCGGCAGCGCTGATTGTGCCCAtt > 1:368281/1‑66 (MQ=255) atGGATAGCCATACGCTGATTCAGGCACTGATTTATCTCGGTTCGGCAGCGCTGATTGTGCCCATTGCgg > 1:28745/1‑70 (MQ=255) cGCTGATTCAGGCGCTGATTTATCTCGGTTCGGCAGCGCTGATTGTGCCCATTGCGGTACGTCTTGGTCTg > 1:46846/1‑71 (MQ=255) cGCTGATTCAGGCGCTGATTTATCTCGGTTCGGCAGCGCTGATTGTGCCCATTGCGGTACGTCTTGGTCTg > 1:172194/1‑71 (MQ=255) cGCTGATTCAGGCGCTGATTTATCTCGGTTCGGCAGCGCTGATTGTGCCCATTGCGGTACGTCTTGGTCTg > 1:815222/1‑71 (MQ=255) cGCTGATTCAGGCGCTGATTTATCTCGGTTCGGCAGCGCTGATTGTGCCCATTGCGGTACGTCTTGGTCTg > 1:1227060/1‑71 (MQ=255) cGCTGATTCAGGCGCTGATTTATCTCGGTTCGGCAGCGCTGATTGTACCCATTGCGGTACGTCTTGGTCt > 1:229785/1‑70 (MQ=255) cGCTGATTCAGGCGCTGATTTATCTCGGTTCGGCAGCGCTGATTGTACCCATTGCGGTACGTCTTGGTCTg > 1:1863587/1‑71 (MQ=255) cGCTGATTCAGGCGCTGATTTATCTCGGTTCGGCAGCGCTGATTGTACCCATTGCGGTACGTCTTGGTCTg > 1:1123859/1‑71 (MQ=255) cGCTGATTCAGGCGCTGATTTATCTCGGTTCGGCAGCGCTGATTGTACCCATTGCGGTACGTCTTGGTCTg > 1:874782/1‑71 (MQ=255) cGCTGATTCAGGCGCTGATTTATCTCGGTTCGGCAGCGCTGATTGTACCCATTGCGGTACGTCTTGGTCTg > 1:1210825/1‑71 (MQ=255) cGCTGATTCAGGCGCTGATTTATCTCGGTTCGGCAGCGCTGATTGTACCCATTGCGGTACGTCTTGGTCTg > 1:1385245/1‑71 (MQ=255) cGCTGATTCAGGCGCTGATTTATCTCGGTTCGGCAGCGCTGATTGTACCCATTGCGGTACGTCTTGGTCTg > 1:710882/1‑71 (MQ=255) cGCTGATTCAGGCGCTGATTTATATCGGTTCGGCAGCGCTGATTGTACCCATTGCgg > 1:971152/1‑57 (MQ=255) tCAGGCGCTGATTTATCTCGGTTCGGCAGCGCTGATTGTGCCCATTGCGGTACGTCTTGGTCTGGGATCgg > 1:1910479/1‑71 (MQ=255) tCAGGCGCTGATTTATCTCGGTTCGGCAGCGCTGATTGTGCCCATTGCGGTACGTCTTGGTCTGGGATCgg > 1:442858/1‑71 (MQ=255) tCAGGCGCTGATTTATCTCGGTTCGGCAGCGCTGATTGTGCCCATTGCGGTACGTCTTGGTCTGGGATCgg > 1:1783666/1‑71 (MQ=255) tCAGGCGCTGATTTATCTCGGTTCGGCAGCGCTGATTGTGCCCATTGCGGTACGTCTTGGTCTGGGATCgg > 1:1538419/1‑71 (MQ=255) tCAGGCGCTGATTTATCTCGGTTCGGCAGCGCTGATTGTGCCCATTGCGGTACGTCTTGGTCTGGGATCgg > 1:447644/1‑71 (MQ=255) cAGGCGCTGATTTATCTCGGTTCGGCAGCGCTGATTGTGCCCATTGc > 1:728797/1‑47 (MQ=255) cAGGCGCTGATTTATCTCGGTTCGGCAGCGCTGATTGTGCCCATTGCGGTACGTCTTGGTCTGGGATCgg > 1:1377412/1‑70 (MQ=255) cAGGCGCTGATTTATCTCGGTTCGGCAGCGCTGATTGTGCCCATTGCGGTACGTCTTGGTCTGGGATCgg > 1:1967877/1‑70 (MQ=255) tctcGGTTCGGCAGCGCTGATTGTGCCCATTGCGGTACGTCTTGGTCTGGGATCGGTACTTGGCTACCTg < 1:11023/70‑1 (MQ=255) tctcGGTTCGGCAGCGCTGATTGTGCCCATTGCGGTACGTCTTGGTCTGGGATCGGTACTTGGCTACCTg < 1:1888333/70‑1 (MQ=255) tctcGGTTCGGCAGCGCTGATTGTGCCCATTGCGGTACGTCTTGGTCTGGGATCGGTACTTGGCTACCTg < 1:1868595/70‑1 (MQ=255) tctcGGTTCGGCAGCGCTGATTGTGCCCATTGCGGTACGTCTTGGTCTGGGATCGGTACTTGGCTACCTg < 1:1206675/70‑1 (MQ=255) tctcGGTTCGGCAGCGCTGATTGTGCCCATTGCGGTACGTCTTGGTCTGGGATCGGTACTTGGCTACCTg < 1:1751354/70‑1 (MQ=255) tctcGGTTCGGCAGCGCTGATTGTGCCCATTGCGGTACGTCTTGGTCTGGGATCGGTACTTGGCTACCTg < 1:1390072/70‑1 (MQ=255) tctcGGTTCGGCAGCGCTGATTGTGCCCATTGCGGTACGTCTTGGTCTGGGATCGGTACTTGGCTACCTg < 1:1452258/70‑1 (MQ=255) cAGCGCTGATTGTGCCCATTGCGGTACGTCTTGGTCTGGGATCGGTACTTGGCTACCTGATCGCCGGCTGc < 1:1128985/71‑1 (MQ=255) aGCGATGATTGTGCCCATTGCGGTACGTCTTGGTCTGGGATCGGTACTTGGCTACCTg < 1:1210344/58‑1 (MQ=255) tcgcTGATTGTACCCATTGCGGTACGTCTTGGTCTGGGATCGGTACTTGGCTACCTGATCGCCGGCTGCat < 1:1707511/70‑1 (MQ=255) gcgcTGATTGTGCCCATTGCGGTACGTCTTGGTCTGGGATCGGTACTTGGCTACCTGATCGCCGGCTGCat < 1:1671277/71‑1 (MQ=255) gcgcTGATTGTGCCCATTGCGGTACGTCTTGGTCTGGGATCGGTACTTGGCTACCTGATCGCCGGCTGCat < 1:988352/71‑1 (MQ=255) gcgcTGATTGTGCCCATTGCGGTACGTCTTGGTCTGGGATCGGTACTTGGCTACCTGATCGCCGGCTGCat < 1:1437021/71‑1 (MQ=255) gcgcTGATTGTGCCCATTGCGGTACGTCTTGGTCTGGGATCGGTACTTGGCTACCTGATCGCCGGCTGCat < 1:1469053/71‑1 (MQ=255) gcgcTGATTGTGCCCATTGCGGTACGTCTTGGTCTGGGATCGGTACTTGGCTACCTGATCGCCGGCTGCat < 1:1559814/71‑1 (MQ=255) gcgcTGATTGTGCCCATTGCGGTACGTCTTGGTCTGGGATCGGTACTTGGCTACCTGATCGCCGGCTGCat < 1:264153/71‑1 (MQ=255) gcgcTGATTGTGCCCATTGCGGTACGTCTTGGTCTGGGATCGGTACTTGGCTACCTGATCGCCGGCTGCat < 1:1675323/71‑1 (MQ=255) gcgcTGATTGTGCCCATTGCGGTACGTCTTGGTCTGGGATCGGTACTTGGCTACCTGATCGCCGGCTGCat < 1:654473/71‑1 (MQ=255) gcgcTGATTGTGCCCATTGCGGTACGTCTTGGTCTGGGATCGGTACTTGGCTACCTGATCGCCGGCTGCat < 1:1717767/71‑1 (MQ=255) gcgcTGATTGTGCCCATTGCGGTACGTCTTGGTCTGGGATCGGTACTTGGCTACCTGATCGCCGGCTGCat < 1:1946069/71‑1 (MQ=255) gcgcTGATTGTACCCATTGCGGTACGTCTTGGTCTGGGATCGGTACTTGGCTACCTGATCGCCGGCTGCat < 1:1829143/71‑1 (MQ=255) gcgcTGATTGTACCCATTGCGGTACGTCTTGGTCTGGGATCGGTACTTGGCTACCTGATCGCCGGCTGCat < 1:1203604/71‑1 (MQ=255) cgcTGATTGTGCCCATTGCGGTACGTCTTGGTCTGGGATCGGTACTTGGCTACCTGATCGCCGGCTGCat < 1:90379/70‑1 (MQ=255) ttGTACCCATTGCGGTACGTCTTGGTCTGGGATCGGAACTTGGCTACCTGATCGCCGGCTGCATTATTGGc > 1:1924922/1‑71 (MQ=255) | GGCCCATCATGGATAGCCATACGCTGATTCAGGCGCTGATTTATCTCGGTTCGGCAGCGCTGATTGTACCCATTGCGGTACGTCTTGGTCTGGGATCGGTACTTGGCTACCTGATCGCCGGCTGCATTATTGGC > W3110S.gb/47761‑47894 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |