Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	annotation	gene	description
RA	W3110S.gb	2,866,850	+T	coding (560/1140 nt)	nlpD ←	predicted outer membrane lipoprotein

Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	W3110S.gb	2,866,848	1	.	T	100.0%	52.0 / NA	18	G188R (GGA→AGA)	nlpD	predicted outer membrane lipoprotein
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base . (0/0);  new base T (0/18);  total (0/18)

ACGCAACAGCAACGGTGGAATTTTGTGCAGGCTTGATCACAACTCC‑TTGCTCTGCTGCGTCGGCCTGGGTA  >  W3110S.gb/2866803‑2866873                                               |                          aCGCAACAGCAACGGTGGAATTTTGTGCAGGCTTGATCACAACTCCTTTGCTCTGCTGCGTCgg          <  1:2850591/64‑1 (MQ=255)        aGCAACGGTGGAATTTTGTGCAGGCTTGATCACAACTCCTTTGCTCTGCTGCGTCGGCCTGGGTa  <  1:2611599/65‑1 (MQ=255)        aGCAACGGTGGAATTTTGTGCAGGCTTGATCACAACTCCTTTGCTCTGCTGCGTCGGCCTGGGTa  <  1:701455/65‑1 (MQ=255)        aGCAACGGTGGAATTTTGTGCAGGCTTGATCACAACTCCTTTGCTCTGCTGCGTCGGCCTGGGTa  <  1:573649/65‑1 (MQ=255)        aGCAACGGTGGAATTTTGTGCAGGCTTGATCACAACTCCTTTGCTCTGCTGCGTCGGCCTGGGTa  <  1:333329/65‑1 (MQ=255)        aGCAACGGTGGAATTTTGTGCAGGCTTGATCACAACTCCTTTGCTCTGCTGCGTCGGCCTGGGTa  <  1:297910/65‑1 (MQ=255)        aGCAACGGTGGAATTTTGTGCAGGCTTGATCACAACTCCTTTGCTCTGCTGCGTCGGCCTGGGTa  <  1:2964880/65‑1 (MQ=255)        aGCAACGGTGGAATTTTGTGCAGGCTTGATCACAACTCCTTTGCTCTGCTGCGTCGGCCTGGGTa  <  1:2688336/65‑1 (MQ=255)        aGCAACGGTGGAATTTTGTGCAGGCTTGATCACAACTCCTTTGCTCTGCTGCGTCGGCCTGGGTa  <  1:1299532/65‑1 (MQ=255)        aGCAACGGTGGAATTTTGTGCAGGCTTGATCACAACTCCTTTGCTCTGCTGCGTCGGCCTGGGTa  <  1:2215021/65‑1 (MQ=255)        aGCAACGGTGGAATTTTGTGCAGGCTTGATCACAACTCCTTTGCTCTGCTGCGTCGGCCTGGGTa  <  1:2197348/65‑1 (MQ=255)        aGCAACGGTGGAATTTTGTGCAGGCTTGATCACAACTCCTTTGCTCTGCTGCGTCGGCCTGGGTa  <  1:2114928/65‑1 (MQ=255)        aGCAACGGTGGAATTTTGTGCAGGCTTGATCACAACTCCTTTGCTCTGCTGCGTCGGCCTGGGTa  <  1:1648430/65‑1 (MQ=255)        aGCAACGGTGGAATTTTGTGCAGGCTTGATCACAACTCCTTTGCTCTGCTGCGTCGGCCTGGGTa  <  1:1618958/65‑1 (MQ=255)        aGCAACGGTGGAATTTTGTGCAGGCTTGATCACAACTCCTTTGCTCTGCTGCGTCGGCCTGGGTa  <  1:1524861/65‑1 (MQ=255)        aGCAACGGTGGAATTTTGTGCAGGCTTGATCACAACTCCTTTGCTCTGCTGCGTCGGCCTGGGTa  <  1:1448196/65‑1 (MQ=255)        aGCAACGGTGGAATTTTGTGCAGGCTTGATCACAACTCCTTTGCTCTGCTGCGTCGGCCTGGGTa  <  1:1428964/65‑1 (MQ=255)                  gAATTTTGTGCAGGCTTGATCACAACTCCTTTGCTCTGCTGCGTCGGCCTGGGTa  <  1:2833221/55‑1 (MQ=255)                                               |                          ACGCAACAGCAACGGTGGAATTTTGTGCAGGCTTGATCACAACTCC‑TTGCTCTGCTGCGTCGGCCTGGGTA  >  W3110S.gb/2866803‑2866873

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑