| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | W3110S.gb | 3748799 = | 36 (0.910) | 43 (1.090) | 4/122 | 0.3 | 54.4% | coding (184/984 nt) | tnaB | tryptophan transporter of low affinity |
| ? | W3110S.gb | 4056222 = | NA (NA) | intergenic (‑564/+15) | yrhB/insB | hypothetical protein/IS1 transposase InsAB' | |||||
Only 100 of 161 total aligned reads displayed.
CCGATTAAATCTTTGGTGATGGTGTTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAGGATAAAGGCACCCC > W3110S.gb/3748738‑3748861 | ccGATTAAATCTTTGGTGATGGTGTTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCta > 1:2944575/1‑64 (MQ=255)ccGATTAAATCTTTGGTGATGGTGTTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCta > 1:640377/1‑64 (MQ=255)ccGATTAAATCTTTGGTGATGGTGTTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCta > 1:341494/1‑64 (MQ=255)ccGATTAAATCTTTGGTGATGGTGTTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCta > 1:1758671/1‑64 (MQ=255)ccGATTAAATCTTTGGTGATGGTGTTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCta > 1:1743826/1‑64 (MQ=255)ccGATTAAATCTTTGGTGATGGTGTTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCta > 1:2811062/1‑64 (MQ=255)ccGATTAAATCTTTGGTGATGGTGTTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCta > 1:843021/1‑64 (MQ=255)ccGATTAAATCTTTGGTGATGGTGTTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCta > 1:1428813/1‑64 (MQ=255)ccGATTAAATCTTTGGTGATGGTGTTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCt > 1:2957060/1‑63 (MQ=255)ccGATTAAATCTTTGGTGATGGTGTTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCt > 1:418833/1‑63 (MQ=255) ttAAATCTTTGGTGATGGTGTTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTaataac < 1:3103730/65‑1 (MQ=255) ttAAATCTTTGGTGATGGTGTTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTaataac < 1:516157/65‑1 (MQ=255) ttAAATCTTTGGTGATGGTGTTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTaataac < 1:534713/65‑1 (MQ=255) ttAAATCTTTGGTGATGGTGTTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTaataac < 1:2240238/65‑1 (MQ=255) ttAAATCTTTGGTGATGGTGTTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTaataac < 1:1610901/65‑1 (MQ=255) ttAAATCTTTGGTGATGGTGTTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTaataac < 1:1035707/65‑1 (MQ=255) ttAAATCTTTGGTGATGGTGTTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTaataac < 1:130472/65‑1 (MQ=255) ttAAATCTTTGGTGATGGTGTTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTaataac < 1:2931102/65‑1 (MQ=255) ttAAATCTTTGGTGATGGTGTTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTaataac < 1:1261379/65‑1 (MQ=255) aaaTCTTTGGTGATGGTGTTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTaataac < 1:2688624/63‑1 (MQ=255) aaTCTTTGGTGATGGTGTTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTaataac < 1:207887/62‑1 (MQ=255) attatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAAt > 1:1368686‑M1/45‑65 (MQ=255) attatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAAt > 1:1031206‑M1/45‑65 (MQ=255) attatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAAt > 1:827925‑M1/45‑65 (MQ=255) attatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAAt > 1:2217519‑M1/45‑65 (MQ=255) attatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAAt > 1:1797865‑M1/45‑65 (MQ=255) attatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAAt > 1:1237799‑M1/45‑65 (MQ=255) tgtTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaactt < 1:2764568‑M2/65‑18 (MQ=255) tgtTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaactt < 1:603150‑M2/65‑18 (MQ=255) tgtTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaactt < 1:1207243‑M2/65‑18 (MQ=255) 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gaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCa < 1:2049755‑M1/27‑1 (MQ=255) gaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCa < 1:1246735‑M1/27‑1 (MQ=255) gaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCa < 1:742096‑M1/27‑1 (MQ=255) gaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCa < 1:1937486‑M1/27‑1 (MQ=255) gaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCa < 1:1923819‑M1/27‑1 (MQ=255) gaacataaaacactatcaataagtaggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGc < 1:852107‑M1/26‑1 (MQ=255) aaaCTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTaataac < 1:1698248/42‑1 (MQ=255) ataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGaa > 1:2994675‑M1/34‑65 (MQ=255) ataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGaa > 1:2330036‑M1/34‑65 (MQ=255) cTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgattt > 1:1778771‑M2/1‑40 (MQ=255) cTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgattt > 1:669101‑M2/1‑40 (MQ=255) gCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgattttgt > 1:396474‑M2/1‑35 (MQ=255) gCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagt > 1:1156939‑M2/1‑35 (MQ=255) gCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagt > 1:2461454‑M2/1‑35 (MQ=255) gCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagt > 1:480972‑M2/1‑35 (MQ=255) gCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagt > 1:862837‑M2/1‑35 (MQ=255) gCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagt > 1:1987627‑M2/1‑35 (MQ=255) gCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagt > 1:706121‑M2/1‑35 (MQ=255) gCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagt > 1:3053661‑M2/1‑35 (MQ=255) gCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagt > 1:1289743‑M2/1‑35 (MQ=255) gCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagt > 1:1404503‑M2/1‑35 (MQ=255) gCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagt > 1:2837425‑M2/1‑35 (MQ=255) gCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagt > 1:2216243‑M2/1‑35 (MQ=255) ggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAGGATa > 1:405644‑M1/13‑65 (MQ=255) ggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAGGATa > 1:645104‑M1/13‑65 (MQ=255) gagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAGGATa > 1:625423‑M1/12‑64 (MQ=255) gagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAGGATa > 1:2102886‑M1/12‑64 (MQ=255) ttGCTTCTAATTACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtg > 1:3003907‑M2/1‑15 (MQ=255) ttGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtg > 1:970777‑M2/1‑15 (MQ=255) ttGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtg > 1:334180‑M2/1‑15 (MQ=255) ttGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtg > 1:2688774‑M2/1‑15 (MQ=255) 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ttCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctcc < 1:447553‑M2/65‑55 (MQ=255) ttCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctcc < 1:2286719‑M2/65‑55 (MQ=255) ttCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctcc < 1:39448‑M2/65‑55 (MQ=255) ttCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctcc < 1:2510771‑M2/65‑55 (MQ=255) ttCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctcc < 1:2670054‑M2/65‑55 (MQ=255) ttCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctcc < 1:3067657‑M2/65‑55 (MQ=255) ttCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctc < 1:1353070‑M2/64‑54 (MQ=255) ttCTAATAACAggtgatgctgacaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctcc < 1:2379987‑M2/65‑55 (MQ=255) ttCGAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctcc < 1:2088458‑M2/65‑55 (MQ=255) | CCGATTAAATCTTTGGTGATGGTGTTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAGGATAAAGGCACCCC > W3110S.gb/3748738‑3748861 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |