Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	W3110S.gb	1189060	1189063	4	21 [0]	[0] 8	ycfD	conserved hypothetical protein

ACTGGGATATAAACTCGCCAAACCATTGCTTAAAGTGTTCCGGCTGGTTGATCAATTCGAGCATC  >  W3110S.gb/1188995‑1189059                                                                 | accgggATATAAACTCGCCAAACCATTGCTTAAAGTGTTCCGGCTGGTTGATCAATTCGAGcatc  <  1:2107079/62‑1 (MQ=255) aCTGGGATATAAACTCGCCAAACCATTGCTTAAAGTGTTCCGGCTTGTTGATCAATTCGAGcatc  <  1:1006655/65‑1 (MQ=255) aCTGGGATATAAACTCGCCAAACCATTGCTTAAAGTGTTCCGGCTGGTTGATCAATTCGAGcatc  <  1:921986/65‑1 (MQ=255) aCTGGGATATAAACTCGCCAAACCATTGCTTAAAGTGTTCCGGCTGGTTGATCAATTCGAGcatc  <  1:3080670/65‑1 (MQ=255) aCTGGGATATAAACTCGCCAAACCATTGCTTAAAGTGTTCCGGCTGGTTGATCAATTCGAGcatc  <  1:3058143/65‑1 (MQ=255) aCTGGGATATAAACTCGCCAAACCATTGCTTAAAGTGTTCCGGCTGGTTGATCAATTCGAGcatc  <  1:2989375/65‑1 (MQ=255) aCTGGGATATAAACTCGCCAAACCATTGCTTAAAGTGTTCCGGCTGGTTGATCAATTCGAGcatc  <  1:2941193/65‑1 (MQ=255) aCTGGGATATAAACTCGCCAAACCATTGCTTAAAGTGTTCCGGCTGGTTGATCAATTCGAGcatc  <  1:2925758/65‑1 (MQ=255) aCTGGGATATAAACTCGCCAAACCATTGCTTAAAGTGTTCCGGCTGGTTGATCAATTCGAGcatc  <  1:2757489/65‑1 (MQ=255) aCTGGGATATAAACTCGCCAAACCATTGCTTAAAGTGTTCCGGCTGGTTGATCAATTCGAGcatc  <  1:2403043/65‑1 (MQ=255) aCTGGGATATAAACTCGCCAAACCATTGCTTAAAGTGTTCCGGCTGGTTGATCAATTCGAGcatc  <  1:2196268/65‑1 (MQ=255) aCTGGGATATAAACTCGCCAAACCATTGCTTAAAGTGTTCCGGCTGGTTGATCAATTCGAGcatc  <  1:2155322/65‑1 (MQ=255) aCTGGGATATAAACTCGCCAAACCATTGCTTAAAGTGTTCCGGCTGGTTGATCAATTCGAGcatc  <  1:199080/65‑1 (MQ=255) aCTGGGATATAAACTCGCCAAACCATTGCTTAAAGTGTTCCGGCTGGTTGATCAATTCGAGcatc  <  1:1870702/65‑1 (MQ=255) aCTGGGATATAAACTCGCCAAACCATTGCTTAAAGTGTTCCGGCTGGTTGATCAATTCGAGcatc  <  1:1870264/65‑1 (MQ=255) aCTGGGATATAAACTCGCCAAACCATTGCTTAAAGTGTTCCGGCTGGTTGATCAATTCGAGcatc  <  1:1454477/65‑1 (MQ=255) aCTGGGATATAAACTCGCCAAACCATTGCTTAAAGTGTTCCGGCTGGTTGATCAATTCGAGcatc  <  1:1164848/65‑1 (MQ=255) aCTGGGATATAAACTCGCCAAACCATTGCTTAAAGTGTTCCGGCTGGTTGATCAATTCGAGcatc  <  1:1158914/65‑1 (MQ=255) aCTGGGATATAAACTCGCCAAACCATTGCTTAAAGTGTTCCGGCTGGTTGATCAATTCGAGcatc  <  1:1122886/65‑1 (MQ=255) aCTGGGATATAAACTCGCCAAACCATTGCTTAAAGTGTTCCGGCTGGTTGATCAATTCGAGcatc  <  1:1057076/65‑1 (MQ=255)  cTGGGATATAAACTCGCCAAACCATTGCTTAAAGTGTTCCGGCTGGTTGATCAATTCGAGcatc  <  1:1245432/64‑1 (MQ=255)                                                                 | ACTGGGATATAAACTCGCCAAACCATTGCTTAAAGTGTTCCGGCTGGTTGATCAATTCGAGCATC  >  W3110S.gb/1188995‑1189059

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑